西晋灭亡后，南方官僚和南逃的北方首领们拥戴晋王司马睿称帝，历史上称之为晋元帝，建都在建康（今江苏南京），称为东晋。
葛洪的炼丹术
葛洪的《抱朴子内篇》谈的是“神仙方药，鬼怪变化，养生延年，禳（ráng）邪却祸之事”，内容属于道家。这本书虽有非常多的封建糟粕，但是它仍是中国炼丹术史上一部相当重要的经典著述。这本书基本概括和全面总结了从西汉到东晋以来中国炼丹的早期活动与成就，在历史上起到了承前启后的重要作用。这本书说理很明晰，语言纯朴，比魏伯阳的《周易参同契》易读得多，对晋代炼丹术活动的各个方面都有详细而真实的记载。
西汉末、东汉初问世的《黄帝九鼎神丹经》和《太清神丹经》是了解中国早期炼丹术内容的珍贵史料，可惜这两部书已经失传。在葛洪的《抱朴子内篇·金丹篇》中，比较系统地介绍了这两部书，叙述了各种神丹妙药的炼制，并在书中阐述了他自己的金丹长生观。根据葛洪在这本书中的介绍，我们了解到《黄帝九鼎神丹经》中记载的九种神丹：
第一种神丹名叫“丹华”，它是升炼丹砂而成的。丹砂，也叫朱砂，是一种矿物，是炼汞的主要材料。大的成为块状，小的是六角形结晶，颜色鲜红，可以当药用，也可以做颜料。它像五彩的美石，葛洪说它“或如奔星，或如霜雪，或正赤如丹，或青或紫”，因为它是经过“九转”而炼成的，所以又叫“九转流珠”。我们今天用现代的化学方法分析，它实际上就是对硫化汞的升华。
第二种神丹名叫“神符”，又称“神药”，它是由水银升炼而成的，或者是用水银与铅混合升炼，这样，水银与铅就会发生化学变化，产生出像黄金一样的颜色，这种丹就被称为“还丹”，或者叫“神符还丹”。这是中国炼丹史上的最早关于所谓“龙虎还丹”的记载。
第三种神丹叫“神丹”，或者叫做“飞精”，它是用雄黄和雌黄的混合物升炼而成的。雄黄又名石黄或鸡冠石，过去分为雄黄、雌黄两种。可以做颜料，也可以供药用。葛洪认为，雄黄得要武都山（在今四川绵竹县北）所出的，纯而无杂，颜色像鸡冠那样红，光明晔晔的，才可以做仙药之用。这种丹的化学成分应该是对硫化砷的升华。
第四种神丹也叫“还丹”，是把水银、雄黄、曾青（色青、可供绘画及化金属用）、矾石（透明结晶体，可入药，有白、青、黄、黑、绛5种颜色。
白色者俗称为明矾）、硫磺、卤咸、太一禹余粮（褐铁矿和粘土的混合物）、礜石（有毒，苍白两种颜色的可以入药。凡是有礜石的地方，草木不能生长，霜雪不能积存，水在冬天也不冻冰）等各种矿物在炼丹的釜中分层安放，密封以后再升炼而成。
第五种神丹名叫“饵丹”，是把水银、雄黄、太一禹余粮的混合物升炼而成。
第六种神丹名叫“炼丹”，是用巴（今四川东部、湖南西部）、越（今江苏、浙江、安徽、江西部分地区）的丹砂和雄黄、雌黄、曾青、矾石、玉石、石胆、慈石（也叫磁石，俗称吸铁石）这八种矿物的细粉混合物在丹釜中分层安放，升炼而成。
第七种神丹名叫“柔丹”，在升炼“柔丹”的时候，先在丹釜内壁涂上一层玄黄，然后再升华水银，炼出的丹的化学成分与第二种神丹“神符”的化学成分并不完全相同。
第八种神丹名叫“伏丹”，也是用玄黄涂布丹釜，然后再升炼水银和曾青粉、磁石粉的混合物而成，这种丹炼出来以后，颜色呈黑紫色，像五色的彩石。
第九种神丹名叫“寒丹”，是把水银、雄黄、雌黄、曾青、礜石、慈石分层放置在土釜中升炼而成的。
葛洪说，在炼制九鼎神丹的时候，要用红土釜作为反应器，用糠皮或者是干马粪作为燃料，红土釜的里里外外还要涂上一层厚厚的玄黄，还强调要用鸡毛把丹药（升华物）从丹釜中取出。服食丹药前要先向着太阳升起的东方“再拜长跪”，服食后才能灵验。这些显然具有迷信色彩的。
