除掉小明王之后的朱元璋，已经没什么顾虑了，所以他不再用小明王的龙凤年号，以“吴元年”为自己的新年号，这其实也标志着朱元璋要成为新的帝王。
站在地图前，朱元璋望着南北形势，到底是北上出击元兵，还是向南继续征伐弱小的义军势力？
刘伯温说：“北方在表面上还是元朝的天下，但其内部的情况却很复杂。山东一带是地主军王宣在防守，河南是扩廓帖木儿驻守，关内陇右是李思齐、张良弼等人把守，大同是孛罗帖木儿镇守。而扩廓帖木儿和李、张二将不和，孛罗帖木儿和扩廓帖木儿两人一直是对立的，他们之间一直纷争不断，在打内战。而且此时元廷统治者之间也在争夺政权，互相残杀。”
朱元璋望望南方的形势说：“这南边比北方稍显安静，四川是夏国明异的地盘，云南是元朝的宗室梁王镇守，福建是陈友定的势力范围，但他仍然效忠元朝，两广也都是元朝的势力范围。”
两人把南北形势作了一下对比，觉得北方元将不和争斗，元廷统治者又内斗争权，其实为向南发展提供了一个良好的战机。此时元朝的将军自顾不暇，当然不愿向南出兵，且南方对朱元璋来说又比向北出击更有地利上的优势。
把目光放在南方之后，朱元璋考虑现在的战略是先攻打南方的哪个军事割据势力。
经过一番分析，朱元璋认为四川的夏国其实国主很年幼，且兵力不强，一直以来群雄纷争，夏国都无动静，此时一定不会有什么野心，而云南在边疆地区，一时半会儿对中部来说没什么威胁，也没什么军事价值，可以不管，所以就把向南的进军目标定在了福建和两广地区。
定下进军策略后，朱元璋开始进行部署规划。
在多年征战中成长起来的朱元璋，对任何一次进攻和防守都会百分之百的努力和严谨。
虽然决定向南进攻，他还是密切地关注北方的举动，派出了几个军事侦探前去侦察情形。
李善长说：“此时进攻福建和两广，当重兵出击。善长认为最好派徐达那些老将，福建、两广离应天较远，老将们身经百战，可以随机应对临阵出现的突变。”
自从刘伯温到了应天，李善长总处于弱势，毕竟他的智略不及刘伯温，且对江南的军事形势不如刘伯温熟知，在对军事谋划上刘伯温也是略胜一筹。当然李善长并不是不明白自己不如刘伯温的地方，但他气不过的是，刘伯温这人喜欢显示自己的聪明，有时仗才欺人，不给自己留面子。所以这次，眼看朱元璋就要成帝业了，李善长作为淮西功臣，当然要在关键时刻再表现一番。
而李善长的一番苦心，并未得到朱元璋的青睐，朱元璋也没有采用李善长极力攻取南方的建议。他把李善长和刘伯温的分析综合起来，他看得更高，也更远：南方当然是要进攻的，但北方绝不放弃，而同时进军的压力又太大。
朱元璋思虑很久之后，召来周德兴：“周兄，你跟随我多年，身经百战，按理说，我们也该在应天享受几天清福了。可是眼下，天下局势依然不容乐观啊。”
周德兴知道朱元璋肯定是要委自己以重任，他已知道要出击福建和两广，但还不知道具体的作战计划，立即拱手道：“天下未定，德兴万无休养之意，德兴愿为平定天下尽毕生精力，请主公放心。”
朱元璋长叹一声道：“你们都是我的好兄弟啊，跟随我多年，从未安宁过，平定天下的时候就快到了。”
朱元璋的一番话，引起周德兴许多回忆，那回忆里有儿时相伴的甜美，也有艰苦作战的酸涩，同时对朱元璋也更加忠心，因为在他心里，朱元璋虽贵为吴王，但并未忘记兄弟间的情谊。
朱元璋决定把最远的广西交给周德兴去征服，因为广西相对偏远，朱元璋担心万一是年轻的将士出兵，难免会有留下不归的野心，因为在过去的战役中并不是没有投降敌人，或有自立门户之心的将领，所以他派出自己信得过的老将周德兴率兵出征。
这一次，朱元璋是多线同时出动，周德兴出征广西的同时，朱元璋决定再派军队由江西直入福建。
