太平真君七年（446），一场空前的浩劫在京城长安发生了。
那天黎明，法性寺里的僧人们刚刚结束了他们的早课，还没等走出大殿，一队扛着长矛的士兵冲进了寺内。他们一部分人包围了那座大殿，另一部分人则用长矛捅开一间间寮房和佛殿的木门，开始翻箱倒柜地搜查起来。
颤颤竞竞的僧人们大部分不知道究竟发生了什么事，但还是有一部分人猛然想起前几天发生在另一座寺庙里的事来，那天拓跋焘的军队因搜捕盖吴起义军的残余而冲进了那所寺庙，意想不到的事情发生了，全副武装的士兵并没有搜到一个盖吴的叛军，却在好几个寮房里发现了正与女人淫乱的僧人。在他们的零乱的床榻旁，是杯盘狼藉的酒具和散落在地的动物骨头。其实，在这座有着三千僧人的大寺庙里，偶尔有几个僧人不守清规并不算什么稀奇的事情，但是，另一些士兵的发现就让太武帝无法容忍了，他们分别在一些暗室和库房里发现了大量的兵器和数以万计的钱财。本来，僧人应以解脱道为终身奉持行状，谁能想到，他们竟私藏了这大量的武器，其目的还不是很明显吗？联系到这些日来搅得拓跋焘心神不宁的盖吴叛军，以及不断发到北魏朝廷的关于僧人谋反的奏折，不能不让这位刚刚做了北魏皇帝的北方民族的首领震惊而又震怒了。于是，一场灭佛的浩劫终于发生了。
北魏太武帝下达了灭佛的诏书：长安沙门一律诛杀，所有经卷一律焚毁，但凡寺庙分给王公贵族作为宅第。这样的诏书连太子也看不过了，太子说，父皇只可诛杀私藏武器的僧人，如果滥杀无辜，那是要遭致因果报应的。太武帝当然不会听他的，这时，曾被太武帝尊称为国师的僧人玄高和慧崇当廷向太武帝提出交涉，盛怒之下的太武帝当即下令勒死两位僧人。
法性寺前的广场上燃起了熊熊大火，那是成堆的经卷和一尊尊佛像。大火已经燃烧了三天三夜，大火引起的浓烟使整个长安城的上空笼罩在一片灰暗的烟云之中。长安的一千多座寺庙里，未及逃走的僧人或被斩杀，或被关进了牢狱，连一些年老体弱者也未能幸免。太武帝接着又下了一道诏书，自王公以下，凡私养僧尼者，限期不交者一律斩杀九族，沙门处死。一时间，这座昔日寺庙遍布，佛塔林立的长安城顿时陷入一派混乱之中。
然而，这场祸乱仅仅是僧人造成的吗？让我们回过头来，重新审视这一段历史。
公元426年，拓跋焘结束了十六国以来北方的长期战乱，统一了黄河流域，完成了他的统一大业。这个北方游牧民族的头领出于对汉民族黄土地的虔诚膜拜，所做的第一件事就是将一向流行于中原地区的佛教作为国教来加以公认，以此来作为取得中原民心的一条主要措施。佛教界当然不会放过这一难得的历史机遇。沙门法果当即作出反应，他说：“太祖明睿好道，即是当今的如来。”他一反东晋慧远法师的“沙门不敬王者论”，认为“现在的皇帝即是现在的如来，敬皇帝和敬如来是一回事”。佛教界的积极反应，理所当然地受到皇帝的欢迎，而政治与佛教界的相依相容，是双方利益的共同获得。一大批有才华的僧人集中在北方，所译经、律、论三藏一千九百余卷，出现了自鸠摩罗什以来第一次佛教界各派纷呈，百家争鸣的繁荣景象。
就像南朝的梁武帝一样，北魏朝廷同样认为造寺建庙是一种最大的功德，他们最热衷的事情便是大兴寺庙，普养僧尼。短短几十年间，仅东西二魏，皇帝造寺四十七所，王公贵族造寺八百余所，到宣武帝时，各州郡有寺13700余所，这实在是一个相当庞大的数字。杨炫之的《洛阳伽蓝记》不仅是一篇不可多得的文学作品，而且也是一篇历史的实录。作者对洛阳当时的许多寺庙的铺陈描述实在是美不胜收。这些华丽的寺庙名义上是佛教徒举行佛事活动的场所，实则是那些王公贵族骄奢淫逸的宫廷。高阳王元雍有男奴六千，使女五百，吃一顿饭费钱数万。河间王元琛与之比富，骏马十余匹用金槽喂养，招集王公宴饮，食器均为水晶钟，玛瑙碗，赤玉壶等。章武王元融见了心中懊恼，卧床三天不起。尽管如此，王宫贵族们为了平衡心理，建立“功德”，更是大兴土木，建造寺庙。一时间，洛阳上下，贵族们之间一场新的竞赛开始了，造寺建庙成了他们争宠斗富的内容，成了他们挥霍钱财的手段。在这种大繁荣的背景下，祸乱的种子也同时种下了。
佛教的空前繁荣首先引起中国固有的道教的不满和排斥，北魏太武帝即位不久，新天师道的创始人冠谦之即来平城献道经一部以示归顺。对佛教一向表示不满的宰相崔浩便趁机对太武帝说，真正中国的教义是道教而不是佛教，佛教是外来宗教，陛下是中国的皇帝，应当推崇道教而鄙视胡教。这样的阿谀正中欲做中国皇帝的胡人太武帝的心中隐病，于是，太武帝开始在中原大兴道教，于平成设立天师道坛，接受封禅，表示已受天命，有权来做中国的皇帝。尽管如此，太武帝拓跋焘并没有要对佛教采取什么措施的意思，当时的佛道之争，也仅仅是学术之争，并没有可能发展到相互仇杀的地步。直到太武帝拓跋焘的士兵们按照崔浩的建议进攻长安讨伐叛军盖吴，在长安的一些寺庙里发现大量弓箭矛盾，酿酒器具，大量钱物，以及僧人与贵家妇女淫乱的密室。如果说在这之前北魏太武帝已经对佛教没有了多少感情，但他并未下定废佛的决心，或者说，他即令早有废佛的思想，但他一直找不到废佛的理由和借口，而此刻，面对长安佛寺中所见一切，被激怒的太武帝终于找到了他认为可以诏示天下的理由。于是，一场大规模的废佛运动就这样开始了。
后来的历史学家们总结说，这就是中国佛教史上“三武一宗”四次灭佛事件的第一次。或称“北魏太武帝灭佛”。