铁木真九岁时，其父也速该被塔塔儿人毒死。也速该死后，他的氏族随之分裂。铁木真兄妹五人由寡母诃额仑抚养，生活十分贫困。原属也速该的泰赤乌部首领乘机袭击铁木真一家。铁木真全家被迫迁走。在艰苦环境中长大成人的铁木真善于骑射，刚毅多谋。
为了防止铁木真家族东山再起，泰赤乌氏贵族塔儿忽台率领护卫军前来进攻，把铁木真抓去。由于泰赤乌氏的属民速勒都思人锁儿罕失剌的暗中救助，他才得以逃脱与母亲和兄弟们会合，迁到桑沽儿小河（今克鲁伦河支流臣赫尔河）附近，后来又迁到不儿吉之地（今克鲁伦河上游布尔肯小河旁）。残酷的现实使铁木真认识到，要保存自己，恢复祖业，就要依靠和联合一个强大的部落。为了取得强大势力的支持和保护，铁木真来到土兀剌河黑林（今蒙古乌兰巴托南）他父亲的“安答”——克烈部首领王汗处尊脱翰邻勒为父，向其贡献大量珍贵礼品，表示愿意臣属。
于是在其父“安答”克烈部首领王汗的庇护下，收集离散部众，力量有所增强。就在铁木真羽翼未丰之时，三姓篾儿乞人对他发动了三次袭击，把他的妻子和家人抢走。
他向王汗和札史剌氏贵族札木合求援。王汗、札木合和铁木真共同出兵四万，袭击篾儿乞人的营盘不兀剌川（今恰克图南布拉河地）。由于毫无防备，篾儿乞部首领脱脱只带少数随从沿着薛良格河逃入八儿忽真隘，其余部众全被打散。铁木真夺回了妻子和家人，把他的许多仇敌杀掉，他们的妇女、儿童被掳为奴隶。
铁木真的力量经过这次战争逐渐壮大。一两年后，他摆脱了对札木合的依附，从斡难河中游的札木合营地迁移到怯绿连河上游的桑沽儿小河，独立地建立营寨，吸引了许多蒙古部众加入到他的阵营，其中有札剌亦儿人合赤温兄弟、兀良合人速不台兄弟和阿儿孩合撒儿父子，速客客族人速客该者温，以及伯牙乌族人等；有忙兀族人者台兄弟，阿鲁剌族人斡歌来兄弟，晃豁坛族人速亦客秃，速勒都思族人塔海、赤勒古台兄弟，把鲁剌思族人忽必来兄弟，别速惕族人古出古儿、迭该等。铁木真获得了这些人的支持并被拥戴为领袖。
一些原来有名望的乞颜氏贵族也不断靠拢铁木真。这些人包括合不勒汗的长支主儿乞氏的泰出、撒察别乞，忽图剌汗之子拙赤汗和阿勒坛，也剌该之弟答里台斡赤斤，兄捍坤太子之子忽察儿等。这些贵族投靠铁木真，是想借助他的力量去掠夺更多的奴隶和财富。他们有资格参加推举可汗的贵族会议，而且和铁木真一样有被推举为可汗的资格。只是这时铁木真已拥有了强大的那可儿队伍，他们只得推举铁木真为可汗，并表示愿意臣服。
大定二十九年（1189年），铁木真被部分蒙古贵族推举为汗。为增强经济和军事实力，巩固汗权，展开了夺取东部地区的斗争。铁木真成立了侍卫军“怯薛”组织，并着手整顿军队。铁木真势力的发展引起札木合的嫉恨，因此集合所属十三部三万余人，与泰赤乌部联合进攻铁木真。铁木真分兵迎战失败。在十三翼之战中，铁木真虽败，但有许多其他部落属民归附，实力反而得到加强。
为了统一蒙古诸部，1200年铁木真联合王汗共同出兵征讨蒙古诸部中最强大的泰赤兀族。得到篾儿乞部首领脱脱支持的泰赤兀人的首领沆忽阿忽出、忽邻等人率兵迎击。两军在斡难河边展开激战，最后，铁木真打败了对手，显示出强大的军事实力。
第二年，一些与铁木真为敌、听命于泰赤兀部的蒙古诸部，如散只兀部、哈答斤部、弘吉剌部等，得知泰赤兀部战败的消息后，为了遏止铁木真的力量继续发展，于是联合塔塔儿部等，于阿雷泉边相会，并斩马立誓，共同出兵向铁木真与王汗的联军发动进攻。两军于歪亦烈川展开激战，铁木真又取得胜利。
这时，与铁木真相邻的各个部落感到了强大的军事威胁，那些曾败给铁木真的对手，被迫联合起来，共同对付铁木真。他们包括弘吉剌、哈答斤、札只剌、亦乞剌思、朵鲁班、散只兀以及塔塔儿等，足智多谋的札木合被他们推举为总首领——局儿罕，他们在犍河边会合，然后向铁木真发动进攻。
