黄鳝的体形有些特殊，它不是侧扁、纺缍型，而是长得与蛇有些类似。
（1）头部特点。头部是黄鳝身体最粗的部分。头部从前至后依次为口、鼻、眼、鳃孔等。它的口较大并且前鼻孔和后鼻孔各一对，前鼻孔像（鳖）一样位于口端（身体最前端），后鼻孔在眼睛前沿偏上一点的地方。黄鳝的一对眼睛较小，而且眼睛表面有一层透明的皮膜遮盖，其视力极度退化，对外界的感觉是要靠触觉、嗅觉和特殊器官（如侧线孔）的感觉。黄鳝的鳃孔较小，左右鳃孔在头部腹面下颌后相连，呈“Ｖ”字形。它有三对鳃，但整体上已退化，无鳃耙，鳃丝短，呈羽毛状，共21～25条。它无牙齿，只在第3、第4鳃弓咽鳃骨上有上咽齿，在第五鳃弓仅为的一块骨片上有下咽齿。上下咽齿均为细小绒毛状。
（2）躯干部特点。黄鳝体表无鳞，呈全裸状态。代替鳞片保护体表的是大量分泌的粘液。黄鳝游泳能力极差，行动方式以爬行为主。这是由于一般鱼类参与游泳的鳍条和鳔在黄鳝方面发生严重退化。它没有胸鳍和腹鳍，背鳍和臀鳍退化成皮褶状且与尾鳍相连接。黄鳝具有发达的侧线，侧线位于身体两侧正中，稍向内凹，但侧线孔细小，显得很不明显。
黄鳝的躯体背部多为黄褐色，间有黑色小斑点。腹部橙黄色，有淡色小斑点。其体长为体宽的23～31倍，为头长的11～14倍，为眼径的9～17倍，为眼间距的6～8倍。
（3）尾部特点。黄鳝的体型为前大后小的长蛇状，至尾部最小。身体前部为管状，但自腹部开始由圆为侧扁，至尾部最扁。尾鳍退化成皮褶状，与背鳍和殿鳍相连。