古代先圣王在乱世中继位后，扫除丢弃乱世中的一切，复修教化，推崇兴起教化。教化昌明，习俗形成，子孙遵循，运行五、六百年尚未衰败。到了周朝末期，远离教化之道，所以失去天下。秦朝继承了这一切，非但不改，反而更加厉害，焚书坑儒，不得私藏书籍，废弃礼义，想消灭一切先王之道，苟于权利之治，导致了国破家亡的下场一自古以来，还没有以乱治乱、极大地伤害百姓达到秦朝这种程度的先例。秦朝以法治国的遗毒余烈，至今没有汉天，使风俗接近罪恶，百姓欺诈顽固，触犯法令，拒绝教化，再没有比现在更腐烂的了。孔子有言云：“腐朽之木不可雕也，粪土之墙不可圬也。”汉承秦弊就如孔子所说。虽然想好好治理，也是无可奈何的啊！法令一出，奸恶就产生了；命令一下，欺诈就出现了。这就像扬汤止沸、抱薪救火，只能使之更厉害而没有一丝好处。打个比喻，琴弦不和谐，严重了就要重新更换，才能弹奏出音；政令不行，严重了就要改变才可治理。应调整琴弦，而不调整，虽有好乐工，也不能弹奏出好听的音乐。应当变革，而不变革，虽有贤能之人也不能治理好国家。所以汉朝拥有天下以来，常想治理好国家，而至今没有治理好，其原因在于，应该改革而没有改革。古人说过：“临渊羡鱼，不如退而结网。”汉朝执政，希望治理好国家已有70余年了，不如回过头来改革。改革就可治理好。治理好了，灾害就会一天天消除，福禄一天天到来。《诗经》上说，宜于人，宜于民，就能秉承天赐的福禄。治理国家，适合于民，理所当然享受天赐福禄。仁、义、礼、智、信这五种恒久不变的道理，是人君治理国家应首先培养整饬的。这五者得到了培养、整饬，就能够享受天的保佑，享受鬼神的阴庇，德行就能够施及全国，延及一切生命。
董仲舒引经据典，从无人关系出发，总结了三代的历史经验与教训，指出了汉武帝面临的问题及解决的办法。汉武帝阅罢董仲舒的对策，被其缜密的逻辑思维，富于理性的新颖论点折服。他要看看董仲舒的深度如何，接着，下了第二道制书：
虞舜为帝时，整日漫步在岩廊之上，拱手相抱，无所作为，而天下太平。至周文王时，每天忙碌，至太阳西斜仍无暇吃饭，国家亦治理得很好。帝王之道，难道不是一脉相承吗？为什么有劳逸的不同？
勤俭的人不做玄黄腹旗作修饰。到了周朝，修宫殿，乘玉路之车，朱丹其盾，以玉为斧，八佾舞于庭，而颂扬之声不断。帝王之道，难道意趣不同吗？
殷人用五刑责罚邪恶，用皮肉之刑来阻止犯罪。成康之世，刑措四十余年而不用。没人犯罪，监狱是空的。秦朝用刑酷烈，被杀死的人太多，几乎没有人不受到刑罚。
“朕晚睡早起，深思前王之法，被奉为至尊，彰明大业，都在于以农为本，任用贤能。现在朕身体力行，耕种藉田，为民表率。勉励行孝悌之道，尊崇有德之人，派出许多使臣去慰问勤劳之人，抚恤孤独，可谓殚精竭虑，却依然没有获得功绩美德。现在阴阳颠倒，到处充满邪恶，遇有灾害，黎民百姓得不到赈济，廉与耻不分，贤与不肖相混。所以，我要广招贤能之士，详细写出你们的见的见解，以称朕意。”
董仲舒在他的对策中，进一步总结了三代以来的历史经验，特别指出了秦朝以法治大下，赋敛尤度，导致“死者相望而奸不息”的教训。他说：
