一向精干的中央楼林管理员，由于竭力要这些难民保持地面整洁，今晚嗓子都喊哑了。下午他对看门人说，要孩子不在地板上小便比登天还难。看门人说：“你为什么不阻止他们？叫他们不要随地小便？”林用沙哑的声音说：“我哪能不说？！但我一回头，他们又尿了。”
今天下午5时。在我去英语部时，看见紫金山上有一条着火带，环绕在山顶部的1/3处。我不知道火是怎样烧起来的，但这意味着许多松树被毁了。
今晚9时～10时。我和陈先生巡视了校园，洗衣房姓胡的工人和他的邻居都来了。他们担心今晚有撤退的士兵过来，因为他们家有年轻的姑娘。今晚，城里是不会有多少人睡觉的。从南山公寓，我们可以看见城南仍在燃烧，下关也一样。今夜我得和衣而睡，以便在需要时随时起床。但愿黑夜快点结束。
刚好一年前的今天，蒋将军在西安事变中被拘留。
魏特琳的记性真好。她在如此混乱和紧张的时刻，竟然还能记得一年前蒋介石被困西安的事？一年前的“蒋将军”是因为不真心抗日，让他部下张学良、杨虎城二将军给逮了起来，于是有了震惊中外的西安事变。逼迫之下，中国最高领袖才不得已开始主张抗日。如今才一年，抗日之烽火燃遍东半边的中国，却是节节失败的惨景！
魏特琳显然是有所感思。这位深深爱着中国、视中国为自己第二故乡的美国传教士，她在为中国的苦难和不幸落泪、哀叹。
13日，是日军占领南京的第一天。这一天在南京城内的中国人几乎都是呆怵的，他们不知道举着屠刀进城的日本人会如何处置他们，也不知道到底自己还能做些什么？逃命？命在别人手里，如何逃？逃往何处？何处安全？
城内有个“安全区”，十几个洋人能抵挡得了几万占领军？但无论如何，“安全区”总比自家要保险些吧！大家都这么想，于是不管是百姓，还是原先的守城军，他们或拖家带口，或弃枪改装，纷纷逃进安全区……包括魏特琳她们的金陵女子学校。
“这是女子学校，男人们是不能进来的！”开始程瑞芳她们还用这样的话拦住了不少男人，后来根本拦不住。那些当兵的似乎更害怕日本兵，所以不少国民党兵甚至连衣服都没有来得及脱掉便翻墙往学校内跳。
“喂喂，你们这样进来，一会儿日本兵进来看到你们的话，在我们这儿的妇女和孩子们咋办？大家不是都不安全了吗？”一个校舍工人拉住两个当兵的男人，吆喝起来。
“求求大叔了！我们实在没地方藏了，要是回到街上，肯定被日本人砍掉脑袋的。求求你们了！求求……”当兵的中国人跪在地上，好可怜。
“让他们进吧！赶快把身上的军装脱了！”魏特琳路过，示意自己的工人放了这两个当兵的。
“谢谢，谢谢菩萨！谢谢观音菩萨！”当兵的立即给魏特琳磕头。
魏特琳直摇头。她摇头是因为这一天里她不知处理了多少类似的事。这一天南京人只做一件事：逃命。而魏特琳她们则要做几十件甚至上百件事。
这一天，她这样记录：
听说凌晨4时，日本人已从光华门入城了。重炮彻夜轰击着城门，据说是在城南，而我听起来却像在城西。城内枪声也很激烈。一夜我都没怎么睡。在半睡半醒的状态下，我感到日军似乎在追逐撤退的中国士兵，并向他们射击。由于担心出事，我们没有一个人是脱了衣服睡觉的。
5时过后，我起床到学校前门，那儿一切都很平静，但看门人说，大批撤退的士兵从门前经过，有些人还乞求给他们一些老百姓的衣服。今晨，在校园里也发现了不少军装，我们的邻居也想进来，但我们试图说服他们，如果他们在安全区内就和我们一样安全，安全区任何地方应该都一样安全。
