司马迁关于这方面的论述很多。他说的“变”，是指事物的质变；他说的“渐”，是指进化和发展的过程，是量变；他所说的“终始”是指事物发展过程中因果之间的关系。在“变”、“渐”、“终始”三者之中，司马迁尤其时时提及的乃是终始。在司马迁看来，作为一个历史学家，必须具备治史的本领和方法，这就是他常常提到的“谨其终始”、“察其终始”和“综其终始”。“谨其终始”，是指历史学家要客观地遵循历史的演变；“察其终始”，是对这一演变要加以详细观察；而“综其终始”则是对观察的结果加以科学研究，得出正确结论，发现演变的规律，这就是他所谓的“通古今之变”。
司马迁是“原始察终，见盛观衰”（《自序》）以发展的、变化的眼光观察历史和研究历史的具体方法。“原始察终”是指要找出历史现象的原委和结局之间的因果关系。“见盛观衰”是指要在事物发展到极盛之时要看到它的衰象，注意历史的转变。这两句话概括说要从动态上对历史的全部进程进行综合、分析、考察，以把握住历史变化的因果联系及其发展规律。
司马迁在《货殖列传》中说：“《老子》曰：‘至治之极，邻国相望，鸡狗之声相闻，民各甘其食，美其服，安其俗，乐其业，至老死不相往来。’必用此为务，挽近世涂民耳目，则几无行矣。”在司马迁看来，如果后人照搬老子这一套小国寡民的生活模式，就是开历史倒车，势必寸步难行。他反对儒家“不务综其终始”的做法，反对汉儒那种泥古崇古的迂腐态度。他在《六国年表序》中说：“战国之权变亦有可颇采者，何必上古？秦取天下多暴，然世异变，成功大。传曰‘法后王’，何也？以其近己而俗变相类，议卑而易行也。学者牵于所闻，见秦在帝位日浅，不察其终始，因举而笑之，不敢道，此与以耳食无异。悲夫！”又在《礼书》中说：“至秦有天下，悉内六国礼仪，采择其善，虽不合圣制，其尊君抑臣，朝廷济济，依古以来。至于高祖，光有四海，叔孙通颇有所增益损减，大抵皆袭秦故，自天子称号。下至佐僚，及宫室官名，少有变改。”司马迁身居汉代，能不避嫌疑地高度评价秦代的历史地位，已经是难能可贵。更重要的是他肯定了战国的权变，肯定了秦代的变异，不以“秦在帝位日浅”而小视，却以“察其终始”的态度，看到了秦的“世异变”的功绩，毫不隐讳汉制“大抵皆袭秦故”的历史事实。
司马迁与他所讽刺的那些和用耳朵吃饭没有两样的汉儒不同，他不是用一成不变的观点去看问题，而是十分重视研究事物的来龙去脉，注意从发展变化中去观察历史，考察和研究历史。如《高祖功臣侯者年表序》：
居今之世，志古之道，所以自镜也，未必尽同。帝王者各殊礼而异务，要以成功为统纪，岂可绲乎？观所以得尊崇及所以废辱，亦当世得失之林也，何必旧闻？于是谨其终始，表其文，颇有所不尽本末；着其明，疑者阔之。后有君子，欲推而列之，得以览焉。
司马迁这种研究历史是为了给现实做借鉴，而要想总结出正确的经验教训，必须全面地观察分析其“终始”，从其盛衰兴废的发展变化中寻找原因。观点在《史记》中曾反复表述过。其《史记》本身的结构体系之所以如此安排，也正是为了体现这一点。其本纪、世家、年表，讲的是一国、一朝、一段时间、一种人的发展变化；其八书，讲的是各种典章制度、事业的发展变化，如他在《自序》中说：“礼乐损益，律历改易，兵权山川鬼神，天人之际，承敝通变，作八书。”说明他作八书是为了“承敝通变”。其列传中的酷吏、游侠、儒林、西南夷等篇，则是穷源究本，分别研究社会上各种派别、各种集团势力的发展变化。他通过这种分门别类的研究，找出其中可供人们借鉴的规律性的东西，即所谓“得失之林”。司马迁还十分重视运用“见盛观衰”的辩证方法研究历史。