赏罚分明，任人唯贤
刘备去世后，诸葛亮临危受命，他面对的是一个经济破败的国家。夷陵大败后，蜀汉势力明显受挫，蜀国的一些强权地主也借机兴兵叛变，云贵地区的“南蛮”更是跃跃欲试，想要侵犯蜀地。而在关中的曹魏势力积蓄了大量兵马，内部安定的孙权势力也极有可能逆江西上。蜀汉这个三国中实力最弱的政权危机四伏，处于风雨飘摇之中。
面对这一切，诸葛亮忧心忡忡，却镇静自若。他自辅佐朝政以来，就把“法治”作为管理国家的关键。为了巩固朝政，诸葛亮还相继公布了一系列成文的法规，如《科令》《蜀科》等。他素来赏罚严明，非常重视选拔廉吏，力争从源头上避免“赏罚不明，无功得赏，权贵免责”等现象的出现。
诸葛亮对待豪强的政策，主要是赏罚分明，用罚限制他们的为恶，用赏来给他们开辟政治上的出路。只要他们肯忠心地为蜀汉政权服务，便可以获得官爵禄位。因此诸葛亮的法治政策，不但收到了限制豪强的效果，也取得了利用豪强的成绩。同时也使蜀汉在政治上呈现了某种程度的清明。陈寿称诸葛亮之治蜀：“科教严明，赏罚必信。无恶不惩，无善不显。至于吏不容奸，人怀自厉。道不拾遗，强不侵弱，风化肃然也。”
刘璋时代，对益州地方豪强无法控制，只得纵容。诸葛亮辅政，则厉行法治，他说：“刘璋暗弱，自焉以来，有累世之恩，文法羁縻，互相承奉，德政不举，威刑不肃，蜀土人士，专权自恣，君臣之道，渐以陵替。宠之以位，位极则残；顺之以恩，恩竭则礼慢，所以致弊，实由于此。今吾威之以法，法行则知恩；限之以爵，爵加则知荣；荣恩并济，上下有节。为治之要，于斯而著。”
诸葛亮所施行的裁减官职、简化机构的措施，对于减轻人民的负担来说，也有些好处。
诸葛亮治蜀是刑法和德化并用。他能够以身作则，他的品质作风同他的能力一样受到人们的尊重和敬仰。
除了以法律治理蜀地外，诸葛亮也建议皇帝广开言路，积极听取文武百官的提议和忠言。在处理军政大事时，诸葛亮也十分注重采纳各位大臣的建议。首次北伐惨败而后，他特意写了一篇文章，名叫《劝将士勤攻己阙教》。在这篇文章中，他首先指出是由于自己部署不对而导致了失败，并希望所有的将士都能够随时指出自己的毛病和过失，这样才能“集思广益”。人们很敬佩他这种虚怀若谷、严于律己的品行。
此外，诸葛亮主张兴修水利，鼓励发展农业、商业。这些举措使得原本亏空的国库逐渐充实起来。由于诸葛亮品德和才能俱佳，因此治理蜀国成效卓著，使得蜀汉在很长一段时间里呈现出朝政稳固、社会安定的局面。
诸葛亮的用人，还是以其本人及蜀汉政权为中心，而不容许部下有结党成派之事。土著地主在本地总是容易养成党派势力，为此，诸葛亮对土著地主虽注意擢用，但对他本人的继承者始终只从外来地主中培养。不仅籍隶荆楚的蒋琬、费祎因他的授意而相继辅政，就是降将兖州人姜维，也因为受到他的培植而成为蜀汉政权的最后支撑者。这一方面因他们有相当的才干，同时也因他们是外来人，在益州没有什么亲党关系的缘故。不过，诸葛亮对益州土著地主的团结和重用，还是超过了以前的统治者。从两汉以来，在政治上一直受着歧视的益州人，对于诸葛亮向他们开放政权是乐于拥护的。诸葛亮连年北伐，向益州征兵要粮，未见有土著地主的反对，在军事前线，还得到他们的积极参加，这是与诸葛亮笼络土著地主、缓和客主矛盾政策的成功分不开的。
