“理”在二程的哲学体系中有多方面的规定：
第一，“理”是形而上的绝对的精神性本体。二程认为“理”是超乎形器的，“理无形也，故因象以明理”（《河南程氏文集》卷九），又说：“百理具备，元无欠少，不为尧存，不为桀亡。”（同上，卷二）“盖上下、本末、内外，都是一理也，方是道。”（《河南程氏遗书》卷一）“理”被看成是独立的实体，它不生不灭，永恒存在。理虽无形，但非虚而实，二程说：“理者，实也，本也。”“惟理为实。”（《论道篇》，《河南程氏粹言》卷一）“理”无形而“实有”，超越万物却又真实存在。这种“理”只能是预设的精神性实体。
第二，“理”是世界万物的“所以然”。“理”虽是独立存在的精神性实体，但却支配着万事万物，是万事万物发展变化的“当然之则”、“所以然之故”。二程说：“天下之物皆可以理照，有物必有则，一物须有一理。”（《河南程氏遗书》卷一八）这个所谓“则”、“理”就是事物的“所以然之故”，亦即最后的根据，如“天地之所以高深，鬼神之所以幽显”（《河南程氏遗书》卷一五）；“凡眼前无非是物，物物皆有理。如火之所以热，水之所以寒，至于君臣父子间皆是理”（《河南程氏遗书》卷一九）。在二程看来，“理”无所不在，万物皆有理，但从根本上说，“万物皆是一理”（《河南程氏遗书》卷一五）。“理”作为宇宙万物的规律和必然性的含义被二程发现了，而且值得注意的是，这种发现是在理性的思辨中实现的：
“问‘天道如何？’曰：‘只是理，理便是天道也。且如说皇天震怒，终不是有人在上震怒？只是理如此。’”（《河南程氏遗书》卷二二上）二程否定了有人格神，认为自然变化是“理”之使然。当二程把“理”作为事物的必然性理解时，“理”是自然规律而不具神秘色彩：“雷自有火，如钻木取火……盖是动极则阳生，自然之理。”（《河南程氏遗书》卷一八）
第三，“理”又是社会伦理道德的原则。这其实是二程的理论出发点，他们的哲学是要为传统的伦理道德确立宇宙论的根据，其曰：“礼者，理也。”（《河南程氏粹言》卷一）“人伦者，天理也。”（《河南程氏外书》卷七）“父子君臣，天下之定理，无所逃于天地之间。”（《河南程氏遗书》卷五）伦理纲常等“当然之则”，在这里被等同于宇宙万物的“必然之理”。于是，一方面，父子君臣的伦常关系和规范被绝对化、形上化为天理；另一方面，必然之理又获得了社会道德的属性。
要以绝对的“理”为宇宙万物的本体，必须解决一个问题，即抽象的、独立自在的理如何创造万物，成为万物的根据？为此，二程吸收了张载“气”论的一些思想资源。二程说：“万物之始，皆气化；既形，然后以形相禅，有形化；形化长，则气化渐消。”（《河南程氏遗书》卷五）“生育万物者，乃天之气也。”（《天地篇》，《河南程氏粹言》卷二）人也是气化所生。但二程不同意张载的“形聚为物，形溃返原”的说法，认为“凡物之散，其气遂尽，无复归本原之理……其造化者，自是生气”（《河南程氏遗书》卷一五）。又说：“天地之化，自然生生不穷，更何复资于既毙之形，既返之气，以为造化。”（同上）认为天地之化虽为气所造作，但理是变化的最后根据：“离了阴阳更无道，所以阴阳者是道也。阴阳，气也。气是形而下者，道是形而上者。”（同上）即阴阳之气是由形而上之道所决定的，理（道）是本，是形而上；气是末，是形而下。由此可见，理学关于理气关系的基本思想是由二程确立的。不过理气关系在二程那里没有充分展开，对其系统的论证则是由朱熹完成的。
二程在社会伦理道德的终极根源上的主张是相同的，即都以“理”为本体。
但是在道德修养的方法和境界追求方面，二人却存在着差异。简略地说，程颢强调理想的人格应该达到“与天地同体”的境界，即“仁者浑然与物同体”，“仁者以天地万物为一体，莫非己也”（《河南程氏遗书》卷二上），而不仅仅限于伦常道德的践履。因此在他看来，“虽尧舜之事，亦只是如太虚中一点浮云过目”（同上）。
