梁献帝泰始元年（559），建业兴皇寺的讲经堂里聚集了不少听经的人，大家都在专注地听法朗法师在宣讲《中论》、《百论》和《十二门论》。听法的人几乎全都是头皮光光的僧人，唯有一个六七岁的小男孩也煞有介事地坐在那里。一般说来，六七岁正是一个孩子最好动最调皮的年龄，但这个孩子不但像大人们一样坐在那里一听就是几个时辰，而且似乎还听得津津有味，两只小眼睛听得炯炯有神。
当下有人好奇了，说这是谁家的孩子，怎么也坐在这里听经呢？知情的人就说，那孩子是前两年出家的道琼法师的儿子。道琼原姓安，原是安息国人氏，因祖上避乱而移居汉地。因他经常到寺里听智药三藏讲经，受此影响，终于剃度出家。却又不放心儿子，于是就常常把儿子带在身边，也好让儿子一同接受佛法的薰染。
智药老法师对这个孩子自然也十分喜爱，有一天，他摸着孩子的头说，孩子，你愿不愿意像你父亲一样出家呢？小孩就点了点头，说早就想出家了。听的人就都笑了起来，说你早想出家，早是什么时候呀？就这样，这孩子就拜在法朗的门下做了一名小沙弥，取法名吉藏。
法朗是当时有名的三论师，吉藏的耳濡目染，当然也都是《中论》、《百论》和《十二门论》了。有一天，出家不久的小沙弥吉藏见师父闲着，就挨到师父的身边问道：“师父，你把三论的由来说得够详细了，你说三论是为了破除人们的迷茫和执着，申明佛法正信的道理，那么，怎样才能破除迷茫和执着，怎样才能申明佛法的正信和道理呢？”
当朗惊讶异常，知道这孩子将来必成大器，于是就对他说：“佛陀的教义，从来就是自开自解，怎样破迷茫执着，怎样树佛法正信，那是你自己的事，你自己好好地思考吧。”法朗又说，三论是当年鸠摩罗什大师于东晋年间在长安译出，再由他的弟子僧肇弘化于大江南北，但三论的义理晦涩难懂，一般人很难理解，这就更需要一代一代的大德加以阐明。吉藏啊，将来阐释三论的人必然是你，你任重道远啊。
师父的话让吉藏意识到自己将来的重任，于是，他决心终身奉持三论，做一名三论宗的大师。
前来兴皇寺的人越来越多，奇怪的是大家都是冲着小小年纪的吉藏而来。这些闻风而来的人有的是出于对佛法的正信，有的则是为一睹吉藏的风采，都要看看，一个小小少年是怎样成为闻名遐迩的佛教大师的。这一天来的客人非同寻常，那是陈朝的桂阳王。桂阳王还未进寺，有人就报告了法朗，说桂阳王驾到。法朗说，他是来找吉藏的，让吉藏做好准备，快去迎接。
桂阳王是一个对佛法有着浓厚兴趣的王公贵族，他对佛法的了解，决不次于一个一般的僧人。这一次，二人就三论所阐明的“真俗二谛”进行了长时间的交谈。说到真俗二谛，吉藏说：“俗谛中人总执着于一个‘有’，真谛中人又执着于一个‘空’。佛祖为引领不同众生，采取方便施教，既说‘有’，又说‘空’。其实，空和有，都是相对的，正所谓‘此有即彼有，此生则彼生’，所以《心经》中说‘色即是空，空即是色’了。”
桂阳王怎么也没有想到，一个少年僧人，竟能这样引经据典，娓娓道来，如行云流水，若明月清风。一个多时辰的交谈，桂阳王对吉藏佩服得五体投地，他也终于明白，为什么一个十几岁的少年会有如此渊博的学识，为什么会有如此之多的南北学人望风披糜了。桂阳王说，看来果然名不虚传，吉藏法师确不愧为我大陈的少年英才。桂阳王把随身带来的素肴珍品一一供奉在佛前，说这是皇上让我送给吉藏法师的，改日还要前来请教。
