道光二十二年（1842）四月，道光决意妥协，派钦差大臣耆英、伊里布会和。但英国为迫使清政府接受全部条款，决定不到南京不进行谈判。于是六月进犯长江。八月，英军侵入南京下关江面，牛鉴出面乞降，璞鼎查以其“无权做主”不答应议和。随后英舰佯装进攻，伊里布、牛鉴等连夜派人到英舰，表示钦差大臣耆英即日到省，并出示道光“永定和”谕旨。次日，耆英、伊里布赶到南京。耆英给道光皇帝的奏报中说：“该夷船坚炮猛，初尚得以传闻，今既亲自上船，目睹其炮，益知非兵力所制伏”。就这样，在炮口的威逼下，接受了璞鼎查提出议和的全部条款。八月二十九日，耆英、伊里布在英国军舰“皋华丽”号上，完全按照英方提出的条件，签订了《南京条约》（又称《江南条约》）。
《南京条约》共十三款。主要内容有：
（1）中国开放广州、福州、厦门、宁波、上海等五处为通商口岸，允许英国携带家眷寄居、贸易通商。英国可以在上述口岸设领事，管理商事；
（2）中国割让香港给英国常远据守主掌，任其立法治理；
（3）中国赔偿英国鸦片烟价600万银元；
（4）英国商人在粤贸易，原归商行办理，现规定英国人在通商口岸，与何商交易均听其便，中国赔英商欠款300万银元；
（5）中国赔偿英国军费1200万银元；
（6）以上三条计赔英款2100万银元，广州赎城费在外。分期交清，按期未交足数，以每年百元加息五银元：
（7）英国商人在通商各口应纳进出口货税，均宜秉公议定细则；
（8）中国六百万银元鸦片赔款交足，英军退出南京、白河口等，并不再阻拦中国各省商贾贸易，退出镇江。但舟山、鼓浪屿两岛英军待赔款全部交清，各通商口岸开辟，方撤出；
（9）为英国效劳的奸细全然免罪，被监禁起来的要加恩释放。
《南京条约》签订后，为了议定关税税率及其他有关问题，中英又在广州继续谈判。道光二十三年（1843）七月，中英《五口通商章程》在香港公布。十月，耆英与璞鼎查在虎门签订《五口通商附粘善后条款》，也称《虎门条约》。
英国又从这两个条约中取得了如下特权：
（1）领事裁判权。据五口通商章程，英国人在中国犯罪时，由英国领事按照英国法律处理；
（2）据五口通商章程，英商大部分主要进口货物按时价的百分之五交税；
（3）片面的最惠国待遇。据虎门条约，中国将来给予其他国家任何权利时，英国人可一律均沾；
（4）英国可派军舰常驻中国各通商口岸；
（5）英国人可以在通商口岸租赁土地及房屋。
《海关税则》是璞鼎查委派英国怡和洋行职员罗伯聃拟定的。分为出口和进口两大类，前者包括六十一种货物；后者包括四十八种货物。绝大部分出口货和进口货的税率，都比鸦片战争前降低百分之五十左右，有的甚至降低百分之九十。这个税则的签订，使中国海关失去保护本国工农业生产的作用。
《南京条约》是中国近代史上第一个丧权辱国的不平等条约。中国从此开始一步步地步入半殖民地半封建的深渊。
太平天国起义
道光二十三年（1843），洪秀全吸取了《劝世良言》中所宣传的创造天地万物人的“神天上帝”，是惟一真神及在上帝面前人人平等的思想，创立“拜上帝会”。最早接受洪秀全拜上帝思想的是他的同学冯云山和族弟洪仁玕。第二年，洪秀全与冯云山一起到广西贵县一带进行“拜上帝会”的宣传和组织活动。不久，洪秀全又回到广东花县家乡进行理论创作。洪秀全先后写出了《原道救世歌》、《原道醒世训》和《原道觉世训》三篇着作。《原道救世歌》宣传宇宙间惟一主宰，拯救万物的真神是上帝，“开辟真神惟上帝，无分贵贱拜宜虔”，“天父上帝人人共，何得君王私自传”。