光绪即位以后，朝政还算太平无事。军机大臣的构成也并没有明显的变化，只是辛酉政变之后的军机大臣桂良、沈兆霖、曹毓瑛在同治时就相继故去了，后来又补了几员，都做得不长久。到光绪元年，军机处共有五位大臣：恭亲王奕、武英殿大学士文祥、协办大学士宝鋆、协办大学士沈桂芬、工部尚书李鸿藻。
这五位军机大臣中，恭亲王奕算是核心人物，而大学士文祥是奕的主心骨。文祥是道光二十五年的进士，咸丰八年就在军机大臣的位上行走，第二年就被任命为军机大臣。他思想开放，做事沉稳，很多事情都能办得妥妥当当，连慈禧太后都称之为“股肱心膂之臣”。
光绪二年五月，在军机大臣位置上当了十九年差的文祥因病去世，这件事对奕和慈禧的打击很大，尤其是奕，文祥的离世对他来说，就相当于失去了左膀右臂。
逐渐地，宝鋆在军机处的作用慢慢凸显了出来，一些重要的决策和事端，宝鋆的意见对奕也十分重要。沈桂芬是道光二十七年的进士，同治三年的时候在山西担任巡抚，因为当值期间亲政廉洁、政绩突出，颇受朝廷的重视，于同治七年被命在军机大臣位上行走，紧接着又被升为户部左侍郎，后来又兼任总理各国事务衙门大臣，同治九年，沈桂芬升任兵部尚书，光绪三年又成为协办大学士。因为其办事能力强，笔头功夫好，颇受奕的信赖，慈禧也很器重他。
李鸿藻是咸丰二年的进士，在咸丰十一年的时候被任命为大阿哥的师傅，同治三年，与另外三位大臣被任命为同治帝的师傅。他也是慈禧太后较为信任的官员，同治五年，其母病逝，按照典制，他本应该回家为母丁忧，但是慈禧却说：“李鸿藻谆谆纳诲，皇帝乐从，诚不可离左右。”命他在守孝百日之后就回到皇帝身边继续授读，并要求他在军机处办事。
光绪六年，他兼任总理各国事务衙门大臣。李鸿藻的思想较为保守，不太能接受西方的思想和政策，与思想开明的沈桂芬很有分歧。王文韶是沈桂芬的门人，在进军机处之前担任湖南巡抚，他是咸丰二年的进士，从同治十一年开始担任湖南巡抚，历时九年，政绩卓著，口碑一直较好。光绪四年任军机大臣，署理兵部侍郎，第二年兼任总理各国事务衙门大臣。他为人正直，从不拉帮结派，对党派之争一直十分反感，也从不袒护他人。
担任军机大臣的这五个人，慈禧相对都比较满意，这五个人因为资质较老，凡事都能压得住阵势，能够最大限度地维持稳定，慈禧当然十分满意这种状态。
但在大臣之中，仍然有人不满意慈禧将光绪立嗣的决定。慈禧作出这个决定，本身就是考虑自己的想法，因此很担心大臣们揪住这个问题不放，可偏偏内阁侍读学士广安上了这样一个折子。原本这件事情已经被慈禧言辞激烈的回复压了下去，大臣们也不敢在说三道四了，可谁知四年之后，这件事情又被重新翻了出来。
光绪五年三月初五，吏部主事吴可读在随同吏部参加同治皇帝和嘉顺皇后的大葬祭礼时服毒自尽。吴可读自尽，还是因为四年前的立嗣问题。他在生前留下的密折里，说得很明白，将载湉立为咸丰帝之嗣，而非同治帝之嗣，实在是“一误再误”的事，他要求将来载湉生了儿子后，仍旧承继为同治之子，使“大统有归”。他用“尸谏”的方式向慈禧提出抗议，责备她破坏了清朝的祖制。
既然已经闹出了人命，慈禧自然不敢再严厉地斥责了。她要想出一个办法来为自己辩护，来证明自己与吴可读的死没有关系。她将吴可读遗留的密折公布给内阁大臣们看阅，并且一再申明，自己已经多次向吴可读解释过了，自己的决定和对其所谏之事的看法和回应。礼亲王世铎、大学士徐桐、翁同龢和潘祖荫等人上奏，表达了对吴可读尸谏案的看法，众臣认为，吴可读所谏的继承大统的方式有破坏祖制的嫌疑；还有人直接指出，吴可读以死劝谏，是精神不正常的结果。
时任国子监司业张之洞则认为，日后将光绪帝的新生儿立为同治帝之嗣，属于“将类建储”，是国法家法之大戒，实在不可行。这些大臣无论是真正出于对祖宗历法的考虑，还是希望自己“识时务者为俊杰”，都表达了对吴可读的斥责和对慈禧太后做法与态度的肯定和赞同，这让慈禧的底气顿时充足了不少。
她于四月十五降下懿旨，明确说明吴可读所谏的预定大统之法与本朝家法完全不合。虽然慈禧的措辞十分委婉，但是意思十分明确，吴可读以死劝谏完全是无理取闹，因此，他咎由自取，死有余辜。但慈禧还是将自己伪装成为一个十分仁义的领导者的角色，她称吴可读以死劝谏的行为是“孤忠可悯”，命人以五品官吏体恤原本是七品的吴可读。
慈禧就这样控制住了局面，并将舆论的偏向引向自己这一方。她不仅成功地避免了一场风波，而且还为日后确立光绪帝的继承人奠定了良好的基础，真可谓是一石二鸟之计。
第二次垂帘听政对于慈禧来说已经有了经验，她对于权力的掌控更加游刃有余。尤其是在东太后慈安死后，光绪皇帝尚且年幼，她成为了大清朝不折不扣的统治者。
在此后的十几年时间内，她肆意地沉浸在令自己享受不已的无上权势之中，带领着迷途中的清政府摸索着存活之路。