臣听说，尧受天命，把治理天下作为忧虑的对象，并没有以获位为快乐。他诛伐乱臣，力求贤圣，所以得到舜。禹、后稷等圣人。有了众多圣贤的辅佐，教化大行，天下和洽。百姓都安仁乐义，各得其宜，行动合乎礼法，从容得体。尧在位70年，禅让于舞。舜继承了尧时功业，所以无为而天下治。到殷纣之世，倒行逆施，残暴无度，杀戮贤知，残害百姓。伯夷、太公都是当代贤人，却进而隐居，不为朝臣。忠于职守的人，都奔走逃亡至河海之上。天下大乱，百姓不安。所以，天下人都离开商纣，投奔周朝。文王顺应时势，以至贤为师，闳夭、太颠、散宜生等都集聚朝廷为官，施爱于万民，天下人都归附他。止匕时，纣尚在王位，尊卑混乱，百姓逃亡，文王哀痛欲安抚他们。因此，忙得无暇吃饭。由此看来，帝王传承相同，而劳逸不同，他们所处时代不同啊！
臣听说，用玄黄旗旗修饰，是为了明尊车，别贵贱，勉励德行。所以《春秋》经中秉承天命者，都改正朔，易服色。这是顺应天意啊！宫室社旗制度，都是依据规则来制定的，勤俭并非圣人中庸之制。良玉，资质润吴，不用雕琢。普通的玉，不雕琢，就不能形成鲜明的纹路。君子若不学习，就不能形成良好德行。
圣王治天下，按才能授以官位，用官爵俸禄培养他的德行，用刑罚来威慑恶行。所以，百姓通晓礼义，以违背君王为可耻。武王推行大义，铲平贱贼。周公制礼作乐，来作修饰。到成康时，出现盛世，监狱空虚40年，这是推行教化仁义的功效，而非皮肉之刑的结果。到了秦朝，则不是这样，效法申、商之法，推行韩非的学说，憎恨先圣王所推行的道义，把贪婪作为风俗，不用德行教化百姓。根据名声去谴责人，却不考察实际情况。做善事的人不一定能得到豁免，做坏事未必受到刑罚。百官都以虚辞掩盖事实真相，外表上以礼事君，内心里却有背叛君之心。造假以掩饰欺诈，追逐利益不顾廉耻，重用酷吏，赋敛无度，耗尽百姓财力，百姓失散逃亡，不能从事耕织，群盗四起。因此，受刑者众，死者相望，而奸邪不止。
陛下亲自到藉田耕作，作为百姓的表率，晚睡早起，忧劳万民，思考前人之法，力求贤人，这也可以说是尧舜的用心。然而，陛下没有什么收获，对贤人劝勉不够。平日里不养士，需要时，却想求贤，犹如不雕琢玉，却想得到纹采一样。养士最大的机构，莫过于太学。太学是培养贤士的地方，教化的本原。现在一郡一国之众，没有人应诏对答，这就是王道远远没有达到这些地方。臣希望陛下兴太学，置明师，培养天下之人，多次考察，以使士人人尽其才，这样，就能够得到天下才智超众之人。现在，郡守。县令，是百姓的老师、统帅，要让他们继承王道，宣扬教化。老师、统帅不贤明，那么君主的德行得不到宣扬，恩泽得不到流传现在的官吏既不教育下民，又不传承君王之道，暴虐百姓，与奸邪之人狼狈为奸。贫穷得不到赈济，孤弱得不到帮助，这些都不合陛下之心。因此，出现了阴阳颠倒、邪恶充斥。百姓无助。黎民得不到赈济的局面。归结为一点，官吏不贤明。
居高位的官吏多出自郎中。中郎。二千石官吏的子弟可凭借父位选为郎中，义可凭借钱财选为官吏，他们不一定就贤明。古代所说的功过，以官吏是否称职来区别，并不以时间长短为标准。所以，才能低，虽然做官时间长，也只能做小官；才能高，时间虽短，也不妨做君王的辅佐。这样，官吏都皆尽其智，皆尽其力，致力于他的工作。现在却不同：做官时间长，资格就老，能够做高官，造成了今日的廉耻混乱，贤与不肖混淆。臣愚以为，让列侯、郡守、二千石官吏选择辖区内贤能的人，每年推荐二人，借此可以考察官吏的才能。推荐的人贤，就奖赏推荐者，反之要受到惩罚二千石的官吏尽心竭力求得贤能的人，天下的贤人都授以官职，使其人尽其才，这样，国家就能够得到天下所有贤能之人，三王之时的盛世就容易变成现实，陛下就能够得到尧。舜一样的美名，所以，不要以时间作为考察功绩的依据，实际考察贤能才是上策。水良据才能授以官职，视其品德定其官位。那么，廉与耻、贤与不肖就区另别开来了。
