中国是一个发展中的农产品对外贸易大国，农产品对外贸易有着巨大的特殊性和复杂性，在制定农产品对外贸易保护政策时，必须充分考虑自己的国情，决不能够简单照搬发达国家的现成做法，特别是在国际环境和国内条件都在不断变化的情况下，更要认清形势、认真探索，充分利用各种有利条件，设计出既符合国际惯例又切实可行的政策体系。基于此，中国农产品对外贸易保护政策的设计应遵循以下基本原则：
一、市场机制原则
市场机制是一种适应社会化生产而有效配置资源的方式。它能够比较准确地提供社会供求信息，引导生产，从而使有限的经济资源得到更为合理地利用，减少不必要的损失和浪费；它能够通过竞争机制，促使每个微观经济主体努力改善经营，提高产品质量和运营效益。因而，市场机制在经济发展中具有不可替代的基础性作用，它应该在农产品对外贸易保护政策中得到充分的尊重和体现。但是，单纯的市场机制又存在着某些失灵，如外部性、公共物品、信息不完全等，这就要求政府提供特定的政策来弥补市场的缺陷。因此，农产品对外贸易保护作为一种政府干预经济行为，其核心是营造良好的农产品对外贸易宏观环境，而不是干预农产品对外贸易主体的微观生产行为，取代或否定市场配置资源的基础作用。在设计农产品对外贸易保护政策时，要坚持市场对资源配置起的基础性作用，鼓励市场平等竞争，同时要充分发挥政府的宏观调控功能，弥补市场的不足和缺陷。例如，通过加强农产品生产所需的基础设施建设、农业技术推广、信息公路建设等，弥补市场无法主动承担公共性、公益性社会职能；通过建立一种社会化的农产品对外贸易利益补偿机制，提高农产品对外贸易的经济效益，调动广大农民的生产积极性，实现对农业资源的高效利用，弥补在农产品竞争力逐步下降、比较利益低下的情况下，市场机制可能引起的农业资源利用不充分、甚至外流等缺陷。
二、WTO原则
世界经济发展的实践表明，实行必要的农产品对外贸易保护，不仅是世界上大多数国家的通行做法，而且也符合WTO的游戏规则。因此，我们这里的WTO原则不是指因为中国加入WTO后农产品对外贸易将朝向更加自由化的方向发展，从而完全放弃对农产品对外贸易的合理保护，而是指要在遵循和适应WTO规则的前提下，调整、完善现有的农产品对外贸易保护政策，从而尽可能维护农民利益，促进农业的发展。例如，我们在制定出任何有关进出口管理的法规和行政规章制度后，不仅只是在内部传达，也应该遵循WTO的透明度原则，通过各种途径将之公布于众，这将对实现农产品公平贸易和竞争起到十分重要的作用。
WTO原则还包括善用权利的含义。通过研究WTO《农业协议》等规则，我们发现WTO虽然倡导农产品对外贸易自由化，但是也为各成员国对本国农产品对外贸易进行保护留下了一定的政策空间，例如，WTO仍然允许其成员国保留一定的关税水平、允许进行适当的国内支持。因此，中国加入WTO后，在承担义务的同时，更要学会用好、用足WTO所赋予其成员国的权利，设计好农产品对外贸易保护政策。
三、量力而行原则
农产品对外贸易保护政策，特别是农产品出口促进政策在一定程度上需要以政府雄厚的经济实力作为后盾。中国目前刚刚进入工业化中期阶段，受财力的限制，政府很难拿出大量的资金对农产品出口提供全面的服务，也无力对农产品生产进行全面补贴，因此对农产品对外贸易的保护只能是适度、渐进、有选择性的进行。在目前财力有限的情况下，政府应特别注意集中财力，把有限的资金用在影响农产品竞争力的关键环节和能迅速见效的环节上，如加大对诸如信息体系中的预警信息、农产品质量安全体系中的防疫、检测等环节的投入，以解决制约提升农产品比较优势的“瓶颈”问题。而且，政府应该着力调整农产品对外贸易保护政策的方向和结构，调减那些效率低下的政策措施，转用于具有更好效果的政策措施上，例如，政府应该将流通领域和出口环节的粮棉补贴调整为对农业生产和对农民收入的补贴。
四、效率原则
农产品对外贸易保护政策的效率原则可以从两个方面进行理解：一是指政府作为农产品对外贸易保护政策的制定者，政策的设计必须符合中国国情，在有限的WTO允许的保护空间下，获得最大的保护效果；二是指政府作为农产品对外贸易保护政策的执行者，政策的贯彻必须是高效率的，如划分各级政府的农产品对外贸易保护权责，加强农业财政资金的使用管理和监督工作，防止腐败和“寻租”现象的滋生。
五、可持续发展原则
优质的农业资源和良好的生态环境是发展农产品对外贸易、提高农业生产力的基础，它们一旦遭到破坏，再生和恢复需要漫长时间。新中国成立后，尽管多数地区农业发展基本呈现可持续发展态势，但整体资源形势仍然不容乐观：人口基数大而且仍在不断增加，人均土地与水资源日益减少；除沿海域、城郊外，农村经济总体上仍较落后，农村人口占70%，就业形势严峻，农民收入仍较低；资源环境压力巨大，水土流失、沙化、水域污染、水资源紧缺等。因此，今后中国的农产品对外贸易保护政策必须密切关注生态环境和自然资源的保护，将农业资源和生态环境保护列为农产品对外贸易保护政策的重要内容之一，以求得21世纪中国农村与农业的健康发展。
六、防御进攻结合原则
鉴于中国农产品对外贸易形势的严峻性和中国政府财力的有限性，中国政府在制定农产品对外贸易保护政策的时候必须做到防御进攻的结合。一方面，政府要制定符合WTO基本原则的进口限制政策，增强本国农产品的抗冲击能力，保护本国农业的生产能力，另一方面，政府要制定一系列有效的出口鼓励措施，提高本国农产品开拓国际市场的能力，扩大农产品的出口量，增加农民收入。