二是发展科技型企业。科技是第一生产力，生产型企业迅速发展的必然趋势就是参与国际竞争，科技是增强竞争力的第一要素，科技型企业成为新的经济增长点。
这个时期，全市生产总值实现了由1000亿到3000万亿的跨越，打造了深圳高科技和金融、物流三大支柱产业，经济以每年20%的速度发展，深圳的综合经济实力跃居全国前位。
2.这个时期深圳的特点
（1）科技企业的效益初步显现，科技型人才的价值得到充分体现，科技型企业如雨后春笋。深圳成为了世界制造业基地。
（2）房地产业健康发展。城市建设的发展推动了房地产业迅速发展，万科为首的房地产名牌企业诞生。
（3）金融也蓬勃发展，各地商业银行如民生、华夏、兴业等在深圳落户，外资银行也在深圳设办事处，深圳的金融环境为效益好的企业输入了资金。
（4）世界500强有90多家纷纷在深圳落户。
（5）世界物流业品牌进驻深圳，联邦、顺丰等进驻，催生了深圳一批快递业的诞生。
（6）餐饮业异军突起。国外的洋品牌登陆外，香港的“好世界”、“丹桂轩”等进驻深圳，深圳本地品牌出现，如“芳都”、“面点王”等。
四、深圳人的第四次创业
如果说90年初代深圳的经济是以贸易、房地产和三来一补为主的话，那么从90年代末到21世纪初，深圳开始自主创新，向高科技方向发展。
如今，它已成为国内高新技术产品产值最高、出口最多的城市，华为、中兴等一批本土企业通过自主创新迅速成长壮大，并在国际市场占据一席之地；产业生态和经济结构发生深刻变化，高新技术产业成为支柱产业和第一经济增长点。深圳特区正在自主创新的道路上走出一片新天地。许多企业打造自己的技术品牌，一些科技型企业如雨后春笋般发展起来，深圳成为世界电子研发、生产基地。深圳的华强北商业街成为世界电子采购中心。分析深圳自主创新的原因归结为：深圳有较完善的市场体系，更重要的是政府对企业干预少，为企业营造了良好的发展环境和有效支持企业自主创新的服务体系。
1.市场的需要，催发了科技创新的动力
作为改革开放最前沿的深圳，活跃的市场因子已触及到每一寸土地和每一个人，因此深圳的每一步自主创新之路也都由市场来主导和选择。深圳企业面临的竞争十分激烈，要想在市场上求生存，唯一办法就是“你无我有，你有我新”，“生产一代，研发一代，储备一代”。深圳市政府1997年就率先组建深圳清华研究院。8年间，深圳清华研究院平均每年有15个科研成果产业化，共孵化企业310家，2004年总产值达110亿元。通过孵化企业和出售股权，深圳清华研究院的净资产由最初不到1亿元增长到10多亿元，形成了自我发展和自我完善的良性循环机制。
在内地高校科研成果找不到婆家，而到深圳成了企业争抢的香勃勃。
深圳中兴通讯公司从注册资本只有280万元的小企业，到年销售额超过300亿元的国际通信制造企业，只用了20年时间。技术创新与市场无缝对接，是中兴通讯开发一个又一个拥有自主知识产权并占领国际市场高端的法宝，并使其由此跻身国际一流通信设备供应商行列。
该公司的高级管理者说：技术的生命力来自于市场的创新。核心技术的突破不能只靠少数科研人员闭门攻关，必须根据用户的反馈意见不断改进，才能成为真正有竞争力的产品。
与传统创新模式相反，在创新的产业链上，深圳走的是由市场终端下游向上游递进的逆向之旅。朗科的闪盘芯片、腾讯的及时通讯技术、海普瑞的肝素提炼等，深圳企业的每一项技术创新都是市场主导下的产物。在深圳，创新型企业基本上是民营企业和股份制科技企业，其产生源于市场需求，其发展决定于市场竞争，企业因产品竞争力强而充满活力。
2004年，深圳高新技术产品出口达350畅6亿美元，继续居全国第一，一批拥有自主知识产权、竞争力强的产品已进入欧美市场。
2.民营企业是深圳企业的主力军
在深圳，位居世界500强的跨国大公司有90多家，但自主创新最活跃的是本土民营企业，一批自主创新型企业摆脱了技术追随者的角色，成为国际同行业的技术领跑者。
深圳目前有国家和省级高新技术企业近千家，其中60%是民营科技企业，全市超过60%的高新技术项目在民营企业，本土民营企业已成为深圳自主创新的主要力量。事实上，深圳在自主创新方面知名度最高、做得规模最大的也是民营企业，通讯领域的华为、中兴通过自主创新，已经走出国门成为世界级大公司。
深圳不仅仅有华为、中兴，在这两个自主创新领头雁的后面，是一个庞大的自主创新企业群体：软件领域的金蝶、金证；计算机及相关技术领域的朗科、腾讯；医药领域的科兴、海普瑞；新材料领域的比亚迪、长园；医疗器械领域的安科、迈瑞等。它们都在各自的领域内独占技术和市场鳌头。
在竞争激烈的互联网领域，深圳腾讯公司脱颖而出，吸引了4畅2亿注册用户和1畅68亿活跃用户，并占据70%的即时通讯市场份额，成为中国用户群最庞大、首家在香港主板上市的互联网企业。公司总裁马化腾说，互联网竞争十分激烈，没有技术创新和市场模式创新，就没有今天的腾讯。
