孙坚死后，他的儿子孙策继起。孙策，字伯符。当初孙坚兴义兵时，孙策与母亲迁住舒县，与周瑜交情甚好，招纳会聚了许多上流社会人士，江、淮一带的人都纷纷投奔他。孙坚死后，孙策将他埋葬于曲阿，自己则住在江都。
徐州牧陶谦忌恨孙策。孙策便与吕范、孙河一起投靠在丹阳任太守的舅父吴景，并依靠吴景召集了数百人。汉献帝兴平元年（194年），孙策投奔袁术处。孙策说：“我父亲从长沙出发与您在南阳相会，共伐董卓，结好同盟，现在不幸遇难，功业未成，我愿意继续为您效力！”袁术虽然器重孙策，但不肯将孙坚旧部交给他。袁术说：“我已任用你的舅父为丹阳太守，你的堂兄孙贲为都尉。丹阳是出精兵之地，你可以去那里招募人马。”孙策将母亲接到曲阿，依靠舅父在当地招募数百人。不久，孙策前往寿春，再次见袁术，袁术才还给孙坚旧部千余人，并推荐孙策为怀义校尉。有一次，孙策部下有个骑兵犯了罪，逃进了袁术的马厩中，孙策派人前去把他杀掉。过后，他向袁术赔礼请罪。袁术说：“兵叛则惩，何罪之有？”从此军中更加敬畏孙策。袁术曾答应孙策，让他任九江太守，结果改用陈纪。后来袁术准备攻打徐州，向庐江太守求派军粮，遭到拒绝，袁术大怒，派孙策去攻打陆康。他对孙策说：“以前我错用陈纪，现在感到懊悔。如果这次你能战胜陆康，庐江郡就归你。”孙策相信了袁术，向陆康发动进攻，打败陈纪，占领庐江郡。但是袁术出尔反尔，任部下刘勋为太守，使孙策对他更加失望。
这时，曾在孙坚手下担任校尉的丹阳人朱治见袁术德政不立，力劝孙策返回故乡，占据江东谋求发展。当时吴景正与樊能、张英等人交战，历时一年多，未能取胜。孙策便乘此机会向袁术说：“我愿随舅父征战，取胜之后，就回家乡招募人马，可以征集三万军队，然后我再来辅佐您。”袁术上表任命孙策为折冲校尉，代理殄寇将军，只给他配备一千多士卒，几十匹战马和相应的军需，但宾客中有几百人愿意跟随他。到达历阳，孙策的队伍已达五六千人。当时，周瑜的叔父周尚任丹阳太守，周瑜率兵前来迎接孙策，并援助他军饷粮草，孙策很高兴，并很快攻克了横江、当利，樊能、张英败走。孙策仪表堂堂，善于谈笑，性格豁达开朗，善于纳谏，又善于用人，所以兵士和百姓愿意为他效力。
这时，江东割据势力很多，如扬州刺史刘繇、吴郡太守许贡、会稽太守王朗等。孙策要占领江东必须消灭他们。刘繇，字延礼，伯父刘宠曾任太尉，哥哥刘岱任兖州刺史。刘繇虽任扬州刺史，但扬州为袁术所占，刘繇只好渡江到曲阿（今江苏丹阳），赶走丹阳太守吴景，沿江把守。孙策欲占据江东，首先要打败刘繇。于是，他先攻克了牛渚，缴获大量粮食武器。
当时，彭城相薛礼、下邳相笮融都拥戴刘繇为盟主，薛礼盘踞秣陵城，笮融屯驻秣陵县南。刘繇在梅陵的军队被孙策打败，孙策又攻下了湖熟、江乘，最后在曲阿与刘繇展开决战。当时刘繇的同郡人太史慈前来看望刘繇。太史慈有勇有谋，正赶上孙策进攻曲阿，有人建议任用太史慈，刘繇不答应，只让太史慈去侦察巡逻。有一次，太史慈只带一名骑兵外出巡查，与孙策在神亭遭遇。当时，孙策身边有十几名骑士。太史慈策马上前，迎面便刺，孙策急忙闪过，一个回马枪，正中太史慈的坐骑。在两骑相错时，孙策夺下太史慈的手戟，而太史慈也抢到孙策的头盔。这时，双方的援兵赶到，对峙了一阵子，各自撤退。不久，刘繇与孙策交战失利逃往丹徒。
