对外战争是国与国之间的较量，而隐藏在背后的则是统治着国家的大家族之间的利益纷争。面对外敌的入侵，爱新觉罗家族励精图治，毫不客气地予以反击。既维护了国家的利益，也维护了家族的利益。
清·锤胎珐琅八宝满族统一东北后，沙俄侵略者在短短50余年的时间内，便扫过西伯利亚平原，行程六千公里，于皇太极改国号为大清的崇德元年，抵达了太平洋沿岸。在清军进入山海关前半年（1643年10月），俄军文书官瓦西里·波雅尔科夫带着90名哥萨克武装翻越外兴安岭，闯入黑龙江流域的中国领土。
由于那时清朝正全力以赴向南镇压汉族各阶层的反抗，沙俄侵略者便利用清政府无力北顾的机会，于黑龙江上大肆抢劫。在康熙帝出生前后的十数年间，清朝驻守在宁古塔的驻军也数次与居住在黑龙江中下游及松花江下游的各族人民配合下进行反击，给侵略者以沉重打击。到康熙帝即位时，除黑龙江上游的尼布楚等少数据点外，黑龙江流域其他地区的俄军据点已全部被攻克。
康熙四年冬，俄军重占中国领土雅克萨，并自贝加尔湖南下，侵入中国喀尔喀蒙古地区，并建立楚库柏兴和尼布楚等据点。康熙帝刚刚亲政，就又传来更令人气愤的消息：在沙俄煽动下，索伦族酋长根特木儿背叛朝廷，逃奔尼布楚，这使边疆问题更加严重起来。
康熙继位之后，俄国侵略军继续向我国边境窜扰。康熙四年（1665年），俄国向中国进行了新的侵略扩张活动。一是南下侵占我喀尔喀蒙古管辖的楚库柏兴，一是东进，再次窜犯雅克萨。而且，俄国侵略军逐渐改变了入侵方式。十七世纪五十年代，俄军在黑龙江上作长距离的流窜、骚扰。这次新进攻开始后，俄侵略军为避免孤军深入，转而采取建立侵略据点、逐渐推进的方式。除尼布楚、雅克萨、楚库柏兴三个最重要的据点外，他们还在黑龙江中下游地区建立了一些较小的侵略据点。他们修筑工事，巩固堡垒；开辟道路，保持和后方联络畅通；从据点派兵四处推进，再建新据点。他们以据点为掩护，不断抢掠我国索伦、赫哲、费牙喀、奇勒尔等各族人民的财物和人口，“构乱不休”，“子女参貂，抢据殆尽”。虽然中国军民拼力抗击，但未能最后阻止俄军的侵略活动。这样，六十年代以后，俄侵略军在中国，从贝加尔湖到黑龙江流域建立了它的殖民统治。
康熙亲政（1667年）后，面对着的正是这样一种被动局面。他深深地意识到，这是一大祸患。此患不除，边疆不固，祖宗发祥地不安，而且侵略强盗得寸进尺，如不加制止，后果不堪设想。东北地区是清朝的老基地，向来关内有事，从关外调兵。若危机不解除，便很难发挥这种机动作用。困此，康熙把抗击俄国列为本朝大事。
康熙帝在加强了对中原地区的统治之后，为了保卫边疆不受外来侵犯，决定采取坚决的自卫措施，出兵反击，彻底清除这伙沙俄侵略者。康熙帝奉行的方针是军事斗争、外交谈判和充实边防三者并举。他总结了中国军民30多年来和俄国侵略者进行斗争的经验，制订了周密的计划，进行了细致的准备工作。1682年4月，康熙帝到盛京（今沈阳）谒陵后，由抚顺、兴京、哈达城（今西丰），出柳条边，5月到船厂（今吉林市），航行于松花江上，亲身视察边防情况。9月，康熙帝派副都统郎谈、一等公彭春率领几百人，以捕鹿为名，到雅克萨附近侦察地理形势和水陆交通。1683年1月，郎谈等回到北京报告，认为要攻取俄罗斯并不难，只要发兵3000人就足够了，并建议立即行动。康熙帝没有同意这种单纯从军事上考虑的意见，认为必须作更充分的准备，先在黑龙江（今爱辉）和呼玛尔两地建城驻兵，储存粮食，修造船只，筹划屯田，开辟驿路，以求战而能胜，胜而能守。