又说，普天之下皆兄弟，上帝视之皆赤子。这就否定了封建帝王至高无上的权力。《原道醒世训》中说，天下男人都是兄弟之辈，天下女子都是姊妹之群，不应存在此疆彼界之私，更不应存在你吞我并之念，同时还宣传了经济上的平等思想。《原道觉世训》中明确地把皇帝指作“阎罗妖”，把贪官污吏指作“妖卒鬼徒”，蔑视皇权，号召人民群众起来消灭“阎罗妖”。在同一时间里，冯云山在紫荆山区进行“拜上帝会”的宣传和组织工作。道光二十七年（1847）上半年，“拜上帝会”会员已达二千多人。是年八月，洪秀全再次到广西，在紫荆山与冯云山会合，共同制定“拜上帝会”的各种宗教仪式和十款天条。并派人四处发展会员，其会员主要是贫苦农民。第二年七月，杨秀清、萧朝贵、韦昌辉、石达开和洪秀全、冯云山结成异姓兄弟，“拜上帝会”从此有了领导核心。
“拜上帝会”在其发展过程中，同封建势力的斗争逐渐公开化，会员开始捣毁甘王庙及紫荆山区的神庙社坛，与地主团练也展开了斗争。道光三十年（1850）广西群众的反抗斗争继续增多。同年七月，洪秀全发布“团营”总动员令，各地会员纷纷变卖田产房屋，向“拜上帝会”总机关所在地金田村进发。十一月，各路会员均汇集在金田村，约二万人。在“团营”过程中制备器械，编制营伍，一同拜上帝，广大分散的农民组织成一个严密的武装团体。
道光三十年（1851年1月11日）十二月十日，“拜上帝会”会员在广西桂平县金田村正式起义，建国号“太平天国”。随即东进，占领交通要道江口镇。“天地会”罗大纲、苏三娘（女）等率众几千人也投入太平军，声势更加壮大。三月，太平军转而西进，入武宣县境。洪秀全在武宣东乡即位称天王，封杨秀清为中军主将、萧朝贵为前军主将、冯云山为后军主将、韦昌辉为右军主将、石达开为左军主将。此后半年，太平军转战武宣、象州和紫荆山区，设法打破清军的包围堵截。九月，太平军乘胜攻克永安州城（今蒙山县），这是“太平天国”起义以来占领的第一座城池。洪秀全在这里封杨秀清为东王、萧朝贵为西王、冯云山为南王、韦昌辉为北王、石达开为翼王，西王以下，俱受东王节制。又封秦日纲、胡以晃为丞相，罗大纲为总制。其余有功将士，均分别擢拔任职。洪秀全又针对农民起义队伍在战斗过程中产生的实际问题，发布许多诏令：严禁兵将私藏在战斗中缴获的各种财物。巩固圣库制度，告诫全军恪守天条天令，严守纪律，警惕敌人的诱惑；勉励将士团结一致，同心协力，“男将女将尽持刀”，“同心放胆同杀妖”，同时，清除了暗藏的奸细。《太平诏书》、《太平军目》、《太平条规》、《天父下凡诏书》等一批重大文献也先后刊刻公布。这就是着名的“永安建制”。“太平天国”的政治制度从此初具规模。次年四月，太平军从永安突围，北上攻桂林不下，进占全州（今广西金州），入湖南。在全州战斗中，南王冯云山负重伤身亡。入湖南后，太平军连克道州（今湖南道县）、江华、永明、嘉禾、蓝山（今湖南蓝山）、桂阳（今湖南桂阳）、郴州（今湖南柳州）等地。这一带的“天地会”群众争相参加太平军，多达五六万人。九月，太平军猛攻长沙不克，西王肖朝贵中炮牺牲。十一月，撤围长沙，转经益阳（今湖南洛阳）、岳州（今湖南岳阳），向湖北挺进。太平军在岳州建成水营，战斗力继续加强。咸丰二年（1853）1月，太平军攻克武昌，进城后，太平军宣布：“官兵不留，百姓勿伤”，群众积极参军，队伍猛增至五十万人。随后顺江东下，水陆并进，旌旗蔽日，连克九江（今江西九江）、安庆（今安徽安庆）、芜湖（今安徽芜湖），于同年三月十九日占领江南第一重镇南京，随后以南京为都，改称天京，正式建立了一个与清朝政权相对峙的农民政权。不久，又攻下镇江和扬州。
