科学研究的过程是对未知事物探索并认识的过程，目前对中医的研究，可分为理论研究与临床研究两大类，所采取的手段则有现代科学方法和传统方法的不同，这两种方法都是研究中医所不可缺少的，尤其在临床研究上更是这样。什么是传统方法？时振声教授认为祖国医学是从实践中来的，从一个病人、一群病人所积累的经验上升到理论，再用此理论指导实践，取得比原来更高的疗效，对疾病的认识也更深入一步，这就是传统的研究方法。如在治疗急性热病的过程中，从《内经》有关热病的理论，到《伤寒论》六经辨证的建立，再发展到温病学派的卫气营血和三焦辨证，认识无疑是在不断深化、不断提高的，这个发展过程说明了祖国医学是有它固有的、传统的研究方法，但是这个研究过程的进展比较缓慢，其中还有不少争论问题不能统一，因此在当前的中医内科临床研究中，怎样用传统方法来加以研究？与以往的传统方法应当有什么不同？都是我们要思考的问题。
一、指导思想
中医理论的指导思想是朴素的辩证法和唯物论，由中医理论所指导的中医临床，也同样受这种思想所指导，具体表现在用阴阳五行学说来说明对立统一的规律及其整体性与恒动性。既然是朴素的，就不可避免地具有笼统、直观的特点，有一定的缺陷性。然而，中医理论是从实践中来的，由于长期的、不断的在实践中反复检测、反复验证，这样的理论虽然仍未摆脱笼统、直观的缺陷，但在绝大多数的情况下，确能有效地指导临床，其原因在于它有实践经验的基础。有些内容是否正确？在现代科学尚未能完全解释的情况下，不要轻率地否定，避免将精华或是有用的部分当作糟粕而被遗弃，这是对待祖国医学这一伟大宝库时所应当注意的大问题。
祖国医学朴素的辩证法思想，在应用于临床时，其缺陷表现在过于笼统，有时共性与个性不分，抽象与具体不分，有时对立的双方互相转化不重视条件等。共性与个性不分，则难免将个性当作共性，把偶然当作必然，以偏概全；将共性当作个性，揆之于临床实践，又难于吻合，也造成中医理论上的缺陷，为某些问题长期争论不休，暴露出理论上的不完善。抽象与具体不分，如表现在阴阳既是抽象的，又是具体的，概念含混，阴阳又代表正气，又代表邪气，甚至在同一个问题上可以得出两种相反的结论。在归纳与演绎及推理上，有时不注意前提条件是否可靠，结果在并非同一个前提下来讨论某一概念而争论不休。有时又把比较的逻辑方法所得出来的结论绝对化。这些朴素的辩证法思想的局限性，用来指导中医临床研究，显然是不恰当的。
我们在临床研究工作上，决不能永远停留在朴素的辩证法思想上，要用唯物辩证法的思想作为指导。唯物辩证法认为自然界是物质的，物质结构的层次是无限的，对物质的认识单纯停留在宏观上是不够的，要把宏观的认识与微观的变化结合起来，有助于深入了解疾病的本质，这样在临床中的收效必然会更大一些。由于我们所研究的对象多属西医诊断明确的病名，如果不了解该病的微观变化，那是不全面的，微观变化当属中医望、闻、问、切四诊的外延，要把现代科学手段为我所用，从而充实自己，既保持发扬中医特色，又可“面向现代化，面向世界，面向未来”，两全其美。
二、科研选题
中医内科临床研究的选题，一般说来，应当适应当前迫切需要解决的问题，如对常见病、多发病的防治，以提高疗效。一般常见病、多发病，很多是慢性疾病，常规性治疗效果差，难度大，怎么办？因此在选题上可考虑将范围缩小一些，并从有一定疗效或苗头的项目先做起，逐步扩大。或者是针对临床实践中存在的某一问题，进而制定出解决这个问题的研究方法，所有这些都是比较可取的。一般而言，选题应注意以下几点。
一是要体现中医特色，选题应尽可能选择中医治疗有丰富经验的病种，如急性热病中的伤寒与温病的治疗经验可以借鉴，但是急性热病范围很广，因而可选择一个病种(中医病名或西医病名)、一个证候来进行深入研究。二是西医治疗目前无理想效果，但中医治疗确能解决问题的病种(主要是西医病名)。三是中西医治疗效果都不理想，但中医治疗途径较多，可以从临床表现、脏腑定位、病因定性、五脏相关、治疗方法等引出思路，摸出苗头，从而进行选题。有学者认为比较成功的科研选题，方法途径往往有四个特点，即：①从西医的定点、中医的特点出发选题；②从中医与西医临床治疗效果比较中选题；③从中西医理论上的交叉或矛盾之处选题；④从中西医理论上近似之处选题。以辨证论治开题，不仅可体现这四点精神，而且还可把继承工作与科研工作有机地结合起来。
