乡村生态旅游对土壤的环境保护措施主要包括：（1）垃圾分类收集，为分类回收、处理打下基础。
（2）减少化肥、农药的施用量，避免对土壤造成新的污染。
在水体保护的部分提到过化肥、农药的污染，这些有害物质在土壤中越集越多，会引起土壤化学成分的变化从而导致土壤肥力下降、造成土壤板结从而影响农业生产效率；另外，这些有害物质通过食物链进入人体，通过“生物富集”作用，在人体内积聚，导致人体患病。在健康的理念下，无公害食品、有机食品等概念已经在广大农村深入人心，特别在一些乡村生态旅游地，由于旅游者的需求，拉动了当地有机蔬菜的种植。很多农户自觉减少或不用化肥、农药，由于较好的蔬菜品质，产品不用出村，就已经销售一空。
（3）合理利用土地，恰当进行要素的空间布局。
乡村生态旅游的开发，不可避免地会对乡村原有的土地利用格局产生影响，但是打着发展乡村生态旅游的旗号，对乡村用地，特别是耕地进行占用，进行新一轮的宅基地扩张的行为是应坚决给予处罚的。乡村生态旅游的土地利用，应本着最小化的原则进行，尽量利用原有土地类型，避免土地类型发生变化；尽量减少对原有景观的破坏，如果实在无法避免，也要对景观进行修复和整治。
交通沿线的污染向公路两侧逐渐降低，因此沿交通线布局旅游项目时应该选择好用地位置。