打败刘繇后，孙策一方面犒赏将士，一方面发布宽大命令，通知各县，“凡是刘繇、笮融部下前来投降的既往不咎，愿意从军的，免除家庭徭役，不愿从军的不勉强。”这一政策深得人心，仅十天左右，应募者从四面八方赶来，迅速募到两万余名战士，一千余匹战马。从此，孙策威震江东。
袁术见孙策势力日益壮大，又想笼络他。汉献帝兴平二年（195年）冬，袁术上表举荐孙策代理殄寇将军。孙策的部将吕范对他说：“将军的事业百废俱兴，兵马越来越多，不过军纪还不严整，我愿意暂时担任都督，协助将军治理。”孙策说：“你早已成为名士，手下统率千军万马，又立有战功，怎能让您屈居低职，管理这等小事呢？”吕范说：“将军此话差矣。我离开家乡投奔于您，不是为了妻子儿女，是想为国家尽力。这就如同共乘一舟漂洋过海，任何地方出了故障，都可能葬身大海。我这样做，不仅为了将军您，也是为了我自己呀！”吕范回家后，换上武将服，来孙策处报到，孙策留下了他。从此，孙策军中纪律严明，法令整齐。
孙策任用张纮做正议校尉、张昭为长史。孙策对他们二人很信任，经常让他们一人驻守后方，一人随自己出征。
张纮，字子纲，广陵人士。曾经游学京都，后回到家乡，被荐举为秀才，官府多次召他做官，他一概拒绝。后来到江东逃避战乱时，孙策正创建基业，张纮便投靠了孙策。孙策上表任命他为正议校尉，后跟随孙策征伐丹阳。孙策亲自披挂上阵，张纮劝谏说：“主将是统筹规划的角色，三军命运全寄托于您，不可草率出动，亲自与区区小寇对阵相斗。希望您好好把握上天赋予您的才干，体恤天下苍生，不让全国上下为您的安危而担惊受怕。”汉献帝建安四年（199年），孙策派遣张纮奉献奏章到许昌皇宫中，张纮被留在那儿担任侍御史，少府孔融等都和他相处和睦。
孙策十分敬重张昭，以师友之礼待他，文武之事皆由张昭决断。张昭，字子布，彭城人。年少好学，尤其擅长隶书，跟随白侯子安学习《左氏春秋》，博览群书，与琅琊人赵昱、东海人王朗同时闻名于世，又互为好友。年长后被举荐过孝廉，但他拒绝了。曾与王朗一起讨论以往君王避讳之事，州里的才士陈琳等对他颇为赞赏。刺史陶谦推荐他为茂才（即秀才，汉氏因避刘秀之讳而称茂才），他不应召，陶谦认为张昭目中无人，于是将他抓起来。赵昱全力以赴地搭救他，才使他得以脱身。汉末天下大乱，徐州一带士民大都到扬州地区避难，张昭也随之南渡长江。孙策创建东吴基业后，任命张昭为长史、抚军中郎将。张昭每次得到北方士大夫的来信，他们都将功劳归于张昭一人。张昭本想偷偷留下，又唯恐有私情之嫌，呈报上去恐其不妥，进退两难，内心十分不安。孙策听说后，高兴地笑着说：“古代管仲为齐国的国相，人家开口仲父、闭口仲父，而齐桓公则称霸诸侯为天下所尊崇。如今子布如此贤德，我能重用，他的功名难道不为我所有吗？”
刘繇败于孙策后，从丹徒逃到会稽，派豫章太守朱皓进攻袁术的部将诸葛玄，诸葛玄退守西城。刘繇沿江而上驻军彭泽，又派笮融助朱皓攻打诸葛玄，笮融设下圈套害死了朱皓，刘繇领兵讨伐笮融，笮融战败，逃入深山，被当地百姓杀死。