咸丰三年（1853）五月，太平军约二万人在天官副丞相林凤祥、地官正丞相李开芳、春官副丞相吉文元率领下从扬州出发，出师北伐。历经江苏、安徽、河南、山西、直隶、山东六省，转战数千里，深入清朝统治的心脏地区，震撼京津。咸丰五年（1855）三月，北伐军林凤祥部营地被清军攻破，全军将士，宁死不屈。林凤祥被俘遇害。五月，李开芳部也失败。与北伐同时，太平军又在夏官副丞相赖汉英统率下沿长江西进，进行西征，相继占领安庆、九江、武昌等重镇。到咸丰五年（1855）九月，江西八府五十多个州县均归太平军势力之统治。第二年四月和六月，秦日纲率冬宫正丞相陈玉成和地官副丞相李秀成分别攻破江北和江南大营，解除了天京的肘腋之患。太平天国在军事上达到了全盛时期。
太平天国定都天京后，咸丰三年（1853）冬颁布了纲领性文件《天朝田亩制度》。其核心内容是关于土地制度的规定，即把全部土地平均分配给无地的广大农民；还规定了“太平天国”的乡官制度。《天朝田亩制度》规定的总目标是实现“有田同耕，有饭同食，有衣同穿，有钱同使，无处不均匀，无人不饱暖”的理想社会。
太平天国农民起义，推动了全国各地群众的反封建斗争，天地会、小刀会、捻党等在各地纷纷发动武装起义，响应并配合太平军作战，有力地推动了太平天国农民起义的顺利发展。
咸丰六年（1856）八月，太平天国内部发生了杨、韦事件；次年，石达开又分军出走，太平天国的力量受到了削弱。接着，武汉、镇江、九江又相继失守，天京被围。洪秀全遂于咸丰八年（1858）恢复五军主将制度，任命蒙德恩为中军主将，陈玉成为前军主将，李秀成为后军主将，韦俊为右军主将，李世贤为左军主将。洪秀全自己总掌军权，取得浦口和三河镇大捷。次年四月，洪仁玕到达天京，洪秀全封其为军师干，主持朝政。几个月后，洪仁玕向洪秀全提出了《资政新篇》，内容共四部分：一、用人察失，禁止朋党；二、革除腐朽生活方式，移风易俗；三、实行新的社会和经济政策，仿效西方资本主义；四、采用新的刑法制度。第三部分是全篇的中心。咸丰十年（1860），太平军消灭攻破了江南大营，天京解围。太平军乘胜连克常州、无锡、苏州等地，太平天国的力量再度崛起。
第二次鸦片战争之后，英、法、美、俄等国支持清朝镇压“太平天国”。清廷也确定了“借师助剿”的方针。同治元年（1862），太平军在上海和宁波与英、法、美军队进行了英勇的战斗。在中外反动势力的联合进攻下，苏州、杭州相继失守。同治三年（1864）六月，洪秀全病逝，长子洪天贵继位。七月十九日，天京被湘军攻陷。太平天国农民起义失败，余部又继续战斗多天。
太平天国起义坚持了十四年之久，其势力发展到了十八省，动摇了清朝的封建统治，打击了外国侵略者。
曾国藩组建湘军
太平天国运动爆发后，清政府调动了全国的绿营主力对太平军围追堵截，然而屡遭失败。太平军占领南京后，以绿营组成的江南大营、江北大营据守在南京旁边，几年内对太平军无可奈何，任其来往出入。这时，清政府已经意识到不能再指望绿营来战胜太平军，便开始动员各地编练地主武装。为适应这种形势，曾国藩积极活动，在地主团练的基础上开始组建湘军。
