王安石在宋神宗支持下进行变法，从一开始就遭到许多人的反对。以司马光为首的反对派在曹太后和岐王赵颢的支持下，对新法进行了全面的攻击。守旧派反对改革，首先制造谣言，阻挠王安石上台参与大政，王安石以身许国，义无反顾，面对流言，毫不畏缩。
公元1067年，神宗刚把王安石调到京师，守旧派就预感到力主改革的他将被重用。一时间，朝廷中刮起一股阻挠王安石参政的阴风。当他被任命为参知政事后，御史中丞吕诲急不可待地捏造了王安石十大罪状，攻击他“大奸似忠，大诈似信”。当时王安石刚上任几个月，连司马光也感到惊讶，觉得吕诲操之过急。
神宗看完吕诲的弹劾文，立即退回，弄得吕诲难以下台，不得不要求辞官，神宗于是让他任邓州知州。王安石推举他的好友吕公著（前任宰相吕夷简之子）代替吕诲任御史中丞。
韩琦规劝神宗停止实行变法，神宗有些犹豫，刚想同意韩琦的意见，王安石立即要求辞职。后来，司马光为神宗起草的诏书中有“士大夫沸腾，百姓骚动”等言语，使王安石大怒，他立刻上章为自己辩护。
神宗深感王安石的说法有道理，于是没有采纳韩琦的意见，而继续任用王安石管理政事。
反对派认为，变法针对那些地方富豪是不应该的，他们是国家政权的基础，如果把他们都搞垮，一旦边境形势紧张，需要兴师动众，军需钱粮将没有着落。他们反对保甲法，担心保丁习武，一旦出现灾荒，保丁就会拿起武器造反，成为国家的大患。对于青苗法，反对派认为实际上是在放高利贷，有损朝廷体面，而且荒年借贷肯定要亏本。在推行免役法上，曹后、高后亲自到神宗面前哭诉，说她们的亲属被强迫交纳很重的免役钱，恐怕京城会因此发生动乱。
对于反对派的责难，王安石据理反驳，毫不畏惧。
王安石变法指导思想是正确的，目标是明确的，法令措施是可行的，推行步骤也比较适当，效果也较为明显。可是，由于北宋社会的复杂性，变法实施之后又出现了一系列问题，使得王安石的变法之路举步维艰。
其中对变法影响较深的是市易法的推行。在北宋社会，大商人操纵和控制了各种交易，他们压低价格收购各种商品，却以很高的价格批发给小商人和普通市民，投机倒把，垄断市场。在巨商大贾们富得流油之时，小商人和老百姓却只能勉强度日。
种种弊端，在朝的大小官员心里都很明白，却没有一个人能够上书皇帝。在他们看来，商业之事不是读书人所该关心的，但王安石对此事却给予了高度重视。他意识到社会财富的分配，因为这些豪商巨贾的欺行霸市、操纵市场而变得不合理，必须扭转这种局面。
恰好，熙宁五年四月，有一个穿着十分破旧的中年人到王安石府上进言。这个人名叫魏继宗，没读过几年书，是个普通百姓。王安石见到他写的文章粗俗浅薄、错字连篇，但还是硬着头皮读了下去，读到最后，他发现此人对当时的社会问题颇有见解。
魏继宗在文中写道，在现在京城之中，物价上涨非常厉害，同样的东西，在这个月卖一贯钱，到下个月可能就变成了五贯。这种情况严重影响了百姓的生活，这全都是豪商巨贾们操纵市场、投机倒把的结果。因此，魏继宗建议官府出面，动用钱财，买卖商品，平抑物价。
王安石执政以来，一直动员百姓建言献策，可是响应者寥寥无几，魏继宗的上书使他非常兴奋，尽管文章错漏百出，但却有一定的见解，而这正是王安石所思考的。经过一系列的准备，王安石制定实施了“市易法”。
王安石在对待这个问题上，有他自己独特的办法。他命令市易务在京城的御街东边摆了数十个水果摊，命官监进行贩卖。在他的主持下，市易法取得了初步的成效，市场物价趋于稳定，官府的财政收入有了很大的提高。
然而，中国社会自古以来都是鄙视商业的，视农业为本，商业为末，这在传统文人的思想观念中表现得尤为明显。老臣文彦博看到这种情况，便上书皇帝说：“就为了这么一点点蝇头小利，就与商人斤斤计较，这不是有损国体吗？外国使者看到了，会让人家看不起的，而且堂堂的朝廷命官，竟然上街叫卖水果，真乃我大宋王朝的耻辱啊！”
文彦博的观点代表了当时朝廷中大多数官员的看法。王安石的这一法令在当时的确有些超前，以至于连皇帝都接受不了，在看了文彦博的奏折之后，神宗对王安石说：“让市易务卖水果，你也太不像话了，确实有伤国体，不要让他们再卖了。”
