变法中所制定的所有的政策，必须要靠切实可行的制度以及可靠的官员来推动进行。王安石拥有在地方任职的实际经验，他自己也很重视这些经验。因此在进行变法时，他首先对中央政府的一些政治机构进行了改革。由于新法偏重于经济和财税，因此王安石便设立了“制置三司条例司”以配合新政的进行。另外，他还设立了“提举官”，派遣到各地去监督、推动新政的实施。王安石虽然具有较为丰富的地方工作经验，但是缺乏在中央政府工作的经验，以及在人事协调方面的技巧。正因为如此，在对人的能力及性格的判断上常犯错误，这从他在变法中的用人可以很清楚地看到。
王安石进行的新政看起来一切似乎都很合理，都很符合中央政府及老百姓的要求，这些也确实是当时所需要的，其中一部分也是他任地方官时的成功经验。不过，王安石认为这样就可以通用于全国，则多多少少有主观认定上的错误，也就是犯了以偏概全的错误，这对于变革而言，是致命的。
秦始皇曾经将在秦国成功实行的法律制度在统一后的大中国实施，造成了秦朝在政权建设及运转上严重的错误，这也是秦朝成为一个短命王朝的一个不可忽视的原因。王安石为明州鄞县知事的时候，对读书和写文章很是用心。他努力进行水利建设，起堤堰，掘陂塘，官府贷给农民的谷物在偿还时只需付很低的利息。这样做还可以使官仓里的谷米进行循环。他还创建学校，实行保伍制度，这一切都很成功。新政在这里的成功实施，让王安石看到了希望，但他没意识到以此新政实施于全国会产生什么问题和连锁反应。
的确，中国的地方太大了，各地的风俗习惯、政治、经济、文化等差异很大。在宋朝时，由于经济重心南移已经完成，所以在长江流域以南经济十分繁荣，而中原地区则处在一种严重的停滞状态。或许有些地方确实需要新法，但有些地方或许就不是那么迫切，新法的实施必然会改变人们原来的生产和生活方式，对于因循守旧、求稳怕变的人来说，难免会有顾虑，新法实行起来有阻力也是必然的。当然，最重要的一点是，中央的政令很难真正有效、不走样地在各地区被执行。
在新政推行过程中，最严重的问题就是政府与民间无法进行有效的交流，而且官僚集团基于自身特权及利益的维护，根本不愿让新政成功，使得在执行上产生了非常严重的扭曲及偏差。例如，青苗法本来是一种救济贫农的方法，王安石曾骄傲地说，只要实施两年，全国所有的农民都不会再有春天无钱买秧播种的现象。理论毕竟只是理论，理论上可行的东西，在实际执行中就未必可行了，而且还可能产生相反的效果。当年王安石担任地方官的时候，由于地域狭小，行政层次简单，对于信息的了解和分析，能够比较充分和符合实际情况。因此，他可以贷粮给农户，而且监督和管理成本也相对较低，使得这一个农业贷粮系统可以有效运行。另外，虽然没有上级政府的考核压力，像王安石这样有着良好的道德品质的人，也不会利用职权搞腐败。而且王安石对那些因为各种原因暂时无法还本付息的农户，肯定不会强迫他们拆屋卖地卖儿卖女来还钱。地域狭小，管理层次简单，对信息的及时了解和分析，具有良好的道德品质，这些因素决定了青苗法可以低成本地有效运行，这也是青苗法在王安石任职的地方推行获得巨大成功的根本原因。但是，青苗法全国实际执行的结果是：青苗虽然只取两分的利，但农民实际付出的远远不止这些，包括手续费以后就达到七八分，要比理论上的高出了好几倍。表面上看着利低，但由于手续繁琐，加上其他一些不必要的费用，实际的利息甚至比高利贷还要高了。据史料记载，利息竟然高达原来的35倍，其恶劣程度可见一斑。