相对广西来说，福建更让朱元璋放心不下，因为周德兴带兵出击广西的元兵，应该说是胜券在握。而福建的陈友定却没那么好对付。陈友定本来是一个贫民，在元至正十二年（1352年）红巾军进攻福建的时候，他投靠元朝做了“民兵”，立了不少战功，此后占领很多城池，发展壮大，长期占据福建，虽无大志，飞扬跋扈，却对元朝尽忠尽责，在福建的根据地也算是比较坚固。
朱元璋在福建的策略是兵分三路，分别是胡廷瑞率领的骑兵从江西出击，作为正兵，以正面攻击，让陈友定误以为这是主力，诱使他派重兵相对；而另一路则从水路，派汤和、廖永忠从明州以舟师攻福州，作为奇兵，所谓奇兵是让敌人无法预料，突然袭击；另外还派李文忠从蒲城去攻建宁，这一路视为疑兵，用来分散陈友定的兵力。
各军部署妥当，朱元璋知道这次出击虽然让胡廷瑞所属的骑兵做正兵，但他并未把所有的重托都放在胡廷瑞那里，胡廷瑞不过是个幌子，用来诱惑陈友定，真正的主力其实是汤和、李文忠，这样的布局是故意让陈友定分不清主次，无以应对。
汤和与廖永忠从海路到了福州后，并未出击，先派使者到延平送招降书给陈友定，顺便打探陈友定的情形，这招降书不过是宣战书而陈友定则当众斩了汤和派去的使者，这使得汤和非常愤怒，立即通告两路将领，看来陈友定是已经做好了备战的工作。且兵探回来报告说，陈友定在福州城，环绕城墙设垒筑台多处，并派了勇士相守，福州和延平在军事上构成犄角，护卫援助。
得知信息后，汤和、廖永忠猛攻福州，同时李文忠攻建宁，胡廷瑞攻延平，三路齐下。最先被攻下的是福州，陈友定的主力军都在延平，而胡廷瑞则故意边打边绕，不集中攻击。攻下福州后，汤和、廖永忠直奔延平，援助胡廷瑞齐攻陈友定的主力军，陈友定和他的将士誓死守城，城最外围的守将和守兵都被打败了，而最里面的守护非常严实，城门久攻不下，城墙难以穿越。汤和他们一直围攻十天，最后城内的陈友定兵力不足，难以抵抗，方才城破。
陈友定知道，即便自己投降也不会有什么好的结果，强命他的儿子与他一同自杀。汤和他们仅仅花了半个月的工夫就攻下陈友定的老巢延平，又用了几个月的工夫整顿接管福建地区的城池和百姓。
而征两广的军事策略，朱元璋也是兵分三路前进。周德兴和杨璟由湖广南攻广西，陆仲亨从韶州直捣德庆，另一路则是平定福建的水师，由汤和、廖永忠率领，从海道直袭广州。
这一次，朱元璋并没有让三路兵士同时出发，而是分时段进行，以减少损失，同时也避免远方作战将士混乱的状态，所谓“将在外，君命有所不受”，而附近都是自己的兵士，并非同时进攻，就容易调度协调，增援进退也都容易指挥。
周德兴所率领的兵士最早出发，从衡州推进广西，先经过血拼占领了永州，又攻下全州，最后攻入桂林地区。这一路兵所遇到的抵抗势力最大，障碍也最多，但周德兴有绝佳的指挥才能，也有极强的适应能力，最后都成功地达到了目的。第一路军初步告捷的时候，朱元璋立即让陆仲亨出兵北江和西江地区（今桂林一带），切断广州和靖江的交通要道，阻止两广之间的援助和后退路线。然后让廖永忠派人向元将领劝降，并把来攻的军事力量夸大数倍，进行威吓，最后江西福建行中书省左丞何真归降。何真一归降，广州和附近的州县不战而下，都顺利收归。
此时，在两广的大好形势下，朱元璋又让廖永忠派兵沿着西江进入广西，与周德兴会合，同时围攻靖江，靖江很快被攻破，广西被平定。
朱元璋抓住最好的时机，抢先东征南伐，以他出色的军事部署能力，很快就平定福建，收归两广，扩大了地盘，也充实了军力，为北伐元军打下基础，也为自己霸业的形成做了漂亮的注解。