曾国藩，字伯涵，道光年间考中进士，做了十多年的京官，后升任到礼部侍郎兼兵部侍郎。咸丰二年（1852）因为母亲病故返回老家湖南湘乡。第二年，奉朝廷之命在湖南帮办团练。曾国藩苦思冥想，最后采取了与其它团练大臣完全不同的做法。他把团与练分开，团的招募方法是将居民编成保甲，委派当地豪绅主持；练，是在城乡集中训练乡兵。曾国藩让各地普遍办团，但不许地方绅士办练，而是自己亲自在省城集中募勇办练。不久之后，他乘罗泽南、王鑫等湘勇一千多人调省城防守之机，把他们改组、扩编，开始编练湘军。为了加强控制，曾国藩大量任用其亲朋密友、门生故旧担任各级将领。士兵全部来自湖南，其中以湘乡人为多。实行勇丁由将官亲自招募制度，各军各营彼此独立，互不统属，全军皆归曾国藩统帅。经过一番精心周密的经营，湘军已经成为曾国藩的私人军队。
咸丰三年（1853）年初，湘军组成。次年二月，曾国藩亲自率领湘军，自衡州（今湖南衡阳）起程，会师湘潭（今湖南湘潭）。随后他用自己的名义发布《讨粤檄文》，开始与太平军作战。靖巷一战，湘军水师被全部歼灭，曾国藩痛不欲生，投水寻死，被随从救起。四月，岳州一战，湘军又遭受败绩。曾国藩率部与太平军又会战湘潭，双方激战数日，伤亡都很大。十月，湘军和湖北清军相互配合，攻陷武昌、汉阳。经过一年多的反复激战，湘军乘天京变乱之机对太平军进行反攻。咸丰四年（1854）十二月又攻占了曾被太平军夺去的武汉。两年以后，湘军又进入江西，与太平军争夺九江，激战一年多，终于在咸丰八年（1858）攻克九江。
湘军在湖南、湖北战场虽然屡遭挫折，但毕竟取得了几场像样的胜利，扼制住太平军西征计划的实施。清政府获悉消息后，不得不承认湘军的战斗力已超过原有的绿营。然而，随着与太平军的战斗不断进行，湘军的势力也随之越来越大，湘军将领的声望也越来越高，这就引起了清廷的疑虑。早在湘军最初组建之时，军机大臣祁巂藻就向皇帝说过：“曾国藩一在籍侍郎，犹匹夫也。匹夫居闾里，一呼蹶起，从者万人，恐非国家之福。”正因为如此，清廷对湘军总是放心不下，对湘军将领很少提拔重用。最初几年里，湘军中只有胡林翼当上了湖北巡抚，而曾国藩自己长期以来只是以侍郎的空衔统领湘军，没有任何地方实权。这样，各省总督、巡抚常常在兵饷和后勤方面与曾国藩的湘军为难，致使曾国藩心绪一直不好，多次向皇帝上书大发牢骚，甚至产生不想再干下去的念头。咸丰七年（1857），曾国藩曾明确提出了权位的要求，但清廷依旧没有给予满足。咸丰十年（1860）四月，太平军彻底摧毁了清军的江南大营，绿营军几乎全部崩溃。与此同时，英、法军队北上的危机又迫在眉睫，清廷为了拢络曾国藩和湘军，便任命曾国藩为署理两江总督。同年六月，实授曾国藩为两江总督，并授钦差大臣督办江南军务，节制大江南北水陆各军。
次年四月，湘军与太平军在安庆展开激战，经过五个月的战斗，湘军以地雷轰塌城墙之法攻人城内。接着曾国藩又命兵分两路攻击太平军。次年，湘军主力由曾国荃率领，由皖北沿长江东下进攻天京；次年，左宗棠率领另一支湘军，由江西进攻浙江；李鸿章率淮军进攻上海附近一带。曾国藩自己则坐阵安庆指挥全局。同治三年（1864）七月，湘军攻陷天京，太平军失败。八月，曾国藩裁撤兵勇25000人。留下1万人镇守南京，又派15000人为皖南、皖北游击之师。后继续在皖、鄂、豫、鲁等地进攻捻军，又分兵进攻陕甘回民军和贵州苗民军。
在与太平军作战后期，随着曾国藩实权的骤增，其湘军系统的将领多有升迁。其弟曾国荃被赏头品顶戴，任浙江按察使。由曾国藩举荐的李续宜、沈葆桢、李鸿章、左宗棠分任安徽、江西、江苏、浙江巡抚。此外广西巡抚刘长佑、河南巡抚严树森、贵州巡抚江忠义，也都属湘军系统的人。湘军成为清政府中一支重要武装，也是一个占据重要位置的政治集团。
八国联军侵华