蜀汉的政治，在诸葛亮的统治下，不但较刘璋时代大有起色，就是与同时的魏、吴两国相比较，也要好一些。正因为如此，所以吴臣张温使蜀回去以后，曾赞美蜀政，以至于引起了孙权的忌恨。当时魏国有才智的大臣刘晔、贾诩也说诸葛亮善治国。陈寿在《三国志·诸葛亮传》中反复称颂诸葛亮治蜀的政绩，说得好似尽善尽妥，而陈寿对魏、吴两国的统治者则未有若此称述。诸葛亮死后，蜀汉的人民思念他，几十年不曾稍减。可见诸葛亮之受人歌颂，在当时已经达到如此高度，若不是诸葛亮的政治措施能够符合人们的某些愿望和利益，岂能如此？
总之，诸葛亮德才兼备，其治蜀政绩是历史上罕见的。他的为政行事，对蜀国人民有一定程度的益处，有些地方还可供后世借鉴。所以我们说：诸葛亮确实是我国古代一位卓越的政治家。
联吴与南征
刘备死后，南中诸郡又皆反叛。诸葛亮为了让民休养生息，医治战败创伤，暂时撇开南中问题，首先从整顿内政和改善对吴关系着手。
诸葛亮始终是主张联吴的。他知道以弱小的蜀与强大的魏为敌，非先联吴不可。把吴国联络好以后，它纵然不能协同攻魏，蜀亦可无东顾之忧，而得全力对魏；魏则不能不以相当大的一部分兵力防吴。因此，诸葛亮于辅政之初，即派邓芝使吴，重申旧好。孙权这时还没有与魏断绝来往，迟迟不肯接见邓芝。邓芝给孙权上表说：“臣今来，亦欲为吴，非但为蜀也。”孙权才接见了他，谈话中仍以蜀弱魏强为虑。邓芝向孙权解释说：“吴蜀二国，四州之地，大王当世之英，诸葛亮亦一时之杰也。蜀有重险之固，吴有三江之阻，合此二长，共为唇齿，进可并兼天下，退可鼎足而立，此理之自然也。大王今若委质于魏，魏必上望大王之入朝，下求太子之内侍。若不从命，则奉辞伐叛，蜀必顺流，见可而进。如此，江南之地，非复大王之有也。”
孙权觉得邓芝的话确实有道理，于是便与魏断绝关系，与蜀联合。从此蜀吴盟好，不但诸葛亮伐魏之师得以大举，就是终蜀之世，两国和好关系亦始终维持，说明诸葛亮的外交政策确实是正确的。
蜀汉南部的益州（郡城在今云南晋宁县东）、永昌（郡城在今云南保山市）、牂柯（郡城在今贵州福泉县）、越巂（郡城在今四川西昌市东南）四郡，自秦代以来，就是少数民族与汉族杂居之地。这里的人民因为不能忍受当地官府的榨取，经常进行反抗。当地的豪强和少数民族上层人物则趁机进行叛乱活动。刘备在时，益州大姓雍闿已经开始反蜀活动，杀益州太守正昂，继位太守张裔也被缚送到吴。雍闿接受孙权永昌太守的封号，并派郡人孟获煽动各族上层分子反蜀。牂柯太守朱褒、越巂叟帅高定一齐响应。诸葛亮因为蜀汉被吴击败不久，元气大伤；且刘备刚死，蜀人有些不安的情绪，故未用兵镇压。一方面派人到吴与孙权重新建立起盟好关系；一方面务农植谷，闭关息民。等到后主刘禅建兴三年（225年）三月，诸葛亮亲自率兵南征，参军马谡送之数十里，诸葛亮对马谡曰：“虽共谋之历年，今可更惠良规。”
于是马谡提出以下的建议：“南中恃其险远，不服久矣；虽今日破之，明日复反耳。今公方倾国北伐，以事强贼，彼知官势内虚，其叛亦速。若殄尽遗类，以除后患，既非仁者之情，且又不可仓卒也。夫用兵之道，攻心为上，攻城为下；心战为上，兵战为下。愿公服其心而已。”
马谡这种“攻心”的策略，正与诸葛亮素日对付少数民族的政策相合。远在隆中对策时，他即主张“西和诸戎，南抚夷越”，即对少数民族只采用温和的怀柔政策，而不专凭武力的强压。所以诸葛亮采纳了马谡的建议。这次南征，除杀掉高定、朱褒（雍闿先已被高定部属所杀）等几个首先反抗的首领以外，对其他的少数民族与汉族上层分子，可以降服的则尽量收用，以便通过他们来统治南中人民。“七擒孟获”就是其中一个显著的例子。