1683年夏天，康熙帝下令设立黑龙江将军，由副都统萨布素担任，驻守瑷珲（今爱辉），并先后3次调兵3000人进驻，保卫黑龙江流域，准备剿灭入侵的沙俄侵略者。
清军在做好军事进攻的同时，为了争取和平解决雅克萨问题，曾多次派人送信给盘踞在雅克萨的沙俄侵略者，要求他们撤离中国领土，回到俄国境内，不要扰害中国居民，否则大军进剿，将全部歼灭。但侵略成性的沙俄侵略者，对中国的警告置若罔闻，反而招募新兵，增强雅克萨的兵力，并任命有作战经验的军役贵族托尔布金为阿尔巴津督军，来雅克萨指挥作战。
康熙帝在对沙俄侵略军进行警告和劝说多次无效之后，决定出兵剿灭这伙侵略者。在清军的猛烈攻击下，俄军头目托尔布金竖起了降旗。清军接受了俄军的投降，并对他们采取宽大态度，准许700多名俄国人撤出雅克萨，经额尔古纳河，返回俄国，另有巴什里等45名俄兵不愿回国，要求留在中国。随后清军回到瑷珲。
托尔布金从雅克萨退到尼布楚，但侵略中国的野心不死，仍想卷土重来。这时，由彼顿率领的600名援军到达尼布楚，俄军的力量增加了。同时，他们打听到，清军战胜后已全部撤回瑷珲，并没有在雅克萨留兵驻守。因此，托尔布金和彼顿立即率军重新占据雅克萨，并全力构筑城堡工事，筹集粮草，妄图负隅顽抗。
俄军再次侵占雅克萨，清政府不得不又一次出兵。1686年3月，康熙帝下令：今俄军复回雅克萨筑城盘踞，若不速行扑剿，势必积粮坚守，图之不易。令将军萨布素等率所部2000人，攻取雅克萨城。7月，萨布素奉命率所部2000余人及福建藤牌兵400人进抵雅克萨，随即围城进攻。经过两个多月的攻城和围困，俄军损失惨重。9月底，俄国头目托尔布金被击毙，城中俄军大多战死或病死，800多俄军最后只剩66人，粮食弹药也消耗殆尽，困守雅克萨的俄军只有徒手被擒。
康熙帝为了彻底解决沙俄侵略黑龙江流域的问题，以求得边界上稳定的和平，多次写信给沙皇，谴责俄国对中国的侵略，建议他撤回侵略军，派使议界。1686年9月，清政府又委托从北京回国的荷兰使臣宾显巴志带信给俄国沙皇，建议两国休兵，举行谈判，共同议定边界。
1686年11月，正当雅克萨围城指日可下的时候，一批俄国信使由文纽科夫和法沃罗夫率领，从莫斯科来到了北京，递交沙皇要求解除雅克萨的包围和派使臣戈洛文来华议定边界的信件。康熙帝同意了俄国沙皇的请求，下令停止战斗，解除对雅克萨的包围，并实现单方面撤军。11月底，清军停止进攻。1687年5月，清军撤离雅克萨返回瑷珲，等待俄国使团的到来。进行两年多的雅克萨战争到此结束。
1686年冬，雅克萨停战后，中俄两国立即准备派使谈判，划分中俄东段边界。
