至此以后，司马氏逐渐控制朝政。高平陵事变后，曹魏宗室受到致命性的打击，接着司马氏开始作代魏的准备。玄学家们的政治理想被司马氏的篡权行为击得粉碎，他们的政治构想与严峻的现实发生了剧烈的冲突和碰撞，他们苦苦追寻的救世理论化做一团泡影，因而曹魏后期的玄学代表人物阮籍和嵇康开始从主张名教与自然的统一走向主张自然与名教的对立，主张由自然而越名教。这时期玄学的特征有两个方面：一、对名教的鄙弃和批判。阮籍在他后期着作《达庄论》、《大人先生传》中对名教的虚伪和欺骗进行了猛烈的抨击，深刻地揭露了那些“貌有常则，言有常度，行有常式”的礼法之士，认为这些人整天“诵六经之教，习儒家之迹”，而实际上是一群造音乱声，作色诡形的伪君子，进而提出“无君而庶物定，无臣而万事理”的无君主张。嵇康排斥儒学的态度更为激烈，主要着作有《答难养生论》、《声无哀乐论》、《答张辽叔自然好学论》等。二、自我意识的觉醒。这一时期的玄学家逐渐由政治上的失意转变为对人生自由的精神境界的追求。在阮籍、嵇康身上所存在的心理矛盾代表了当时知识分子普遍存在的忧患意识和对人生的追求。因而在他们的时代，人的问题、自我意识、精神境界的问题成了突出的时代问题。阮、嵇二人在理论上虽然不及王、何，但他们在当时的历史条件下开创了一个自我意识觉醒的运动，他们以人的问题取代了宇宙的问题，以人的哲学取代了政治哲学。如阮籍在《咏怀诗》中写道：“去者余不及，来者吾不留，愿登太华山，上与松子游。……宁与燕雀翔，不随黄鹄飞。黄鹄游四海，中路将安归。”嵇康在《游仙诗》中说：“飘飘戏玄圃，黄老路相逢，授我自然道，旷若发童蒙。”
西晋一代是玄学盛行时期，崇尚玄学的主要是世族阶层。西晋世族地位的确立主要有两个方面的原因，一是九品中正制的演变，由品状相参、才性兼顾发展为只重品性、家世，而不重才能或不看才能，二是西晋初五等爵位制和官吏占田荫客制两项法律制度的规定。至此世族世代做官就有了法律依据，这同汉魏时期的情形大不相同。世族操纵了选举，控制了朝政，因而西晋政权一开始就是建立在深刻的社会危机之上的，当时的情形是“悠悠风尘，皆奔竟之士；列官千百，无让贤之举”。世族把持政权后，一方面需要严格以等级制度来维持他们既有的地位；另一方面他们又要求无限制地发展他们的力量，在这种情况下，庄子的性分、逍遥就成为他们的理论工具，社会上于是掀起一股以庄学改造儒学的思潮。西晋中期思想家荀勖着《清心论》，刘寔着《崇让论》，潘尼着《安身论》都不同程度地发挥了庄子的性分、逍遥思想。这个浪潮中，裴则独树一帜，着《崇有论》，他的理论与魏晋之际的阮籍、嵇康的理论相比，走向了另一个极端。裴主要从名教出发指责贵无，他认为主张贵无的人，背弃了吉凶礼仪，混淆了长幼、贵贱之序，主张“崇济先典，挟明大义”，但《崇有论》就其理论本身来说，很不严密，可攻击之处很多，就其政治效用来说也与当时世族的要求不相投合，所以连裴自己也说：“申其所怀，攻者盈集。”
当时的玄学家们大都致力于名教与老庄思想的结合。元康时期王戎同阮瞻的一段对话典型地反映了这种情形。王戎问阮瞻说：“圣人贵名教，老庄明自然，其旨同异？瞻曰：‘将无同’？”于是瞻被戎辟为椽属，时称“三字椽。”