在炼丹的过程中，也有很多要诀，譬如升炼丹华的要诀是：
要用容量是八九升到一斗的土釜，里里外外要涂上六一泥。还要用胡粉（铅粉，又叫做铅华，是一种化妆品）烧结，使它成为金色。再用一部分玄黄，在白日的花池内和好，在釜内外各涂上3分厚，在阳光下暴晒10天，让它干燥透了，才可以用来炼制丹华。再用真砂（上等丹砂）1斤，放入釜中，用六一泥将釜口涂好，不能让它漏气。再仔细检查一下，不要有裂缝的地方，如果有头发丝似的裂缝，药性就会飞掉，失去它的精华，只服用它的糟渣是没有用的。涂完泥，干燥十几天才能用。先用干马粪、糠皮火，离釜5寸远，温烧9天9夜，把火推到釜前，又烧9天9夜，把火拥到釜的一半那么高，又烧9天9夜，一共要烧36天，才能熄火。晾它一天，药就会飞著到釜上去，像五彩的美石，或如奔星、或如霜雪，或正赤如丹，或青或紫，用鸡毛来扫取，要服药的时候，先斋戒沐浴，焚香，早晨时向东礼拜，长跪服之，经修行而已有一定道行的道士服了，7天就能升天成为神仙。
葛洪在《抱朴子内篇·金丹篇》中，并没有公开《太清神丹经》的内容。
所以，我们只能根据《黄帝九鼎神丹经》中提及的“九转神丹”进行推测。
“九转神丹”所用的原料有赤盐（以寒盐一斤、雨泥一斤，放在火器中，用火烧炼而成的盐）、艮雪（即水银霜）、玄白（即铅粉）、飞符（化学成分不清楚）、朱儿（即丹砂）等，须经过“九转”才能最后炼成神丹。所以这种神丹是经过9次反复升华的硫化汞，或者还含有氯化汞的成分。在《金丹篇》中，葛洪还记载了“九光丹”。这种丹就是分别烧炼丹砂、雄黄、白礜石、曾青、慈石5种矿物，得到5种丹药。
葛洪在《抱朴子内篇·金丹篇》中，另外还具体介绍了《五灵丹法》、《岷山丹法》、《务成子丹法》、《羡门子丹法》、《五成丹法》、《伏丹法》、《赤松子丹法》、《崖文子丹法》、《刘元丹法》、《乐成子丹法》、《李文丹法》、《尹子丹法》、《太乙招魂丹法》、《采女丹法》、《稷丘子丹法》等28种“仙丹”的炼制秘诀。其中务成子、羡门子、赤松子、崔文子、乐成子、尹子、稷丘子等都是传说中的仙人，如羡门子是战国、秦时的仙人，秦始皇曾派燕人卢生去求访他；赤松子是晋代的黄初平，他在一次放羊的时候，被一个道士携至金华山（在浙江金华市北）石室中，服食松脂茯苓成仙，改名为赤松子，世传他能叱石成羊。这些说法都是荒诞不经的，没有什么可取之处，但是，葛洪以他个人的力量，在当时能搜集到那么多的丹经，就可以使我们了解到，当时中国的方士们进行了大量的炼丹化学实验，并已经总结出了一套比较完整的操作规程，广泛地利用了各种矿物原料，制取了不少化学制剂，观察到了众多的化学变化。
葛洪还在《抱朴子内篇·黄白篇》中告诉我们，中国的炼丹家在东晋时期就广泛探究了把铜、锡、汞、铁等金属转变为黄金、白银的实验。葛洪说，当时已经有了炼制黄金和白银的方剂25卷，1000多种。他说，他曾经向他的老师郑隐求授《黄白中经》五卷。郑隐告诉葛洪，他曾和左慈在庐江铜山中试作黄金、白银，并且取得了成功。葛洪在他的书中简略地公开了《金楼先生所从青林子受作黄金法》、《角里先生从稷丘子所授化黄金法》、《小儿作黄金法》、《务成子法》等一些他所收集到的转变黄金、白银的技艺。
葛洪在《金楼先生所从青林子受作黄金法》中说，转变黄金的要诀是：
