（1）黄鳝的骨骼主要是背部的一条脊骨。这条脊骨与头骨一起形成身体的中轴骨骼。它没有鲤科鱼类那样众部多的肌间骨（刺），附肢的骨骼仅残剩很少一部分。
（2）黄鳝的消化系统由食道、胃和肠道组成。食道位于口咽腔后面，食道后为胃，胃后为肠道，肠道开口处为肛门。黄鳝的食道、胃、肠道为直管状，无盘曲，约占体长的2/3。
（3）黄鳝的鳃在体内已发生严重退化。它为了适应环境，在长期的进化中，已能用口腔直接呼吸，并具有一些辅助呼吸器官。口腔和喉腔的内壁表皮有较好的微血管网络，通过前后鼻孔及口腔可直接呼吸空气，以弥补鳃呼吸的不足。它的肠道和侧线孔具有辅助呼吸功能，在冬眠期和环境异常恶劣时承担一些微量的呼吸。
（4）黄鳝的心脏离头部比较远，约在鳃后5厘米处。
（5）黄鳝的肾脏为深红色，位于体腔背侧，紧贴脊椎。肾脏细长，呈“Y”形，前部分离，后部联合。两肾头约起于第19脊椎，靠近心脏。肾联合约发生于第27脊椎处。在肛门前第10脊椎处，肾脏骤然缩小，形成终端。肾脏左腹侧的管囊结构，呈乳白色，细长形，约起于第68脊椎，脾脏左侧。肾脏分左右两肾叶。肾组织主要由肾小体、肾小管、集合管、中肾管以及大量的造血细胞等组成，还有大小不等的血管和少量结缔组织。每个肾小体及其所连的肾小管组成一个肾单位，即肾脏排泄的功能单位。黄鳝的膀胱为十分特化的长管囊状，内壁有大量发达的绒毛。管囊状膀胱不仅可贮存尿液，而且可能对水分等有重吸收作用。