蜀汉的南部地区，包括今四川南部和云南、贵州，通称南中地区，当时这里居住着一些称之为“西南夷”的少数民族。
诸葛亮的军队到达益州郡时，叛军内部发生分裂，雍闿被杀，当地少数民族首领孟获代替雍闿为头领，继续与蜀军对抗。孟获勇猛顽强，在当地少数民族中威信很高。当蜀军即将与孟获交战时，诸葛亮突然下令，对孟获只能生擒，不许伤害。
这时，诸葛亮想起马谡的临别赠言，觉得这是施行“攻心”战术的一个良好时机，于是决心从孟获入手，改变南中地区过去经常叛乱的局面，治理好南中。果然，经过一场激战，孟获兵败被捉，事后诸葛亮让军队摆开阵势，让孟获观看，以便观察孟获的态度。诸葛亮一面陪着观看，一面故意问孟获：“你看，这样威严的军队你能打得赢吗？”孟获很不服气地说：“先前我不知虚实，所以被你用计打败。如果再有机会的话，我一定能够打败你们。”诸葛亮听了他的话，笑了笑，爽快地放他回去，让他整军再战。孟获回去后集合好部众，果然又来交战，结果又战败被捉。诸葛亮见他还不服气，又放走了他。如此一捉一放，前后七次。孟获逐渐认识到诸葛亮智谋高强，却并不存心与“夷人”为敌。他手下的“夷人”也逐渐弄明真相，不愿再打下去了。当最后诸葛亮又要放他走时，孟获心悦诚服地对他说：“公，天威也。南人不复反矣！”“七擒七纵”孟获的故事后来被广泛传播。此后，诸葛亮相继平定南中其他地方，一直打到南边的滇池。每平定一处，诸葛亮都保留原有少数民族的部落组织，留用原有的酋长，对一些有影响的少数民族上层人物，还授予高官。诸葛亮的军队纪律严明，禁止烧杀抢掠，注意搞好同当地少数民族的关系。这样，诸葛亮妥善地解决了蜀汉政权和南中地区的关系。
南中平定后，蜀汉的后顾之忧解除。诸葛亮于是集中力量，练兵习武，准备大举北伐。
挥泪斩马谡
平定南中后，吴蜀联盟也日趋巩固，这样蜀汉就没有了后顾之忧。精心准备多年后，后主刘禅建兴五上（227年）冬，诸葛亮率兵进军汉中，借此实施整个北伐战略。
诸葛亮占据祁山后，就打算接着攻打长安，他命一路兵马前去驻守街亭，以此作为据点。街亭是进出汉中的重要关卡，是兵家必争之地，在攻打长安一战中起着关键的作用。可让谁去驻守街亭呢？诸葛亮考虑再三，最终舍弃了那些经验丰富的老将，而将此事交给了参军马谡。
马谡通晓兵法典籍，平日里也喜好谈论兵家之法，为此诸葛亮常常叫他来与自己一起商议兵事。他很有见地，颇具谋略，因此一直很得诸葛亮的信赖。
刘备生前发觉马谡浮躁，不踏实，因此临死时曾特地嘱咐诸葛亮：“马谡夸夸其谈，难成大事，不要对他委以重任，要多加观察。”
可诸葛亮并没有太在意，这次他命马谡做前锋忽然想起了刘备说过的话，因此又封王平做了马谡的副将，还在临行前多次叮嘱马谡，让他加强守卫，坚守街亭。
马谡和王平带着兵马来到了街亭，正赶上张郃率魏兵从东方迎了过来。马谡察看了一下地势，就自作主张道：“这个地区地势险峻，街亭边上有座山，我们驻兵山上，伏击敌军。”王平劝告他要按照诸葛亮的嘱托部署作战计划，不可依山扎营，而应在街亭扎营固守。马谡没有作战经验，认为自己通晓兵法，因此根本听不进王平的劝诫，固执地扎营于山上，只分了一千人马给王平，命其扎营于附近山下。
