嘉佑八年一月，太守宋选罢任，新太守陈希亮接任。苏轼与宋选相处融洽，但与这位新太守却难以共事。陈太守面孔黑瘦，目光如冰，为人严厉，自下民到王公大臣无不畏惧他。士大夫聚而饮酒取乐时，只要陈太守一到，大家立刻不敢放肆谈笑了，酒也喝得毫无兴致。陈太守是四川青神人，是苏轼岳家同乡，按说他与苏轼应有同乡之谊。可是，他觉得苏轼是少年得志，要严加管束，两人的矛盾冲突就难以避免了。
苏轼任官多为百姓着想，政绩卓越，为人们称为“苏贤良”。
苏轼起草文稿，是苏轼最拿手的事，陈太守对苏轼起草的文稿偏偏多处涂黑改正，并让多次往返改定。苏轼有时去拜，陈太守他却故意不见，让在门口等候。
此后苏轼不去见太守。
陈希亮太守后在南山之下建了一座凌虚台，请苏轼作一篇《凌虚台记》。此时苏轼正满腹牢骚不满，讽刺全融入文字之中。庆祝楼台建成，说些好话。苏轼首先讽刺太守“未尝知有山焉”，接着说：秦朝的祈年宫、橐泉宫，汉代的长杨宫、五柞宫，隋朝的仁寿宫，唐朝的九成宫，都离此不远，它们原来何其辉煌，何其坚固，结果现在都成了破瓦颓垣。小小的凌虚台，日后复为荒草野田看来为期不远。文章结尾说“夫台犹不足恃以长久，而况人事之得丧，忽往而忽来者欤？而或者欲以夸世而自足，则过矣。盖世有足恃者，而不在乎台之存亡也。”台之初成，为文原是志喜，苏轼却说此台不久要坍塌毁坏的，并引申说台尚不足恃，况人乎？这篇文章上篇中国历史上独一无二的忘记，按情理会引起陈太守大怒，未曾陈太守一反常态，未作一字修改，将此文刻到石碑上。
十几年之后，苏轼被贬黄州，与陈希亮之子陈慥相交甚好。苏轼还为陈太守写了《陈公迅传》，传中对凤翔此段经历叙述：“轼官于凤翔，实从公二年。方是时，年少气盛，愚不更事，屡与公争议，至形于颜色，已而悔之。”这表现出苏轼的大度。
《宋史》所记载苏轼任官凤翔期间主要功绩是他改衙规，造福人民。关中在开元以前，百姓是较为富裕的，经过元吴之变后，元气大伤，税、役日重，百姓愈加贫穷。苏轼了解“民之所最畏者，莫若衙前之役”。陈旧的衙规。规定每年往京师运南山之木都在渭河、黄河水深湍急之时，故而翻船时有发生。一旦翻船，运送者还得赔偿，百姓往往家破人亡。此旧规严重危害百姓。苏轼上书，大胆指斥朝政：“朝廷自数十年以来，取之无术，用之无度，是以民曰困，官曰贫。”（《上韩魏公论场务书》）他果断地修改了衙规，规定运木者可自选时间发船。此后灾害立刻减少一半以上。稳定了百姓之心。
苏轼英宗治平元年，任职凤翔判官3年已满。
新主英宗英宗早已闻苏轼大名，次想破格提拔他，召入翰林，任知制法。未想宰相韩价反对，并且说：“以苏轼之才，将来必成大器，自当为天下用。现在朝廷应当大力栽培他，以使天下之士都羡慕佩服他，都希望朝廷能进用他，到那时再晋升他，人人都不会有异议了。现在突然提拔他，天下之士恐怕不以为然，这样对他自己也不利。”英宗说：“那就授修起居注吧！”韩价仍不同意：“记注与制法大体差不多，不能轻易授予他，不如让他去馆阁中工作，这还得经过考试。”英宗很不耐烦：“考试是为了测量一个人是否具有才能，难道苏轼还有所不能吗？”韩琦并不退让。于是苏轼参加了考试，结果两论都入3等。授直史馆之职。
苏轼回京任职，与父亲、弟弟团聚。就在这年五月苏轼之妻时年才26岁王弗病故。老父苏洵第二年4月，又遽然离世。令苏轼悲痛不已。皇上英宗闻此消息，颇感哀怜，特赐银100两，绢100匹，苏轼对这些钱财辞而不受，但求皇上踢一官职给父亲，以使他体面离去。于是皇上赠苏洵光禄丞之号，又命有司备船载丧回乡，苏轼兄弟再次回四川老家守丧。
