在真可一生中，有三个人对他影响最大，启发他大彻大悟的遍融，心心相印的禅门挚友憨山德清，另一个，就是为他剃度的师父慧轮明觉。而他与明觉的关系，最富有戏剧性。当初，在吴门枫桥，慧轮明觉的一伞之接，对于真可说来，漫天的阴云密雨，顿时化作了彩虹甘露。他，为真可开启了佛国的大门，使他从一个傲气青年，成为禅门巨匠。
万历十二年，遍融大师缘尽归西。此时的真可，已经是京城颇具影响、负有盛名的禅师了。他与同为明末四大明僧的憨山德清神交已久，并且多有书信来往，但在崂山之会以前，二人一直没有见面的机缘。万历十四年真可得知德清在山东崂山建寺弘禅，便携弟子道楷等人专程前去会晤德清。
然而，当时德清因为李太后赐给大藏经一事，前往京城谢恩。当他得知真可已经动身东行之后，立刻收拾行装，日夜兼程返回崂山。终于，两位旷世奇才在崂山脚下的即墨城相会了，二人把臂而行，在崂山徜徉了整整十天。
蓝空湛然禅月明，心有灵犀一点通。这十天，使得这两位宗门硕德结下了生平至谊，为了这份纯洁的高谊，真可更是付出了生命的代价。
真可在与德清崂山相会之后，继续南下，回到了阔别多年的江南，去看望业师慧轮明觉。但是，当他到达苏州虎丘，已经是人去寺空——明觉，竟然还俗了！
真可心如刀绞。他经过多方打探，得知明觉行医于吴会，便前去寻找，一心度脱他的沉沦。然而，明觉已经知道了真可正在多方寻找他，不禁惭愧万分。他自觉无颜面对昔日的弟子，所以刻意隐匿行踪，使得真可处处扑空。
真可不死心，他知道，明觉就在吴会，于是，他表面上偃旗息鼓，暗中令人悄悄追踪，终于得到了明觉的确切消息。真可预先潜藏在一艘小船的船舱里，装作突发急病，让人以一个假名字去请明觉前来诊治。等到明觉低头钻进船舱，发现卧在舟中的竟然是真可，大为震惊，药箱砰然坠地，浑身寒战不止……
真可更是悲从心来，抓住昔日师父的手号啕大哭着说：“你何以迷惑至此？”
明觉也是潸然涕下，无限感叹道：“唉——一言难尽！一失足成千古恨……”
二人相对垂泪，真可问他今后怎么办？他说任凭真可发落。
真可大喝一声：“苦海苍苍，业识茫茫，此不回头，更待何时？”
明觉双腿一软，跪倒在佛像前。真可下令开船，载着明觉悠然而去。从此，明觉重新落发，反过来执弟子之礼，拜真可为师，终生追随。
万历二十年，真可复兴了涿州石经山皖公院（今北京房山云居寺）。当朝李太后赐紫衣以示表彰。真可坚决推辞，要求转赐给好友憨山德清。
这时，德清亦在京城，两个禅友共住慈寿寺，整整畅谈了四十个昼夜，他俩有感于禅宗寂落，相约共赴曹溪，振兴宗门，重开六祖的法席。
真可先回庐山，等候德清事毕南归。然而，万历二十四年，京城传来消息，德清被诬陷入狱，并以“私建寺院”的罪名发配岭南。真可立即星夜兼程，不远千里奔赴金陵，与德清相会于江中旅泊庵。在这里，真可对苍天明誓：“老憨不归，则我出世一大负；矿税不止，则我救世一大负；传灯未续，则我慧命一大负！”
从此，真可为了给憨山德清昭雪，为了废除朝廷欺诈百姓的矿税，毅然决然再度入京。他明明知道，这一去，不啻赴汤蹈火，而且很可能因此丢掉性命，但他抱着地藏菩萨“我不入地狱，谁入地狱”的恒志，义无反顾而去。
德清之所以身陷冤狱，是皇帝、太后宫廷争斗、明神宗钦定的铁案，怎能轻易推翻！而陷民众于水火的矿税，更是神宗的“杰作”，岂容他一个和尚指手画脚！明神宗，大概是中国历史上最懒惰又最贪财的皇帝，他数十年不上朝，军事、经济、官吏，无论大小事情一概置之不理，唯有派宦官征收矿税最为热心。真可这位在民众中颇有影响的高僧，为拯救德清、废除矿税在京城奔走呼吁，着实令皇帝老子大为不快，那些东厂特务以及其他既得利益者也恨之入骨。
山雨欲来风满楼。弟子们听到了风声，哭泣跪请真可赶紧离开。真可说：“我当年断发之时，就已断头，今天更何有头颅可断！”
终于，万历三十一年，真可大师被诬陷入狱。明朝锦衣卫刑具之毒辣，刑罚之残酷，古今少有。真可大师以血肉之躯一一尝遍诸刑，如同春风拂面，不但不哀号求饶，反而谈笑风生，神情自若地为周围的人讲说佛法。《紫柏尊者全集》卷首所收录的“圜中语录”就在他受刑期间，对曹学程的开示记录。
被捕仅仅十五天，真可大师便被判罪。他知道，执事者欲置自己于死地，感叹道：“世法如此，久住何为？”他挥笔写下九首偈子，其中之一曰：
一笑由来别有因，哪知大块不容尘。
从此收拾娘生足，铁橛花开不待春。
偈中透露出了他意欲辞世的消息。果然，十二月十七日，他沐浴更衣，念了几句佛号，腿子一盘，潇洒而逝。御史曹学程闻讯赶来，大呼一声：“去得好！”
已经死去多时的真可大师却又睁开了眼睛，与之一笑而别。更神奇的是，真可大师的遗体安葬后的第二年，京郊大水，他的坟地被洪水浸泡了一夏一秋。弟子们担心他的肉身为水所腐，启棺视之，他的遗体端坐如生。于是，弟子们将他的灵柩扶回了径山。十三年之后，万历四十四年，憨山德清平反之后，为老友举行荼毗（火葬）仪式，真可大师的遗体居然仍旧如同在世一般！赞曰：
其骨如铁，其气如虹，肩荷大法，力挽颓风。
如护君父，宁顾厥躬，虽罹其难，不辱门风。
紫柏真可大师虽为出家僧人，但为了停罢盘剥人民的矿税，为了拯救被陷害的禅友，不惜牺牲自己的生命，这种为民济世、真情无我的行为，体现了大乘菩萨的救世精神。而他那来去自由、笑傲生死的洒脱，更是禅者的自在。