汉武帝早就想成就一番事业，看了董仲舒的第二道对策，心里痒痒的，心知此人智谋可用。于是下了第三道制书，表示欣赏董仲舒天人相应的观点。他在诏书中继续发问：“朕听说善于谈天的人，一定能从人事上找到证明；善于说古的人，一定能在今天找到验证。故朕虚心询问天人相应的关系，渐渐灭亡或渐渐昌明的道理，接受历史的教训，改正以往的所作所为。大夫已经谈论了治国的大道理，陈述了历史上治乱的原因，请讲得再透彻一点。”
董仲舒的两次对答都得到了汉武帝的赞赏，十分高兴。在第三道对策中，他郑重提出了自己思考多年的哲学观点和政治思想。
“天是万物之祖，包含一切，没有不同，又创造日、月、风、雨来调和万物，通过阴阳寒暑使万物成长。圣人效法天而创立道，普遍爱护，没有私心，广布德教，施行仁义，使道丰厚，设义立礼，用以引导。春，天使万物繁育，仁是人君用来爱护百姓的；夏，天使万物生长，德是人君用来培养百姓的；霜，天使万物萧条，刑罚是人君用来惩罚人民的。天人相互验证是古今一贯的道理。孔子作《春秋》，上揣测天道，下依据人情，参照古代考察当今。所以，《春秋》经中所讥讽的，必有灾害发生成春秋》经中所憎恶的，必有怪异出现。记载郑国的过失，兼论灾异的变化。由此观之，人的所作所为，是好是坏，与天地互相流通往来，相互回应。这就是所说的，天是万物之端。古代官吏，致力于行善教化万民，万民得到教化之后，天下就没有一人因犯罪而获狱。现如今，世道崩塌，得不到整顿治理，无以教化万民，万民放弃行仁义，而苦苦追逐财利。所以，犯法获罪的人就非常多。天意就是所说的命，天命离开圣人不行；质朴就是所说的性，性情离开教化就培养不起来；人欲就是所说的情，情离开法令制度就得不到节制。所以君王在上谨承天意，以顺天命，在下致力于明教化，来培养万民，端正法令制度，区别上下尊卑之序，来防止人的欲望。这三者，是治国的根本。
积小致大，积少成多。圣人没有不是从愚昧到英明，从卑微到显赫的。尧从诸侯升至大子之位，舜从深山兴盛起来，这并非一日之功，而是循序渐进的结果。自己说出的话，不能搪塞；自己做的事，不能有所掩饰。言行是治国之要，是君子能够感动天地的原因。能尽众小，就能达到高大；能谨慎微小，就能显露英明。尧兢兢业业推行其治国之道，舜小心谨慎推行其孝悌之道，积聚善行，名声就显赫；德行显露，地位就尊贵。这就是渐渐昌明的道理。积累善行，犹如身材修短却日益增长；积聚邪恶，犹如用火烧油，这就是唐虞美名流传，祭纣遭人唾弃的原因。善恶相从，就像身影相随。桀纣暴虐，信谗害民，贤智之人都隐退，邪恶一天天暴露，国家一天天混乱，还自鸣得意，以为如日在天，永远不会灭亡，最终导致国家破败不堪。暴虐忤逆的统治者也不是一下就灭亡的，也是逐渐的过程。桀纣虽然无道，却也享国十余年，这就是渐渐灭亡的道理。