铁木真得报后，再次与王汗联合，共同迎击札木合之联军。双方在海刺儿、帖尼火鲁罕之地遭遇，展开激战。由于当时正赶上狂风暴雪，铁木真幸运地打败了对手。札木合的联军彻底溃败，有很多人被赶下了悬崖。经过这次战争，蒙古诸部的有生力量遭到严重损失，已经无力再与铁木真抗衡，遂大多投靠了铁木真。
塔塔儿部是蒙古草原东部强大的部落之一。他们包括许多支系，其中主要有六大部，相互之间经常发生战争，而在遇到外族侵扰时，则又会暂时联合，共同抵御外来侵略。早在蒙古葛不律寒时，他们即与蒙古部产生了矛盾，经常发生纠纷并互相侵扰。又因为他们臣服于金朝，遂把那些不服金朝统治的部族首领抓住，送给金朝处治。蒙古泰赤乌部的首领俺巴孩汗和葛不律寒的长子，都被他们逮捕并送交金廷处死了。
金明昌七年（1196年），金朝出兵镇压塔塔尔部的反抗。铁木真联合克烈部脱斡里勒汗，截击溃逃的塔塔尔首领及残部，掳掠了大批财富和奴隶。金朝封铁木真为“札兀惕忽里”（部落统领）之官，脱斡里勒汗为王汗（语讹为王罕）。此后，铁木真不断削弱旧氏族贵族的权力，进而扩大自己的势力。
铁木真的崛起，加深了和蒙古各部贵族的矛盾。泰和元年（1201年），札木合集结了铁木真的宿敌泰赤乌、塔塔蔑儿乞等十一部联合进攻铁木真和王汗。铁木真和王汗共同击溃了札木合联军。札木合投降王汗，铁木真消灭塔塔尔部，占领呼伦贝尔高原，统一了蒙古东部。
克烈部是雄踞于蒙古中部的强大部族之一。其首领忽儿札忽思死后，为了争夺汗位诸子互相残杀。其中，王汗由于得到铁木真先父也速该的支持，先后战胜叔父古儿罕和兄弟额儿客合剌等人，取得了克烈部首领的地位。故而，他欣然答应了铁木真的求助。而铁木真依靠与王汗的联盟，先后把身边的塔塔尔、篾儿乞、泰赤乌及札木合等各个强大部落打垮后，铁木真实际上成为蒙古东方的新霸主。而对铁木真势力的迅速增长，王汗感到了严重的威胁。
1199年，王汗联合铁木真共同进攻不欲鲁罕，以报当年被驱逐、几乎失去汗位的夙仇。两军在黑辛八石之地相遇，铁木真擒获其先锋将也的脱孛鲁。到两军主力决战之际，王汗却连夜自行退兵，置铁木真于危险之中而不顾。铁木真天明方才发觉，亦只能回师而去。
1202年秋，阔亦田（约在哈拉哈河上游）之战，又大败由乃蛮杯禄汗拼凑起来的斡亦剌、泰赤乌、塔塔儿等部残余势力的联军，札木合率部投王汗。至此，结束了与贵族联盟之战。铁木真与克烈部王汗长期结盟。不久王汗背盟，加上札木合等的离间，铁木真与王汗关系恶化。
1203年春，王汗由于受了前来投靠的札木合和其子桑昆的怂恿，以商议两家的婚事为由，邀请铁木真，企图加害于他。在半途中铁木真得到消息后，及时转回。王汗见阴谋暴露，于是率军向铁木真发动进攻。两军在阿兰塞展开激战，双方都损失惨重。成吉思汗由于兵力较少，被迫向董哥泽之地败退，仅剩下两千余部众。
王汗并没有就此放手，而是继续追击铁木真。两军在哈阑真沙陀之地相遇，再次展开激战。虽然铁木真最后击退了王汗的军队，但是铁木真的手下也差不多丧失殆尽。王汗以为铁木真已经不足以再对他构成威胁，于是回师折折运都山，准备安享太平。
这次严重的挫败，并没有使铁木真心灰意冷。他与剩下的十九名部众同饮班朱尼河水，发誓要继续奋斗，重整旗鼓，东山再起。于是，他一面陆续把溃散的旧部众召集起来，一面收纳那些与王汗有旧仇的部族，力量逐渐得到恢复。正在这时，投靠王汗的札木合及蒙古部众又联合起来，密谋推翻王汗。由于消息不慎泄露，王汗将他们击败。