深圳自主创新“4个90%”引人瞩目：90%以上的研发机构设立在企业；90%以上的研发人员集中在企业；90%以上的研发资金来源于企业；90%以上的专利由企业申请。全市38家工程技术开发中心全部建在企业，21个博士后流动站也都设在企业。
据统计，目前深圳全市从事开发、生产高新技术产品的骨干企业共有1700多家，研发人员7畅8万人，共研发生产高新技术产品2352种，资金投入总额924亿多元，其中92畅38%的资金来源于企业。2004年，深圳市研发投入近125亿元，占GDP的3畅67%，这个比例高出全国平均水平近三倍，达到发达国家的水平。仅华为技术开发投入一年就达45亿元，专利申请量突破1000件，在欧美等发达国家申请专利累计400多件，是我国在国外申请专利最多的企业。
3.深圳市政府积极支持扶持科技创新企业
深圳市政府通过贷款贴息、融资担保、资金匹配等措施，引导各种创投资本流向深圳。目前，各类创业投资机构在深圳注册资本和管理资本总额达150多亿元，占全国总量的2/5，累计投资项目500多个，投资金额50多亿元。针对高新技术产业萌芽、成长、壮大等不同的时期，深圳市先后出台了50多项针对性强、操作性强的政策措施，以激活人才、技术、资金、中介等各种因素为企业自主创新服务。深圳清华研究院，成功地探索出“科技创新孵化器”的发展模式，累计孵化高科技企业310家，2004年总产值超过100亿元。在此效应的带动下，北京大学、香港科技大学等50多所知名高校纷纷进驻深圳虚拟大学园区。
灵活的政策催生了一批不同所有制的主体投资参与、运行机制灵活的企业孵化器。目前深圳市企业孵化器已发展到32家，遍及全市六区，入驻企业达2250家，总投资28亿元。2004年，全市孵化企业年销售收入超过70亿元，70%的企业运营状况良好。深圳逐步形成了有自己特色的人才培养平台、院校产业孵化平台、技术创新平台、成果转化和产学研结合平台，造就了一大批高科技人才和高科技企业，实现了科研成果的最大资本化。深圳市还全面启动电子产品质量检测中心等五大公共技术服务平台，面向社会开放，服务中小型企业。
引发移动存储“革命”的朗科公司总裁邓国顺，原来在国外一家公司工作，后来决定回国创业。他先后考察了多个地方，最后将创业地选在深圳，因为他看好这里的自主创新环境和氛围。2001年，朗科研发资金出现困难，他抱着试试看的心态向深圳科技局申请科技三项经费，没想到很快就从政府部门拿到100万元无偿资助款和150万元免息贷款。邓国顺说，一个刚起步的小企业在最困难的时候能获得资助，这无疑是雪中送炭，这更坚定了朗科走技术创新之路。如今，朗科已累计在全球几十个国家申请了200多项专利，其中大部分是发明专利，并在美国获得专利认证。
对创新型人才管理和职称评定大胆突破传统模式，实行特殊的职称评审政策。深圳市允许高技能人才、没有高级职称甚至没有职称但有突出贡献的科技人员申报专家。中兴通讯公司副总裁谢大雄曾获得国家科技进步二等奖，2002年他申报高级工程师，但没有发表论文，也没有参加英语考试。深圳市人事局打破评高级职称要有论文等限制，专门组织8名专家对谢大雄进行现场答辩，最后专家组一致通过，谢大雄被评为高级工程师。
还有不少没有学历的技工，通过技术创新而成为高级技工。在深圳，不少科技型企业家纷纷走上人代会代表、党代会代表的席位，参与政府决策。
深圳不少企业家说，是深圳自主创新的土壤，激发了企业技术创新的热情。2004年深圳企业申请专利8210件，76%来自民营企业。深圳市累计专利申请量达7万件，仅次于上海和北京，其中1/3是发明专利，PCT国际专利申请居全国第一。
2000年深圳市确定科技兴市发展战略，鼓励发展高新技术企业，每年举办深圳国际高新技术博览会，唱响了深圳发展高科技的主旋律。
1991年，当时深圳的房地产、三来一补加工业和贸易十分红火。深圳高新技术产品产值22畅86亿元，只占工业总产值的8畅10%，到2004年，深圳高新技术产品产值达到3266畅52亿元，占工业总产值的比重上升至50畅18%；其中具有自主知识产权的高新技术产品产值达1853亿元，占全市高新技术产品产值的57%。高新技术产业成为深圳第一支柱产业。
深圳全市有三万多家科技创新企业，成为深圳的高科技发展主力军，科技企业成为纳税大户，2005年，仅华为一家就纳税45亿。与同类城市相比，深圳的面积无疑是最小的，但其高新产业的聚集能量和辐射力十分惊人，形成了完备的上下游产业链条，这在全国大中城市中是罕见的。
目前，深圳市已形成计算机及外设制造、通信设备制造、充电电池、平板显示、数字电视、生物制药等六大产业链条。每个产业链条都有上百家甚至数百家产业配套企业，形成了强大的产业配套能力。
不断成熟、分工有序的产业结构，使得深圳的技术、人才、信息得以快速流动，形成了集研发、制造、销售于一体的良性产业生态，产生出巨大的竞争优势。
自主创新让深圳人尝到了甜头，更增强了深圳人自主创新的信心和动力，深圳人创新事业会爆发勃勃生机。
（本章编写参阅了深圳大事记）