古代的天下，也就是现在的天下，现在的天下，亦是古代的天下。同是天下，古代大治，上下和睦，习俗美好，不令而行，不禁而止，官吏无奸邪，百姓无盗贼，监狱空虚，恩德润及草木，被于四海，凤凰来集，麒麟来游。用古代衡量现在，为什么相差如此之远呢？为什么衰败混乱到如此程度？是失去了古代的道吗？还是违背了天理？努力沿承古道天理，返归天命，就能够恢复！
天赐万物也是有所区分的，给牛牙齿，就不给牛角；给鸟翅膀，就不给四条腿，接受大的就不能获得小的。古代享受棒禄的，就不能从事耕种，亦不能从事工商，这与天意相一致。得到大的，又争取小的，天尚不能给予满足，何况人呢？受到宠幸，拥有高位，家室温暖，薪俸优厚，凭着富贵身份仍与百姓争夺利益，百姓怎能听从于他呢！致力于广置奴婢、田宅、产业，永不停止，百姓就会变得非常穷苫。有钱人生活奢侈，财富四溢。穷人生活困苦，仍得不到国家救助。民不聊生，当然也就不回避死亡。既然如此，又怎能回避犯罪呢？这也是造成刑罚不断，犯罪依旧众多的原因。享受俸禄的，只要安于官位，不与百姓争位，那么利益即可平均分配，百姓也就家庭富足。这是天理，也是上古之道。大子依法订立制度，大夫应当遵循执行。天子大夫好义，百姓就有仁德，风俗就美好；天子大夫好利，百姓就奸邪，风俗就败坏。天子大夫是下民效法的榜样。
《春秋》经中所讲的大一统，是天地间不变的原则，古今共有的道理。现在人们学习各种学说，持有各种论点主张。各种学说不尽相同，各持其理，这样皇帝就无法统一大家的思想认识，法令制度多变，下边的人就不知所从。臣愚以为凡不属于六艺之科。孔子之术的，都要灭绝其迹，不要让各家学说相互并存。如果各种邪僻之说灭迹，都统一于儒家学说，就可做到政令行，法度明，百姓有所归一。”
汉武帝每下一道制书，董仲舒就有一篇措辞得当、说理透彻的对策，三道制书，三纣对策，一问一答，有问必答，丝丝相扣，字字句句都切中武帝的心意、通过这二封对策，董仲舒在诸儒中脱颖而出。
董仲舒的对策，洋洋洒洒，以古论今，为汉武帝施展自己的远大抱负指明了努力的方向。特别是在第三道对策的最后所提出的“诸不在六艺之科孔子之术者，皆绝其道，勿使并进”的主张，更令汉武帝欣喜不已，汉武帝终于有了推崇儒术的理论依据。而“罢黜百家，独尊儒术”的主张，也是董仲舒三封对策得出的最终结论。汉武帝十分欣赏董促舒的这一主张，进而在全国推行，罢黜了儒家以外各家学说，从此之后，以董促舒为代表的新的儒家学派代替法家、道家成为一尊。“罢黜百家，独尊儒术”确立了儒家的正统地位，儒家思想成为中国两千余年封建社会的统治思想。
为了按照儒家主张培养统治人才，汉武帝接受了董仲舒“兴太学，置明师，以养天下之士”的建议，在中央设立太学，置五经博士官职，教授儒家经典。选择“民年十八以上，仪状端正者”和“好文学，敬长上，肃政教，顺乡里，出入不悖所闻”（《汉书·儒林传序》）者五十人，为博士弟子员。经过学习，考察试用，通一经即可补吏，优秀的可得为郎中。在地方郡国设郡国学，同时，授权地方郡守（二千石）根据儒家标准“择吏民之贤者岁贡二人”，称为“教廉”，到朝廷做官。
习管汉武帝欣赏董仲舒的才学，钦侧重他的博大精深，但对策结束后，汉武帝只是任命他为江都相，事易王刘非。习管如此，董仲舒还是走上了他人生中极为短暂的仕途之路。