得到王汗联盟出现分裂的消息后，铁木真决定乘机对王汗发动突然袭击。他一方面派使者到王汗那里，诈称要与其尽释前嫌，重叙旧好，以使王汗放松戒备。另一方面，他亲率大军跟随在使者之后，悄悄逼近王汗大帐。
王汗果然上当，相信了铁木真的谎言，并派人与使者一同回见铁木真，还带来了血囊准备重新誓盟。然而，铁木真的军队却出其不意地偷袭了王汗。经过三天三夜的激战，虽然王汗部众进行了顽强的抵抗，最终仍没有逃脱失败的命运。王汗父子被迫出逃。在逃跑途中，又不幸遇到乃蛮部族的军队，遂被捕获并被杀死。而王汗的部众，则全都投降了铁木真，铁木真把他们分散后，编入各个蒙古部族的军队之中。
经过折折运都山之战，铁木真征服了蒙古中部最强大的势力。克烈部归降后，铁木真的势力得到极大扩张，已经占有了广阔的蒙古东部与中部，并且开始延伸到蒙古西部，故而与西方霸主乃蛮人产生了严重冲突，一场新的龙争虎斗将必不可免。
乃蛮部是蒙古西部最强大的部族。他们的军队装备精良，首领必勒格汗相当英明。所以相邻的许多部族，相继被他们征服。但是，必勒格汗死后，他的儿子为争夺汗位相互残杀而导致乃蛮部的分裂。经过争夺，长子太阳汗占有了广阔的平原，而他的兄弟不欲鲁罕则被迫在山地间居住。乃蛮部的力量因此遭到很大削弱。
王汗的覆灭，使西蒙古的乃蛮部十分震惊，太阳汗决定攻打铁木真。铁木真闻讯后，进一步健全军事组织，强化汗权，建立了一支高度集中又有严格纪律的军队。泰和四年（1204年），他率部出征乃蛮部。太阳汗聚集克列、塔塔尔、蔑儿乞等残部迎战铁木真。经过激战，太阳汗被擒而死，乃蛮部被征服。乃蛮王子屈出律逃奔西辽。不久，铁木真北征蔑尔乞部，其他部落也纷纷投降。这样，蒙古高原上近百个大小不一，社会发展、语言文化各有差异的部落，终于被铁木真统一起来了。
成吉思汗元年（1206年）春，铁木真召集全蒙古的贵族首领们在斡难可源举行忽里台（亦称忽里勒台）大会。蒙古各部首领一致推举铁木真为蒙古大汗，尊称为成吉思汗（蒙古语坚强有力之意），正式建立了蒙古汗国。蒙古也由一个部落的名称成为蒙古高原各族的总称，形成了统一的蒙古民族共同体。
帝国的统治制度
经过十几年的苦战，铁木真终于于1206年春登上了众汗之汗的大位，大蒙古帝国由此建立。成吉思汗灭克烈后就开始建立大蒙古国的统治制度，建国后进一步完善。主要包括以下几项：
一是千户制。把全国百姓（游牧民）按十进制统一编组，分千户、百户、十户三级，全国共划分为九十五个千户，并对各千户的牧地范围进行划分，分别授予那可儿们世袭管领，并封立下战功的贵族为千户那颜。千户的编组原则，一种是那些始终如一地联合或附庸于成吉思汗的部落首领（如亦乞列思、弘吉剌等姻族，兀鲁、八邻、忙兀等尼鲁温蒙古部落），或主动归附者（如斡亦刺部的忽都合别乞、汪古部的阿剌兀思惕吉忽里），均获准仍可以“统其国族”（即本部人民），但需按照统一编制组成若干千户；少数战功卓著的那可儿（如木华黎）也可以把分散的本部落人民召集起来组成千户。
另一种是由不同部落的人民混合组成，如泰赤乌、蔑儿乞、乃蛮、克烈、塔塔儿等人数众多的大部落，在被征服后，其部民都被“分与了众伴当”，加上这些伴当（那可儿）在战争中“收集”（掳掠）来的人口，编组为千户。前一类比较少，后一类占大多数。千户体制完全取代了旧时代的氏族部落组织，它既是大蒙古国的军事单位，同时也是地方行政单位。千户百户那颜是大汗任命的行政和军事长官，如果他们有过错或对大汗不忠诚，大汗可剥夺其职务，另授予他人甚至可将他们治罪。全国百姓都是成吉思汗的臣民，他们被划归各千户“著籍应役”，只得在指定的牧地范围内进行游牧，不得擅自离开所部。在千户之上设左右翼两个万户，作为最高统兵官，所有千户（除分给诸子弟者外）都属于这两个万户管辖。