治平四年八月，苏轼兄弟合葬父母于“老翁泉”侧。张方平为撰《文安先生墓表》，欧阳修为撰《苏明允墓志铭》。
苏轼次年10月，居丧期满后，另娶，新娘是前妻王弗的堂妹王润之。
年底，苏轼兄弟还朝。返京之后，他们随即卷入了政治漩涡。
熙宁二年，宋神宗起用王安石为参知政事，开始了历史上着名的变法运动。
王安石变法动作很大，在财政、农业、军事、科举等方面建立一系列新法。这种变动损害了当朝者的部分利益，且弄得陈规皆去，人心惶惶，故当朝老臣都对此持反对态度。如欧阳修、韩琦、司马光等人在变法一开始就坚决抵制。苏轼是由欧阳修等一手提拔上来的，故他在感情上自然倾向于这帮老臣，站在反对派之列。
苏轼首先对科举变革很不满，熙宁二年五月他上书《议学校贡举状》。
臣以谓今之学校，特可因循旧制，使先王之旧物，不废于吾世足矣。至于贡举之法，行之百年，治乱盛衰，初不由此。陛下视祖宗之世，贡举之法，与今为熟精？言语文章，与今为熟优？所得文武长才、与今为孰多？天下之事，与今为孰办？较此四者，而长短之议决矣。
神宗皇帝读到这份奏议后，颇为动心，说：“我对此变革，本就疑心，听到苏轼的谏劝，立刻觉得于心释然了。”他当即召见了苏轼，问：“当今政令的过失到底在哪里，即使是朕的错误，你也可以不留情面地指出来。”苏轼回答，陛下“不患不明，不患不动，不患不断，但患求治太急，听言太广，进人太锐”。神宗听罢惊然，他说：“你所说的‘三言’，我应牢牢记住，常想一想，你今后还有对朝政的意见，千万不要藏在心里，直接指陈即可。”
苏轼退出后，对同僚谈了此事，众臣对皇上虚心纳谏的态度感到欣慰。王安石听说此事，却很不高兴。宋神宗打算让苏轼修中书条例，王安石认为苏轼的言论与当今政策不适合，不能担当这个职务。在王安石干预下，苏轼被任命为开封府推官。此职专管刑狱之事，颇为棘手，王安石想用这繁忙的事务缠住苏轼，使他无法再干预新政。苏轼在开封府精明强干，处理案件干净利落，声名远扬。
熙宁二年十二月，宫廷下令于元宵节前低价收购浙灯4000盏，禁止民间私下买办浙灯。苏轼感到这是为了宫廷的淫乐而无辜盘剥百姓。他再次上谏。
百姓不可户晓：皆谓陛下以耳目不急之玩，而夺其口体必用之资。卖灯之民，例非豪户，举债了息。蓄之弥年，衣食之计，望此旬日。陛下为民父母，唯可添价贵买，岂可减价贱酬？此事至小，体则甚大。
皇上对《谏买浙灯状》此谏很感扫兴，但他认为苏轼所陈述的利害有道理，下诏免除了这项命令。
苏轼熙宁四年二月，上近万言的《上神宗皇帝书》。一个月后，苏轼呈《再上皇帝书》。在这两次上书中，苏轼集中表述：
“自古存亡之所寄者，四人而已，一日民，二日军，三日吏，四日士，此四人者一失其心，则足以生变。今陛下一举而兼犯之。青苗、助役之法行，则农不安；均输之令出，则商贾不行；而民始忧矣。并省诸军，迫逐老病，至使戍兵之妻，与士卒杂处其间，贬杀军分，有同降配，迁徙淮甸，仅匿流放，年近五十，人之怀忧，而军始怨矣。内则不取谋于元臣侍从，而专用新进小生，外则不责成于守令监司，而专用青苗使者，多置闲局，以摈老成，而吏始解体矣。陛下临轩选士，天下谓之龙飞榜，而进士一人首削旧思，示不复用，所削者一人而已，然士莫不怅恨者，以陛下有废薄其徒之意也。今用事者，又欲渐消进士，纯取明经，虽未有成法，而小人招权，自以为功，更相扇摇，以谓必行，而士始失望矣……民忧而军怨，吏解体而士失望，祸乱之源，有大于此者乎？