王安石立刻回答道：“为什么卖其他商品就不伤国体，卖水果就是有伤国体呢？历来政府禁止私盐，卖公盐时不也是一斤斤地卖吗？也没见哪个朝代说朝廷贩卖食盐就有伤国体的！”神宗见王安石说的有些道理，也就没有继续坚持，但此时的神宗已经表现出对变法的动摇。
宋神宗和王安石经常不能达成一致意见的当属人事问题。王安石认为，为了能让新法顺利彻底地实行，须将一些年老没有心力办事的，及一些反对变法的官员全部罢黜，大力提拔有才华的年轻官员来推行变法。但宋神宗却不同意王安石的这种做法，因为反对变法的很多官员都是朝廷元老，名望很高，如果把这些人全部贬出朝廷，未免太不得人心了，仅从这点来看，宋神宗看问题要比王安石全面。司马光、韩琦等几位大臣都是变法的反对者，但他们资历都很深，尤其是韩琦，他是三朝元老。按照王安石的意思，他们反对变法，应把他们全部排斥在外。王安石的儿子王雱是一个态度十分激进的人，王安石的态度可能或多或少地受了他儿子的影响。据说王安石在变法之初，王雱就鼓动父亲以商鞅为榜样，要杀掉几个带头反对变法的大臣，以儆效尤。他认为只有这样，新法才能得以顺利实行。《宋史》载，有一天，王安石正在征求变法派官员的意见，问新法为何难以推行，王雱没打招呼就蓬头垢面地走过来，手里还拿着一顶妇人的帽子，大声说：“斩韩琦、富弼之头于市，则法行矣！”由此可见王的性格及态度。
由于在变法问题上分歧渐多，宋神宗与王安石的关系已不如变法初期那么密切了。神宗尽管佩服王安石的才能，但也对他的缺点非常不满。王安石非常固执，脾气很倔。有时候做事一意孤行，听不进任何人的意见，因此得了个绰号“拗相公”。他的这种性格，让他很难与朋友长期相处，这也成了他致命的弱点。原本跟王安石关系很好的朋友，有的背叛了他，有的远离了他。作为一个实施变法的宰相，这种性格对他而言是可悲的，导致了他不能团结身边的人，梦想着只靠皇帝的支持和自己的能力就能改变庞大的北宋帝国百年以来的积弊，这显然是水中月，镜中花般的虚幻。用今天的话说，王安石缺乏的就是团结协作的精神。
虽然宋神宗和王安石惺惺相惜，但免不了会出现矛盾。在对程防的任用问题上，宋神宗和王安石就有很大的分歧。
熙宁初年，程防为河北屯田都监。在职期间，他曾多次治理黄河，王安石大为赏识。熙宁五年，王安石要提升程防为押班，宋神宗表示反对，说：“虽然此人治河成效显著，但他劳民伤财、骄暴自肆，把这样的人提拔为押班，恐有朝中大臣不服。”
王安石认为宋神宗对程防存有偏见，多次在宋神宗面前替程防说好话，但无论怎样为程防说情，宋神宗始终不肯答应让程防担任押班。直到熙宁八年，提起此事，王安石还是耿耿于怀。
同样，在怎样对待李评的问题上，宋神宗和王安石发生过激烈的争论。李评家世显赫，为皇亲国戚，宋神宗对他非常信任。熙宁初年，李评曾对变法提出批评，王安石因此非常厌恶他。此后在有关李评的问题上，神宗与王安石一直争论不休。
李评在朝廷内外是一个颇受众人非议的人物，可他偏偏受到神宗的赏识，以至于宋神宗不惜得罪自己的爱臣王安石来袒护李评。原因很简单，李评久侍神宗，知书达理，熟悉典故和朝廷礼仪，又懂得一点智谋术数之学，这一点少有人及。
宋神宗既想留下李评，又想用王安石。用李评是想来拉拉家常、聊聊天，用王安石则为主持大政。一公一私，正好满足了神宗的需求。王安石则认为，这样一个为宋神宗钟爱却整天在宋神宗面前说自己坏话的人是最危险的，这也是王安石长期揪住李评辫子不放的根本原因。
王安石对李评深恶痛绝，要宋神宗将李评治罪或者外放，与皇帝争执不下。为此，王安石竟提出辞相。宋神宗没有办法，只好让步。
在这件事情上，王安石最终胜利了，可他没有意识到，在他胜利的同时，失败也在悄悄地向他逼近。因为这件事神宗伤透了心。自此以后，宋神宗和王安石经常发生争论，对王安石也不像以前那样崇拜了，对他的话也不像以前那样言听计从了，他们之间的裂痕越来越大了。