今天早上，我们学校门前的那个粥厂终于开张了，我们根据难民们到校园来的先后次序，依次向各幢宿舍楼发送早饭。这顿饭到10时30分结束。下午我们将再开一次饭。
……下午4点，有人告诉我们，西面山头上有好几个日本兵。我去南山公寓察看，在我们的“西山”顶上果然站着几个日本兵。不久，另一名工人叫我，说有一个日本兵进了我们的家禽实验场，索要鸡和鹅。我立即赶过去，用手势告诉他：这里的鸡不是出售的。
在经历了猛烈的炮击与轰炸后，城市异常平静。三种危险已经过去——士兵的抢劫、飞机的轰炸和大炮的轰击，但我们还面临第四种危险——我们的命运掌握在取得胜利的军队手中。今晚，人们都十分焦虑，因为不知道未来会怎样。
晚上7点30分。食堂负责人报告说，日本兵正在强占我们校门对面有大米的房子。我试图同这批日本兵的头目取得联系，但没有结果。门口的卫兵凶神恶煞，我真不愿意看到他。后来，我为此事见了拉贝主席，他们说明天来解决这个问题，但所有的人都一致认为，在处理这个问题时必须谨慎从事。
今晚南京没有电灯，没有水，不通电话和电报，更没有报纸、广播。我们所有的人确实被一个无法穿透的区域隔开了……
这便是生命孤岛。
12月14日，南京城内的日本兵到处在抓人杀人，主要是针对那些没有逃出城的放下了武器并躲藏在各处的中国守城军人。大街上已经到处血流成河，而日军制定的“扫荡”计划才刚刚开始，且直指拉贝领导的“安全区”内……
“安全区”内的人此时并不知道外面正在发生什么事，更不知道日本兵已经举着屠刀往他们这边冲杀过来。
魏特琳只知道做她们能做的事。
今日来的人更多，都是安全区内逃来的，因日兵白日跑到他们家里抢钱、强奸。街上刺死的人不少，安全区内都是如此，外边更不少，没有人敢去，刺死的多半是青年男子。今日五百号三楼也住满了。中午有七个兵从三百号后边的竹篱笆跳过来，华小姐不在，只好随他们吧……魏师傅今早送信到鼓楼医院，今晚未回来，恐被日军拖走了。街上有许多人被拖走了，不知死活。金女大现有四五千人了。
这是程瑞芳记的日记。她告诉我们到14日这一天，金陵女子文理学院已经接收难民有四五千人了！“忙死了！累死了！”程瑞芳用这六个字，向魏特琳汇报了当天校园内的工作状态。
但这时的魏特琳，似乎更关心校园外正在发生的大事——日本人正在下关一带对放下武器的中国军人实施大屠杀！
“天亮前似乎又有猛烈的炮火轰击城墙——也许是在轰掉那些阻碍日军主力入城的路障，不时还夹有枪声，也许是日军士兵在向撤退的中国士兵开枪，或者是向抢劫者开枪。我还能听见下关方向的枪声。在我的想象中，这些子弹是射向坐在拥挤的舢板上、拼命向江北划去的中国士兵们的。可怜的人啊，他们几乎没有机会逃脱这些无情的子弹。”魏特琳对下关等地的大屠杀如此清晰的记录，这绝非是她的“想象”，显然是不止一个亲历者向她讲述后才会如此准确地记录在她的日记里。
以一个讨厌战争的异国传教士的身份，魏特琳谈到战争中女人的作用时，如此说：“在我看来，如果人人都应对战争尽责的话，所有主张宣战的人们都应该志愿参战。妇女们可以在医院服务，为伤员提供衣物和安慰。在装备和维持一支部队所需的无数工作中，甚至女中学生也可以发挥很大的作用。在中学或大学里可以参加军队或是红十字会，或者是去社会服务部门工作。当战争结束时，妇女或青年们将面临更繁重的任务，照顾阵亡将士的孤儿寡妇，更不用说帮助伤残士兵这一光荣的任务了。”她继而指出：“我们这些人认为，战争是国家犯罪，是违背上帝创世精神的一种罪恶。我们可以把自己的力量奉献给那些无辜的受害者，献给那些家庭被烧、被抢，或者是在战争时期被飞机大炮炸伤的人，帮助他们康复。”
