赵氏家族的“祖宗法度”，影响着赵家一代又一代的统治者，这也是赵氏政权软弱的原因所在。赵昚为了防止再次出现大臣擅权的局面，采取了各种措施以加强皇权。然而，赵昚的“志大才疏”，还是对南宋政治产生了消极的影响。
孝宗赵昚在积极处理对外关系的同时，更注重强化内部统治机能。高宗赵构后期，秦桧独揽朝政，党羽遍布朝廷，相权的膨胀对皇权构成了极大的威胁。赵昚曾亲身感受到秦桧的专横跋扈，他主政后，为了防止再次出现大臣擅权的局面，采取了各种措施以加强皇权。
即位之初，赵昚就开始着手革除南宋初期以来政治上的种种弊端。他积极整顿吏治，裁汰冗官，加强对贪官污吏的惩治力度，严格官吏的考核，甚至亲自任免地方中下级官吏。南宋建立以后，财政一直拮据，赵昚尽量减少不必要的开支，还经常召负责财政的官吏进宫，详细询问各项支出和收入，认真核查具体账目，稍有出入，就一定要刨根问底。
为了改变民贫国弱的局面，赵昚特别重视农业生产，不仅每年都亲自过问各地的收成情况，并且还十分关注新的农作物品种。一次，范成大进呈一种叫“劫麦”的新品种，孝宗赵昚专门命人先在御苑试种，发现其穗实饱满，才在江淮各地大面积推广。
赵昚在位期间，“躬揽权纲，不以责任臣下”，大到军政国事，小到州县狱案，他都要亲自过问。无论是在积极进取的隆兴、乾道时期，还是在消沉保守的淳熙时期，赵昚一直保持着这种事必躬亲的作风。这固然是为了把权力集中在自己手中，但作为一个皇帝，能够自始至终孜孜不倦地处理政事，毕竟是十分难得的。
赵昚的勤政的确达到了集中皇权的目的，许多原本该由臣子处理的政务，现在都要由他亲自裁定，臣子们只好俯首听命，很少有自己的主见。然而，这种勤政对南宋政治却产生了消极的影响。赵昚理政之细，已经到了烦琐的程度，他把太多的精力放在了细枝末节上，反而忽视了治国的大政方针。一些大臣曾劝过赵昚要先抓住国家大政，虽然他也认为他们言之有理，但一遇到具体问题，又依然故我。
在重大决策上，赵昚往往事先不经深思熟虑，就贸然施行，稍有挫折，就马上收回成命，他在位期间，朝令夕改、犹豫反复的情况多次出现，其中，最典型的例子就是他在张浚北伐、隆兴和议中的表现。恢复中原的计划最终落空，与赵昚的这种为政作风也不无关联，有人评价他“志大才疏”，还是有一定道理的。
赵昚的集权，使以宰相为首的朝廷大臣们难有作为。孝宗赵昚在位28年，先后出任宰相的有17人，参知政事的有34人之多，如此频繁地更换宰臣，这在宋朝历史上是极为罕见的。每位宰臣在任时间几乎都不长，可见赵昚的目的是为了防止权臣的出现。他为了树立起君主的绝对权威，有时甚至听信片面之词，不经过调查核实，就将宰臣免职。乾道二年，有人检举参知政事叶颙受贿，而检举之人与叶颙素来就有矛盾，赵昚在真相尚未明了之前，就将叶颙免职，之后，经有关官员查证，并没有发现叶颙受贿的确凿证据，赵昚才意识到错怪了叶颙，重新召其入朝。
淳熙二年，朝廷选派使臣赴金求河南陵寝地，宰相叶衡推荐汤邦彦前往，汤邦彦胆小如鼠，他怀疑这是叶衡要自己去送命，因此怀恨在心，向赵昚上书告密，说叶衡曾有诋毁赵昚的言论。赵昚大怒，当日就罢去了叶衡的相位，并将其贬往郴州。宰相是百官之首，赵昚却轻易罢免，反映出他对宰臣们缺乏真正的信任。
在宰臣的具体人选上，赵昚恢复了宋代立国以来“异论相搅”的祖宗家法，提倡宰臣之间存在不同的政见，以此来让他们互相牵制。宰臣们不能团结合作，虽然在一定程度上有利于皇帝控制朝政，但这种局面却给赵昚的中兴大业带来了极其严重的负面影响。
隆兴元年十二月，赵昚以汤思退为左丞相，张浚为右丞相，让主和派重新执掌了大权，主和派趁机大肆破坏张浚辛苦经营的江淮防线，最后，迫使赵昚屈辱求和。乾道年间，赵昚再谋北伐。他先是任命叶颙为左丞相，魏杞为右丞相，前者向主张恢复，后者却始终反战主和，一年之后，赵昚就觉得他们意见分歧，很难成事，便罢去了他们的相位。但是，赵昚并没有改变用人方法，乾道八年，在他任用虞允文为左丞相的同时，又将反对用兵的梁克家升为右丞相，结果使虞允文心存顾虑，迟迟不肯从四川出兵。
除了内部的互相牵制，赵昚还利用宰臣之外的政治力量来制约宰臣，这就是重用自己未当皇帝前的部属们。这些部属往往倚仗赵昚的宠幸祸乱朝政，被士大夫们指斥为“近习”。他们由于长期跟随赵昚，和他关系密切。相对于其他朝臣，赵昚对他们更为信任，遂重用他们以为耳目，这构成了孝宗朝政治的又一特点。
