平定叛乱兄亡子伤，秦良玉悲怒交集，于是上书皇帝，陈述了自家军队作战及伤亡情况，嘉宗读后深为感动，下诏赐予秦良玉二品官服，并封为诰命夫人，任命其子马祥麟为指挥吏，追封秦邦屏为都督佥事，授秦民屏都司金事之职，还重赏了白杆兵众将士。
明军的大力打击，使得清兵暂时放弃了骚扰边境的举措，于是秦良玉率军返回石柱。返回之时，正赶上永宁宣抚使彝族的奢崇明起兵叛乱，奢崇明的党羽樊龙占据了重庆，他早就听说过秦良玉，一听说秦良玉带兵回到了石柱，马上派人带着大量金银财宝去贿赂，想拉秦良玉入伙，要那样的话，叛军就如虎添翼了。秦良玉十分愤怒："我接受了朝廷的恩惠，理应誓死效忠国家，怎能与你们这帮叛贼为伍！"说完，当即斩了贼使，火速发兵，沿江西上赶到重庆。到了重庆后，忽然抵至重庆南坪关，扼制贼兵归路。趁天黑敌军无备，白杆兵突袭贼军驻于长江和嘉陵江上的水军，尽焚其舟。同时，秦良玉分兵守忠州，驰报夔州官军密防瞿塘天险，阻遏叛军沿江东下。樊龙的大本营受到突袭，干净利落地被秦良玉取下。
这还不算完，秦良玉紧接着又率兵直赴成都，想要将叛军斩草除根。但当时川地有一带诸土司"自治"部落皆收受叛军贿赂，大多数逗留观望，唯独秦良玉率白杆兵奋勇直前，连获红崖墩大捷、观音寺大捷以及青山墩大捷。如此一来，不仅成都围解，重庆也很快得以收复，赶走了奢崇明部众，叛乱平复。
这下可倒好，本来是要回家休养去，又顺手灭了叛军，又立一功。朝廷闻报后，授秦良玉为都督佥事，拜为石柱总兵官，以嘉奖她的血战功绩。而鉴于明朝官军在作战中的"熊包"表现，秦良玉上书奏称："臣率翼明、拱明提兵裹粮，累奏红崖墩诸捷。仍行间诸将，未睹贼面，攘臂夸张。及乎对垒，闻风先遁。败于贼者，惟恐人之胜；怯于贼者，惟恐人之强。如总兵李惟新，渡河一战，败衄归营，反闭门拒臣，不容一见。以六尺躯须眉男子，忌一巾帼妇人，静夜思之，亦当愧死！"皇帝看后"优诏报之"，并下令文武大吏对待秦良玉皆要以礼相待，不得疑忌。
领完军功，秦良玉率领她的白杆兵骑马进入成都时，成都的市民不管老幼纷纷涌上街头，争睹女将军的风采。这时的秦良玉已是５０多岁的女人了，尽管经历了几十年的戎马生涯，她不但没变得老态龙钟，反而愈加英姿飒爽。只见她端骑桃花马上，面颊红润饱满，两眼炯炯有神，身姿挺拔，气宇轩昂，一派大将风范，却又不失成熟女性的醇美。成都市民把她视为神明，纷纷在她走过的路上焚香跪拜。
皇帝题诗几年之后，贵州水西一带，有一个叫安邦彦的匪首，自立为罗甸王，招兵买马，占据了贵阳以西的千里之地。朝廷又诏命秦良玉率白杆兵入黔平乱，秦良玉义无反顾，很快就平定了叛乱，杀死了安邦彦（史称陆广作战），但也赔上了弟弟秦民屏的性命。
天启七年（１６２７），明熹宗驾崩，明思宗入承大统。清兵趁朝廷改帝之机，由蒙古人作向导，从龙井关越过长城，直奔通州，京师形势一度告急。崇祯三年（１６３０），皇太极攻榆关不入，便率十万辫子军绕道长城喜峰口入侵，攻陷遵化后，进抵北京城外，连克永平四城，明廷大震。明朝廷诏令天下诸军镇边勤王，其中包括抗清有功的女将军秦良玉。