二是怯薛机构。1204年铁木真在与乃蛮作战之前，着手“整顿军马”，以原有的怯薛组织为基础建立了一支护卫军，由八十名宿卫（客卜帖兀勒）、七十名散班（土儿合兀惕，又译秃鲁花）、四百名箭筒士（火儿赤）组成。建国后，护卫军被扩充为一万名，包括一千名宿卫，一千名箭筒士，八千名散班。散班从千户、百户、十户官员和白身人（都里因古温）的儿子中挑选，必须有技能、身体健壮。千户之子可带十名伴当（随从），百户之子带五名伴当，十户及自身人之子带三名伴当。各级那颜都必须把他们的儿子送到成吉思汗身边服役，不得逃避，也不准以他人代充。这实际上是把有掌管征调兵民权力的那颜子弟作为人质，以便更有效地控制他们，所以元人亦把秃鲁花译为“质子军”。护卫军以守卫大汗金帐和分管汗廷的各种事务为职责。规定散班和箭筒值日班，宿卫值夜班，各分四队，轮番值日，每番三昼夜，故总称为“四怯薛”。护卫军由大汗直接掌握，是最精锐的军队，凭此足够用来“制轻重之势”（《元史·兵志》），故又称为大中军。成吉思汗最亲信的那可儿木华黎、赤老温、博尔术、博尔忽（四杰、四骏）四家子弟被任命为四怯薛之长并且可以世袭。怯薛职务的分工有十多种，如火儿赤（佩弓矢者）、札里赤（书写圣旨者）、云都赤（带刀者）、博尔赤（厨子）、必荙赤（书记）、昔宝赤（掌鹰者）、速古儿赤（尚供衣服者）等。诸怯薛执事官作为大汗的侍从近臣，地位高于外任千户那颜。怯薛不仅是大汗的亲卫军的宫廷事务机构，而且执行各种行政活动，在大蒙古国的军政事务中作用相当大。
三是设置大断事官。昔宝赤（掌鹰者）建国前，曾任命其异母弟别里古台担任断事官（札鲁忽赤），审断斗殴、诈伪、偷盗等事件。1206年，又任命养弟失吉忽秃忽为最高断事官（大断事官），主持分封民户和惩治诈伪、盗贼等事，分配给宗室诸王和各千户的民户数、判决的案件，都由大断事官记在青册上，任何人不得更改。大断事官实际上就是大蒙古国中央的最高司法行政长官，所以被称为“国相”，后来汉人就称失吉忽秃忽（又译胡土虎）为胡丞相。直到元世祖初年，大断事官一直掌握着中央最高行政权。在他下面有许多僚属，组成断事官机构。诸王为了管理本部百姓也在自己部内分别设立断事官。
四是制定札撒。札撒就是“法令”、“命令”的意思。古代蒙古人中有许多“古来的约孙”（意为规矩、道理、缘故，通常译为“体例”），蒙古人在长期历史过程中形成的种种社会习惯和行为规范都包含在其中。当贵族（那颜）成为统治者、可以对部人发号施令时，札撒就产生了。在各部贵族为了争夺蒙古高原霸权而激烈地相互攻战、兼并的时候，旧的统治秩序日益崩溃，“子不从父教，弟不听兄言，夫不信其妻，妻不顺其夫，长不护其幼，幼不奉其老……慢视约孙，不遵札撒”，以致“犯上作乱，欺窃风行，盗贼不宁”。因此，成吉思汗深知要使野蛮的众民变得服服帖帖，必须“用极严厉的札撒来建立秩序，智者勇者使为统将，捷者巧者使掌后营（奥鲁），愚者贱者亦授以执鞭之役，遣就畜牧”，使人们各安其位，各得其所。建国前后，他先后颁布了一系列法令和训言（必里克）。
在1219年西征前举行的大会上，又“重新确定了训言、法令和古来的体制”，并且全部写在纸卷上，编订为《大札撒》。后来每当新大汗即位，或诸王上朝商议国家大事，都要首先诵读《大札撒》，并遵照其中的有关条文行事。元人说：“凡大宴，世臣掌金匮之书，必陈祖宗《大札撒》以为训。”《大札撒》是大蒙古国的法典，原书虽已经无法找到，但它的许多条款被中外史籍记录了下来。如，那颜们除君主外不得投靠他人，不得擅自离开自己的岗位，违者处死，构乱皇室、挑拨离间、助此反彼者处死；收留逃跑的奴隶不归还其主者处死；盗人牲畜者必须用九倍偿还，不能偿还者以子女作抵押。此外还规定了保护水源、草场、马匹以及宰杀牲畜的方法等。
