（1）新洁尔灭溶液消毒法。原液系5％溶液，使用时加水到50倍配成0.1％浓度的溶液，用喷雾器喷洒在种蛋表面即可，或者浸泡10分钟取出。
（2）氯消毒法。将种蛋浸入含有活性氯1.5％漂白粉溶液中3分钟，取出晾干后码盘。这项工作需在通风处进行。
（3）)碘消毒法。把种蛋浸入0.1％碘溶液中，半分钟到一分钟，取出晾干后码盘。
（4）过氧乙酸熏蒸消毒法。将种蛋或落盘鸡胚装入孵化器或出雏箱盘架中，按每立方米空间1克纯过氧乙酸计算，在20℃～30℃，相对湿度70％～90％条件下，将所需要的过氧乙酸注入陶瓷或搪瓷容器内，并放进孵化器底层，关闭箱门和通风口，用电炉或酒精灯加热，使过氧乙酸充分变成蒸气后，切断热源，熏20～30分钟，通风排去剩余气体。采用此法可杀灭孵化器内79.09％～96.93％的自然菌。
种蛋码盘时应注意大端一定要向上。