秦良玉得到勤王十万火急的诏书之后，带领她的白杆兵，日夜兼程，直抵宣武门外。秦良玉还拿出自己的全部家产作为军饷，以补朝廷因连年应战而造成的军需不足。
秦良玉的部队与清兵在京师外围相遇，还没来得及安营扎寨，就开始了对攻。
当时，闻诏而至的各路勤王官军共二十多万，但都知道满洲兵的厉害，所以没人敢带头出战。秦良玉第一个冲出队伍，杀向敌军。年已５５岁的秦良玉，手舞白杆长矛，好似瑞雪飞舞、梨花纷飘，锋刃所过之处，清兵不是人头落地就是手脚分家。而白杆兵人数虽然只有几千人，但由于之前已经让满洲兵尝尽了苦头，因此满洲兵对他们也有所忌惮。白杆兵奋力喊杀，无不以一当十，威猛如虎，满洲兵一见这阵势就发憷了，加上明军中又有孙承宗这样的老将作配合，打得清兵落荒而逃。最终迫使皇太极连弃滦州、永平、迁安、遵化四城，撤围而去。就这样，在秦良玉及其带领的白杆兵的拼杀下，京城之围得解。
北京围解之后，明思宗崇祯帝大加感慨，派特使携带大批酒肉前来犒军，并在北京平台召见了传奇女将军秦良玉，优诏褒美，赏赐彩币美酒，明思宗感慨万千，写下了四首诗，夸赞她的功绩，并御笔亲题，赐给了秦良玉：第一首：学就四川作阵图，鸳鸯袖里握兵符；由来巾帼甘心受，何必将军是丈夫！
第二首：蜀锦征袍自剪成，桃花马上请长缨；世间多少奇男子，谁肯沙上万里行？第三首：露宿风餐誓不辞，忍将鲜血代胭脂；凯歌马上清平曲，不是昭君出塞时。第四首：凭将箕帚扫匈奴，一片欢声动地呼；试看他年麟阁上，丹青先画美人图。
崇祯皇帝有生之年，享国日浅，多经磨难，很少有闲情逸致吟诗作赋，而西南边陲的一位女土司，竟能得皇帝面见赐诗，秦良玉当数古往今来第一人。崇祯帝除了赠给秦良玉的这四首诗外，仅有赠杨嗣昌的五绝传世。
传奇一生秦良玉带领的军队军纪严明，秋毫无犯，基本上属于那种不拿群众一针一线的。而京城百姓听说白杆兵到了，都跑到大街上争相围观，以至于堵塞了交通，马队都不能前行。如今北京宣武门一带的四川营胡同，就是秦良玉北上勤王屯兵的遗址，门上还刻有"蜀女界伟人秦少保驻兵遗址"十二个大字。
后来，明末的起义军首领张献忠带兵进入四川一带，烧杀抢掠，无恶不作。已经年过花甲的秦良玉再次披挂上阵，风采不减当年。她率领白杆兵，连战连捷，解除了太平之围，将叛军头头罗汝才制伏，并使张献忠的军队在川地吃尽了苦头。然而，由于川地战火不断，农业生产无法发展，因此府库空乏，损耗的兵力和粮饷无法供给；而起义军势力强大，潮水般涌进川蜀，在这种战局下，川地官兵是不可能取胜的。秦良玉万般无奈，只有退保石柱一地。面对无奈的战局，英勇善战的秦良玉也只能哀叹"大厦将倾，一木难支"。
