王会中回到科大后，几个部门都想要他。最后校长说，还是去学校的企业吧。这个安排正好符合王会中自己的想法。于是，第一年他开始熟悉情况、搞调研，第二年被任命到校开发总公司，几个月后就接任了总经理。
大学办企业，并不一帆风顺。像清华紫光、北大方正那样的企业，也是在逐步摸索中才完成了社会化和市场化的过程。许多校办企业，如今也销声匿迹了。具体到科大的企业来说，当时大的行业背景也不是很好，整个中国钢铁行业的利润不过30亿元左右。王会中发挥了自己沉稳实干的精神，边干边探索，完成了学校周边商业开发工作，以学校为依托面向社会办起了科技孵化园，后来还在中关村管委会的引导下，创办了留学生创业园。
2002年，王会中没想到，在自己办起的孵化园里，自我孵化了一回。
那个时候，我国的钢铁企业开始上了一个新的台阶，全国钢铁企业所得利润额比20世纪90年代初提高了10倍，给新技术的应用提供了一个很好的产业机会。
王会中的专业特长在创业中发挥了重要作用。在钢铁冶炼过程中，对于矿石的冶炼是一个不断提纯的过程。俗话说，炼钢就是炼渣，具备很好柔性和韧性的钢材，需要分离各种杂质，在这个过程里，要不断添加一些能加快和高效提纯的特殊物质。王会中说，这些特殊物质就好像是洗衣粉，洗衣粉的质量高，洗衣服的效率就高，各种脏东西就会很快和衣服分离，衣服就洗得干净。王会中当时创办的科大方兴，是和学校一起办的，他自己和团队成员都投了资。经过几年的艰苦创业，科大方兴逐渐成长起来。特别是在2004年到2007年，王会中投入不少精力，和团队成员一起，研发出公司的关键技术。
比如“铝钙系预熔精炼渣”，应用于电炉炼钢，可以和钢水中的氧、硫发生反应使杂质快速上浮，脱硫率达到85%。除了净化钢液，还可降低电能消耗，缩短去杂工位操作时间。再比如“电炉/转炉出钢渣洗预熔精炼渣”，在出钢过程中利用钢水动力学条件进行渣洗，可以巧妙地将精炼炉的脱氧、脱硫在出钢过程中自动完成。核心产品还包括减少精炼包衬损蚀的功能渣和具有环保特性的无氟渣。
由于这些产品适用性强，深受钢铁企业的欢迎，公司的业绩也不断增长，达到了年营业额2000多万元。公司目前拥有300多平方米的办公场地和3名博士生、3名硕士生。
随着科大方兴发展和科大整个产业发展的需要，王会中在科大方兴，中的股份也不断变化。最初他占有百分之十几的股份，后来增加到了30%。公司走上正轨以后，王会中又服从学校整体大局，愉快地退出了所有的股份。担任了科大科技产业集团党委书记的王会中，现在依然兼任科大方兴的董事长和总经理。对于股份的变化，王会中表现出来的是一种坦然的态度。就像咬定自己将来一定要回国创业一样，他对个人财富看得不是那么重要，所看重的是自己对国家和对科大应尽的责任和应有的价值。对自己一手创办的企业，不论有没有个人的股份，他都充满感情，继续和团队的成员们一起奋斗。
交谈中，王会中对在美国次贷危机影响下，中国钢铁企业由于需求的减少而处于开工不足的情况表现出特别的关注和焦虑。然而，王会中坚信中国经济一定会再次走出低谷。当年亚洲金融危机，中国走过来了，结果迎来国力的大幅度增强。经济要发展，基本建设的脚步就会再次走快，钢铁行业很快还会迎来新的发展。因此，对科大方兴，王会中有信心。