“仁”的境界就是“与天地同体”的境界。在修养方法上，主张“主敬”、“识仁”、“定性”，“学者须先识仁……识得此理，以诚敬存之而已”（同上）。强调涵养持敬，反省内求，重在体认的功夫。他认为心、性、理是相通的，即心即性即理，“仁”为人性之所固有，又是“天理”的体现，所以只须“识仁”、“定性”而毋须外求：“所谓定者，动亦定，静亦定，无将迎，无内外。”（《答横渠张子厚先生书》，《河南程氏文集》卷二）在这里，主体与客体以合一于心为归宿，表现出鲜明的主观性倾向。这种倾向后来被南宋的陆九渊加以发挥和明朗化。程颐也认为心、性、理是相通的，天人本无二，只是“一理”。“天理”存在于人性中，由人的心、性即可知天之“理”。但他更多地强调社会伦常规范是“理”的体现，主张人应该在人伦道德的实践中体认“理”，达到“理与己一”的境界。所以在修养方法上，程颐强调“格物穷理”，主张通过具体事物和实际的道德践履来达到对“理”的把握。他说：“然而格物亦非一端，如或读书，讲明道义，或论古今人物，而别其是非，或应接事物，而处其当否，皆穷理也。”（见朱熹《大学或问》引）也就是说，程颐增加了诸如“读书讲明义理，或论古今人物别其是非”之类的“格物”过程，他认为，“人要明理，若止一物上明之，亦未济事，须是集众理，然后脱然自有悟处。”（《河南程氏遗书》卷一七）程颐要通过“格”身外之物以达到“心”对本体之“理”的认识，而心向理的回归又是“无己”的，其注重客观性的倾向颇为明显。
这种倾向后来由朱熹加以发挥而明朗化起来。不过，也不应过分夸大二程之间的差异，他们的思想大旨相同，且相同点是自觉的，而差异主要在修养方法方面，且是不自觉的。程颐曾说：“我之道盖与明道同”（《伊川先生年谱》，《河南程氏遗书·附录》），所以黄百家在《明道学案下》中说：“两先生之言，如出一口，此其为学之宗主。”（《宋元学案》卷一四）当然，对这种虽不自觉但已有的差异应该详审之，因为它实际孕育了此后心学与理学分化的契机。
二、朱熹既继承发展了理本论体系，也暴露出新的矛盾“程氏之道，至朱氏而始明。”（王：《王忠文公集》卷一一）朱熹继承二程的理本论而建立了自己的哲学体系，并着重发挥了程颐的思想。朱熹自己也承认“某说大处自与伊川合”（《朱子语类》卷九三）。如果说二程确立了理本论的大致框架，那么朱熹则进一步吸收了周敦颐的“太极说”、邵雍的“象数学”、佛教华严宗的“理事说”以及张载的气论，建构起庞大的理学体系。
在理学家那里，“理”是绝对的观念性实体，具有形而上、抽象的、超越感性内容的特征。同时，“理”又是宇宙万物的“所以然”，是伦理纲常和道德规范的根据。但是问题在于：如何能把这种绝对的、抽象的、无形而实有的“理”，与具体的、感性的宇宙万物、人伦道德统一起来，把客观的“理”与主体的“心”统一起来，这则是要解决的。二程的方法是简单和果断的，认为“天人本无二”（《河南程氏遗书》卷六），“己与理一”（同上，卷一五），“天、地、人只一道也”（同上，卷一八），“仁者浑然与物同体，义礼知信皆仁也”（同上，卷二）。这就不仅直接给“人道”原则赋予了形而上的根据，而且也使“天道”具有了道德伦理的属性。但问题还在于：如果说“天人本无二”，那么仁义礼智等道德伦理如何具有能决定宇宙万物的本体的特性？反之，宇宙万物又如何能体现仁义礼智的道德伦理原则？也就是主体意识如何客体化，而宇宙万物又如何伦理化？这个问题在二程那里实际上并没有解决。朱熹一面继承了二程的思想，把“理”看成是绝对的、至上的，如说“宇宙之间，一理而已”（《读大纪》，《朱文公文集》卷七○），“且如万一山河大地都陷了，毕竟理却只在这里”（《朱子语类》卷一）。同时也认为“理便是仁义礼智”（《朱子语类》卷八三）。重要的是，朱熹对“万物一体”、“宇宙一理”这一理学命题又作了一些比较精致的逻辑论证，把二程的理本论在逻辑化方向上推进了一步。