先煅锡，取长、宽各六寸，厚1寸2分的锡块，把和成泥的赤盐和灰汁涂在锡上，有1分厚，码放在赤土釜中。比例是10斤锡，用4斤赤盐，把它封闭严实，用干马粪火煴（没有火苗的火堆）它30天，灭火开釜，锡块就都变成了灰状，中间有一粒粒像豆子似的东西，就是黄金。
葛洪在书中对于这些黄金的转变方法都过于简略，由于道教的戒律很严，规定炼制神丹和转变黄金、白银的技术，必须授给“贤者”，否则，决不能把这些技术机密泄露出去，因此，葛洪在书中也并没有把这些“绝技”和盘托出。
葛洪的养生思想
除了炼丹术之外，道教还主张服食一些“仙药”来保持长生，以求不死。
葛洪在他的《抱朴子·仙药篇》中对各种石芝、云母（古人以为此石为云之根，所以这样称呼。可析为片，薄的能透光，可作为镜屏；也可作为药材。
根据质地和色泽分为云英、云珠、云母、云沙、云液、云胆等）、雄黄、诸玉、真珠（即珍珠）、桂（肉桂、月桂、菌桂、壮桂，是百药之长）、巨胜（即胡麻、俗称芝麻）、柠木实、松脂（松树分泌的一种胶汁）、菖蒲（草名，生于水边，有香气，根可以做药材）等等所谓仙药的特征、产地、采集、性质、加工和服食的方法都做了非常完整的说明，这些内容对我们了解道教炼丹派的思想和活动都很重要，是我们研究中国古代医药学、动物学、植物学和矿物学的极为珍贵的资料。
道教炼丹派的活动虽然充满了神秘和迷信的色彩，但是，炼丹派通过他们长期的炼丹实践活动了解到了很多化学变化。葛洪在他的《抱朴子内篇》中，就记载了一些他的师祖辈和他本人以及他同时代的方士们通过炼丹实践所了解到的一些化学变化。譬如他记载说丹烧了以后就会变成水银，水银“积变”以后又会还原成丹砂。
葛洪又记载说，铅性是白色的，而把铅“赤之”就会变化成丹；丹性是赤色的，而把丹“白之”就会变化成铅。
葛洪还记载说，用曾青涂在铁上，铁就会变成铜那样的赤色，但只是外表变了，里面并没有发生变化。
葛洪根据这些化学变化和其他一些观察及传闻，提出了“变化者，乃天地之自然”这个朴素的见解。葛洪坚信人的创造智慧和力量，认为人既然可以模仿宇宙天地间的各种变化，还可以制造出各种新鲜事物，导演出各种奇异的物类变化。葛洪正是从这样的论点来出发，论证人们可以升炼神丹，制造黄金的。
由于葛洪在撰写《抱朴子内篇》时，正遇到了“八王之乱”时期的战乱，他很难进行炼丹实验，他自己就在书中叹怨说，郑隐已经把《太清神丹经》、《黄帝九鼎神丹经》、《太清金液神丹经》等书传授给他20多年了，但是，因为他自己既贫苦没有财力，又遇到了多难之时，道路堵塞，得不到炼丹所需的药物，无法由自己亲自进行炼丹实验，所以，这本书里的炼丹，转变黄金、白银、仙药等内容，基本上都是他从自己的师祖辈的传授中得来，或者是他周旋各州时会见各位道友时的所见所闻，很少有他自己亲自炼丹的记录。
中国的道士们把毕生精力用在炼丹上，这是因为他们相信服食了金丹以后就可以使人长生不老。东汉的魏伯阳就论述过这个问题。魏伯阳还提出了相类学说，认为阴阳相对的两种反应物质必须同时属于同一类，“同类”的物质才能“相变”，“异类”的物质之间则不能发生反应。
葛洪是反对魏伯阳的相类学说的，但是这一学说含有一定的合理因素，到了唐代又得到进一步的发展。
虽然葛洪反对魏伯阳的相类学说，但是对于服食金丹可以长生，他也有自己的一套理论。葛洪认为，金丹所以能使人长生，是因为人可以借助于其他物质来壮实自己。葛洪在《抱朴子内篇·金丹篇》中说：
