六七月间，国务院提出了关于中国科学院整顿的报告。邓小平要求：抓紧对科学院进行整顿，尽快把科研工作搞上去，不要拖国民经济的后腿。整顿首先是党的整顿，搞好安定团结，要坚决同派性作斗争。7月中旬，中央派胡耀邦、李昌、王光伟等到中科院主持工作。分管科学工作的国务院副总理华国锋找他们三人谈话，传达了邓小平的要求。华国锋向他们交代三项任务：一是了解情况，经过调查研究之后，尽快向中央和国务院作出汇报；二是搞一个科学院发展规划；三是准备向中央提出科学院党的核心小组名单。同时，还确定中科院哲学社会科学部直接受国务院指导，仍由郭沫若任主任，派林修德、刘仰峤、宋一平组成临时领导小组，恢复正常的业务工作。
胡耀邦等7月23日到中科院后，立即从组织和思想两方面入手进行整顿。一方面落实政策，消除派性，恢复所、室两级组织，加强后勤工作，解决科技人员生活困难，力求“五子登科”，即解决房子、票子（工资）、孩子（入托）、妻子（两地分居）、炉子（煤气罐）；另一方面强调科学技术是生产力，科研工作是科学院的中心工作，否定“开门办所”的口号和“知识私有”、“白专道路”、“技术挂帅”等提法，鼓励科技人员钻研业务。胡耀邦召集各种座谈会，提出实现四个现代化是“伟大的新长征”，强调科学院就是搞科学研究，说“搞业务的台风要刮起来”，“刮八级不行，得刮十二级”。
胡耀邦等经过二十多天调查研究，形成了对科技工作长远规划的初步设想，并起草了汇报提纲《关于科技工作的几个问题》。
在邓小平指导下，经国务院政研室胡乔木等参与修改，形成《科学院工作汇报提纲》的文件稿。《汇报提纲》明确提出中科院今后十年科学研究的三项基本任务：积极承担国民经济和国防建设中的若干综合性的重大科研任务，开辟一批新兴的科学技术领域，大力发展基础科学研究。《汇报提纲》从十个方面阐述了关于科技工作的具体路线、方针和政策，辩证地分析了政治与业务、群众路线与专业队伍、理论与实际、对知识分子的教育与使用、哲学与自然科学等五个关系，并提出加强学习、落实政策、批判派性、调整班子、整顿机构等从思想上、政治上、组织上进行整顿的内容和方法。9月3日，胡乔木把修改稿面交邓小平。邓小平看后表示：这文件很重要，不单管科学，而且可以适用于文化教育各部门。
9月26日下午，邓小平主持国务院会议，讨论《科学院工作汇报提纲》。在听取胡耀邦等汇报的过程中，邓小平不时插话，讲了许多重要意见。他强调科研工作必须走在国民经济的前面，不能拖整个国家建设的后腿。他引用马克思关于科学技术是生产力的论点说，“科学技术叫生产力，科技人员就是劳动者！”要落实知识分子政策，“要给有培养前途的科技人员创造条件，关心他们，支持他们，包括一些有怪脾气的人。”他指出，“科研工作能不能搞起来，归根到底是领导班子问题”。整顿的关键是解决领导班子问题。班子要三套人，要有管党的、科研的、后勤的三部分人。科研人员中有水平有知识的可提拔当所长，要选党性好的、能力强的人管党的工作，管后勤工作。针对“四人帮”动不动就用“白专”的帽子来压第13期。
抑知识分子科研的积极性，邓小平驳斥道：“说什么‘白专’，只要对中华人民共和国有好处，比闹派性、拉后腿的人好得多。”《汇报提纲》经修改后即报毛泽东审阅。这个提纲深得科技界的拥护，对科技的整顿起了积极作用。