1859年，达尔文在他的《物种起源》一书中小心地避免把进化的含义引申到人类。在该书以后的版本中，他含蓄地加了一句：“人类的起源和历史，也将由此得到许多启示。”随后在1871年出版的另一本书《人类的由来》中，他对这句话作了详细的阐述。在论述当时还是一个敏感的问题时，他有效地建立了人类学理论结构中的两个支柱：首先必须是人类在哪里最早出现（最初很少有人相信，但他是正确的），其次是有关人类进化的方式。达尔文的人类进化方式的论点，长期统治着人类学这门学科，直到最近几年才被证明是错误的。
达尔文说，人类诞生地是非洲，他的理由很简单：
“在世界上每一个大的区域里，现存的哺乳动物都与在同一区域产生出来的物种关系密切。非洲现在生存有大猩猩和黑猩猩两种猿。因此，非洲过去可能生存有与它们密切相关的绝灭的猿类；而现存的两种非洲猿是人类最近的亲属，因而我们早期的祖先更可能是生活在非洲，而不是其他地方。”
人类学家们极不喜欢达尔文的观点，只是因为人们以殖民主义的蔑视眼光来看待热带非洲：黑暗大陆怎能是如此高贵的智人起源的地方。在世纪交替之际，在欧洲和亚洲发现了更多的人类化石，人类起源非洲的观点因而受到更大的蔑视。这种观念流行了几十年。由于近年来在非洲大陆发现了大量的早期人类化石，现在如果再有人类学家带有蔑视非洲的强烈情绪，那就显得有点儿离奇了。这一事件提醒我们，科学家们常常不仅被理智也同样被感情所引导。
达尔文在《人类的由来》一书中提出的另一重要结论是人类的重要特征是：两足行走，技能和扩大的脑是协调地产生的，他写道：“如果人的手和臂解放出来，脚更稳固地站立，这对人类是有利的话，那么有理由相信，人类的祖先愈来愈多地两足直立行走对他们更加有利。如果手和臂只是习惯地用来支持整个体重或者特别适合于攀树，那么手和臂就不能变得足够完善以制造武器或有目的地投掷石块和矛。”
达尔文论证，这些使用武器、两足行走的动物扩大了紧密的社会交往，这就要求有更高的才智。我们祖先愈聪明，他们的技术和社会就愈复杂，这反过来又要求有更高的智慧，如此等等。每一性状的进化都反馈至其他的性状。这种互相联系的进化理论为人类起源提供了一幅很清晰的图景，从而成为人类学这门科学发展的核心。
根据这幅图景，人类物种起源时不只是一种两足行走的猿，他已经具有了智人的若干性状。这种思想有着非常强的说服力，以致人类学家们能够在很长时期内围绕它形成有说服力的假说。但是这幅图景并不科学，如果从猿到人的进化分化既是突发的，又是遥远的，那么，在我们与自然界之间就存在着很大的一段距离。这种观点对深信智人是一种根本上特殊生物的人来说，可能是一种安慰。
这种理论在达尔文在世时的科学家中是很普遍的，它一直延展到20世纪中叶。例如，19世纪英国的博物学家，曾与达尔文各自独立地创建了自然选择学说的艾尔弗雷德·拉塞尔·华莱士（Alfred Russel Wallace），便回避了将这种理论用于我们最珍视的人性的许多方面。他认为人太聪明了，太精明了，太老练了，以致不可能只是自然选择的产物。他的理由是原始的狩猎采集者对这些品质没有生物学上的需求，所以不可能起源于自然选择，他觉得使人变得如此的特殊，必然有超自然的干预。华莱士对自然选择力量缺乏信心，这大大地挫伤了达尔文。
苏格兰的古生物学家罗伯特·布鲁姆（RobrertBroom），30年代和40年代在南非开创性的工作，有助于非洲是人类摇篮观点的确立。他也对人类的特殊性表示了鲜明的观点，他相信智人是进化的最终产物，自然界的其他一切都是为了他的安逸而被塑造的。他和华莱士一样，寻求我们物种起源的超自然力量。
科学家们，像华莱士和布鲁姆，在两种相反的力量中挣扎着，一方面是理智，另一方面是情感。他们接受智人是自然界通过进化过程而最终产生的事实，可是他们又相信人类的基本灵性精神或超自然的本质，从而引导他们去构建维持人类特殊性的对进化的解释。1871年达尔文提出的描述人类起源中人类各特征协同产生的“一揽子”论点，为他们的解释提供了合理性。虽然达尔文并没有援引超自然的干预，但他的进化图景使人类在刚刚开始时便明显地不同于一般的猿类。
达尔文论点的影响力一直保持到10多年前，是引起关于人类最初在何时出现的一次大辩论的重要缘由。这次大辩论既体现了达尔文的联系进化假说的魅力，也标志着它对人类学思想统治的终结。
1961年，当时在耶鲁大学的埃尔温·西蒙斯发表了一篇标志性的科学论文，他宣布一种称为腊玛古猿的小的似猿动物是已知最早的人科成员物种。那时已知的腊玛古猿的化石遗骸只是一块上颌骨的部分破片，是1932年耶鲁大学的一位青年研究人员爱德华·刘易斯（G。Edward Lewis）在印度发现的。西蒙斯发现它的颊齿（前臼齿和臼齿）有些像人的颊齿，牙齿的咬合面平整，不像猿那样尖锐。他又发现它的犬齿比猿的较短而且钝。西蒙斯还宣称重建这个不完全的上颌骨得出的形状像人的上颌骨，就是齿弓向后稍稍张开，而不是现存猿类的“U”字形。