原来是变法的中坚人物的苏辙就曾经警告过王安石：“青苗法的这些钱借给农民，是为了解决农民的燃眉之急，而不是政府去赚利息钱。但一旦这些钱借出去了，也就在所难免地为某些贪官污吏制造了贪污的机会，国家虽然明令禁止这样做，但也无法完全禁绝。还有就是，农民借到的这些钱，难免会用于他处，等需要还钱的时候，他们就拿不出钱来了。此时，须按照法律来进行惩罚，势必增加地方政府的麻烦。”王安石回答说：“你说得很有道理，我们得从长计议啊！”由此可见，新法在实施过程中的确困难重重，而王安石在进行变法时根本没有将这些问题考虑进去。变法的中坚人物苏辙，在退出新党时曾经说过，王安石新法的目的就在于为国家增加财富，但新法属于计划经济，忽略了人性的一面，不懂得利用人的心理来处理事务，所以想收到实际效果恐怕就很难了。如果再加上官员在执行过程中有私心，问题势必更为严重。例如，吕惠卿等人根本就不是真心变法，也不如王安石那样清廉爱民，只不过是一个投机的政客而已，因此在政策的执行上，几乎无法避免严重的扭曲。
王安石没有很妥当地处理与同僚的关系，而且变法也没有把推行变法与整顿吏治很好地结合起来，这也是一个严重缺陷。王安石在变法时，对反对派毫不留情地予以打击和排挤，就扫清变法障碍而言，此举无可指摘。然而，对那些只是指责新法过失、并无恶意的大臣，以及居于中间立场的大臣，王安石也没有采取积极措施争取他们，而是一律予以压制，把他们推向了反对派一方，壮大了反对势力，给改革造成了十分不利的后果。而宋神宗出于权力均衡等原因，对王安石进行牵制，使王安石对变法障碍的清除没有收到很好的效果，让反变法派得以不断攻击、阻挠变法，使新法推行举步维艰。变法之初，王安石就提醒宋神宗不要为异论所惑，宋神宗表面允诺，却又把司马光、冯京、文彦博等反对派留在朝中，以牵制和监视变法，为反对派阻挠变法提供了条件。他们在等待时机，一旦取得权力，就开始全面废除新法。
王安石把重点放在经济改革方面，急于推进变法，以对变法的态度选人用人，任用了吕惠卿等一伙道德品质很坏的势利小人，撤职、调离了一批反对“急进式”变法、主张“渐进式”变革的优秀官员，这就埋下了扭曲变法、人事纠纷和“窝里斗”的祸根，导致变法派内部分裂，不能齐心协力。用人不当，造成变法派成员良莠不齐，出现了危害百姓的现象，使变法派的社会政治形象大打折扣。变法本来就有问题，像吕惠卿这样的小人们再在其中上下折腾，结果可想而知。新法的推行，也因这些人的影响而被严重扭曲。某些新法条文本身虽然不错，但一到贪官污吏手里便走样变形，引起百姓不满。在吏治不清廉、官僚地主的阻力没有扫清之前，改革是会遇到许多意想不到的困难的。王安石的一位学生曾经对此评论道：“法非不善，但推行不能如初意。”
失败的原因，远远不止这些。例如，王安石个人意志力特强，坚如磐石，正像他的名字一样，他做事提倡的是雷厉风行、大刀阔斧，但优点过于突出了，往往会变成缺点。改革不但需要勇气，更需要政治智慧，而有时候后者更重要。王安石是个坦坦荡荡的君子，从不结党营私，但是缺乏斗争策略。一是不会团结人，凡是与自己意见不合的，一律“道不同不相为谋”，没有做到积极争取大多数，最大限度地孤立反对派。结果既不能得到朝内元老派的支持，也不能得到老百姓的理解，被群起而攻之。二是他做事过于仁义，对自己的对手只是逐出朝廷，至多是予以排挤，而没有置自己的对手于死地，没有做最坚决地斗争，给了反对派卷土重来的机会。
王安石最大的不幸是遇到了司马光，针尖对麦芒，水火不相容，这真是“既生瑜，何生亮”。但有一点他们二人是相通的，那就是为国为民，他们都认定自己是在为苍生社稷谋福祉。
司马光的眼光过于狭隘，王安石的眼光过于超前。有人一语中的：天还没有亮，而王安石却起了个大早。
本来都是以拯救天下苍生为己任的两个人，本来可以吟诗唱和把酒言欢的两个人，却因政见不同而变得水火难容、视如仇敌。走不到一条战线上的王安石和司马光注定要分道扬镳渐行渐远。“坏人台上唱戏，好人台下唉声叹气”，恰恰相反的是，王安石与司马光都不是坏人，悲剧的根源在于他们既不能互相理解，更不能得到天下人的理解。