张俊立即拘捕了张宪，使用种种毒刑逼供，企图将张宪屈打成招，张宪宁死不屈，始终不承认曾收到岳飞的亲笔信，信中令张宪设法将兵权归还岳飞。张俊见严刑不逞，又招王俊对质，张宪咬紧牙关，不肯诬认。张俊一不做，二不休，又拘押了与张宪同行的岳飞之子岳云。捏造岳云曾唆使张宪阴谋制造兵变威胁朝廷的罪名，把岳云折磨得死去活来，仍然得不到满意的口供。张俊只得将二人押往临安。
按照秦桧等人的策划，不论是指使王俊诬告，还是胁迫、利诱王贵，拷打张宪、岳云，目的只有一个，即顺藤摸瓜，揪出岳飞。
张宪、岳云的囚车到达临安，秦桧命令暂时将二人看押在大理寺，自己则上朝奏报皇上。赵构事前不知详情，听到此事，感到十分突然，大吃一惊。秦桧奏请赵构下诏，把岳飞抓来，与张宪、岳云当面对质，查清案情，再定罪严惩。赵构答应由秦桧全权处理此案。
秦桧得到赵构的默许，设计诱捕了岳飞，押到大理寺。岳飞到了一间阴暗的牢房间，见张宪和岳云戴着沉重的枷锁镣铐，遍体鳞伤，真是惨不忍睹，心肝俱裂。
岳飞入狱后，立刻在大理寺进行审讯。负责审讯的是御史中丞何铸和大理寺卿周三畏。何铸原来慑于秦桧的淫威，曾参与弹劾岳飞，此次奉命主持审讯。审讯时，何铸要岳飞交代“谋反”的罪行。岳飞慷慨陈词，列举历次金兵南侵，他都亲书奏章，请缨抗战，每次作战，他都出生入死，身先士卒。他披肝沥胆，竭尽全力报效国家，未曾有一言一行背叛过国家。他越讲越激动，撕开衣衫，袒露出背部岳母亲手所刺的“精忠报国”四个大字。何铸等人看了，情不自禁地为之动容。
良心尚未泯灭的何铸，在继续审讯时，审查了所有的案卷，逐步发现王俊的告状信、张俊的奏章等材料，都是漏洞百出，自相矛盾，显然是无实据的诬陷之词，岳飞蒙受了不白之冤。他想强敌未灭，就这样无故陷害一员大将，必然会失去军心，不利于社稷的长治久安。于是他向秦桧如实说出了自己的想法。秦桧理屈词穷，拂袖而去。何铸为岳飞鸣冤，审讯工作毫无进展。为了实现既定的阴谋，秦桧调离了何铸，又贬了他的官职，改由万俟楔来审讯岳飞一案。
万俟楔以前任湖北提点刑狱时，岳飞宣抚荆湖，曾对万俟楔很不客气，他一直怀恨在心。这次，万俟楔毛遂自荐，主动要求审讯岳飞，显然不怀好意。阴沉沉的大理寺公堂之上，万俟楔登上了主审的高位，好不得意。岳飞等被带到堂上受审，岳飞他们浑身是血，蓬头赤脚，拖着沉重的枷锁镣铐。万俟楔指着王俊等人捏造的证据，大声呵斥岳飞：“国家哪点亏待了你们，你们父子却要与张宪共同谋反？”
岳飞怒火填膺，义正辞严地说道：“我可以对天发誓，我绝对没有半点负国的行为！你们既主持国法，就不该陷害忠良！”
万俟楔冷笑了几声，问：“你说你没有反意，那么你可记得，游天竺寺时，你曾在墙壁上题过‘寒门何载富贵’那句话吗？”陪审的官吏们马上随声附和，“既然写下那样的话，岂不是要造反吗？”
岳飞望了望高高在上的万俟楔之流，看了一眼阴森森的大堂，感到自己的命运已经完全掌握在万俟楔之流的奸佞小人手中，只好任由他们摆布，任何争辩也不能洗刷自己的不白之冤。不禁长叹一声，说：“想不到我竟落在秦桧这个国贼手中，使我十几年来的报国忠心，全都付之东流了！”说完，他闭上眼睛，任凭狱卒拷打，双唇紧闭，不再说话。