司马迁《平准书》运用这种方法深刻地剖析了汉武帝时期之兴盛和存在的危机，看到了历史的变化。司马迁说：“物盛而衰，固其变也。”他认为，盛极则衰是一条变化规律。他能在汉武帝“外攘夷狄，内兴功业”的“盛世”之下，看到“盗贼多寝”的危险。宋代黄震曾说：“武帝五十年间，因兵革而财用耗，因财用而刑法酷，沸四海而为鼎，生民无所措手足。迨至末年平准之置，则海内萧然，户口减半。阴夺于民之祸，于是为极。迁备着始终相因之变，特以平准名书。”这说明了司马迁运用“见盛观衰”的研究方法，探讨“始终相因之变”的结果。
司马迁还坚持用“变”的观点研究政治制度的变革，他认为，政治制度应该随着历史的变化而变化，每一个时代的政治制度都要适应那个时代的特点，世界上没有一成不变的政治制度。他《高祖本纪》中说：“夏之政忠。忠之敝，小人以野，故殷人承之以敬。敬之敝，小人以鬼，故周人承之以文。文之敝，小人以僿，故救僿莫若以忠。三王之道若循环，终而复始。周秦之间，可谓文敝矣。秦政不改，反酷刑法，岂不缪乎？故汉兴，承敝易变，使人不倦，得天统矣。”这里的“三王之道若循环，终而复始”，司马迁说明的主要意思是，统治者应该“承敝易变”，而不是照前代的政治制度，搞一成不变的政治。
通过叙述，看出司马迁对“变”的认识是很深刻的，从“变”的观念出发，提出“究天人之际，通古今之变，成一家之言”的写作《史记》的指导思想。
长期以来，人们总是把“成败兴坏”的缘由归于天命和神意。“国之将兴，必有须祥；国之将亡，必有妖孽”的天命论说法久盛不衰。司马迁（《楚元王世家》）却独树一帜地提出了自己的看法：
国之将兴，必有祯祥，君子用而小人退。国之将亡，贤人隐，乱臣贵……“安危在出令，存亡在所任”。诚哉是言也。
司马迁的这段话只不过是比前面的话多了几个字，其思想高下，便差之千里。司马迁也用了“祯祥”这个词语，他却能反其道而行之，把历史上的一切“成败兴坏”的原因归于人的活动。司马迁把人分成了君子与小人，贤人与乱臣。这是不够科学的。但在神意和天命色彩十分浓重的当时，司马迁能有如此的认识，已属难能可贵。
司马迁在具体论述历史上的“成败兴坏”的史事时，更加注意人的作用。他在《项羽本纪》传后的“太史公曰”中说：
自矜功伐，奋其私智而不师古，谓霸王之业，欲以力征经营天下，五年卒亡其国，身死东城，尚不觉寤而不自责，过矣。乃引“天亡我，非用兵之罪也”，岂不谬哉！
司马迁认为项羽失败的原因是在人事方面，不同意项羽的天命论观点。他认为项羽的“天亡我”是错误的。项羽的失败原因是骄傲自大和只知道以武力征服天下。恰与项羽形成强烈对照的是，刘邦在总结自己战胜项羽的原因时，并没有归于天命，而强调的是他的用人正确。司马迁对此予以肯定，
夫运筹策于帷帐之中，决胜于千里之外，吾不如子房。镇国家，抚百姓，给馈镶，不绝粮道，吾不如萧何。连百万之军，战必胜，攻必取，吾不如韩信。此三者，皆人杰也，吾能用之，此吾所以取天下也。（《高祖本纪》）
如实引述了刘邦的话。
司马迁对天命有时也不够清醒，说出“盖若天所助焉”的话；在具体论述史事时，他却把人作为历史的中心加以详细地记载，把天命论抛到九霄云外。
曾说：“且欲兴圣统，唯在择任将相哉！唯在择任将相哉！”他把帝王将相视为历史的决定性力量，为帝王写本纪，为将相立世家和列传。司马迁在神、人纠缠在一起的时代。更难得的是，他在突出帝王将相作用的同时，也重视下层人民，并歌颂下层人民的力量，为各种人立传。