郭象是西晋时期玄学的集大成者。郭象玄学的核心是率性逍遥。郭象说：“小大虽殊，而放于自得之场，则物任其性，事称其能，名当其分。”郭象认为，世界上的万事万物各有性分，性分是不能改变的。性就是天性，就是自然，分是智与愚，小与大，贵与贱。小大贵贱各当其位，这是自然的原始和谐。如果人们不能安分守命，那么这个和谐就要被破坏了，要恢复、维持这个和谐，就必须是人们在各自的等级内自得其乐，自得逍遥，贫穷的不要羡慕富贵的，在下的不要图谋在上的，如此，天下便大治了。
率性逍遥推衍到政治上就是“内圣外王”，郭象说：“夫神人即今所谓圣人也。夫圣人虽在庙堂之上，然其心无异于山林之中”，是要把道家从玄远的“山林之中”，拉回到现实的政治之中，也即要将名教与自然在新的基础上统一。
郭象的理论是王弼玄学体系的继承和发展，王弼解决二者关系的方法是“崇本息末”，但正是在本末沟通的问题上，有一个无法解决的难点，这就是静止不动的无，究竟如何生出川流不息、仪态万千的有呢？它使王弼陷入困境。这也是郭象玄学所无法回避的问题。郭象提出了一个高于以往所有玄学家们的一个新方法，即“独化”理论，这在当时玄学家的历史视野内无疑是一个有效的论证方法。所谓独化，是指各个事物之间的自为而相为关系。郭象认为，就表面上看来，世界上的每个事物，都以自我性分为轴心，不依赖外在的条件，整个世界处于一种多元、无序的状态，但实际上并非如此，因为就在各个具体事物的自为之中，自然而然地产生了相为的作用。《齐物论注》中说：“若天之自高，地之自卑，首自在上，足自居下，岂有递哉，虽元错于当而必自当也。”正是这种相与与无相与，相为与无相为的关系，就把整个世界组成一个普遍联系的有机统一体，郭象把这种相因之功称为“卓尔独化”。
郭象把这种理论推衍到社会政治上，那么尊卑、上下、君臣、贵贱的等级区分也是一种独化，就每个个体而言，虽然是多元的、对立的，但却都自成一个封闭和谐的小系统，就凭他们之间自为而相因的协同作用而言，那么整个社会就构成一个和谐的大系统了。
郭象的理论集中地反映了世族阶层的政治愿望，郭象的思想不是道学的简单回归，更不是儒学的变种，它是在新的形势下提出的一种新的等级统治理论。西晋后期率性逍遥成了社会的主旋律。赵王司马伦执政期间，玄学家有王戎为司徒，王衍为尚书令，当时有名的玄学人物如王澄、阮咸、阮瞻、毕卓等大都受到重用。司马越执政后，玄学家们几乎全被起用，司马越刚拜太傅，就任命王浚为骠骑将军，庾敳为军咨祭酒，胡母辅之为从事中郎，阮修为行参军，郭象为主簿。
郭象的玄学所构造的正是一个新的封建统治格局，这种模式实际上就是后来的东晋门阀政治。以世族为主体的玄学家在西晋后期已经成为西晋王朝的最大离心力量，他们以断送西晋政权为代价，力图建立一个新的政权机构。永嘉元年（307），西晋行将崩溃，这时做太尉的王衍（大世族、玄学家）以其弟王澄为荆州都督，族弟王敦为青州刺史，并嘱托两弟说：“荆州有江汉之固，青州有负海之险，卿二人在外而吾在其中，是以为三窟矣。”建兴元年（313），怀帝在平阳遇害，居长安的愍帝下诏以司马睿、司马保、刘琨三路七十万大军讨伐刘聪，但由于世族控制下的司马睿拒不出兵，使西晋政权组织的最后一次大规模的军事反击流产了。西晋灭亡了，但西晋的世族并没有同西晋王朝“一起拉倒”。相反，世族终于借司马睿的门面在江南建立起了东晋门阀政权，而以玄学家王澄为首的“四友”，以羊曼为首的“中兴四君”，以郗鉴为首的“玄学八伯”都成了门阀政权的中坚。
所谓门阀政治，就是几个大的世族集团轮流专政。门阀政治就其实质来说是皇权政治，但它又不完全等同于皇权政治，它是封建政权下的一个新的政体形式，在这个政体下，皇帝只是世族集团操纵下的傀儡。
