慈禧将权力紧握于手中，通过各种方式实现着对国家的掌控。然而在她掌控之下的清王朝正在加速衰败，边疆问题、农民起义、列强渗透，堂堂大清已经是千疮百孔了，慈禧似乎没有意识到事情的严重性，她耗巨资修颐和园，还是为了一己私欲，殊不知这巨资是北洋军阀的军费。慈禧挪用军费，间接为她的王朝带来了灭顶之灾。
慈禧太后在第二次垂帘听政之后，国家倒是迎来了令人欣慰的一段太平时期，百姓还算安居乐业，朝廷上也没什么令人不悦的事，慈禧为自己创造出这样政通人和的太平天下而沾沾自喜。于是她趁热打铁，振奋精神，又颁行几条新政：其一是派遣外使，她派郭嵩焘出使英国，派许钤身出使日本，派刘锡鸣出使德国。其二是赎回铁路，原来英国人在上海到吴淞口一线上擅自修筑铁路，时任两江总督的沈葆桢多次和英国理事馆协商此事，希望他们停止修建，而对方不曾答应；之后朝廷又派李鸿章和英国使臣威妥玛商议，最后决定用二十八万五千两白银将这一段铁路收回。英国人却立即停止继续修建，并将之前修好的那一段也拆毁了。这买卖，慈禧是注定亏本的。其三是选派学生出洋留学——从福建船政学堂中选出三十名学生，分别赴英、法两国学习制造和驾驶海船的技术。这些新政的手段并非慈禧强硬的政治手段，而仅仅是一些官员下请上行的政策，即便如此，这些新政能够执行，也算是慈禧“励精图治”了。
当然，派郭嵩焘、刘锡鸣这样的一些在外交场上身经百战的老将出马，与英、法等大国交好自然是她的夙愿，但这其中，慈禧有她自己的算盘。派左宗棠收复新疆是慈禧的决定，现如今，军饷毫无着落，慈禧只能拆了东墙补西墙，因为不管怎样，新疆是一定要收复的。于是，慈禧希望通过向外国借款，以补剿匪平叛之亏空。
实际上，大清朝的情况远比想象的要糟糕，这个时候面临的边疆危机可能是几千年来的中国都不曾遇见的，先是在云南腾越一带，发生了当地民众戕害英国翻译官马嘉理，英国人诬告说是署督岑毓英幕后指使，因此借机多方要挟，提出了很多无礼的条件。
朝廷派李鸿章去云南督办此案，李中堂在奏折中说得很明白：马嘉理从缅甸潜入云南，未曾和地方官打过交道，他被绑匪劫杀，和督署没有任何关系，何谈指使！
总理衙门根据李鸿章的复奏答复了英国大使威妥玛，但威妥玛还是不肯让步。李鸿章北上以后，到达烟台，与英国使臣会面，双方互不让步，僵持不下。经过一段时间的谈判磋商，朝廷权衡利弊之后，再一次忍气吞声，签订了《烟台条约》：中国将所谓“凶犯”正法，向英国赔款、道歉；允许英国人开辟印藏交通；开放宜昌、芜湖、温州、北海为通商口岸。这一次的忍气吞声是有原因的，清政府最怕的就是列强联手，腹背受敌，而这时的清廷正在全力以赴地补着另一个窟窿，那就是收复新疆。
18世纪上半叶，乌孜别克族的明格部在中亚费尔干纳盆地建立起一个封建汗国，名曰“浩罕”。同治四年，这个来自中亚的浩罕国将领阿古柏趁新疆发生民间反清起义的契机，率兵侵占了新疆。
阿古柏虽出身卑微，但是却有着超群的军事才能和领导才能，他先后侵占喀什噶尔、英吉沙尔、叶尔羌、和田、阿克苏、库车、乌什等城，于1867年宣布成立“哲德沙尔汗国”，意为“七城之国”。随后，阿古柏又用两年多时间，镇压当地群众的反抗，在朝廷之内排除异己，巩固自己的统治。
1868年，英国派遣特使与阿古柏会谈，承认了他独立于清朝之外的政权，第二年，阿古柏也派人赴印度会见英国总督，进一步争取英国的支持。这次会见为阿古柏争得了大批军火，英国政府还允许其在印度招募工匠，以便回喀什建立军工厂。
1870年，俄国也派人前往喀什会晤阿古柏，承认其独立。清政府这时最担心英、俄两国的结合，然而各个列强国之间本身就存在利益冲突，在这一时期，英国仍然是阿古柏的主要支持者，期望能够通过支援阿古柏将俄国的在华势力拦截在天山以北。
在得到大批先进装备后，阿古柏于1870年5月攻占了吐鲁番，切断了沟通北疆和河西走廊的联系，并收降了以白彦虎为首的陕甘回民起义军的残部。到1871年年底为止，阿古柏先后攻克了迪化、玛纳斯、鄯善等地，阿古柏所向披靡的架势令俄国忧心忡忡。
