1.处理机关
根据我国的《商标法》的规定，在实际生活中发生以上侵犯注册商标专用权行为之一，引起纠纷的，由当事人协商解决；不愿协商或者协商不成的，商标注册人或者利害关系人可以向人民法院起诉，也可以请求工商行政管理部门处理。由工商行政管理机关和人民法院两个机关处理商标侵权行为的“双轨制”，当事人可以自行选择。但是两者在处理商标侵权案件时存在以下不同。
2.两个处理机关的区别
首先，要求处理商标侵权案件的当事人不同。依照《商标法》和及其实施细则的规定，对侵犯商标专用权的，任何人都可以向工商行政管理机关控告或检举，既包括被侵权人，也包括不是被侵权人的消费者等。但是请求人民法院处理商标侵权案件，必须是被侵权人，除此而外，其他人的起诉，人民法院不予受理。
其次，人民法院要求被侵权人在上诉时必须有明确的被告，没有明确的被告，人民法院也不受理。而工商行政管理机关则不同，只要当事人提供的侵权事实存在，被告不一定十分明确，就会制止侵权行为。例如：有人举报，在某地有出售假冒商标的商品，虽然没有明确的指出出售者是谁，工商行政管理机关也会及时进行调查，情况属实则依法进行处理。
最后，人民法院是不告不理，没有被侵权人的起诉，法院不处理商标侵权案件；而工商行政管理机关从维护社会经济秩序，保护消费者利益出发，主动追究商标侵权活动。
3.工商机关处理商标侵权措施
工商行政管理部门处理商标侵权时，认定侵权行为成立的，责令立即停止侵权行为，没收、销毁侵权商品和专门用于制造侵权商品、伪造注册商标标识的工具，并处以罚款。罚款数额为非法经营额的3倍以下，非法经营额无法计算的，罚款数额为10万元以下。
从实际看，我国《商标法》实施20多年来，各级工商行政管理机关始终将保护商标专用权作为商标工作的中心任务，查处了大量的商标侵权案件。据统计自1978年至2002年底，全国各级工商行政管理机关充分发挥行政执法网络健全、程序简便、快捷高效的优势，共查处商标侵权案件约28.03万件。其中，1993年至2002年间，全国各级工商行政管理机关共查处商标侵权案件176426件、商标一般违法案件153788件，收缴和消除侵权假冒商标标识约30.24亿件（套），罚款总额约10.78亿元，责令侵权人赔偿被侵权人的经济损失4918.99万元，移送司法机关追究刑事责任915人。仅2003年一年，全国各级工商行政管理机关共查处各类商标违法案件37489件，收缴和消除违法商标标识0.85亿件，收缴直接用于商标侵权的模具、印版等工具15597件，销毁违法物品3749.8吨，罚款总额2.42亿元，移送司法机关追究刑事责任案件45件、人数52人。
自商标法实施以来至2002年底，人民法院受理商标民事案件共4378件，结审3988件。其中商标侵权案件受理3722件，结审3510件，分别占受理和审结总数的85.01%和87.99%。