（1）控制猪的饲料密度。猪的饲养密度不宜过高。单位面积饲养猪的头数过多，发酵床的发酵效果就会降低，一般以每头猪占1.2~1.5平方米为宜，小猪可适当增加密度。
（2）发酵床的床面湿度适当。不能过于干燥，具备一定的湿度有利于微生物的繁殖；若过于干燥，还有可能引起猪的呼吸系统疾病，可定期向发酵床喷洒水或活性剂溶液。
（3）定期驱虫。入圈牲猪应提前彻底清除体内寄生虫，避免将其带入发酵床，使猪在啃食菌丝时将虫卵吞入肚内感染。
（4）注意微生物菌种的活性。有的自行采集的非专业菌种要加入活性剂进行调节以保证发酵的正常进行；若猪舍中木屑变薄变少，应适当补充微生物发酵菌种和活性剂溶液。
（5）饲喂量掌握。为使猪方便拱翻床面物料，饲料喂量应控制在正常量的80%，即喂八成饱。生猪一般有在固定地点排粪、撒尿习惯，管理人员可待粪便成堆时挖坑填埋即可。
（6）圈面湿度。经常检查猪舍垫料圈面湿度，中心发酵层含水量一般控制在50%~60%左右，水分过多时可打开通风口，利用空气流动调节湿度，或添加锯末降低湿度。
（7）用药注意。发酵床式猪舍内不得使用化学药品和抗生素类药物，因其对功能微生物具有杀伤作用，会使微生物活性降低，不利于发酵床正常工作。