今日之政，小用则小败，大用则大败，若力行而不已，则乱亡随之。”
苏轼言论对王安石变法并没有全盘否定。屡屡上言非难新政，自然很受新党嫉恨。有人劝苏轼“官非谏臣，职非御史”，不要一味“非人所未非，是人所未是，危身触讳。”苏轼回答：“我当初入试时，就在直言极谏科，直谏皇上，我后来每每直谏，皇上竟不以为怒，往往还采纳了。现在我不说话，谁还能说话呢？”苏较早已看到自己的危险后果。
熙宁三年三月春试，吕惠卿为廷试主考官，苏轼等人为编排官。此考试，凡在文章中阿谀新政的得高分，不满直言者取下等。福建考生叶祖洽在卷中说：“祖宗多因循苟简之政，陛下即位，革而新之。”神宗亲取叶祖洽为第一。苏轼对此很不满，说：“叶祖洽贬骂祖宗以阿谀陛上，高取这样的人，何以正风化。”事后他写了一篇《拟进士对御试策》：
“昔祖宗之朝，崇尚辞律，则诗赋之士，曲尽其巧。自嘉佑以来，以古文为贵，则策论盛行于世，而诗赋几至于熄。何者？利之所在，人无不化。今始以策取士，而士之在甲科者，多以谄谈得之。天下观望，谁敢不然。臣恐自今以往，相师成风，虽直言之科，亦无敢以直言进者。风俗一变，不可复返，正人衰微，则国随之。
此文上传神宗，神宗将此文给王安石看，王安石大为恼怒，说：“苏轼的确才高，但所学不正，又主怀不满，所以他的文章跌落至此。”他数次请求皇上贬黜苏轼。
王安石的亲戚、侍御史杂事谢景温熙宁三年八月，劾奏苏轼在居父丧返蜀时贩卖私盐，以图获利。老臣范镇说：“苏父死后，朝廷赐银、帛各一百，韩琦赠银三百，欧阳修赠银二百，苏轼一概不受，他怎么会去贩卖私盐挣钱呢？”王安石抓住了苏轼的口实。他八月五日奏上，六日派吏分八路下去调查，凡苏轼所经水、陆路、兵夫、舵式等一一讯问，结果是子虚乌有。神宗熙宁四年四月御批，苏轼任杭州通判。
苏轼熙宁四年夏秋之际出京。他先到了陈州，与兄弟苏辙会聚。苏辙曾多次告诫哥哥苏轼祸从口出的箴言，苏轼此次因屡谏不止被赶出京城，正应了苏辙的警告。苏轼仍未从中汲取教训。在任杭州通判期间忍不住在诗中发泄他对新法的不满，结果导致在“乌台诗案”中身陷囹圄。
苏辙九月，亲自送苏轼到了颖州，他们去拜见了致仕退休在这里的恩师欧阳修。欧阳修也是因看不惯新政而请求退朝于此隐居。欧阳修拿出一块他珍藏的石屏请他们观赏，并请苏轼为之赋诗。苏轼当场作《欧阳少师令赋所蓄石屏外诗：“何人遗公石屏风，上有水墨希微踪：不画长林与巨植，独画峨眉山西雪岭上万岁不老之孤松。”此诗写得相当有气势。
苏轼盘桓几日，离颖赴杭，师生依依告别。正在杭州的苏轼闻此消息，一年以后，欧阳修病逝。他挥笔写下了《祭欧阳文忠文》，欧阳修病逝：“民有父母，国有警龟；斯文有传，学者有师；君子有所恃而不恐，小人有所畏而不为。”自己在其门下16年“闻公之丧，义当匍匐往吊；而怀禄不去，愧古人以伍。泥。缄词千里，以寓一哀而已矣！盖上以为天下恸，而下以哭其私。”
苏轼到杭不久，为政坛倾轧弄得心力交瘁，他决心闲隐于此，纵情于杭州的锦绣山水中。
苏轼游湖、爬山、访庙、赏潮、与高僧及妓女往来，他以其敏才高思，随到之处信口吟作，为杭州留下了不少传诵千古的诗篇。写冬景的有“天欲雪，云满湖，楼台明灭山有无，水清出石鱼可数，林深无人鸟相呼”。写春景的有“放生鱼鳖逐人来，无主荷花处处开。水枕能令山俯仰，风船解与月徘徊”。写雨景的有“黑云翻墨未遮山，白雨跳珠乱入船。卷地风来忽吹散，望湖楼下月如天”。他的《饮湖上初晴后雨》，被称为描写西湖的“压卷之作”。