此时，张郃带领十万兵马到了街亭。他见马谡弃守完好的城池而扎营于山上，内心暗暗高兴，并立即命属下兵将扎营于山下，包围马谡，让蜀军无法下山，更无法补充军粮。
马谡这时才慌了手脚，命将士冲下山去，以此突围。可张郃率魏军死守营地，蜀军多次突围未果，损兵折将，损失惨重。
没有了水源和军粮，蜀军逐渐失去了气势，军心动摇。张郃抓住时机，与蜀军展开激战。此时，蜀军早就没有了作战的意志，相继四散而逃，马谡无法阻挡蜀军溃逃，只得自己冲出重围，向西逃亡。
王平闻听马谡战败，就命将士竭力敲鼓，佯装出兵之势。张郃怕遭到蜀兵伏击，不敢靠近王平兵马。王平整队出发，从容不迫地向后撤兵，一千兵马完好无损，还沿途接纳了很多马谡部下的散兵。
但是蜀军失去了街亭，不但失去了进攻长安的战略据点，还打乱了原定的作战部署。为了避免更大的损失，诸葛亮决定将蜀兵全部撤回汉中。
返回汉中后，诸葛亮详细地审问了街亭被占的缘由，才知此事都是马谡之过，要不是他擅自做主，不按规定行事，自作主张更改了作战策略，街亭就不会被占。马谡也觉得是由于自己的错误指挥才使街亭被占。尽管诸葛亮和马谡的私交很深，可他不能因私情而违反法纪，坚决地把马谡投进了牢里，接着他又依照军法处死了马谡。
在此次战役中，王平尽力劝说马谡，在撤兵时又巧施计策保住了一千兵马，立下了大功，因此诸葛亮升王平为参军，命其统领五部人马。
之后，诸葛亮又奏请刘禅以自己用人不当、致使北伐未果为由降罪于自己，他还自请降职三级。此后，诸葛亮的职位是右将军，但仍处理丞相之事。
后来，蒋琬赶到营中参拜诸葛亮，并问道：“目前战事不断，天下动荡，正是急需将领之时，可您却把马谡这么有能力的人给杀了，您不惋惜吗？”诸葛亮叹道：“春秋时，孙武因军纪严格才屡获胜利。祁山一战，我军实力强于魏军，却惨败而回，这都是因为我用人不当。日后我们要更加谨慎，这样的错误绝不可再犯。”此后，诸葛亮就留驻汉中，并积极操练将士，整饬军队，其间他还储存军粮，等待时机再次北伐。
诸葛亮为了蜀国鞠躬尽瘁，可百密终有一疏，命马谡守街亭是他一生中难见的重大失误。
马谡清高自傲，不听取别人的意见，肆意妄为，不仅使得战事惨败，更让自己身败名裂。
陨落五丈原
蜀汉后主刘禅建兴十二年即魏明帝青龙二年（234年）春二月，诸葛亮第五次北伐。这次北伐，诸葛亮选择了运粮路线最短的斜谷，以魏延为前部，直指眉山，屯兵五丈原（今陕西省宝鸡市东、岐山县南，渭水南岸），与司马懿在渭水南岸对峙。诸葛亮为作长期打算，积极以木牛流马运粮，并在兰坑一带屯田，要在秦岭雨季到来前储备够足支两三个月的粮食，以待雨后的继续运输，企图常年与司马懿对峙，看看到底谁能拖过谁。由于事先在斜谷南口储运了大量粮食，又以木牛流马运输，所以五丈原上的蜀军军粮充盈。
魏大将军司马懿屯兵渭水南岸的马冢，与蜀汉丞相诸葛亮隔武功水对峙。司马懿最担心的是，诸葛亮沿渭水北岸由窄渐宽的平川向长安长驱直进，那样将迫使魏军必须在野外平地上进行会战。但诸葛亮用兵谨慎，不肯置运粮的后路于不顾，因此在渭水南岸的五丈原扎营。怯于会战的司马懿高兴地说：“亮若出武功，依山而东（武功以东无山，应为“亮若缘北山之南，东出武功，以向长安”）诚为可忧；若西上五丈原，诸将无事矣（但守垒而已）。”