这时，从剑桥大学来的一位英国人类学家戴维·皮尔比姆到耶鲁大学参加西蒙斯的工作，他俩共同描述了这些假定是似人的腊玛古猿颌骨的解剖性状，然而他们还作了比解剖学更进一步的推论，仅仅凭借颌骨破片便提出腊玛古猿是两足直立行走、进行狩猎和生活在一个复杂的社会环境里的。他们的推理与达尔文的相似：根据假定的一种人科性状（齿形）的存在，便意味着其他所有人类特征的存在。因此，最早的人科物种被看作是一种有文化的动物，也就是认为他是现代人的一种原始的变体，而不是一种没有文化的猿。
发现最早的腊玛古猿的沉积物是古老的，一如随后在亚洲和非洲发现的古猿的沉积物。因而西蒙斯和皮尔比姆得出结论，最初的人出现于距今至少1500万年前，可能是3000万年前，这种观点被极大多数人类学家所接受。而且，这种人类起源时间如此远古的信念，使人类与自然界之间的距离能让人乐意接受，这是受到许多人的欢迎的。
20世纪60年代后期，伯克利加利福尼亚大学的两位生物化学家阿伦·威尔逊（Allan Wilso）和文森特·萨里奇（Vincent Sarich）不是研究化石，而是通过比较现在的人和非洲猿类的某种血液蛋白的结构，得出了有关最初的人何时起源的完全不同的结论。他们的工作是确定人和猿的蛋白质结构上差别的程度。由于突变的结果，这种差别应随时间而增加，由此可以计算其速率。人和猿的物种分离的时间愈久，则突变积累的次数愈多。威尔逊和萨里奇计算了突变的速率，因而他们能用他们血液蛋白资料作为一种分子钟。
根据这种分子钟，最早的人类物种的出现，距今大约500万年前。这一发现，与流行的人类学理论，即最早的人类物种出现在1500万～3000万年前有着极大的差别。威尔逊和萨里奇的资料还表明，人、黑猩猩和大猩猩的血液蛋白互相的差别程度是相等的，换言之，500万年前的某种进化事件使一个共同祖先同时分开向3个不同的方向发展，这种发展不仅使一个共同的祖先进化到现代人，也进化到现代的黑猩猩和现代的大猩猩。这种观点和大多数人类学家的观点不同。按照传统的认识，黑猩猩与大猩猩的关系最为密切，而与人的距离较大。如果分子资料的解释是正确的话，那么人类学家们就得承认人与猿之间的生物学关系远比大多数人相信的要密切得多。
一场全面的争论爆发了，人类学家和生物化学家用最激烈的言辞互相批评对方专业方面的技术问题。威尔逊和萨里奇的结论受到批评，除了其他几点外，许多人认为他们的生物钟是离奇的，因而不能依此而得出过去进化事件的正确年代。威尔逊和萨里奇则指出，人类学家过分重视根据小的破碎的解剖性状而作出的解释，从而产生不牢固的结论。
激烈的争论持续了10多年，其间分子的证据愈来愈多，除威尔逊和萨里奇外，还有其他的独立研究者，这些新资料中的大部分支持威尔逊和萨里奇原先的论点。这些证据的分量开始使人类学家的观点发生转变，但转变得很缓慢。最后在80年代初期，皮尔比姆和他的小组在巴基斯坦，英国伦敦自然博物馆的彼得·安德鲁斯（Peter Andrews）和他的同事在土耳其发现了类似腊玛古猿化石但却比腊玛古猿化石完整得多的标本。这个问题终于迎刃而解。
原先的腊玛古猿化石在某些方面确实是像人的，但这个物种不是人。根据非常零碎的化石证据来推断其与人进化上的联系的工作远比许多人想象的要困难得多，其中存在着很容易使人坠入的陷阱，西蒙斯和皮尔比姆被诱坠入其中的原因之一，就是解剖上的相似，并不一定隐含着进化上的相关性。巴基斯坦和土耳其发现的那些更为完整的标本显示那种假定的似人的性状是表面的。腊玛古猿的颌骨呈V字形，不是弧形；这种性状以及其他性状表示它是一种原始的猿（现代猿的颌骨呈U字形），腊玛古猿生存在树丛中，像它以后的亲属猩猩那样，而不是两足的猿，更不是原始的狩猎一采集者。甚至最顽固地相信腊玛古猿是人的人类学家们也被新的证据所说服，承认他们是错误的，而威尔逊和萨里奇是正确的。两足行走的猿中的最早的物种即人的系统（人科）的创始者，是起源于相对较近的，而不是远古的时期。
虽然威尔逊和萨里奇在最初的著作中提出这个事件发生在500万年前，现今的分子证据较为一致地把它推前至距今700万年，位这并不表明原先提出的人与非洲猿类的生物学上的密切关系有所改变，要改变的话，是其关系比原先设想的更为密切。虽然有些遗传学家相信分子资料仍然表明人、黑猩猩和大猩猩是相等的3分关系，但另一些人则有不同的看法，他们认为人与黑猩猩最为密切，而大猩猩则与他们有较大的进化距离。
这个腊玛古猿事件在两方面改变了人类学，一是用实例显示根据共同的解剖性状来推断共同的进化关系是极其危险的：二是暴露了盲目信奉达尔文“一揽子”论点是愚蠢的。西蒙斯和皮尔比姆根据犬齿的形状，推想出腊玛古猿的整个生活方式，即有一个人类性状存在，其他一切性状就都假定其存在。由于腊玛古猿的人科地位被否定了，人类学家们开始对达尔文的“一揽子”论点产生了动摇。