1991年3月31日，南斯拉夫克罗地亚共和国境内的普利特维采湖畔，突然响起激烈的枪声，克罗地亚共和国特种部队与当地塞尔维亚族警察发生交火。从此，南斯拉夫失去了平静。
6月25日，克罗地亚共和国、斯洛文尼亚共和国的电台、电视台同时宣布两国脱离南斯拉夫。当晚，两国分别举行庆祝活动，欢呼独立。南斯拉夫走上分裂和内战之路。
南斯拉夫联邦位于巴尔干半岛南部，地处欧亚非三大洲的交通要道，战略地位十分重要，素有“火药桶”之称。
1918年第一次世界大战结束后，克罗地亚人、斯洛文尼亚人、塞尔维亚人宣布组成一个南部斯拉夫人的统一国家，即“塞尔维亚—克罗地亚—斯洛文尼亚王国”，后改称“南斯拉夫王国”。由于塞尔维亚统治者推行大民族主义政策，欺压弱小民族，国内民族矛盾尖锐，尤其是克、塞两族的矛盾突出。
第二次世界大战中，南斯拉夫被德国和意大利瓜分，德国还扶植了傀儡政权“克罗地亚独立国”。南斯拉夫人民在铁托领导下，进行了不屈不挠的斗争，最终取得反法西斯战争的胜利，在第二次世界大战结束后建立“南斯拉夫联邦人民共和国”（后改称“南斯拉夫社会主义联邦共和国”），由塞尔维亚、克罗地亚、斯洛文尼亚、波黑、马其顿和黑山6个共和国组成。
南斯拉夫联邦共有24个民族，其中6个主体民族（塞尔维亚、克罗地亚、斯洛文尼亚、黑山、马其顿和穆斯林）占全国人口总数的80%。塞尔维亚族人口最多，但任何一个民族都不占绝对多数。虽然6个共和国大体上是按民族划分，民族混居现象仍然突出，如塞尔维亚共和国境内约生活着20万克族人，克罗地亚共和国境内生活着约60万塞族人。不同的民族信仰不同的宗教，南斯拉夫国内共有东正教、天主教、新教、伊斯兰教4种宗教信仰。
各共和国的经济发展水平也有很大差别，斯洛文尼亚、克罗地亚和塞尔维亚比较发达，而其他3个共和国则较为落后。这一切造成南斯拉夫民族关系十分复杂。
铁托执政期间，推行民族平等和民族团结政策，使南斯拉夫各族维持了40年的相安无事。铁托本人为克罗地亚族，他对塞尔维亚族的大民族主义始终保持警惕，将塞尔维亚共和国的部分领土划归克罗地亚，扩大塞尔维亚境内科索沃和伏伊伏丁那两个自治省的权力，使塞族人极为不满。
在联邦体制上，联邦主席由6个共和国和2个自治省推举各自的代表，轮流担任。联邦重大事务必须由各共和国协商一致才能作出决议。各共和国拥有否决权，只要某一个共和国不同意，就不能作出任何决议。各共和国常常从本民族的利益出发，在许多问题上无法达成一致，各共和国也就各自为政。这样反而助长了地方民族主义势力。
1980年，铁托逝世，南斯拉夫潜在的民族矛盾逐渐表面化。1989年，随着东欧各国的剧变，南斯拉夫走上了分裂道路。
1990年1月，南斯拉夫共产主义者联盟召开第14次代表大会，各共和国代表对党和国家的前途提出不同看法，争论激烈。斯洛文尼亚代表中途宣布退出大会，随后又宣布斯洛文尼亚共产党脱离南共联盟独立。此后，各共和国共产党纷纷改名为“社会党”或“社会民主党”，南斯拉夫共产党瓦解了。
同年，6个共和国相继举行多党制选举，结果除塞尔维亚和黑山为社会党赢得大选外，其余4个共和国均为反对党获胜。
斯洛文尼亚1990年4月举行大选后，新政府提出将南斯拉夫联邦建成松散的主权国家联合体，议会还通过决议，删除国名中的“社会主义”。12月举行全民公决，86%的投票人同意斯洛文尼亚独立。