当时，沙俄由于在西方同波兰争夺乌克兰，进行了多年战争，和土耳其、瑞典的关系也很紧张，同时国内人民不断起义，兵疲财乏，困难重重，没有力量再派兵到远离欧洲的黑龙江流域大规模作战。沙俄政府为了缓和远东方面的紧张局势，确定了暂时避免同中国发生武装冲突，设法同中国建立贸易关系，谋取商业利益。所以，当它在雅克萨一战中受到沉重打击后，一批俄国信使由文纽科夫和法沃罗夫率领，从莫斯科星夜奔驰，于1686年11月来到北京，递送沙皇给康熙帝的书信，要求清政府停止攻打雅克萨，等待戈洛文使团到达，进行谈判。
这时的清政府也不愿大量用兵对外作战，不主张单纯用武力解决俄国入侵黑龙江流域的问题。因为清政府在和俄国长期交涉的过程中逐渐地意识到，没有强大的武装，不建立巩固的边防，不经过激烈的战争，不可能劝说俄国放弃侵略，撤出中国领土。同时，清政府也懂得，中俄两国都是封建大国，不可能用军事力量压服彼此，只能通过和平谈判，商定两国都可以接受的边界线，才能有边境上的安定，才能保持长期的和平。正是鉴于这一认识，即使在雅克萨战争期间，清政府也没有放弃和平解决同沙俄入侵的争端问题。康熙帝就曾多次写信给沙皇，一面谴责俄国对中国的侵略，一面建议他们撤军谈判。因此，一经沙皇要求停战谈判，清政府就立即下令停止对雅克萨的进攻，并于1687年单方面撤离雅克萨，等待俄国使团到来。
沙俄虽然提出谈判解决黑龙江流域问题，但并不想轻易放弃侵占这一地区。1686年1月，沙皇决定派御前大臣费奥多尔·戈洛文出使中国，谈判边界问题。沙皇在发给戈洛文的训令中指出：一、俄中两国应力争以黑龙江为界；如果中方不同意，则争取以牛满河（今俄罗斯联邦境内布列亚河）、精奇里江（今俄罗斯联邦境内结雅河）及其以西的黑龙江为界；如中方再不同意，则争取以雅克萨为界，俄国人得在黑龙江、牛满河、精奇里江渔猎。二、如中方不接受上述划界方案，则俄国使臣应争取缔结临时停战协定，然后做好准备，进行战争。同时又指出，为了达到这一目的，大使应不惜赠送任何礼物，向中国使臣行贿。这一训令表明，当时俄国政府的基本方针是企图通过外交谈判取得黑龙江以北的全部或一部分中国领土；如果在谈判桌上达不到目的，就准备再次诉诸武力，以求一逞。
清政府对黑龙江流域的主权观念极为明确。1688年，清朝康熙帝任命侍卫内大臣索额图为大臣，全权与俄使议界。康熙帝指出，俄罗斯占据的尼布楚是中国茂明安部游牧的地方，雅克萨是中国达斡尔族居住的土地。因此，尼布楚、雅克萨、黑龙江流域和通此江的一河一溪，全是中国的领土，不可少弃之于俄罗斯。如果俄国同意这些条件，就和它划定疆界，准许它通使贸易。否则，你等即还，不便与它议和。这个方针的基本点，就是要求收回包括尼布楚在内的被沙俄侵占的中国黑龙江流域的广大领土，双方在平等的基础上议定中俄边界，并建立正常的外交和通商关系。
中俄两国经准备后，商定于1688年在色楞格斯克进行谈判。这年5月30日，中国使团从北京启程去色楞格斯克，7月下旬行抵克鲁伦河附近，因准噶尔部进犯喀尔喀蒙古，道路阻隔，无法通行，索额图使团不得不返回北京。又和俄国代表拟定，会谈改为1689年在尼布楚举行。
在此期间，俄国政府考虑到了当时的形势，感到坚持吞并黑龙江流域，必然会遭到中国政府的拒绝。为了避免冲突，并争取同中国达成贸易协定，打算在中国坚持收复黑龙江时，暂时放弃对黑龙江流域的侵略。沙皇于1689年初训令戈洛文，让他在中国坚持要俄国交出雅克萨时，毁掉那里的城防，撤退俄国居民。但为了给俄国以后侵占黑龙江流域留有余地，让戈洛文要求中国也不许在雅克萨设防。