厚今薄古是司马迁史学思想又一可贵之处，这反映在《史记》详今略远的体例中。在上古，虽有五帝，也只合为一纪。夏、商、周三朝尽管各有数百年的历史，也只各载以一纪。到了秦汉时期，却几乎每一个皇帝都有一纪。这固然与古代传说材料太少而无法详载有关，这鲜明地体现了司马迁厚今薄古的思想，肯定是正确的。
《史记》是从黄帝这个人物开始写起的，这就突出了司马迁继承和发展了春秋以来的大一统思想，是司马迁史学思想又一可贵之处。因为在黄帝以前，中国还没有形成大一统的局面，只是到了黄帝时，才讨平诸如炎帝、蚩尤之类各自为政的部落首领，把各部落统一起来，黄帝其人实际上就是中华民族统一的象征性人物。司马迁就在《五帝本纪》中以赞颂的笔触着力写了黄帝如何使用武力统一黄河流域的经过。司马迁在许多篇章中表现了对秦政残暴的不满，对秦始皇使用武力统一天下，建立中央集权制则予以肯定。他在《自序》中这样说道：“非兵不强，非德不昌，黄帝、汤、武以兴，桀、纣、二世以崩，可不慎欤？”使用暴力于统一大业是革命的暴力。在当时的历史条件下，司马迁能朦胧地意识到这一点，实在难能可贵。
司马迁这一大一统的思想还特别表现在他的华夏民族皆是黄帝子孙的思想上。在司马迁看来，五帝中除黄帝本人外，其余四人均是黄帝的子孙。夏、商、周三代君王也都是黄帝后代，而以后的各代君臣也无一不是黄帝的后代。总之，中华民族都是黄帝子孙。司马迁这种大一统的历史观，也正是春秋以来由分裂走向统一这一发展趋势在学术界的共同反映，司马迁以《史记》反映了这种时代观念。我们平时常说，中国人都是黄帝子孙，这一传统思想就是奠基于《史记》一书。
司马迁史学思想的内容是十分丰富，他对历史的发展、变化，作了许多精辟的论述和分析，具有真知灼见。他和历史上许多进步的史学家一样，还没有完全摆脱唯心主义和神秘思想的影响。他相信气数。如（《天官书》）他说：“为国者必贵三五。上下各千岁，然后天人之际续备。”又如当司马迁没有能力全面、客观、用历史本来面貌解释历史时，有时便主观、片面地从地理条件方面说明历史现象，认为某些历史事件、历史人物和社会风尚的形成，是由地理条件决定的。他说“夫荆楚僄勇轻悍，好作乱，乃自古记之矣”（《淮南衡山列传》）。又说：“自泰山属之琅玡，北被于海。膏壤二千里，其民阔达多匿知，其性也。”（《齐太公世家》）又说：“夫齐鲁之间于文学，自古以来，其性也。”（《儒林列传》）这些解释都是片面的，不科学的。反映了司马迁在史学思想方面的局限性。
司马迁《史记》是一部历史巨着，也是一部脍炙人口的文学名着。是古代传记文学的高峰和典范。司马迁的文学观及文学艺术特色，对后代文学产生了深刻的影响。一、司马迁的文学观是卓异而深刻的，在文学的一些主要方面都表现了自己的真知灼见。
他首先提出了作家的创作动机是“发愤着书”。他在《自序》中说：
七年而太史公遭李陵之祸，幽于缧绁。乃喟然而叹曰：“是余之罪也夫！是余之罪也夫！身毁不用矣。”退而深惟曰：“夫《诗》《书》隐约者，欲遂其志之思也。昔西伯拘久里，演《周易》；孔子厄陈蔡，作《春秋》；屈原放逐，着《离骚》；左丘失明，厥有《国语》；孙子膑脚，而论兵法；不韦迁蜀，世传《吕览》；韩非囚秦，《说难》、《孤愤》；《诗》三百篇，大抵贤圣发愤之所为作也。此人皆意有所郁结，不得通其道也，故述往事，思来者。”
在这段引文中，司马迁所论列的历史，与史实未必尽合。如《吕览》的编着《史记·吕不韦列传》说：“是时诸侯多辩士，如苟卿之徒，着书布天下。吕不韦乃使其客人人着所闻，集论以为八览、六论、十二纪二十余万言。”说明《吕览》不但不作于迁蜀之后，而且也不成于吕不韦一人之手，更谈不上“发愤”了。至于《说难》、《孤愤》之作，《史记·老子韩非列传》系于韩非人秦之前，说：“人或传其书至秦。秦王见《孤愤》、《五蠹》之书”云云。但这并不是司马迁的疏忽。司马迁在《自序》中重述这些史事，重点在于说明古人为什么要着书立说，关于成书的时间、地点都是末节，不是他所介意的了。他在这里不是写历史，而是在抒情。他还说过：