魏特琳作为心存仁爱与慈悲的女教师，她更不愿看到日本军队对中国妇女所施行的兽行。
城里其他地方已经传来不少关于日本兵到处抓“花姑娘”强奸和轮奸的事。为这，魏特琳愤怒地告诉程瑞芳等：“在我们这儿，决不允许日本人干这样的勾当！”
从安全委员会总部开会回校，魏特琳发现自己学校门口把守的竟是日本兵时，便立即亲自站在门口，准备随时在日本兵企图抓走女难民时进行坚决的斗争。
“你的不用站在这儿！”一个日本兵持着枪，用刺刀头挑挑魏特琳的裙子，示意她走开。
魏特琳毫不退让，说：“这是我的学校，我有义务把好大门。”
日本兵无可奈何，只得退至一旁。但从他们的目光里看得出，他们一定是在想着法子，如何对付这个不好惹的美国女人。
15日，又是一个难民潮涌进校园的日子。为了防止意外，从早晨一直到天黑的十多小时里，除了吃饭时间，魏特琳一直亲自站在大门口，看着源源不断的难民往校园内走。日本兵来了几批，但当他们看到这个臂袖上别着红十字标徽的美国女人时，只得灰溜溜地走开了。
校园内已经人满为患，魏特琳跟程瑞芳初估，至少新进来了3000余人！“有人只求在草坪上有个坐的地方就行，可即使这样的请求，我们都难以满足。”魏特琳说。
最让她不能接受的是，无数难民向她诉说自己和家人的不幸，她们或丈夫被日本兵所杀，或儿子被杀，或自己及女儿被日本兵强奸、轮奸……
“如果上帝赋予我权力，我真想亲手杀了那些强奸我姐妹的日本兵！”魏特琳气得双手紧握，对天发誓。
“今天简直是地狱，是我一生中经历的最黑暗的一天。”16日，魏特琳的朋友菲奇先生过来对她诉说怨气。魏特琳回答道：“我也有同感。”
16日的日记里，魏特琳这样记录：
……上午10时。金陵女子文理学院经历了一次官方视察——彻底地搜查中国士兵。一百多名日本兵来到校园，首先搜查了一幢大楼。他们要求我们把所有的门都打开，如一时找不到钥匙，日本人就很不耐烦，其中一人备有一把斧头，以便强行劈门。当彻底搜查开始时，我的心便沉了下来，因为我知道，在楼上地理系办公室里放着数百件为伤兵做的棉衣，这些棉衣是妇救会做的。我们还来不及处理这些棉衣，我们不想把它烧掉，因为我们知道，今冬许多穷人非常需要棉衣。我把日本兵带到那个危险房间的西面房间，日本人想从一个相邻的门进去，但我没有钥匙。幸运的是我把他们带到阁楼上，阁楼里有二百多名妇女和儿童，这分散了日本兵的注意力（天黑后，我们把这些衣物全部烧掉了，陈先生也把他的一支枪扔到塘里去了）。
有两次，日本兵抓住我们的工人，说他们是士兵，要把他们带走。但我说：“他们不是士兵，是苦力。”他们才得以逃脱被枪杀或是被刺死的命运。他们搜查了我们所有住有难民的大楼。4个日本兵，其中还有一个低级军官想要点喝的，我们把他们带到程夫人的宿舍。当时，我们并不知道校园里架着6挺机枪，还有更多的日本兵在校园外站岗，并做好了射击的准备，如果有人逃跑就开枪。当那个级别最高的军官离开时，我给他写了一个证明，说我们这里只有妇女和儿童，这帮助我们在今天其余的时间里，将其他小股日军挡在了校门外。
中午刚过，一小股日本兵从原医务室的边门进来，如果我不在的话，他们将会把唐的兄弟抓走。后来他们沿路而上，要求从洗衣房的门进来，我也及时赶到了。如果日本人怀疑哪个人，那么其命运将与在他们身后被捆着的4个中国人一样。日本人把那4个人带到西山，我听到那儿响起了枪声。