清政府为了能够早日和平解决黑龙江流域的问题，也打算做出更大的让步。1689年6月，中国使臣索额图去尼布楚会谈前，上奏康熙帝，准备按原议，以尼布楚为界。康熙帝认为，以尼布楚为界，俄罗斯派使贸易都没有栖托的地方，势难相通。他指出，初议可以提出以尼布楚为界，如果俄使不同意时，可以额尔古纳河为界。这样，中俄两国的主张逐步接近，为尼布楚会谈达成协议奠定了基础。
1689年6月13日，清朝索额图使团自北京启程，出古北口北行，7月31日到达尼布楚，在石勒喀河南岸扎营。使团成员有：领侍卫内大臣索额图、都统一等公佟国纲、都统郎谈、都统班达尔善、黑龙江将军萨布素、护军统领玛喇、理藩院侍郎温达，翻译是耶稣会士法国人张诚（法国名字弗朗索瓦·热拉皮翁）、葡萄牙人徐日升（原名托马斯·佩雷拉）。
俄国戈洛文使团1686年2月从莫斯科出发，1687年9月到达贝加尔湖东岸，在那里停留了两年之久，1689年8月19日才到达尼布楚。使团成员有：御前大臣戈洛文、伊拉托木斯克总督符拉索夫、秘书科尔尼茨基。
双方经过一段时间的准备，于8月22日开始正式会谈。判断一开始，俄方代表就提出两国以黑龙江至海为界，左岸属俄国，右岸属中国，妄图在谈判桌上取得它用武力未能得到的黑龙江以北的大片领土。这一蛮横无理的领土要求，当即被中方代表严词拒绝。索额图明确阐述黑龙江属地是中国的领土，提出两国应以鄂嫩河、尼布楚一带划界。双方辩论了一天，没有任何结果。8月23日，中俄双方使臣举行第二次谈判。俄方开始仍坚持原方案，中方坚决拒绝。双方各不相让，谈判呈破裂状态。戈洛文见第一方案行不通，便稍微降低要价，企图以牛满河或精奇里江为界。索额图抱着早日缔约划界的愿望，一方面明确表示不同意俄方的第二方案，另一方面则主动做出让步，表示可以把尼布楚让给俄国。俄方对中方的这一让步仍不满足。
从8月24日开始到9月6日的半个月中，两国使臣一直没有会谈，但双方通过译员继续进行商谈。在多次的协商过程中，中方代表据理驳斥了俄国代表的无理要求，并做了一定的让步。俄国代表在中国代表的坚持下，也表示不再坚持占据黑龙江，双方意见渐趋一致。自8月22日两国全权使臣举行首次会议以来，双方往返交涉达16天之久，终于在一切重大问题上全面地达成协议。9月7日（清康熙二十六年七月二十四日），中俄两国签订了第一个边界条约——《中俄尼布楚条约》，条约共六款，明确规定中俄两国东段边界以外兴安岭（即斯塔诺夫山脉）至海、格尔必齐河和额尔古纳河为界，凡岭南一带土地和流入黑龙江的河川，全属中国；以北一带土地及河流，全属俄国。
乌第河流域划为待议地区，留待以后再议。俄国事实上承认侵略中国黑龙江地区为非法，同意把侵入这一地区的沙俄军队全部撤回本国。沙俄通过《尼布楚条约》把中国方面让予的贝加尔湖以东尼布楚一带地方纳入它的版图，并获得重大的通商利益。中国政府作了让步，条约的签订使东北边疆获得了比较长久的安宁。在以后的150多年间，两国按照这一条约管理边界，使黑龙江流域在此期间没有发生过重大的边界冲突。