证券公司在高额利润的诱惑下，往往会铤而走险，置国家法规于不顾，由于证券公司的特殊性质，其违规行为产生的资金黑洞却常常需要公共资金来进行挽救。
4.5.1 证券经纪业务中的违规行为
经纪业务中的违法违规行为主要是挪用客户保证金，这种行为指接受客户委托的证券公司将客户买卖股票的资金用于非客户证券买卖的其他用途。客户保证金也称客户交易结算金，是客户用于买卖证券的交易结算资金。保证金的所有权属于客户，该资金的使用由客户自行决定。证券公司对客户保证金只是代为保管，只有临时的占有权，没有使用权和处分权。如果未经客户允许，动用客户保证金，是一种侵犯财产权的行为。证券公司从事自营活动，只能动用其自有资金或依法筹集的资金，而其未经客户许可擅自动用客户保证金，不仅侵犯了客户财产权，而且加大了证券经营机构的风险，给证券公司信誉带来不良影响，也给证券市场带来不稳定因素，是一种具有极大社会危害性的违法行为，监管部门通过采取第三方存管的措施予以禁止，现在已经基本杜绝。
此外，证券营业部为了争取客户资源，在明知客户资料不符合规定的情况下，仍然为其开设证券账户，为一些证券市场的操纵案件提供了方便，加大了案件的查处难度。
案例一：南方证券挪用客户保证金
挪用客户保证金
2004年中国证监会对南方证券有限公司涉嫌违反证券法规的行为进行了调查。截止2003年底，南方证券证券挪用客户保证金80亿元，案发后，南方证券被中国证监会行政接管，被挪用的80亿元客户保证金由央行再贷款进行补偿。
案例二：长江证券帐户管理违规
证券帐户管理违规
在杭萧钢构股价异常波动过程中，长江证券杭州建国中路营业部自2月12日至14日杭萧钢构成交额名列三个交易日累计买入金额之首。经调查，长江证券杭州建国中路营业部账户管理有如下不规范行为：新开不合格账户；在落实第三方存管过程中，将不合格账户上线，且对不合格账户不加交易限制；经交易所数次提醒仍未采取配合措施清理不合格账户，使违法违规活动有机可乘，利用不合格账户违规炒作杭萧钢构，对市场造成了恶劣影响。
4.5.2 承销业务中的违规行为
证券公司承销业务中的违规行为包括没有勤勉尽职、协助发行人进行虚假包装、不正当竞争等行为。
4.5.3 其他证券业务经营中的违规行为
从违法犯罪主体来看，证券经营机构92.5%的违法犯罪行为都发生在交易市场，其中主要有内幕交易和操纵证券市场两种。内幕交易是指证券交易内幕信息的知情人员或者非法获取证券交易内幕信息的人员，在涉及证券的发行、交易或者其他对证券的价格有重大影响的信息尚未公开前，买入或者卖出该证券，或者泄露该信息的行为。由于内幕交易行为违背了证券市场公平原则，直接影响到投资者的信心和证券市场的稳定，我国将内幕交易行为列入违法违规行为而予以严厉打击。
操纵证券市场是指操纵证券交易价格，获取不正当利益或者转嫁风险，情节严重的行为。具体有三类情形：1、单独或者合谋，集中资金优势、持股优势或者利用信息优势，联合或者连续买卖，操纵证券交易价格；2、与他人串通，以事先约定的时间、价格和方式相互进行证券交易或者相互买卖并不持有的证券，影响证券交易价格或者证券交易量的；3、以自己为交易对象，进行不转回证券所有权的自买自卖，影响证券交易价格或者证券交易量的。
广发证券自2006年初筹划借壳上市。当年6月5日，S延边路发布公告称，其与广发证券正就借壳进行接触。然而延边公路股价在此公告发布前，已出现了11个涨停板。9月26日，借壳上市方案公布，10月11日复牌后又连拉三个涨停，随后，中国证监会对此立案调查。7月19日，公安机关对涉嫌内幕交易、泄露内幕信息犯罪的董正青等人执行逮捕。
案例二：上海证券涉嫌内幕交易
内幕交易
上海证券有限责任公司名列普洛康裕前十名无限售条件股东的榜首和前十大股东第四名；同时上海证券医药行业研究员彭蕴亮发表了关于普洛康裕的多篇研究报告。由于上海证券研究所和自营投资部门违反“证券公司防火墙制度”，涉嫌内幕交易而被处罚。
案例三：浙江证券操纵钱江生化
操纵市场
浙江证券自1998年12月起，利用56个股票账户（1个机构账户、2个自营账户、53个个人账户）大量买卖“钱江生化”股票。同时，还通过其控制的不同股东账户，以自己为交易对象，进行不转移所有权的自买自卖，影响证券交易价格和交易量，获利4233.18万元，涉嫌操纵股票价格。
案例四：申银万国证券操纵陆家嘴
操纵市场
申银万国于1996年9月8日至14日的4个交易日连续买入陆家嘴股票超过300万股，买入的日成交量超过该只股票日成交总量的80%。此后，申银万国从10月17日至23日的5个交易日中，又连续抛出陆家嘴股票，其中17日、21日和22日每日的卖出量超过该只股票日成交量的50%，17日达到60%；24日和25日连续以平均47.04元至47.72元的价格，分别买进292.9万股和258.2万股，分别占该只股票当日成交总量的77%和87%；28日至31日又连续抛出。在这一阶段内，申银万国累计买进陆家嘴股票2684.5万股，卖出1387.7万股；从10月3日起，申银万国不但持股量一直高于市场成交量，而且仍在持续大量买入。申银万国通过集中巨额资金大量买卖陆家嘴股票，非法获利达2343.8万元。调查中还发现，申银万国曾连续数日以自己控制的不同账户对陆家嘴股票作价格、数量相近，方向相反的交易，以造成交易活跃的假象。
案例五：联合证券分析师宋华峰涉嫌虚假陈述操纵市场
虚假陈述
宋华峰以联合证券名义连续四次发布广济药业（000952）的投资分析报告，在报告中，分析师宋华峰指称该公司是牛市里面攻守兼备的好品种，给予“增持”评级。然而，按照广济药业的澄清公告，分析报告存在销售收入虚高；在测算该公司收益过于乐观，引用公司财务数据错误等问题；经深圳证监局调查，发现宋华峰直接参与了广济药业股票的交易，因此获利12万元。
案例六：世纪证券风险控制指标违规
风险控制指标违规
由于世纪证券净资本等风险控制指标不符合有关规定，并未能按照法律法规的规定和证监会的监管要求按期完成全部整改工作，证监会于2007 年撤销世纪证券有限责任公司证券自营业务许可、证券资产管理业务许可，同时继续暂停其承销业务，暂停受理、批准其新业务，暂停批准其营业性分支机构的迁移。