东晋门阀政治建立后，又产生了新的矛盾，出现了门阀内部的权力争夺和摩擦，又造成中央集权的严重削弱，所以统治集团的一部分人又企图以恢复儒学的地位寻求出路。在东晋初、中期以后，门阀内部一直存在着玄学与儒学的斗争。东晋初以王导等为一派推崇儒学，以殷浩为一派崇尚玄学。到穆帝时，又形成会稽王司马昱、殷浩为首的玄学同以桓温为首的儒学两大派。最后桓温的儒学一派取得胜利，玄学开始退出政治舞台，逐渐蜕变为养生之学，其代表人物是葛洪、张湛，到东晋后期服药、隐游、导养之风大盛。
东晋以后，玄学基本上衰退、终结了。
八王之乱
西晋太熙元年（290），晋武帝死后，惠帝即位，年三十二岁，天生痴呆，由武帝的杨皇后之父杨骏辅政。武帝因为自太康年后期始便不留心政事，宠幸后党，以致杨骏、杨珧、杨济独揽大权，时号“三杨”。武帝死后，杨骏竭力排斥异党，亲宠左右。
当时汝南王司马亮为大司马、出督豫州，镇守许昌，司空石鉴与中护军张劭监统山陵，有人传告杨骏，说汝南王司马亮到许昌，想举兵讨伐杨氏。杨骏听后十分恐惧，便找杨皇后商量，杨皇后让惠帝写了一封手诏，命令石鉴与张劭去讨伐汝南王司马亮。石鉴认为这样不妥，按兵不动，只是派人秘密窥视情况的发展。见汝南王司马亮并没有什么迹象，于是杨骏也就不再催促。
元康元年（291），生性酷毒、与杨氏嫌恨甚深的贾后，不甘杨氏的专政，便带信给汝南王司马亮，让他连夜起兵讨伐杨骏。汝南王司马亮说：“杨骏凶暴，死期不远了，不足为虑。”贾后又带信让楚王司马玮率兵前来。楚王司马玮先入朝，请惠帝废除杨骏，东安公司马繇则率领殿中四百人尾随其后。大傅主簿朱振听说此事后便对杨骏说：“你可以派人烧了云龙门，然后追索带头起事的。再打开万春门，调来东宫及外营的部队，拥翼皇主子，进宫抓起犯乱者。”杨骏素来胆小，正遇上殿中的兵马赶到，杀了杨骏。贾后接着秘密授令诛杀杨氏亲党，灭其三族。杨皇后在宫中发现叛乱已起，便在布帛上写着：“救太傅者有赏”，射到城外，事平后，贾后以杨皇后为杨骏同谋，将他废为庶人，第二年杨皇后绝食而死。
杨骏被杀之后，便由汝南王司马亮与太保卫瓘共同辅政。以楚王司马玮为卫将军，进东安公司马繇为王。司马马繇兄长司马澹对司马繇一直很厌恶，而司马繇也想因这次平乱后独揽朝政，于是王澹便到汝南王司马亮处离间。司马亮听了王澹的话，免了司马繇的官，又将他废徙到带方（今朝鲜镜内）。楚王司马玮年少果锐，事刑威厉，朝廷对他不放心，汝南王司马亮与卫瓘商量，让他回自己的藩地。楚王司马玮于是便到贾后处谮言亮与卫瓘。贾后便让惠王下诏废除二公，并命楚王司马玮行事，杀了司马亮与卫瓘。楚王司马玮的亲信这时献计说：“你可应趁用兵之时，也杀了贾后的族兄贾模、从舅郭彰等，以此匡正王室，安抚天下。”楚王司马玮犹豫不决。天亮时，贾后则先走一步，以楚王司马玮矫诏专杀之罪，杀了楚王司马玮。此后，贾后专权，以张华为侍中、中书监、裴为侍中，与贾模一同辅政。
不久，贾后与太子遹之间矛盾加剧。永康元年（300），贾后矫诏废杀太子。赵王司马伦、孙秀趁机命翊军校尉齐王司马冏带兵入宫中，将贾后抓起，废为庶人，旋又杀之，灭贾氏族党，并杀死贾后亲信张华、裴等。接着，赵王司马伦自任使持节，督中外诸军事、相国、侍中、以孙秀为中书令，控制了朝廷的大权。