汉献帝建安元年（196年）春天，袁术打算自称皇帝。孙策听到消息之后，写信责备袁术不该如此。袁术自以为孙策一定会拥戴他称帝，没想到竟然遭到反对，他很生气，置孙策劝阻于不顾，执意称帝，从此孙策便与之断绝了关系。
孙策继续在南方扩充势力，他准备攻打会稽郡。会稽守将严白虎等人各率一万多人的队伍，严守各处要道。吴景等想先击破严白虎，然后再到会稽。孙策说：“严白虎等盗贼，胸无大志，凭此就可将其擒获。”于是领兵渡过浙江（今富春江），攻取会稽，与郡太守王朗在固陵一带交战，终无法取胜。他的叔父孙静对孙策说：“王朗凭借城池坚固，难以短时间将其攻克。此地以南几十里的查渎防守薄弱，应从那里突破，进入王朗的后方，攻其不备，出其不意。”孙策采纳了这个建议。夜里，他让士兵到处点燃火把，派疑兵迷惑敌人，同时又派出一支轻兵进发查渎，袭击王朗的后方。王朗闻讯后，惊恐万状，忙派前丹阳太守周昕率兵迎战。孙策战败周昕，并将其杀死，王朗仓皇逃窜。孙策紧追不舍，王朗见大势已去，只好向孙策投降。孙策将原任官吏全部更换，自己兼任会稽太守，又任命吴景为丹阳太守，让孙贲为豫章太守，分豫章另置庐陵郡，任孙贲的弟弟孙辅为庐陵太守，任丹阳人朱治为吴郡太守。
建安二年（197年）夏天，曹操派人携带诏书，任命孙策为骑都尉，袭爵乌程侯，命令孙策与吕布、吴郡太守陈瑀一同讨伐袁术。孙策率兵出发，行军到钱塘时，吴郡太守陈瑀暗中勾结祖郎、严白虎等，想要袭击孙策。孙策察觉后，立即派遣部将吕范、徐逸进攻陈瑀。陈瑀战败，单枪匹马投奔了袁绍。孙策在南方声名益盛，于是曹操想拉拢孙策，便上表推荐孙策为讨逆将军，封吴侯。
袁术与孙策绝交后，怕孙策与其作对，于是就联合力量限制孙策。他任命周瑜为居巢县长，临淮人鲁肃为东城县长。周瑜与鲁肃都认为袁术目光短浅，难成大事，推辞而没就任，并渡江投奔孙策。孙策非常高兴，任周瑜为建威中郎将，鲁肃将全家搬迁到曲阿。袁术见周瑜、鲁肃弃他而去，火冒三丈，派人秘密联络丹阳豪强祖郎等人，让他们鼓动山越人同孙策作对。孙策得知后，立刻率军征讨祖郎，将他活捉。孙策对祖郎说：“你以前袭击我，曾砍中我的马鞍，而今我正建功立业，想抛弃旧怨，唯才是用，希望你不要害怕。”祖郎连忙谢罪，孙策亲自为祖郎松绑，将他封为门下贼曹。接着孙策又举兵到勇里攻打太史慈，也将其生擒。孙策亲自为太史慈松绑，对太史慈说：“早就听说你性格刚正不阿，是天下的智士，只是你所依附的刘繇不是明主，你我应共同对付刘繇，共创大业！”太史慈表示愿为孙策效力，于是被任命为门下督。
这时，扬州牧刘繇死在豫章。他部下有万余人，继续坚守，孙策打算吞并豫章。
袁术死后，袁术部下大将张勋、长史杨弘等人想率领自己的部队投奔孙策，庐江太守刘勋在半路上截击，并将他们全部俘获，收缴了他们所带的财物。孙策听说之后，假意与刘勋结为盟友。豫章上缭的宗民有一万多户在江东，孙策劝刘勋前去攻打。刘勋出兵之后，孙策率领少数轻骑袭击，一夜之间占有了庐江，刘勋的军队全部投降，刘勋只带着几百个部下归降曹操。孙策打败刘勋后，收编了刘勋的军队，俘获千余艘船只，扩充了军事力量，实力更为雄厚。