五是分封子弟。成吉思汗统一蒙古后，原来隶属于各部贵族的所有“有毡帐的百姓”，都成了他的“黄金家族”的臣民，在编组为九十五千户之后，他按照蒙古社会分配家产的体例和方法，给诸子、诸弟和母亲诃额仑太后各分配一“份子”（忽必）百姓。成吉思汗还给诸子、诸弟划定了各自的封地范围。诸弟的封地在蒙古东部，称为“东道诸王”。合撒儿的封地在阔连海子（呼伦湖）和海剌儿河之北，即古纳河流域，与斡赤斤封地相近；合赤温子按赤台的封地在金边墙附近，合兰真沙陀与兀鲁灰河（今东乌珠穆沁旗乌里勒吉河）地区；斡赤斤的封地在蒙古最东部，捕鱼儿海（贝尔湖）哈剌哈河流域至海剌儿河之地；别里古台的封地在斡难河与怯绿连河中游一带。术赤、窝阔台、察合台三家的封地都在阿勒台山之西，称为“西道诸王”。
拖雷作为幼子，继承成吉思汗四大斡耳朵和国之中心蒙古本土之地。术赤于1218年领兵征服失必儿吉利吉思至亦必儿等部，即把征服的土地授给他，后来又授以也儿的石河以西，包括花剌子模至不里阿耳，以及这个方面马蹄所至之地，而吉利吉思地区则授给拖雷。察合台的封地为畏兀儿以西的伊犁河、塔剌思河、楚河流域、原西辽与哈刺鲁之地，以阿力麻里为其统治中心。窝阔台的封地为阿勒台山原乃蛮之地及霍博、叶迷立等处，以叶迷立为其统治中心。诸宗王封地都是游牧地区，被征服的定居地区则作为黄金家族的共有财产，由大汗政府管辖。
六是创制文字。蒙古人起初没有文字，“凡发命令，遣使往来，止是刻指以记之”（《蒙鞑备录》）。成吉思汗建国前后，逐渐用畏兀儿字母来书写蒙古语，从而创制了畏兀儿字蒙古文。《元史·塔塔统阿传》记载，成吉思汗灭乃蛮时，乃蛮的掌印官塔塔统阿被俘虏，成吉思汗见他怀抱金印，就问他此物有何用处，他回答说：“出纳钱谷，委任人才，一切事皆用之，以为信验耳。”成吉思汗知他懂得文字，就命他教子弟学习。除乃蛮人外，有的克烈人可能也懂得和使用畏兀儿文，他们对蒙古文字的创制作出了很大贡献。后来更有许多畏兀儿人当了蒙古诸王贵族的书记官和教师。有了文字后，蒙古人用其来记录表册，编定《大札撒》，制作印玺，发布命令，编纂史书（《元朝秘史》）。
蒙古族的文化从此得到巨大的发展。新建立的蒙古国家制度，当然还比较原始，各方面都不是太完备。但是，蒙古国家的出现结束了草原长期以来的部落纷争，蒙古社会由此进入了奴隶社会。这是蒙古族历史上，也是中国历史上的重大事件。它对中国各民族的历史，以及欧、亚两洲许多国家的历史，都产生了深远的影响。
帝国政权的巩固
蒙古国家建立后，成吉思汗着手消除各种敌对势力，以巩固他的统治。
打击巫师势力。蒙古在建国前信奉原始的巫教，巫师具有很大的权威，是天的代表，支配氏族部落事务。也速该临死时，把他的家族和铁木真托付给以巫为业的晃豁坛部人蒙力克照顾。1206年成吉思汗建国时，蒙力克的儿子阔阔出充当部落的神巫（帖卜腾格里），代天发言，他宣称成吉思汗的降生是上天的安排。但是，蒙古建立国家后，成吉思汗发现，帖卜腾格里严重地威胁着可汗的势力。阔阔出和他的兄弟们擅自抓住并痛打成吉思汗的兄弟合撒儿，并向成吉思汗说：“长生天曾有指示，令合撒儿掌管国政”，成吉思汗因而对合撒儿不再信任，收回了原来分给合撒儿的部分人口。此后，阔阔出又把成吉思汗封赏给各贵族的讲不同语言的百姓陆续窃为己有，就连成吉思汗的幼弟铁木哥斡赤斤的一些部众也去投奔阔阔出。