人如果不服食金丹和金液，是自己使自己受苦。因为五谷杂粮都能使人活下去，人有了它们就能得以生存，绝了它就会饿死，何况上品的神药，它对人的好处不会比五谷杂粮强一万倍吗？金丹这种物质，烧的时间越长，变化就会越奇妙。黄金放进火里之后，百炼都不会消失，埋在地下也永远不会腐朽。而服食了这两种物质，是炼人身体的，所以就能使人不老也不死。这就是借助于其他物质来坚固自己，这就和油脂可以使火越烧越旺而不会使火熄灭一种道理。用铜绿涂在脚上，脚虽然泡在水里也不会腐朽，这是人借助了铜的力量来护卫自己的肉体。金丹进入身体内部以后，作用更大，是用铜绿外敷所不能比拟的。
实际上，葛洪对长生求仙的方法，还是采取兼容并蓄的态度的。他的见解是比较独特的。他虽然首推金丹是养生的一种途径，但是，他又强调说，凡是养生的人，应该多闻而抓住要点，博见而善于选择，不应该偏修一种方法，不应该依赖它。葛洪还说，如果重要的方面，大的方面没有得到，那么小的方面就不能不知道得更多一些，这是因为可以借助多种方法共成长生。
葛洪认为，服药虽然是长生的根本方法，但是如果能兼练气功，收效就更快。
如果得不到仙药，但能够把气功练好了，也可以活几百岁。葛洪还认为，在练气功时，重要的是练好“胎息”（不用鼻子和嘴来呼吸，好像在胞胎之中一样）。葛洪还强调说，想要长生的人，必须想积善立功，慈心于物，对自己的“恕”要推及到他人，甚至对昆虫都要体现出仁来，如果能做到这些，就是一个有德的人，他就可以得到天赐的福，想做什么事一定能做成，求仙就是可以有希望的了。葛洪由于受到儒家思想的影响，甚至表示说，想要求仙的人，应当把忠孝、和顺、仁信作为根本，如果他不修道德，只注意方术，就不能得到长生。
葛洪虽然反对农民利用《太平经》里的说法进行起义，但还是接受了《太平经》里的朴素的唯物主义观点。葛洪认为，包括人在内的宇宙万物的起源，都是依靠气来生成的。他说，人在气中，气在人中。从天地到万物，没有不依靠气而诞生的。葛洪所说的气，是指充满宇宙间极其细微的原初物质。葛洪还认为，有形的人体是第一性的，精神是第二性的。他认为，有是因为无而生成的吗？有形的人体是需要精神而建立的吗？有应该是无产生的宫室；形应该是神的宅舍。这就好比是堤坝一样，堤坝坏了水就不能存留了；又好比是蜡烛一样，蜡烛烧完了火就不存在了。身体受到了损伤精神就会耗散，人没有了元气，生命就到了终点。最后，葛洪的结论是精神依存于形体而存在。
葛洪的《抱朴子外篇》讲的是“人间得失，世事臧否”，思想倾向属于儒家，是研究当时社会思想史的重要资料，葛洪的祖先原来是吴国的名门，后来没落，葛洪受到北方侨姓贵族的压抑，因而在外篇里，对当时官场内幕、贵族的残暴以及社会的伪善，揭露颇多，其中保存了一些珍贵的史料。
在葛洪的《抱朴子外篇》卷四十八《诘鲍篇》里，葛洪在无意中给我们留下了晋代社会政治思想史的一份重要史料。在这篇文章中，葛洪与鲍敬言就君主问题进行了互相辩诘。鲍敬言这个人，他的生平事迹和著作已不可考查；大约与葛洪同时代人。鲍敬言认为“古者无君，胜于今世”，又认为君臣制度起源于“强者凌弱”，“智者诈愚”，“彼苍天果无事也”，从而驳斥了君权神授说。他还对统治者“聚敛以夺民财”、“严刑以为坑阱”等罪恶进行了揭露，指出许多社会弊病的产生，“此皆有君之所致也”。据此，他主张社会“无君”。他认为：在古代的时候，无君无臣，掘井而饮，耕田而食，日出而作，日入而息。不竞不营，无荣无辱。可是到了后来，有了君臣和国家制度“役彼黎烝，养此在官，贵者禄厚，而民亦困矣”。
他认为造成人民痛苦的剥削、压迫、战争等，都是由于产生了统治阶级所致。