今天，世上所有的罪行都可以在这座城市里找到。昨天，30名女学生在语言学校被抓走。今天，我听到了数十起有关昨夜被抓走女孩子的悲惨遭遇，其中一位女孩仅12岁。日本人还抢食物、床上用品和钱。李先生被抢去55美元。我估计这座城市每一户人家的门都被打开过，并被反复抢劫。今晚，一辆载有8~10名女子的车从我们这儿经过。当车开过时，她们高喊：“救命！救命！”街上和山上不时传来的枪声，使我意识到一些人的悲惨命运，而且他们很可能不是中国士兵。一天中的大多数时间，我都像卫兵一样守卫在前门或是被叫去处理其他问题——跑到学校的其他地方，去对付进入校园的一批又一批日本兵。
今晚，我们南山公寓的工人程师傅过来说，房子里的灯都亮着。我的心一沉，我想一定是被日本兵占据了。我上去后发现，瑟尔·贝茨和里格斯先生昨晚忘记关灯了。
科学楼管理员蒋师傅的儿子今天早上被抓走了，还有一个姓魏的也至今未归。我们想做点什么，但不知如何做。因为城里没有秩序，我不能离开学校。
……南京今夜成了一个可悲而破碎的空壳，街上空无一人，所有的房子一片黑暗，充满了恐怖。
我不知道今天有多少无辜、勤劳的农民和工人被杀害。我们让所有40岁以上的妇女回家与她们的丈夫及儿子在一起，仅让她们的女儿和儿媳留下。今夜我们要照看四千多名妇女和儿童。不知道在这种压力下我们还能坚持多久，这是一种无以名状的恐怖。
从军事的角度来说，占领南京或许会被认为是日军的一个胜利，但是从道义的角度来看，这是失败，是日本民族的耻辱。这将破坏未来与中国的友好与合作，而且将永远失去今天居住在南京的居民的尊敬。
要是日本有良知的人知道南京发生的一切就好了！噢，上帝！阻止日军凶残的兽性，安慰今天无辜被屠杀者的父母们破碎的心，保护在漫漫长夜中备受威胁的年轻妇女和姑娘吧！愿没有战争的日子早日到来！正如你在天国所为，你也一定会恩泽芸芸众生。
漫漫的长夜里，魏特琳连续数次起来在耶稣像前为她热爱的南京城和留在她校园内的数以千计的妇女孩子们祈祷……同时，她真的很恨日本占领军了。
12月17日这一天，对日本占领军来说，是个“喜庆”日子，他们的最高司令长官松井石根要来了，几万日军在中华门举行隆重的“入城仪式”。然而这一天，对南京市民来说，也是最耻辱的一天。
对魏特琳来说，则是永远耻辱的一天——这一天，她为了保护校园内的姐妹兄弟和孩子们，与日本兵对峙，日本兵打了她耳光，并且不止一次用肢体动作和谩骂来污辱她……
这一天她的日记写得很长，字字句句都是对日本人一直想抵赖的大屠杀罪行最直接和最有力的控诉：
我7时30分到校门口，给与F.陈在一起的索恩先生捎了个信，红十字会的粥厂必须有煤和米。又有许多疲惫不堪、神情惊恐的妇女来了，说她们过了一个恐怖之夜。日本兵不断地光顾她们的家（从12岁的少女到60岁的老妪都被强奸。丈夫们被迫离开卧室，怀孕的妻子被刺刀剖腹。要是有良知的日本人知道这些恐怖的事实就好了）。但愿这里有人有时间写下每一件可悲的事情，特别是那些抹黑脸庞、剪掉头发的年轻女子的遭遇。看门人说，她们从早上6时30分就开始进来了。
整个上午我都奔波于出现日本兵的大门口、小门、南山和宿舍。今天早饭和午饭时也跑了一两次。数天来，没有一顿饭不被跑来的工人打断：“华小姐，3个日本兵进了科学楼……”