在成吉思汗的事业中，宗教是个严重而复杂的问题。成吉思汗在少年时代崇信萨满教，然而随着其阅历的丰富，地位的巩固，逐渐对宗教产生新的认识，制定了对各种宗教“兼容并包”的政策。这一宗教政策在一定程度上减少了被征服者的反抗，对蒙古贵族的得天下和治天下都起到不小的作用。
蒙古人的宗教是萨满教，“萨满”，蒙古语“布克”的意思，据说是掌管神与人的关系，传达神的意志，根除病症的很原始的东西。在蒙古草原，不论天还是神都叫“腾格里”，是最高的神。
游牧民族里，无论是贵族、属民还是奴隶都是按神的意志来行事，“无事不归于天”。因此。“长生天”、“永恒的天”、“永恒的天力”等语句经常挂在蒙古人的嘴边，一切都归于天命或神意的思想，使历代可汗在统治和领导部众等许多方面有了凭藉。其号令一出，便具有无比的号召力和不可抗拒性。无论是进行争战还是政策的推行，都如顺水行舟，可收到事半功倍的效果。后来，铁木真正是巧妙地运用了这一思想，才得以称汗，以至于建立起强大的游牧民族。
“长生天”的古老信仰成就了成吉思汗
成吉思汗，本名铁木真，1162（一说1167）年生于蒙古一个贵族家中。他父亲被塔塔儿人毒死后，铁木真随母亲和几个弟弟生活处境艰难，曾被其他部落俘虏。铁木真被迫依附势力强大的克烈部部主（脱里汗），并与另一蒙古部的首领（札木合）结拜为兄弟，在此二人帮助下，铁木真渐渐扩展势力，重建了以本家族为核心的统治集团。1187年至1189年间，铁木真自称由豁儿赤传达天命，被一些贵族拥立为乞颜可汗。1196年，铁木真和脱里汗共同出兵，帮助金朝讨伐塔塔儿，并打败了塔塔儿。铁木真的声望日高，势力渐大，引起脱里汗等人的疑惧，他们联合攻打铁木真，铁木真被打得大败，一度从者仅剩十余人。不久由于敌手内部纷争，铁木真又反败为胜，相继攻灭了几个部落。
1206年（宋开禧二年），铁木真完成了统一蒙古高原的事业，在斡难河源召开贵族大会，又借通天巫阔阔出之神托，即大汗位，建大蒙古国，号成吉思汗。成吉思一词有“海洋”、“有力”、“天赐”、“伟大”等诸多不同说法。
在蒙古人自己的思想体系中，至高无上的权力由天神即游牧部落的主神长生天授予一位地上首领。作为天神选定的代表，成吉思汗受到长生天的保护和扶植，而长生天保证成吉思汗军事与政治冒险的永久成功。
政策开明，力求宗教信仰和平相处
成吉思汗晚年，在攻伐中亚、西亚的途中，年老力衰，又深知完成统一大业重任的艰巨，因此，在得知丘处机有“长生”、“治国”之道后，邀请丘处机指点迷津。丘处机在西域的兴都库什山拜谒成吉思汗时，“以敬天爱民为本”、“以清心寡欲为要”的思想，回答了成吉思汗的询问。从此，成吉思汗将“敬天爱民”的思想与“天力论”结合起来，并训诫子孙严格遵循。
成吉思汗在经略中原、中亚、西亚的过程中，遇到了中原崇尚的儒家文化及信仰佛教、道教等民族，中亚、西亚、南亚信仰伊斯兰教、犹太教、也里可温教等民族，欧洲信仰基督教、天主教等民族。成吉思汗意识到不同宗教文化对不同民族的精神作用，也认识到对这些不同民族宗教文化的宽容和开放，是实行其统一大业不可忽视的基础。因此，他推行开放宽容的宗教政策，兼容并蓄，对佛教、道教、也里可温教等实行免税政策，起到了安抚民心、选拔人才、推进统一的作用。
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成吉思汗射飞鹰
一次成吉思汗在打猎的时候，口渴难耐。正好附近有一洼山泉，他走过去捧起水就喝，正在这时候，突然一只老鹰疾飞而至，成吉思汗虚惊一场，山泉泼得满地都是。喝水的“渴望”被干扰，成吉思汗勃然大怒，抽出腰间的羽箭射杀飞鹰，飞鹰中箭跌落在山顶。成吉思汗爬上山顶，发现飞鹰已经被羽箭穿胸而毙，而死鹰陈尸的山泉水源旁，有条被鹰啄死的大毒蛇。
成吉思汗恍然大悟：原来飞鹰救了我一命，正因为它刚才屡屡打翻我捧着的水，才使我没有喝下被毒蛇污染了的水。