当铁木哥去索要部众时，却遭到阔阔出的斥责，还被罚跪。成吉思汗逐渐看到了巫师势力对他的严重威胁，于是就以比武摔跤为名，命铁木哥和力士们把阔阔出脊骨折断致死。成吉思汗向部众宣告说：“帖卜腾格里打了我的兄弟们，天不爱他，便把他召走了。”又对蒙力克说：“他与我齐等，所以将他送走了。”阔阔出被处死，使产生于原始社会的巫师代天立言、干预部落事务的制度被彻底废除。成吉思汗通过采取这一坚决而果断的行动，进一步巩固了可汗的最高权力。
追击乃蛮、蔑儿乞和北征。成吉思汗建国时，虽然已经消灭了太阳汗统治的乃蛮部，但不亦鲁黑汗率其残部仍占据着兀鲁塔黑山的西麓莎合水（索里克河）一带，宣称继承太阳罕的大统。蔑儿乞部的脱脱和太阳罕的儿子屈出律也逃到这里，与不亦鲁黑汗会聚在一起。这些残余的力量，严重威胁着蒙古国的安宁。
宋开禧二年（1206年），成吉思汗建国时，就派兵向西进发，趁其不备突然袭击聚集在索果克河的不亦鲁黑汗、屈出律和脱脱。不亦鲁黑汗被赶过阿尔泰山，沿兀泷古（乌伦古）河而下，直到乞湿泐巴失海子（布伦托海），但最终不亦鲁黑汗仍被擒杀，大批的牲畜和家口（奴隶）被掳获，乃蛮终于被消灭。屈出律和脱脱西逃。
宋开禧三年（1207年），成吉思汗派他的长子术赤领兵北进。
成吉思汗在建国前的连年作战中，已先后把蒙古草原上的游牧民，即所谓“毡帐里的百姓”征服。蒙古草原的北面便是森林地带的狩猎部落即所谓“林木中的百姓”，与草原最接近的狩猎部落是斡亦剌部。他们的一支居住在库苏古尔湖以西色椤格河北源德勒格尔河一带，曾经与王汗、札木合和太阳罕联合对抗成吉思汗。术赤统率蒙古军到来时，此部首领忽都合别乞即率众投降。
术赤军以忽都合作为向导，向失思失惕河（锡什锡德河）流域进军，征服了斡亦剌各部落，八河地区（贝加尔湖以西，安加拉诸源流）的秃马部、巴尔古津河流域的巴儿忽和贝加尔湖以南的不里牙惕部等部也相继归降。
乞儿吉思及其附庸昂哥剌部居住在叶尼塞河流域，西南至阿浦水（阿巴坎河），东北直到安加拉河一带。唐代史书上把乞儿吉思译作“黠戛斯”，曾在唐文宗开成五年（848年）与唐朝共同打败回鹘汗国，接受唐朝的册封，但他们很快就衰落下去。契丹建国后，臣属于辽朝，他们主要以放牧牛羊为生，但也在谦河一带从事农业经营。术赤来到这里时，乞儿吉思部的首领也迪亦纳勒（亦纳勒是首领的称号）不战而降。成吉思汗命令术赤统治草原：以北森林地带的属民。斡亦剌部编为四千户，仍任忽都合为首领。秃马部则由豁儿赤受命去。但是，秃马部女首领孛脱灰答儿浑等进行反抗，拘捕了豁儿赤。成吉思汗命忽都合毒救援，也被捉去。号称“四杰”之一的博尔忽领兵前往征讨，在森林中被射死。在屡遭失败的情况下，成吉思汗派遣朵儿伯多黑申率领大军，从林中小路进军，登上山顶，才最后征服了秃马部。孛脱灰答儿浑被俘虏并被赐给忽都合为妻，一百名秃马部民则成了博尔忽家属的奴隶。
秃马部反抗蒙古征服者，成吉思汗遣使到乞儿吉思部征兵，被乞儿吉思拒绝，同时起兵反抗。成吉思汗又令术赤率兵征讨，沿叶尼塞河而下，秃巴思（即谦谦州）、撼合纳、乌思等部先后降服。乞儿吉思人根本没有力量抵抗蒙古军，便向西溃逃。术赤一直追到亦马儿河（鄂毕河上游）才撤军，同时招降了帖良古、脱额列思、失必儿等森林中的部落。
忽都合为成吉思汗立了大功，因而受命统治秃马部旧地。成吉思汗还将他的女儿和长子术赤的女儿嫁给忽都合的两个儿子为妻。忽都合的女儿斡兀立海迷失则嫁给成吉思汗的孙儿贵由（窝阔台之子）为妻。通过家族的联姻，成吉思汗和斡亦剌部忽都合结成“安答和忽答”（亲家）。（《集史》第一卷第一册）八邻部的贵族豁儿赤在乞儿吉思、以西直到额尔齐斯河一带驻守，充当镇守额思的迷、帖良古、脱额列思等“林木中百姓”的万户。
蒙古帝国的治理