克罗地亚1990年5月大选后，恢复二战时期的“克罗地亚独立国”国旗和国徽。同年年底，议会通过新宪法，宣布克罗地亚是主权国家，有权决定是否从南斯拉夫分离出去。1991年5月19日，克罗地亚举行全民公决，94%的投票人主张独立。5月29日，克罗地亚总统图季曼宣布克罗地亚不再属于南斯拉夫联邦。同时，克罗地亚建立了自己的军队。
在做好独立的各项必要准备工作后，1991年6月25日，斯洛文尼亚和克罗地亚同时宣布脱离南斯拉夫独立。
6月27日，南斯拉夫人民军与斯洛文尼亚武装部队发生冲突，战斗持续了10余天，并不断升级。在欧共体的多次调停下，双方达成停火协议。
当克罗地亚宣布自己是主权国家时，境内的60万塞尔维亚族人纷纷要求脱离克罗地亚，与塞尔维亚共和国合并。塞尔维亚共和国也表示，克罗地亚境内的塞尔维亚族聚居区必须留在南斯拉夫。
塞尔维亚族聚居区占克罗地亚领土的三分之一，克罗地亚当然不能允许其分离出去。1991年3月，克罗地亚境内克、塞两族发生冲突，7月下旬引发全面内战，南斯拉夫人民军也卷入战斗。硝烟在克罗地亚四处弥漫，许多城镇被夷为平地，人员和财产损失惨重。11月23日，他们才在联合国斡旋下达成停火协定。
1991年11月，马其顿共和国宣布独立。12月，德国率先承认斯洛文尼亚和克罗地亚。1992年1月，欧共体宣布承认克、塞两国独立。3月，波黑共和国宣布独立。4月，塞尔维亚和黑山共和国宣布组成“南斯拉夫联盟共和国”。
南斯拉夫一分为五，统一的南斯拉夫在世界地图上消失了，随之而来的是更大规模的民族冲突。
波黑共和国境内，穆斯林约占44%、塞尔维亚族占32%、克罗地亚族占17%。穆族、克族赞成波黑独立，塞族则反对独立。塞族人表示如果波黑独立，塞族将退出波黑，与塞尔维亚共和国合并。
1992年3月1日，一对塞族新人欢欢喜喜地在萨拉热窝的教堂举行婚礼，突然遭到枪击，新郎的父亲和一些亲友被杀害。与此同时，波黑在塞族人抵制参加的全民公决中，大部分投票人同意波黑独立。波黑的局势骤然恶化。
3月3日，波黑政府宣布独立。当天，塞族民兵便与警察发生冲突，造成人员伤亡。4月6日，欧共体承认波黑独立，波黑塞族愤而宣布成立塞尔维亚共和国，并留在南斯拉夫联邦内。第二天，塞族武装开始在波黑全境抢夺重要城镇，波黑内战全面爆发。
波黑塞族得到南联盟的支持，克族得到克罗地亚共和国的支持，穆族则得到国际伊斯兰世界的支持。以塞族为一方，克、穆族为一方，三个民族在波黑5万平方公里的土地上展开血腥厮杀，持续近4年之久。
战争之初，塞族军队取得优势，很快控制波黑70%的土地。国际社会不断进行调解，但波黑三族从各自利益出发，对国际社会提出的版图划分方案始终不能认同。1993年，欧美大国双管齐下，一方面采取政治孤立、经济封锁等手段，对南联盟施压，逼迫塞族在和平方案上签字。另一方面，北约军队开始实施军事干涉。但波黑塞族不为所动，各方冲突愈演愈烈，不时发生骇人听闻的种族屠杀事件。
1995年，北约加大军事干预力度，不断空袭波黑塞族阵地。8月30日，北约对塞族目标进行了为期15天的空中打击，塞族丧师失地，实力大为削弱。10月，波黑三方达成全面停火协议。
1995年11月1日，南联盟、克罗地亚、波黑三国的领导人，在美国代顿进行谈判。11月21日，三方草签了波黑和平协议。12月14日，三国领导人在法国巴黎正式签署《波黑和平协议》，波黑内战正式结束。
波黑内战是二战之后欧洲最大的一场战争，造成波黑25万人死亡，200万人流离失所。波黑的交通、通讯、水电等基础设施完全被毁坏，大量的村镇被摧毁，直接经济损失超过1000亿美元。