雍州刺史郭淮认为五丈原对面渭水北岸的北原非常重要，向司马懿进言：“若亮跨渭登原，连兵北山，隔绝陇道，摇动民夷，此非国之利也。”司马懿觉得此言有理，遂遣郭淮督众进屯北原。诸葛亮见郭淮占据北原，后悔事先未能见及该地的重要性，遣大队人马渡渭水争北原，被郭淮击退。几天后，诸葛亮再度遣重兵渡渭水，兵锋指向西围。郭淮意识到蜀军并非真攻西围，而是声东击西，便以手头的兵力重点把守阳遂村营垒。当天夜间，蜀军果然猛攻阳遂营，因魏军已有准备，不能得手。由于北原在魏军手中，陇道畅通，诸葛亮屯兵五丈原，不过仅入魏地占一个据点，不能影响全局，好比围棋上的一着“单官”。
北原之战可以看出，诸葛亮、司马懿二人，在决机临阵方面，欠缺眼光。他们二人的统兵，仅限于宏观调度。
诸葛亮争夺北原不能成功，便寻求与司马懿进行主力会战。诸葛亮六出祁山之时，司马懿在上方谷固守不出，以逸待劳。诸葛亮派使臣送“女裙”激其出兵，但司马懿不为所动，反而问使臣：“你家丞相饭量如何？”使臣答道：“丞相食少事烦，每日饭量不足半斤。”司马懿听后大笑，告诉使臣：“请转告你家丞相，我每顿都吃一只鸡。”司马懿对诸葛亮可谓知根知底，知道诸葛亮的身体不能打“持久战”。后司马懿对将士说：“亮将死矣。”因为这次北伐，诸葛亮与往常不同，坐在行动极为不便的小车上，头戴葛巾，手持羽毛扇，一副病态，已被司马懿看在眼里。乘车表示弱不能驭马，纶巾掩饰身体不适，羽扇故作镇静。所以，司马懿向使者了解诸葛亮的日常起居，得知食少事烦，断定其人寿数已尽。
诸葛亮过于劳累，与他的工作作风有关。以前，主簿杨颐曾谏道：“为治有体，上下不可相侵。请为明公以作家譬之：今有人，使奴执耕稼，婢与饮炊，鸡主司晨，犬主吠盗，牛负重载，马涉远路；私业无旷，所求皆足，雍容高枕，饮食而已。忽一旦欲尽以身亲其役，不复付任，劳其体力，为此碎务，形疲神困，终无一成。岂其智之不如奴婢鸡狗哉？失为家主之法也。是故古人称‘坐而论道，谓之王公；作而行之，谓之士大夫。’故丙吉不问横道死人而忧牛喘，陈平不肯知钱谷之数，云‘自有主者’，彼诚达于位分之体也。今明公为治，乃躬自校簿书，流汗终日，不亦劳乎！”
然而，诸葛亮并未改变工作作风，依旧终日操劳。
司马懿苦于诸将屡屡请战，便向魏明帝上表请战。魏明帝深知司马懿的意思，遣卫将军辛毗持节为军师至马冢大营，严禁诸将出战。蜀汉中监军征西将军姜维对诸葛亮说：“辛佐治杖节而到，贼不复出矣。”诸葛亮看穿司马懿的把戏，对姜维说：“彼本无战情，所以固请战者，以示武于其众耳。将在外，君命有所不受，苟能制吾，岂千里而请战邪？”
秋八月，诸葛亮病笃。蜀汉后主刘禅使尚书仆射李福省视。李福见到诸葛亮，咨以国家大计，问及诸葛亮身后的接替者。诸葛亮回答：“公所问者，公琰（蒋琬字公琰）其宜也。”李福又问：“乞复请蒋琬之后，谁可任者？”诸葛亮说：“文伟（费祎字文伟）可以继之。”李福还问费祎之后谁可继任，诸葛亮不作回答。是月，诸葛亮病故于五丈原军中，遗嘱葬于汉中定军山，因山为坟，冢足容棺，敛以时服，不须器物。诸葛亮为政清廉，生前曾向后主上表称：“成都有桑八百株，薄田十五顷，子弟衣食，自有余饶。至于臣在外任，无别调度，随身衣食，悉仰于官，不别治生，以长尺寸。若臣死之日，不使内有余帛，外有赢财，以负陛下。”他死时，家中私产果如所言。