水光潋滟晴方好，山色空蒙雨亦奇。欲把西湖比西子，淡妆浓抹总相宜。
苏轼词集，第一首编年词是作于熙宁五年杭州《浪淘沙》）（“昨日出城”），期间。在任杭州通判3年，创作的、可编年的词作就达50多首，是苏轼词创作开始。苏轼大胆地将通常为诗歌表现的内容为词所用，打破了“诗庄词媚”的传统。这时期的苏轼词有纪游、民情、思乡、怀古等等，如《虞美人·有美堂赠述古》：
湖山信是东南美，一望弥千里。使君能得几回来？便使樽前醉倒更徘徊。
沙河塘里灯初上，水调谁家唱。夜阑风静欲归时，惟有一江明月碧琉璃。
苏轼写离别，不再是浅斟低唱，胶着难移，而是大处着笔，在对景物及气氛的烘托中寄寓情思。语言明净，意境鲜明，不再像婉约词那样纤丽孱弱。
熙宁四年，苏轼在都厅看守“囚系皆满”的犯盐法的犯人，夜不得归，他挥笔在墙上题了一诗：
除日当早归，官事乃见留。执笔对之泣，哀此系中国。小人营糇粮，堕网不知羞。我亦恋薄禄，因循失归休。不须论贤愚，均是为食谋。谁能暂纵遣？闵默愧前修。
这首诗深刻地写出了苏轼的矛盾心理及其对自己为官本身的反思。
王安石的变法，新法在执行的过程中，下级官吏多有为害百姓之处，百姓对此怨声颇多。变法派支持王安石。反对变法这时将成为最大的罪名。苏轼面对农民因新法受害，“亦不敢默视”，于是他创作诗歌，看《吴中田妇叹》：
今年粳稻熟苦迟，庶见霜风来几时。霜风来时雨如泻，杷头出菌镰生衣。眼枯泪尽雨不尽，忍见黄穗卧青泥。茅苫一月陇上宿，天晴获稻随车归。汗流肩赪载入市，价贱乞与如糠粞。卖牛纳税拆屋炊，虑浅不及明年饥。官今要钱不要求，西北万里招羌儿。龚黄满朝人更苦，不如却作河伯妇。
秋雨连绵，农民眼见黄谷委泥，等到收上部分时，这时米价竟贱如糠粞。新法规定：要钱不要米。农民稻米卖不出钱，只好拆屋卖牛抵税，那么明年怎么办呢？出路看来只能是投河了。苏轼身为官的竟站在官家的对立面，设身处地地喊出了农民受压迫。剥削的痛苦呼声，这一点诚为难得。
《苏洲山村五绝》老翁七十自腰鎌，惭愧春山笋度甜。岂是闻韶解忘味，迩来三月食无盐。
这首诗反映了在新政苛刻的盐法之下，“浙中见山谷之人有数月食无盐者”的现实境况。
“杖藜裹饭去匆匆，过眼青钱转手空。赢得儿童语音好，一年强半在城中。”
这首诗反映青苗钱散发后，转手即空，日后又难以返还，因致“卖田宅”的实际情形。
熙宁七年，苏轼被任命为密州（今山东诸城）太守。当时密州连年蝗灾，庄稼歉收，农民饥寒交迫。
乙卯正月二十日夜，苏轼梦见离世10年的前妻王弗，夫妻梦中相见，相顾无言，泪流成行。梦醒时分，苏轼写下了他的悼亡杰作《江城子·乙卯正月二十日夜记梦》。
十年生死两茫茫，不思量，自难忘，千里孤坟，无处话凄凉。纵使相逢应不识，尘满面，鬓如霜。夜来幽梦总还乡，小轩窗，正梳妆，相顾无言，惟有泪千行。料得年年肠断处，明月夜，短松冈。
苏轼面对此恶劣的环境、形势。在蝗虫为害十分严重的情况下，当地官吏却对上报喜不报忧，睁眼说瞎话，说蝗虫并不为灾，甚至还为民除草，百姓拍手欢迎。苏轼对此痛心疾首，他来此刚二十多天，经过翔实的调查后，他即刻写就《上韩丞相论灾伤手实书》。在上书上，他严厉斥责了那种蝗虫不为灾的谎言，真实报告了此地的实际状况，要求上面减免此地秋税，以减轻人民负担。
由于饥道连年，“中民之下，举皆阈食”，很多孩子被弃在路旁。善良的苏轼见此情景，“洒涕循城拾弃孩”，然后由官府补助粮米，召人收养。数以千计的生命在苏轼的善举中得以生存。