为阻止阿古柏进一步扩张，俄国恩威并施，出兵占领了伊犁，并于1872年，与阿古柏签订了《俄阿条约》。阿古柏为了获得俄国的支持，给予俄国控制区内贸易权，并同意俄国按2.5％收取关税。这样一来，清军除塔城、乌苏等少数据点外，已经全部从新疆消失，天山南北广大地区已经尽收阿古柏囊中。
阿古柏随即派遣阿吉托拉回访圣彼得堡，并访问奥斯曼帝国，使自己的政权在伊斯兰教法上获得了合法地位。之后，英国加大了对阿古柏的援助，维多利亚女王甚至亲笔致信阿古柏，与其修好。1874年2月2日，《英阿条约》签订，除了和《俄阿条约》类似的条款外，还规定双方互派“大使”，盘踞新疆的阿古柏显然已经将自己置于与清廷分庭抗礼的地位了。
实际上，新疆地处中亚东部，东北亚的西南，与中亚和印度接壤，是连接亚欧的要塞，河西走廊又是重要的交通要塞。英、俄两国都将新疆视为战略要地，势在必得，阿古柏成为他们争取和利用的对象，这是新疆危机的根源。俄国的介入使新疆的处境雪上加霜，危机重重。
在现在看来，维护自己国家主权和领土的完整是每一个国家统治阶级义不容辞的责任与义务，但在当时的中国，国家政权涣散、军政疲软，几次战争赔款已经将大清朝的元气耗得所剩无几，国家已经无力建设全面坚固的国防，只能集中力量解决燃眉之急。面对新疆发生的叛乱，朝廷也展开了一场大讨论，海防还是塞防？朝廷内部的两股势力开始了一场激烈的博弈。直隶总督兼北洋大臣李鸿章力主海防，他几乎将毕生的心血都倾注在为大清训练海军的事业上。他主张舍弃西北，将国防的重点放在东南沿海上，他说：“新疆不复，于肢体之元气无伤；海疆不防，则心腹之患愈棘。”
塞防派的主要代表是湖南巡抚王文韶，他注意到了虎踞亚欧大陆北部的沙皇俄国，沙俄野心勃勃，对我国的西北部早已觊觎，王巡抚苦口婆心地进言：“我师迟一步，则俄人进一步，我师迟一日，则俄人进一日。事机之急，莫此为甚！”
在这发生叛乱的紧要关头，他力主收复新疆：“目前之计，尚宜以全力注重西北。”陕甘总督左宗棠主张：“东则海防，西则塞防，二者并重。”他指出：不能扶起东边倒却西边，力主收复新疆。新疆占据了清朝版图的六分之一，一旦这样的一大块疆土从大清朝的版图之中挖掉，恐怕这千古的骂名就要由决策者慈禧一人来背了，左宗棠的意见终于令“中朝动色”。
慈禧权衡利弊之后，决定采纳左宗棠的意见。1875年，朝廷任命左宗棠为钦差大臣，督办新疆军务。时任陕甘总督的左宗棠当时已经年逾六旬，而且体弱多病。他曾在致湘军将领刘锦棠的信中说：“本拟收复河湟后，即乞病还湘。今既有此变，西顾正殷，断难遽萌退志，当与此虏周旋。”他曾立下誓言：“壮士长歌，不复以出塞为苦，老怀益壮，差堪告慰。”连当年前往哈密拜访并留住军营一个多月的德国人福克都说：“一月以来，觉爵相年已古稀，心犹少壮，经纶盖世，无非为国为民，忠正丹心，中西恐无其匹。”
左宗棠不顾自己年老多病，以国家民族利益为重，勇敢地担负起收复新疆的重任，1875年，在左宗棠的率领下，清军收复新疆之战开始。到1876年年底，阿古柏已经失去了北疆的所有领土。左宗棠在新疆可谓是一路顺风，先是平定了天山北麓，又乘胜追击，剿灭天山南麓的叛军，将白彦虎驱逐出境，仅仅几仗就将阿古柏逼人绝境，四面楚歌的阿古柏最终服毒自尽。
清朝最终保住了新疆。左宗棠死后，清政府赐谥号“文襄公”，后人也有评论说：“绝口不谈和议事，千秋唯有左文襄。”但是弱国的局面已经奠定，虽然保住了疆土，但清政府还是无力阻挡外国势力的入侵。英国和俄国先后在喀什开设了总领事馆，加强了对中国西部的渗透和争夺。
尽管历史上对慈禧的评价多为负面的，但不可否认的是，收复新疆的过程得到了慈禧的大力支持，也是她政治决策成功的一个范例。
因为千疮百孔的中国有太多窟窿需要补，而疲软的清政府根本做不到面面俱到，先补哪个窟窿就成为慈禧的难题，毕竟新疆领土广阔，慈禧不敢有一点闪失，于是派遣了久在西北的左宗棠前去收复，并在财力、物力和兵力方面极尽所能给予支持，这才促成了新疆的顺利收复。