投下一词，也作“头下”，语出辽代；元代的投下一词，一般概指皇帝分封给公主驸马、诸王和贵族功臣的封国与汤沐邑。蒙元“分封”又称为“投下分封”，它是蒙古立国实行的三项基本制度之一，对元代的政治、国用、社会矛盾和社会生产诸方面都起过巨大的作用。在大蒙古国刚建立时，成吉思汗实行“忽必——莎余儿合勒”分封制度。
“忽必”意为“份子”，是一个蒙古语。按照蒙古部落流传下来的习俗，每个儿子都可以分到一份父亲的遗产，这就是“忽必”。还在蒙古兴起时，成吉思汗就同弟兄们商量好：“取天下了呵，各分地土，共享富贵。”
建立蒙古帝国后，成吉思汗对于他的亲族，以及那些跟随他多年且为他立下赫赫战功的部众们，都要予以封赏。对于他的亲族来说，封赏不仅仅是对财产、权力进行再分配，而更重要的是成吉思汗是想通过封赏，来避免亲族之间为争夺利益而影响蒙古的团结和统一。对于他的功臣们而言，封赏既是一种早已许诺的报酬，也是为了保证这些人今后能够更加忠诚地为他效力。
受封赏的亲族，大致可分为三部分。
第一部分，是他的儿子们。这些人有权继承他的财产，包括窝阔台、察合台、术赤和拖雷。其中，拖雷的封地位于蒙古帝国的中心，即当年的成吉思汗大斡耳朵所在地。其他三子，长子术赤的封地位于最西面，占有花剌子模等广大地区。次子察合台的封地位于术赤的东南，占有畏兀儿国西北至不花剌和撒麻耳干等地。三子窝阔台的封地则位于诸兄弟之间。因三子的封地皆位于蒙古大帐以西，故而又被统称为西道诸王。
第二部分，是成吉思汗的弟兄们。包括拙赤合撒儿，其封地位于蒙古东北部；铁木哥斡赤斤，其封地又在拙赤合撒儿之东北；合赤温，其封地位于蒙古东部（受封者实为其子按赤台）；别里古台，其封地与拖雷封地相邻，位于合赤温之西。由于成吉思汗诸弟的封地皆在蒙古大帐之东，故而又被统称为东道诸王。
这些受封的弟兄，在自己的封地内又建立了称为“兀鲁思”的汗国。在封国内他们拥有极大的自主权，其子孙可以世袭汗位；但仍以成吉思汗为最高统治者。这种封国的建立，虽然避免了亲族之间的财产纷争，但由于封国有极大的独立性，给后来的蒙古帝国留下隐患。
第三部分受封的亲族，则是成吉思汗的后妃及其外戚家庭，如亦乞列思氏、弘吉剌氏、斡亦剌氏、汪古氏等。这些贵族的地盘大多数是原来就已经拥有的，只有少数为重新分配的封地。由于他们的地位及势力比上面两部分人要低得多，故而未能建立自己独立的汗国。时人沿用辽代之词汇把其封地称为“头下”或“投下”。又因其财富是为了供后妃之用，故又称之为“汤沐邑”。被成吉思汗封赏的功臣，主要有十家，他们都为成吉思汗奋战多年，战功卓著。这些人包括：博尔忽、博尔术、木华黎、赤老温（合称“四骏”），忽必来、者勒蔑、速不台、哲别（时号“四狗”），术赤台、畏答儿等。这些人的封地也被称为“投下”。由政府管辖封地内的民众，仅向受封者贡纳一定数量的财物，受封者的权力因而受到较大限制，随着蒙古帝国对外战争的延续，这种用于封赏的“投下”不断增加，受封的人数也不断增加，因而这种制度长期保存下来，成为蒙古帝国及元朝很有特色的一项制度。
在多年的征战中，成吉思汗的治世思想也随之形成。在统一蒙古草原各部族时，他接受的是草原上世代相传的游牧文化，比较单一。这时，从《大札撒》中所反映出来的治世思想，明显带有牧民的朴素、实际的特点。