淮南王司马允此肘正担任中护军，密养敢死之士，密谋驱逐赵王司马伦。赵王司马伦听说后恐惧，将淮南王司马允转升为大尉，另外多加优厚，想以此夺取他的兵权。淮南王司马允知其阴谋，便假称有病不赴。赵王司马伦派御史逼淮南王司马允前行，并扣留了他的官属，指责他大逆不道。允无奈，就率领国兵及帐下的七百人出讨赵王伦。快到宫前时，尚书左丞王舆见势不好，便关闭了东掖门，不让淮南王允进去，司马允只好不去围攻相府。当时赵王司马伦之子虔正在门下省，便派司马督护伏胤率领四百人从宫中出来，诈称援助，淮南王司马允急需救助，不知是计，就下车接见，被伏胤杀死。孙秀一直与潘岳、石崇有隙，这时就趁机指责他们是淮南王党，也一起捕起杀死。
永康二年（301），赵王司马伦专权心切，便将惠帝移到金墉，自立为王，改元建始。不久，齐王司马冏起兵反赵王司马伦，成都王司马颖在邺（今河南临漳），常山王司马冏在其藩地，也一同起兵响应。河间王司马颙在关中，派张方去援助赵王司马伦，但一见齐王司马冏，成都王司马颖势力甚大，便反过来又支持二王。由于诸王的投入，“八王之乱”开始发展为一场大混战。四月，左卫将军王舆与尚书广陵公漼带兵入宫，杀了孙秀，先逐赵王伦归第，随后一同杀了，将惠帝重新从金墉迎回。齐王冏带兵至洛阳，甲兵十万，旌旗招展，震动京师，惠帝拜为大司马，都督中外军事，加九锡之命，又封成都王司马颖为大将军，录尚书事也加九锡。但卢志却不出来私下劝司马颖推崇齐王冏，以显无私欲之心。成都王司马颖授受了他的建议，以母亲身体不佳为托词不受九锡，回到邺城。
齐王冏辅政，一开始就大建官邸，沉湎酒色，不入朝见，外事唯亲是宠，选举不均，以致朝廷侧目，海内失望。司马冏兄东莱王司马蕤与王舆一起计谋废除齐王司马冏，但事情泄密，东莱王冏蕤被免为庶人，王舆被杀。
永宁二年（302），河间王司马颙起兵反齐王冏，成都王司马颖响应，长沙王也率兵前来协助。长沙王见了成都王司马颖，说：“天下之事，应以先帝之业为先，我们应当维护它。”听者对他都有所惧怕。李含这时便对河间王司马颙说：“可以放令让长沙王去讨伐齐王冏，并且同时把这事预先透漏给齐王冏，齐王冏一定会起兵灭杀长沙王，然后再将罪归于齐王冏，消灭齐王冏而立成都王司马颖。”河间王司马颙听从了李含的计策。果然，齐王冏派将领董艾去袭击长沙王，双方交战后齐王冏部败阵。长沙王抓住了齐王冏，并将他杀了。河间王司马颙原以为冏弱而强，可是结局却出乎意料，于是便发布通告，动员诸方力量讨伐长沙王。
太安二年（303），成都王司马颖、河间王司马颙起兵攻打长沙王。河间王颙以张方为都督，领精兵七万开赴洛阳，成都王司马颖以陆机为将军，督王粹、牵秀、石超等二十余万人，浩浩荡荡向洛阳逼近。惠帝暂避洛阳西十三里桥，参军皇甫商率兵在宣阳（属河南）抵抗张方，被张方击败。张方进入洛阳，烧毁清明、开阳二门，死者万计。石超带兵追赶惠帝的随从。攻下缑氏（河南偃师）后，放火焚烧。不久，王师回旋洛阳，在东阳门击破牵秀，在建春门击破陆机。长沙王奉惠帝之命讨伐张方，在洛阳城中交战，张方部下见惠帝乘舆前来，便往后退去，张方阻止不住，大败而去，退到十三里桥。这时人心沮丧，有人便劝张方趁夜溜之大吉，张方说：“兵之胜败是常事，贵在因败而反过来取胜。我们可以出其不意袭击洛城，这才叫做用兵之奇。”于是在夜里偷偷带兵逼进洛城。长沙王刚刚打了胜仗，有些麻痹，这时率兵出战，被张方打败。张方围城多日，但始终不能攻克，想撤回长安。