在以后的审讯中，岳飞屡受酷刑之苦，但始终以坚强的意志，非凡的毅力，忍受肉体上的极大痛苦，拒绝回答万俟楔之流提出的任何问题，拒绝承认所谓的“罪状”。为了表示抗议，岳飞开始绝食。连续几天，岳飞粒米未进，终于病倒了。根据宋朝的法律，囚犯患重病，可以找家属到狱中侍候。万俟楔指定岳飞的次子岳雷入监照顾。
为了置岳飞于死地，秦桧及其党羽到处搜寻，检查岳飞的墨迹、文字档案，拼命罗织“罪证”，最后终于编造了三条“罪状”：一是说，几年以前，岳飞第一次作节度使时，曾对人夸耀说：“三十二岁上做节度使，自古少有！”而在这个年岁上做节度使的，只有开国的太祖皇帝。岳飞胆敢与太祖皇帝相比，这分明是野心勃勃。二是说，岳飞当年从郾城退兵时，曾问部将：“天下大事究竟怎么办呢？”张宪回答说：“在于将军处置罢了！”这分明是大逆不道，企图谋反的话语。三是说，当岳飞听到张俊等兵败濠州的消息后，曾对部将说：“国家今天的处境真是不得了，官家（指皇帝）又不修德！”这岂不是有意动摇人心，指斥皇帝吗？
岳飞所谓的“罪状”搞“清楚”以后，万俟楔决定立即定罪结案。按照宋朝法律，岳飞的“罪行”只可判两年徒刑，不应判死刑。但秦桧、万俟楔之流仍坚持判岳飞死罪肥岳飞的罪行奏报朝廷，请赵构最后裁决。
岳飞的冤狱，震动了朝野上下，百姓们纷纷要求释放岳飞；一些主持正义的官员、士大夫，也不断上书，为岳飞仗义执言；已罢官的韩世忠不顾个人安危，质问秦桧，究竟有什么证据，要定岳飞死罪。秦桧含糊其辞，说岳飞给张宪的书信，内容虽不清楚，但这样的事情莫须有。韩世忠愤怒地问秦桧，“莫须有”三字，怎么能服天下！从此，“莫须有”三字成为冤狱的代名词。在赵构、秦桧的控制下，一切营救活动都成为徒劳。但岳飞的案子由于朝野的反对，一直未做决断。
岳飞入狱后，赵构、秦桧加紧向金朝乞降，终于在这一年的十一月，和金签订了丧权辱国的“盟书”。赵构、秦桧卑躬屈膝如愿后，又秉承主子的意志，彻底清除反对投降的最大障碍。
绍兴十一年（1142年）的腊月二十九日，岳飞经过多次酷刑的折磨，又绝食数日，身体极度虚弱。第二天就是除夕了，秦桧一个人坐在书房里闷闷不乐，吃着柑橘，手里玩弄着柑子皮，指甲来回划着。杀岳飞吧，证据不足，民情汹汹，难服天下；不杀岳飞吧，主子又不答应，一旦兀术翻脸，后果更不堪设想。正在这时，老婆王氏——一个比秦桧更加阴险狠毒的女人进来，看到秦桧犹豫不决的样子，嘲笑他太不果断，警告他说：“你做事真是不果断，你难道不知道，捉虎容易放虎难吗？”秦桧经老婆点拨，恍然大悟，如梦方醒。立即写了一张纸条，命亲信送往大理寺。
万俟楔等奉命匆匆上书，奏请将岳飞处以斩刑，张宪处以绞刑，岳云处以徒刑。
赵构接到奏章，当即提起朱笔，批道：“岳飞特赐死。张宪、岳云并依军法施刑。杨沂中监斩。”赵构等连岳云也不肯放过，惟恐贻患。
临刑前，万俟楔等最后一次提审岳飞，企图逼迫岳飞在他们炮制的一张供状上画押。岳飞知道他的最后时刻到了，无限痛心地仰视天空，昂然转身，提笔在供状上写了八个大字：
天日昭昭！天日昭昭！
屡建奇勋，为民族大业呕心沥血的岳飞终于喝了赵构“御赐”的毒酒。张宪、岳云被押赴刑场，斩首示众。年仅三十九岁的岳飞及其二十三岁的长子岳云，没有倒在抗敌的疆场上，却惨死在赵构、秦桧之流的毒刑下。然而，英雄们的浩然正气是压不倒的，广大人民抗金的浪潮是阻挡不住的，不愿做奴隶、不愿屈服的人民依然纵马太行，挥鞭燕云，为民族解放前仆后继，披荆斩棘。岳飞的忠义精神，永远鼓舞着后人。