赵昚的近臣比较有名的有曾觌、龙大渊、张说等人。曾觌、龙大渊原是赵昚为建王时的低级僚属，由于善于察言观色，深得孝宗欢心。赵昚一登上皇位，便立即破格提升二人，让他们参与军机大政。朝臣们纷纷奏章反对，抨击二人不学无术、见识浅薄，仗着赵昚的恩宠，必将“摇唇鼓舌，变乱是非”。赵昚不但不听劝谏，反而还将反对的大臣降职免官。曾、龙二人从此更无所忌惮。
乾道三年（1167年），参知政事陈俊卿抓住曾、龙二人不法行为的证据，弹劾他们偷听、泄漏机密政事，赵昚一时激愤，将曾、龙驱逐出朝。但实际上，赵昚心里对二人还是念念不忘的。乾道四年，龙大渊死于任上。接到龙大渊的死讯，赵昚又想召曾觌回朝，但朝臣们已经猜到了他的心思，不等诏书下达，反对的奏章就纷至沓来。
乾道六年，反对最为强烈的陈俊卿罢相，赵昚立刻召回了曾觌，对其恩宠有加。曾觌一时间权势显赫，朝中文武官员多出其门。淳熙六年（1179年），出守建康府的陈俊卿两次面见赵昚，一再指出近习结党营私的危害。赵昚对朋党一向严于防范，经陈俊卿的提醒，这才开始对曾觌等人稍有疏远。
张说本以父荫入仕，后因娶高宗吴皇后之妹，遂受重用。乾道七年，赵昚任其为签书枢密院事，进入执政之列。朝议大哗，同知枢密院事刘珙耻于与张说共事，愤然辞职，中书舍人范成大拒绝草诏，赵昚只得暂时收回成命。
一年之后，赵昚再次命张说参与枢密院事，尽管这次朝臣们依然激烈反对，但赵昚仍不为所动，将持有异议的李衡、王希吕、周必大、莫济等人一并免职，强行发布了对张说的任命诏书，此后再也没有人敢公开议论这件事了。张说之所以能够得到赵昚的器重，除了他的外戚身份外，还与他在抗金恢复上的态度有关。当时，赵昚正在筹备再次北伐，而朝中大臣要么明确反对，要么犹豫观望，张说对北伐积极赞同，是除虞允文外，少数几个支持出兵的大臣之一，因此，赵昚坚持起用张说，是希望他能协助自己和虞允文，早日恢复中原。然而，张说既无才识，又无德行，他上任之后，便与曾觌等人互相勾结，倚恃恩宠，为所欲为，使赵昚大失所望。淳熙元年，赵昚罢免张说，将其贬谪抚州。
综观孝宗一朝，对外力图中兴恢复，最终却徒劳无功；对内即使重新树立起了皇权的威严，但吏治腐败、民乱迭起的状况却没有得到根本好转。
尽管如此，赵昚仍不失为南宋最想有作为的君主。他经常感叹自己功业不如唐太宗，富庶不及汉文景父子，抱怨自己还不如东吴孙权，能得许多人才。他十分勤政，以至“事无巨细，概呈御览，情无轻重，均由圣裁”。乾道、淳熙年间，南宋社会经济持续迅速发展，尽管也有过湖北赖文政率领的茶贩茶农暴动，以及广西李接领导的农民起义，但就社会政治而言，这一时期仍不失为南宋最清明稳定的时期。
赵昚锐意北伐，但内外条件却令他“用兵之意弗遂而终”。他外逢金世宗统治，对手政局稳定，财政充裕，战备严整，无懈可击；内有太上皇干扰，自己被索缚手脚，消磨锐气，有心无力，有种种的无奈。孝宗在位二十七年，有二十五年受到太上皇赵构制约。太上皇并没有如其禅位时宣称的那样，不问朝政，颐养天年，一到关键时刻，他就多方掣肘，出面干涉，例如新任命的宰执必须到他那儿“入谢”，面听“圣训”。在恢复大计上，太上皇更是寸步不让。他一再告诫赵昚：一旦用兵，对方不过事关胜负，我们却是关乎存亡；恢复事等我百年以后你再考虑吧！这也是赵昚在隆兴北伐后不再用兵的重要原因之一。
范成大像加图：《二十四史》p514的S1827淳熙十四年（1187年），太上皇赵构最终去世，赵昚还做了两年皇帝，但他却无复当年的锐气，暗中打算着禅位给自己儿子了。后人以恢复论其父子道：“高宗之朝，有恢复之臣，而无恢复之君；孝宗之朝，有恢复之君，而无恢复之臣。”此说不无道理，高宗无意恢复，但岳飞、李纲、张浚都以恢复为己任；孝宗志在恢复，仅一个虞允文也中途而殁，历史的机遇并不是尽如人意的。
淳熙后期，赵昚已经深感力不从心，开始厌倦烦琐的政事，打算让位于太子，但碍于太上皇高宗还健在，一时无法施行。淳熙十四年十月，高宗病逝，赵昚决定服丧三年，以“守孝”为由退位。
淳熙十六年（1189年）二月，孝宗正式传位于太子赵惇，时为光宗，自己退居重华宫，做起了太上皇。赵惇（1147—1200），公元1189—1194年在位，史称宋光宗，赵惇是孝宗第三子，母为成穆皇后郭氏。他43岁登基，仅仅过了两年，就患上了精神疾病。光宗的病态心理源于他对父亲的猜忌和对妻子的恐惧，在位5年间，他的病情不断加重，最后不得不在48岁时退位。宋光宗赵惇是南宋初期几位皇帝中在位时间最短的一位，他在位时间虽短，却在宋代历史上挥下了极为奇特的一笔。