《企业法人登记条例》《个人独资企业法》《合伙企业法》《合伙企业登记管理办法》等法律和法规，都规定了工商行政机关对违反企业登记管理的行为，依照法律法规做出包括警告、罚款、没收非法所得、停业整顿、扣缴、吊销企业法人营业执照等的处罚。
1.未经核准登记擅自开业
对未经工商行政管理机关核准登记擅自开业从事生产经营活动的行为，工商行政机关责令终止经营活动，没收非法所得，处以非法所得数额3倍以下的罚款，但最高不超过3万元人民币，没有非法所得的，处以1万元以下的罚款。
2.申请登记时隐瞒真实情况
申请登记时隐瞒真实情况弄虚作假的，工商行政管理机关除责令提供真实情况以外，视其具体情节，予以警告、没收非法所得，处以非法所得数额3倍以下的罚款，但最高不超过3万元人民币；没有非法所得的，处以1万元以下的罚款。经审查不具备企业法人条件或者经营条件的，吊销营业执照。伪造证件骗取营业执照的，没收非法所得，处以非法所得数额3倍以下的罚款，但最高不超过3万元人民币，没有非法所得的，处以1万元以下的罚款，并吊销营业执照。
3.擅自改变主要登记事项
擅自改变主要登记事项，不按规定办理变更事项的，予以警告，没收非法所得，处以非法所得3倍以下的罚款，但最高不超过3万元人民币；没有非法所得的，处以1万元以下的罚款，并限期办理变更登记；逾期不办理的，责令停业整顿或者扣缴营业执照；情节严重的，吊销营业执照。超出经营期限从事经营活动的，视为无照经营，按照第一项规定处理。
4.超出核准登记范围经营
超出核准登记范围或者经营方式从事经营活动的，视其情节轻重，予以警告，没收非法所得，处以非法所得3倍以下的罚款，但最高不超过3万元的人民币，没有非法所得的，处以1万元以下的罚款。同时违反国家其他有关规定，从事非法经营的，责令停业整顿，没收非法所得，处以非法所得3倍以下的罚款，但最高不超过3万元人民币，没有非法所得的，处以1万元以下的罚款。情节严重的，吊销营业执照。
5.侵犯企业名称专用权
侵犯企业名称专用权的行为，工商行政管理机关依照企业名称登记管理的有关规定进行处理。
6.伪造、涂改、出租、转让、出卖营业执照
伪造、涂改、出租、转让、出卖营业执照的，工商行政管理机关没收非法所得，处以非法所得3倍以下的罚款，但最高不超过3万人民币，没有非法所得的，处以1万元以下的罚款，情节严重的，吊销营业执照。
7.擅自复印营业执照
擅自复印营业执照的，工商行政管理机关收缴营业执照复印件，处以2000元以下的罚款。不按规定悬挂营业执照的，予以警告，责令改正，拒不改正的，处以2000元以下的罚款。
8.抽逃转移资金、隐匿财产逃避债务
抽逃转移资金、隐匿财产逃避债务的，工商行政管理机关责令其补足抽逃、转移的资金，追回隐匿的财产，没收非法所得，处以非法所得3倍以下的罚款，但最高不超过3万元人民币，没有非法所得的，处以1万元以下的罚款，情节严重的，责令停业整顿或者吊销营业执照。
9.不按规定办理注销登记
不按规定办理注销登记的，工商行政管理机关责令限期办理注销登记，拒不办理的，处以3000元以下的罚款，吊销营业执照，并追究企业主管部门的责任。
10.不按规定办理年度检验
不按规定报送年检报告书、办理年度检验的，工商行政管理机关处以非法所得数额3倍以下的罚款，但最高不超过3万元人民币，没有非法所得的，处以1万元以下的罚款，并限期办理年度检验，拒不办理的，吊销营业执照。
11.拒绝监督检查或者弄虚作假
拒绝监督检查或者在接受监督检查中弄虚作假的，工商行政管理机关除了责令其接受监督检查和提供真实情况外，予以警告，处以1万元以下的罚款。
工商行政管理机关在做出以上处罚决定后，企业逾期不提出申诉又不缴纳罚款时，工商行政管理机关可以按照规定的程序通知企业的开户银行予以划拨。