出于当时群雄纷争的形势所迫，成吉思汗深知法令的重要性，所以制定了十分严格的法令约束手下首领和贵族们。他宣称：“如果隶属于国君（指他自己）的许多后裔们的权责、勇士和异密们不严遵法令，国事就将动摇和停顿，他们再想找成吉思汗时，就再也找不到了！”他要求所属部众绝对服从自己的指挥，“居民（在平时）应像牛犊般地温驯，战时投入战斗时应像扑向野禽的饿鹰。”他还制定了相应的责罚之法，来惩罚那些违反其法令的人。初次犯法，给予口头的斥责。下一次再犯的话，就要开始处罚。第三次犯法，就要被流放。仍然不悔改，则召开公审大会，对其进行判决。由于成吉思汗的法令十分严厉，故而部众几乎不敢违抗。为了抵御外侮、征伐四邻，成吉思汗十分重视军队的组建。他仿照金初的制度，将部众编为万户、千户、百户及十户等单位，加以管理。并下令：“万夫长、千夫长和百夫长们，都必须将自己的军队保持得井然有序，随时作好出征的准备，不管指令和诏令什么时候下达，都能随时出征。”正是由于成吉思汗的重视和严格管理，遂使蒙古军队成为当时世界上最强大、最优秀的军队。当时的波斯史学家志费尼感叹道：“整个世界上，有什么军队能够跟蒙古军相匹敌呢？战争时期，当冲锋陷阵时，他们像受过训练的野兽，去追逐猎物。但在太平无事的日子，他们又像是绵羊，生产乳汁、羊毛和其他许多有用之物。”这种感叹，从蒙古军队的辉煌战绩中得到了印证。
由于成吉思汗长期处于激烈的军事对抗环境，所以他对敌对势力十分仇恨，由此而制定了极端残酷的法令。蒙古军马所到之处，如果遇到抵抗，即大肆屠杀该地居民，就连老弱妇孺也不例外。有时即使被攻伐的居民已经投降，为了除去隐患，成吉思汗仍会下令把其壮丁全部屠杀，而仅把妇孺留下，以供驱使。这种残酷的屠杀政策，使蒙古军马所经之地的民众遭受到巨大的灾难，很多人类的文明古迹由此毁损；成吉思汗曾教训他的子孙说：镇压叛乱者，战生敌人，将他们铲除，夺取他们的一切使他们的已婚妇女号哭、流泪，骑乘他们的后背平滑的骏马，将他们的美貌的后妃的腹部当作睡衣和垫子……成吉思汗残暴地处理敌人。但这在任用部众的问题上，成吉思汗也有一套准则。“他让贤明勇敢的人当了将官；他把奥鲁（即蒙古军的后方营帐）交给伶俐的人，让他们管理马群；粗鲁无知的人，给予鞭子，派去放牧畜群。”当然，并不是所有的勇敢者都能被其重用，有些却被他视为不宜出任统帅者。如当时著名的勇士也孙拜，虽然能吃苦耐劳，但对统军之道一窍不通，不关心士卒的劳苦，所以没有当上首领。成吉思汗认为，“只有在行军中时刻考虑到不让军队饥渴、牲畜消瘦的人，才配担任首长。”他还指出，那些时常聆听自己训诫指示的万夫长、千夫长等人，才是“首长”的合适人选。
游牧文化对成吉思汗影响的另一方面，就是他的宗教信仰完全受到原始宗教“萨满教”的支配。因此，在他颁布的《大札撒》中，列举了许多“萨满教”的禁忌，对于触犯的人，一律重罚。他在进行重大的军事行动前，也要举行仪式，祈求萨满诸神保佑他能取胜。在尊奉“萨满教”的同时，成吉思汗对于其他各民族所信奉的宗教，如道教、佛教、基督教、伊斯兰教等，也很尊敬。
成吉思汗还十分重视蒙古民族的品行，对于那些“子不遵父教、弟不聆兄言，妻不顺夫意，夫不信妻贞……大人物信用奴仆而疏远周围亲信以外的人，富有者不救济国内人民，轻视习惯和法令、不通情达理，以致成为当国者之敌”的种种恶劣品行，严厉地进行处罚。特别是那些收留逃亡奴仆、偷盗他人财物、以巫蛊之术害人、在斗殴中偏袒一方，及通奸淫乱者，只要被发现，就会被处死。
成吉思汗的这些治世思想，是他从自己多年生活磨砺中得出的宝贵经验的总结。同时，这些法令被颁布后，又成为指导此后的政治活动的重要依据，并被继任的蒙古帝王及后来的元朝皇帝奉为明训，世代承袭，从而极大地影响了元朝的政治统治。
蒙古族经过西征，其铁骑已横扫世界。成吉思汗西征征服西辽，灭亡花剌子模。拔都西征征讨斡罗斯，进攻东欧。之后，蒙古大军继续西征，又灭亡西夏、平定辽东、灭大理，等等。从此，蒙古大军的威名威震世界。