第一，对“理”的绝对性、本原性在哲学思辨的基础上作了新的论证。
朱熹认为，作为宇宙本体的“理”，既不能简单地说成是“有”，也不能简单地说成是“无”。针对一些人“闻人说有即谓之实有，见人说无即以为真无”，即在强调本体实有时，就把它“同于一物”，而在强调本体是超越具体形器的“虚”时又把它看成是“无”或“空”，从而不能真正把握本体特征的情况，朱熹联系周敦颐《太极图说》中的“太极”范畴，对“理”的绝对性、至上性作了具有思辨性的论证。他认为周敦颐所谓“无极而太极”，就是指“无形”而“有理”，“太极”即是“理”，是“理之极至”，“道体之至极，则谓之太极”。他认为周敦颐之所以在“太极”之前加上“无极”，是因为“不言无极，则太极同于一物，而不足为万化根本；不言太极，则无极沦于空寂，而不能为万化根本”。在朱熹看来，“理”因其“无方所，无形状”（《答陆子静》，《文集》卷三六），“无形迹”、“不会造作”（《朱子语类》卷一）而摆脱了具体实物性；又以其“通贯全体，无乎不在”、“立于有物之后”、“行乎阴阳之中”（《答陆子静》，《文集》卷三六）而又避免了沦为空寂的危险。这样，“太极之理”虽超越万物，但又“非是别为一物”，而是“即阴阳而在阴阳，即五行而在五行，即万物而在万物，只是一个理而已。”（《朱子语类》卷九四）
以“太极”释“理”，“太极”既在万物之上，又在万物之中，既是一理，又是众理的综合，这里显然包含着某些逻辑的抽象；他认为“极”是“至极”的意思，是从“其四方八面合辏将来”，再“从此推出，四方八面都无向背，一切停匀，故谓之极耳。”（《答陆子静》，《文集》卷三六）“太极”具有概括—切事物共性的意义。这样，“理”的绝对性、抽象性在朱熹这里表述得更加明白。陈荣捷说：“对太极的描述在程颐和朱熹之间即使不是最大的不同也是一个非常重大的不同。”
那么如何解释“理”为万物的“生化之本”？一个“无形迹”、“不会造作”的绝对的精神实体如何派生出千差万别的客观事物来？为解决这一问题，二程曾引入“气”的范畴，但没有具体展开。朱熹比较自觉地把张载的气论引入理本论的体系，并以“气”为中介，不仅比较圆满地解释了“太极”之“理”为万物“生化之本”的问题，而且也较成功地解决了客观的“天理”与人的主体意识和道德伦理的关系问题。朱熹说：
盖天地之间，一气而已，分阴分阳，便是两物，故阳为仁而阴为义。
然阴阳又各分而为二，故阳之初为木，为春，为仁，阳之盛为火，为夏，为礼；阴之初为金，为秋，为义，阴之极为水，为冬，为智。（《答袁机仲别幅》，《文集》卷三八）
朱熹认为，“太极”在生化阴阳五行时，仁义礼智之德亦随之产生。并且，“太极”
本身就是至善的“理”而具有道德的属性：“太极只是个极好至善底道理”，“是天地人物万善至好底表德”（《朱子语类》卷九四）。这样，“理”就既是万物的本体、认识的最高真理，又是人伦的根据、道德的准则，“天道”与“人道”也就被统一起来。
第二，理气之辩：理本气末，理体气用。
“理”在张载那里主要指事物本身具有的规律或条理，“理”从属于“气”，理气关系主要是物质实体与其规律的关系。朱熹所说的“理”则是绝对的精神性本体。对于理、气之间的具体关系，朱熹在说法上又很不一致。如有学生问理气先后时，他说理与气本“无先后之可言”（《朱子语类》卷一）。但有时他又说：