随着李自成攻破北京城，崇祯帝吊死在歪脖树上，大明王朝在风雨飘摇中寿终正寝。张献忠很想控制川蜀，作为自己的根据地、大本营。但不管张献忠如何卖力，始终对石柱这块弹丸之地无可奈何。因为坚守者是秦良玉。虽然那时她已经６８岁高龄，但仍然不惧艰难，带着她手下历经百战的白杆兵，誓死抵抗张献忠的进攻。这时的石柱孤立无援，如同汪洋大海中的小舟，随时都有被吞没的危险。秦良玉豪迈地对自己的部众说道："吾兄弟二人皆死王事，吾以一孱妇蒙国恩二十年，今不幸至此，其敢以余年事逆贼哉！"并下令："有从贼者，族无赦！"她下达命令，分兵镇守石柱边境。张献忠对四川其他各地土司都成功招降，却唯独不敢进入石柱。一直到张献忠败亡，他的起义军都没能踏入石柱半步。
史载，当时四川久经战乱，百姓都离家避难，十室九空，石柱以外的川东地方仅剩数万人，刚建立的清朝廷不得不从湖广大规模向四川移民。而在秦良玉的保护下，石柱成为当时渝东人民远离兵灾之苦的唯一乐土，附近丰都、忠县、梁平、万州等地民众纷纷进入石柱避难，至清初战乱初步结束，石柱人口不但没有减少，反而还增加了近十万人。一代文豪郭沫若因此曾赋诗称赞秦良玉是"石柱擎天一女豪"。
秦良玉不仅擅长带兵打仗，而且十分注重军需的生产。当初，她在北京驻扎期间，曾经令部下与女眷纺棉织布，因此，附近的一些胡同被后人称为"棉花胡同"。如今北京四川营胡同附近，还有十几条"棉花胡同"，称头条、上二条、下二条等。这也与秦良玉有关。清代曾有人写《四川营吊秦良玉驻兵遗址》一诗咏道："金印夙传三世将，绣旗争认四川营。至今秋雨秋风夜，隐约钲声杂纺声。"清顺治五年（１６４８），端阳节过后，７５岁的秦良玉在一次检阅过白杆兵后，刚刚迈下桃花马，身子突然一歪，就此离开了人世（"身倾，遂殁"），结束了她戎马倥惚、驰骋疆场的传奇一生。
据说，至今四川石柱县还保留着秦良玉的故居和她用过的武器，当地百姓提起她的事仍然如数家珍，无不为家乡出了这样一位"鸳鸯袖里握兵符"的女将军而自豪。
秦良玉陵园相传秦良玉死后发丧之时，有４８支分队分别抬着４８口棺材同时上山分赴４８口井，埋葬于４８个地方的４８座坟。其中只有一支分队赶赴良玉老家忠州下葬，其余４７座坟均在石柱境内。４８支分队被告知：如果不能按规定的时辰返回就要被问斩，于是他们都按时返回，并且几乎同时用餐，哪料到，饭菜都已经被下了毒，４８支分队的人员全部中毒身亡。这样秦良玉的真墓到底在哪儿就成了千古之谜。
不过四川省石柱县城东７０００米处有一处秦良玉陵园，基本上是大家公认秦良玉的埋骨之地。此处陵园占地２０多公顷，建于清顺治五年（１６４８）。陵园前临龙河，背靠回龙山，园内青松茂密，园外翠竹依依。陵园正中是秦良玉墓两座。墓碑上书有："明上柱国光禄大夫镇守四川等处地方提督汉土官兵总兵官持镇东将军印中军都督府左都督太子太保忠贞侯贞素秦太君墓"，横额为"功名一世"，左联为："袭土服清懿，锦袍帛带仰官仪"；右联为："勤王有明祯，巾帼一人骁将略"。墓碑两侧有石麒麟各一个，左右还分别有石青狮、石白象、石俑、石马。除了秦良玉的墓，陵园中还有秦良玉的兄弟秦邦屏、秦民屏及后代子孙及麾下将领的墓葬达２０多座。陵园前的龙河岸边，有一个悬棺群，美其名曰"仙人洞"。