（1）完善排污系统，从“面上”控制水体污染。广大乡村地区由于地广人疏，河流等水体的自净能力较强，大部分地区虽然缺少污水的处理设施，也没有引起严重的水污染事件。但是，随着城镇化步伐的加快，城乡结合部、城市近郊人地矛盾逐日激化；农地在一天天减少，人口在不断增多，依靠化肥、农药带来高产的城郊农业同时也带来了大量的残留物质。这些残留物质随着水体进入植物、进入土壤，最终成为人体致病、致死的罪魁祸首。乡村生态旅游的发展加重了乡村水体自净化的负荷，来自城市的大量旅游者不仅增加了乡村地区的用水量，而且增多了清洁、冲洗等污水的排放量。
乡村生态旅游区应在现有农田灌溉体系的基础上，借鉴城市排水系统的经验，推进灌溉系统和污水系统分流改造工程。对污水进行集中处理，检测达标后再并入农村灌溉系统，这样才能保障乡村生态旅游区游客、经营者和当地村民的用水安全，也才能保证这些区域的农产品真正达到“无公害”、“有机”的标准。
（2）推广生物治理工程，对农户排水进行处理。在我们走访的“农家乐”接待户中，几乎没有对生活尾水进行处理的。
由于乡村聚落分布较散，不可能对各家生活污水进行收集进行集中处理，所以我们要推广建设污水沉降池，通过物理作用净化生活用水；在沉降池中可以栽种对氮、磷等具有较强吸收作用的湿生植物。而这些植物又可以用于家畜的喂养，这样一个小型的庭院循环经济生态系统就建立起来了。