“未有天地之先，毕竟是先有此理。”“有是理后生是气。”（同上）这些自相矛盾的说法常常使人发生困惑。其实，这里有个方法论问题，这就是应该从多角度、多方面去透视一个哲学家的思想，然后从总体上去把握。用这种全方位观察的方法来分析朱熹的理气关系，就不难发现朱熹在理气关系上的基本观点是明确的、一贯的。他不仅仍坚持理一元论，而且解决了在二程那里没有解决的理为万物“生化之本”的问题。其主要论点是：
1.“理”是绝对的精神性实体，但它不能离开“气”而存在。朱熹说：“天下未有无理之气，亦未有无气之理。”“只此气凝聚处，理便在其中。”（《朱子语类》卷一）在他看来，理是依乎气的：“理又非别为一物，即存乎是气之中；无是气，则是理亦无挂搭处。”（同上）不过，理气的这种相依关系又不同于后来王廷相、王夫之等所说的“理依乎气”，即规律为事物所固有，没有独立存在的规律。朱熹虽然也说理气“常相依而未尝相离”（《朱子语类》卷九四），但又认为理并不杂于气之中。他说：“理在气中，如一个明珠在水里。”（《朱子语类》卷四）“理与气，此决是二物。”（《答刘叔文》，《文集》卷四六）就是说，理在气中，与气不离，但又不杂于气（“不杂乎阴阳”），理自理，气自气，既不相杂，又不相离。与这种说法相同的另一种表述，就是“理气本无先后”（《朱子语类》卷一）。朱熹不喜欢有人总要让他回答“先有理，还是先有气”的问题，认为“不消如此说”，并指出“是先有理，后有气耶？后有理先有气耶？皆不可得而推究”，“盖气，则能凝结造作，理却无情意，无计度，无造作。只此气凝聚处，理便在其中”（《朱子语类》卷一）。显然，朱熹认为，就万物的具体生成过程来说，“理”是“生物之本”，“气”是“生物之具”，二者并无先后之分。他说：“天地之间，有理有气。理也者，形而上之道也，生物之本也；气也者，形而下之器也，生物之具也。”（《答黄道夫》，《文集》卷五八）也就是说，“理”是万物生化的根据，气是万物生化的材料，理气结合而生万物。从这个意义上说，理气本无先后可言。朱熹对理气不离不杂、不先不后的反复强调，正反映了朱熹既要保持理的绝对性，又要以气为中介，解决“理”为万物“生化之本”的用心。但是从宇宙本体来说，朱熹则明确地肯定“理”先而“气”后。他说：“理形而上者，气形而下者，自形而上下言，岂无先后。”
（《朱子语类》卷一）又说：“以本体言之，则有是理然后有是气。”（《孟子或问》卷三）“此本无先后之可言，然必欲推其所从来，则须说先有是理。”（《朱子语类》卷一）关于这一点，韩元震在《朱子言论同异考》中就已看破，他说：“理气以流行言，则本无先后；以本原言，则理先而气后。”
2.理本气末。从本原上说，所谓“理先气后”决非指生成论的时间先后，而是指逻辑上的本末，即本体在先，末事在后。因此，朱熹的“理先气后”的实质是理本气末、理体气用，即理是气的本体、根据，气是理的显现、作用。朱熹说：“一阴一阳虽属形器，然其所以一阴一阳者，是乃道体之所为也。”（《答陆子静》，《文集》卷三六）“有是理便有是气，但理是本。”（《朱子语类》卷一）“理者，天之体，命者，理之用。”（《朱子语类》卷五）“至于形上形下，却有分别。须分得此是体、彼是用，方说得一源；分得此是象、彼是理，方说得无间。”（《答吕子约书》，《文集》卷四八）在朱熹看来，理气关系不是“父生子”的关系，而是“水与波”的关系，这是本体论的思维特征。从理论思维上说，“理气无先后”、理气不离的思想，涉及一般规律和具体事物的关系问题，具体事物要受一般规律支配。这里面有一定的合理因素。但一旦涉及本原问题，朱熹就毫不犹豫地把“理”绝对化为形而上的本体存在，走向理本气末、理体气用。朱熹虽也说过“理生气”，但这并不代表他的主流思想。