吉藏二十七岁这一年，师父法朗吉祥西去，吉藏也就当然地成为三论宗法统的衣钵传人，成为京城人人景仰的一代宗师了。
隋开皇二十年（600），晋王杨广在国内建立了四大道场，其中的长安慧日寺就专请吉藏担任住持。杨广是一个弑父乱国的暴君，吉藏有心拒请，但他又想，三论由鸠摩罗什在长安译出，但却只弘扬于江南一带，如果能住持长安慧日寺，就能把三论的学说弘扬到北方的广大地带。住寺不久，吉藏在寺里开讲三论讲义。消息一经传开，前五天就有无数听众占据了经场所有的位置。第二天，听法的人继续增加，寺里不得不把经场的走廊也腾出来供听众席地而坐。而到了讲经的这一天，未等天明，整个的慧日寺人山人海，一座大殿被围得水泄不通，寺方不得已又在大殿前的广场上另搭简篷，以满足数万听众闻佛生喜的愿望。人们说，这样盛大的法会，是自梁武帝以来未曾有过的第一次。
吉藏的名望越来越高，外界对他的议论随之也多了起来，其中即有人说到他“爱狎风流，不拘检束”。对于这些议论，吉藏只是一笑了之。终于，这些议论传到隋文帝的儿子齐王的耳里。这一天，齐王带领六十位峨冠环佩的文人学士来到慧日寺，欲与吉藏展开一次论辩大会。那天又是一个人山人海的场面，辩论一开始，那六十位文人学士便轮番上阵，一系列刁钻古怪的问题排山倒海般向吉藏轰来。吉藏一一给予应答。吉藏的应答引经据典，有理有据，六十位文人学士很快就败下阵来。现在，该轮到吉藏施展宏才的时候了，于是，他清了清嗓门，将今天的论辩来了番总结，“以有怯之心，登无畏之座，用木讷之口，释解颐之谈……”他针对今天所来的文人都是当今骈文高手，于是，他也就把今天辩论的过程以骈文的形式一气呵成。言语中既有自谦，也有针砭，既有对这些文人学士的讥讽，也有对当今时世的愤懑。齐王听到这里不禁叹道，就是让吉藏大师去参加科举，新科状元也非他莫属。辩论大会结束后，齐王拜倒在吉藏的座下，当下就说：“小王愿执弟子之礼，从今以后，我将皈依三宝，永托庇佑。”
晋王杨广杀父篡位，做起了隋朝的皇帝。然而好景不长，隋朝很快就被李唐王朝取而代之。高祖对佛教的心理是矛盾的，这一年，高祖下诏天下高僧，针对当时的佛教现状进行咨询。长安僧人推选吉藏为代表去见高祖。于是，吉藏将自己对当前佛教现状极尽铺陈，他分析了当前的佛教现状，向高祖提出设立僧统的建议，以约束佛教内部的腐败势力。高祖李渊采纳了吉藏的建议，并下诏命名十大僧统，吉藏当然也为其中之一。
吉藏看出统治者内部的矛盾，当有人问到秦王李世民与当今皇上的关系时，吉藏回答说：“天命之赋于世事，是必须有所假藉，正好比春天藉薰风以催生，夏天藉气温以助长，秋季藉朔风以萧杀，冬天藉霜雪以促藏，一消一长，才能助成四时的运行。”吉藏的回答没有正面涉及统治者的矛盾，却预示着李世民的日后将成气候。
高祖武德六年（623）五月的一天清晨，吉藏忽然嘱侍者为他准备净水沐浴。侍者说，这样的清晨，师父是不宜沐浴的。吉藏说，我今天要往生了。侍者大惊，说：“师父好好的为什么要说这样的话？”吉藏又说：“准备纸砚，我要作文。”吉藏从容沐浴更衣毕，便于座上开始作文。文毕，吉藏已寂于座上。所作之文原是一篇《不应怖死论》。
秦王李世民听说吉藏圆寂，当下就写了一封吊唁的信，信中说：“藏法师道济三乘，名高十地，业风飘世，长辞奈苑，迹留人往，弥用凄怆！”可见李世民对吉藏的推崇和敬仰。