2001年，一种被称为“植物疫苗”的真菌蛋白质农药获得中国专利。这项世界最先进的农药技术终于被邱德文带回祖国。然而回归之路并不平坦，就在邱德文教授取得关于细菌蛋白质Harpin的美国专利后，与美国康奈尔大学一直有着良好合作关系的美国EDEN生物科学公司迅速投入5万美元的前期款项，用以资助后续研究，并将邱德文邀请到公司任职，对基于细菌蛋白质Harpin特性的产品进行深入研发。短短4年时间内，邱德文共取得3项美国专利，植物保护产品达到世界相关领域的最高峰。邱德文也取得了事业上的又一次成功。
然而一次偶然事件的发生，邱德文一直深藏的爱国之情让他做出了影响深远的决定。当时邱德文已经凭借自己的科研成果，荣获美国环境保护委员会“2001年度（美国）总统杯绿色化学挑战奖”。这项研究成果的重大意义还在于，它促成了全世界第一个注册分子蛋白生物农药的诞生，并实现了蛋白生物农药的商业化开发。邱德文也把家人接到美国陪伴自己，在外的游子总是会格外想家，格外需要人照顾。在一次美国EDEN公司的大会上，一位负责人十分自豪地对所有员工说，“我们的技术是世界上最好的，这是我们美国人的骄傲！”说者无心，听者有意。“如果我是在中国，一定也能发现这样的研究成果，一定能取得更大的突破。”台下的邱德文暗下决心，“我要回国！”
此时的邱德文通过对细菌蛋白质Harpin的研究，已经逐渐发现了现有产品的不足和需要改进的地方。由于Harpin蛋白的过敏性广泛存在于生物界，邱德文相信，在其他生物体内也一定存在类似的蛋白质，其性能可能更优于Harpin蛋白质。如果这项研究获得成功，那么相关成果同样可以用于高效生物农药的开发，为亿万中国农民带来福音，并造福全人类。而祖国注定将为他的研究提供更广阔的空间，回国效力也是每一位海外学子的毕生理想。
2001年，他踏上了飞回北京的客机。
回国之后，邱德文先后主持了“973”、“863”课题。经过不懈的努力，他将生物活性蛋白项目纳入了“863”课题，为开展这项意义重大的研究提供了一个坚实的平台。邱德文亲自主持课题研究，在北京、湖南、广州等地做了大量科学实验，他和同事们一道，长期深入田间地头，收集、对比实验数据，经过几年的艰苦努力，终于在几种真菌中找到了具有独特生物活性的植物激活蛋白，这是国际上首次发现我国具有自主知识产权的由真菌产生的农作物抗病增产蛋白。更令人欣喜的是，正如预计的那样，新发现的蛋白质不具有类似于Harpin蛋白质的过敏性，而是表现出更加稳定、安全和无副作用的优越特性。