孔子明王道，干七十余君，莫能用。故西观周室，论史记旧闻，兴于鲁而次《春秋》。（《十二诸侯年表序》）
虞卿料事揣情，为起画策，何其工也！及不忍魏齐，卒困于大梁，庸夫且知其不可，况贤人乎？然虞卿非穷愁，亦不能着书以自见于后世云。（《平原君虞卿列传》）
屈平正道直行，竭忠尽智以事其君，谗人间之，可谓穷矣。信而见疑，忠而被谤，能无怨乎？屈平之作《离骚》，盖自怨生也。（《屈原贾生列传》）
从以上这些文字，表面上，司马迁是在总结前人所以写作的原因。实际上，是他自己的写作体会和自白，是用自己对前人写作的理解，作为自己写作经验的印证。
在司马迁看来，凡是历史上有影响的作家，其作品大多产生在作者在政治上受迫害、受摧残的时期。既然受迫害，便产生对迫害者的强烈不满，即“皆意有所郁结，不得通其道也”。因此借写作来抒发作者心中的愤懑与不平，即借着述来控诉迫害者，并以此来表明自己的无辜，即所谓“以自见于后世云”。所以一个作家受迫害愈深，他的愤慨、不平愈强烈，他的作品的内容也就愈幽愤深广，感染力也就愈强。不仅《春秋》、《孤愤》、《离骚》之作如此，《史记》之作又何尝不如此？从《报任安书》中可以看出，司马迁本来对汉代大一统天下也是充满幻想的，也想干出一番事业，以不辜负浩荡皇恩。但是，在他受腐刑之后，面对残酷的社会现实，他的思想日臻成熟，更加充满了批评精神。然而，在当时的政治形势下，他是不能有所作为的，惟一能做的，就是以前人为榜样，发愤着书，把自己的理想和观点寄托在书中。司马迁惨遭腐刑，其精神上的痛苦远胜于肉体。尽管如此，他还是顽强地活下来，忍辱负重，继续写他的《史记》。
二、司马迁认为文学的社会功用主要是“讽刺讥刺”。这一文学观点，可以说是渊源于孔子的。孔子于《论语·阳货篇》中说：“诗可以兴，可以观，可以群，可以怨。迩之事父，远之事君，多识于鸟兽草木之名。”文中所说的“怨”，就是说人们可以藉诗的形式对时事政治发表批评意见，即所谓“怨刺上政”的作用。司马迁注重文学的“刺讥”作用，所以他特别称道《诗》三百篇所表现出来的这方面的思想，如他说：
周道缺，诗人本之衽席，《关雎》作。仁义陵迟，《鹿鸣》刺焉。（《十二诸侯年表》）
他还认为，秦始皇之所以焚《诗》《书》，是因为这些书有“以古非今”、“刺讥”时政的内容，他（《六国年表》）
说：
秦既得意，烧天下《诗》《书》，诸侯史记尤甚，为其有所刺讥也。
司马迁特别称赞屈原的《离骚》，也是因为《离骚》起到了很好的“刺讥”作用。他（《屈原贾生列传》）
说：
《国风》好色而不淫，《小雅》怨诽而不乱。若《离骚》者，可谓兼之矣。上称帝喾，下道齐桓，中达汤武，以刺世事。明道德之广崇，治乱之条贯，靡不华见。
他在《自序》中又强调说：“作辞以讽谏，连类以争义，《离骚》有之。”司马迁对《离骚》这种文学作品“讽谏”作用的重视。对宋玉、唐勒、景差等人只善辞令、不敢直谏的做法很不满意。（《屈原贾生列传》）
批评说：
屈原既死之后，楚有宋玉、唐勒、景差之徒者，皆好辞而以赋见称；然皆祖屈原之从容辞令，终莫敢直谏。
司马相如是着名的汉赋大家。但是，他的许多赋都是一味地追求文辞的华丽，缺乏深刻的思想内容，因而步入形式主义的歧途。因此，司马迁对他的许多篇赋评价不高，但对其中有“讽谏”意义的则予以充分的肯定，他（《司马相如列传》）
说：