纵观岳飞的一生，是英勇抗击外族入侵的一生。他在整个抗金斗争中屡建奇功，攻无不克，战无不胜，与他严于治军、严于治家、严于律己是分不开的。
岳飞治军能够恩威并施，赏罚严明，将士们遵守纪律，人人用命。岳飞治家如同治军一样严格。他非常孝顺母亲姚氏，从军后，他时刻不忘老母，总是派人前往探视，把母亲接到营中后，更是问暖问寒无微不至。母亲有病，他总是在百忙之中，早晚请安，亲自侍汤奉药。遇到出征，总是再三叮嘱家人悉心照顾老人，稍有不周，他便忍不住责骂。母亲死后，他痛不欲生，亲自与长子岳云一起赤脚扶棺，归葬庐山。
岳飞身为大将，俸禄优厚，但他规定家人衣食住行，一切节俭，不准奢侈。常常让儿子们拿起农具，耕田种植，常谆谆告诫他们：“稼穑艰难，不可不懂啊！”
岳飞严于律己，他生活俭朴，不喜钱财女色，这在政治腐败，奢靡成风的宋朝，实在是难能可贵的。他平生不置田产，不积私财，朝廷所赐钱物都用来犒赏将士；部队粮饷不足时，他即捐出家里的贮粮。与其他将领广置田产房屋，婢妾成群，收租数万石相比较，真是天壤之别！赵构曾经赐给岳飞一处住宅，让他在临安府安家，岳飞上疏婉言辞退，说：“北虏未灭，臣何以家为？”表明了他的伟大志向。有人曾问岳飞，天下何时太平？岳飞回答说：“文官不爱钱，武官不惜命，则太平了。”这句话既针砭时弊，也反映了岳飞的政治理想。岳飞终生没有娶妾，这在宋朝大将中是鲜有的。岳飞打仗时，总是身先士卒，冲锋陷阵，克己奉公，从不居功，每次获胜，总把功劳让给其他的将领部下。这跟当时有些大将贪天功为己有或冒赏绝不一样。
岳飞被害二十多年后，确切说是绍兴三十二年（1162年），赵构退位，宋孝宗即位。岳飞坚决反对民族压迫的斗争精神和坚贞不屈的民族气节，深深地烙在人们心中。他们为岳飞的冤死而奔走呼号，要求为他伸冤雪耻，为平息民愤，鼓励将士英勇抗击外敌，才正式昭雪岳飞的冤狱，追复他原来的官职，并将他的遗体依礼改葬。乾道六年（170年），在鄂州替岳飞盖造“忠烈庙”，表示纪念。淳熙六年（1179年），溢“武穆”。宋宁宗嘉泰四年（1204年），追封鄂王。宋理宗宝庆元年（1225年），改溢“忠武”。从此，为岳飞恢复了抗金名将的名誉。
宋朝临安府。岳飞的故乡河南汤阴县等地都为他建庙，以供四时祭祀。在岳王庙里，秦桧等一班奸佞之臣被祷成铁像，跪在岳王灵前，青山有幸、白铁无辜之慨，将流传千古。在清朝同治九年（1870年）刊刻的一本《云程万里》所记，河南汤阴县“城内有岳武穆王庙。门有铜铸秦桧等五人跪缚阶前，过往之人，以铁锤之。庙门一联云：‘蓬头垢面，跪阶前想想当年宰相；端冕垂旒，临座上看看今日将军。’庙内有御牌坊，其他碑文甚多，不能书记。大殿一联云：‘盖世之勋，宵小坏矣，衡经事者，铁案如山，足以寒后来奸雄之胆；蕞尔之区，圣人出焉，登斯堂也，精忠贯日，宁敢忘当年义勇之心’”（转引王冶秋《八十八年前的一本旅行指南》，中国文物报，1997年11月2日4版）。就是数百年后对于岳飞一生的无限感怀。读罢所载庙门和大殿之对联，足以使后世领悟天意人心，明明昭昭。遥想岳飞死前所慨“天日昭昭”，更觉感心动耳，使人荡气回肠。一生忠义的抗金英雄岳飞，给后世留下的是无尽的精神财富。