三、观察疗效
选题确定以后，在治疗上体现中医特色应当以辨证论治为主，如果要观察某一有效方剂，应当首先确定其中医辨证的适应证，如果不加辨证地以一个成方或一味药来治疗西医的某一个病，显然不太符合中医的传统方法。如果是真正的辨证论治，那就要制定好各种类型及其动态变化的治疗方案。
治疗方案一经确定，下一步便是临床观察。传统的观察方法表现在以整体为主，并联系动态变化来进行观察，但以往的传统观察多凭感官，而感官的可靠性是有限的，是笼统的直观，因此借助仪器及化验作为观察指标是必不可少的。虽然以往的传统方法没有这些，但是作为望诊的外延，采用一些现代技术手段精确地进行临床观察，以避免过于直观和笼统。在当前这是必要的，在观察病人的主观表现时，最近许多单位采用症状积分法的记录也是可取的，这样不仅有质的观察，也有量的观察，使临床观察更为客观。
至于如何采用症状积分法，中国中医研究院西苑医院老年病研究室对脾虚证采取以下几个见证为主要依据进行辨证：①面色萎黄，②神倦，③乏力，④自汗，⑤气短，⑥纳呆，⑦便溏，⑧腹胀，⑨舌白腻，舌质淡，或舌体胖；脉弦沉细，或右关虚缓。
脾虚见证积分法为：①重度：症状显著(或持续出现)，为2分；②中度：症状时轻时重(或反复出现)，为1分；③轻度：症状较轻(或偶尔出现)，为0.5分；④无症状：为0分。并结合舌象(苔腻、质淡或舌体胖加1分)、脉象(沉细或右关虚缓者加1分)，计算各项脾虚见证积分值，以观察给药前后脾虚见证的变化程度。
在具体观察时，以对照、治疗两组给药前之脾虚见证积分平均值进行比较，对于有可比性者，再将两组给药前后脾虚见证积分的下降均差值进行比较，以判断其疗效，具有一定的说服力。
临床观察中要不要设对照组，以往传统方法多采用自身的治疗前后对照，但是要注意该病治疗的早晚与痊愈的关系，有无自愈倾向等，自身对照原本也是有意义的。如果有条件的话，可以有目的、有计划、有选择地采取同一病种，或同一类型，或同一证候，年龄、病情相似者30～50例，设立对照组进行对比观察，则会更有说服力。
关于建立动物模型问题，目前看法不一，有的认为可做参考，有的认为动物实验做不出中医辨证的模型，因为不能看舌苔，也不能摸脉，缺了这两项怎么能叫中医模型呢？也有人认为动物模型所表现的症状及体征不是特异性的，因此很难与中医的某证准确相应。如果动物模型确能符合中医辨证的各种证型，自然也可为我所用。
四、疗效判定
判定疗效是临床研究工作的基本内容之一，判定疗效的重要性不仅可以证明中医治疗效果，而且还能直接影响到对具体病人的进一步治疗和对预后的看法。能否客观地、实事求是地判定疗效，也关系到临床观察方法是否严密。在临床研究某个病种时，如已有全国或地区性的统一疗效标准，应当尽可能地按照统一标准来判定；如果没有或虽有，但不完全符合本课题的研究内容者，亦可自定标准，或者根据统一标准适当加以修改。目前关于西医病名的疗效标准比较容易统一，现在的问题是中医病名及中医证候的疗效标准要不要制定，如何制定，均需要今后认真加以讨论。
在判定疗效时要注意疾病有无自愈倾向，这在以往的传统方法中是不太被重视的。有的病人经辨证论治用某种方法治疗，很快出现效果，要注意其适应证，如果不加选择地、泛泛地将这种有效方法加以重复，不一定会比选择符合适应证的效果好，这也许是所谓的中医经验不能重复的原因，同时也是没有按照中医辨证加以论治的结果，也就是没有突出中医特色。
在判定疗效时还要注意某一病种的诊断是否正确、可靠、无误。诊断准确是判定疗效的前提，这在西医的诊断上问题不大，但对中医的诊断，还有待于病名规范化以后，才能定出统一的诊断标准。目前的中医病名诊断有许多是以证候或症状来命名的，所包括的范围很大，一种病包括了西医的许多病种，有的治疗效果好，有的治疗效果差，因此比较难以掌握这个病自始至终的规律。我们认为还是以在西医病名诊断下的中医辨证，比较容易判定疗效和探讨规律。
关于中医证候的诊断标准，有的单位运用模糊数学制订了肾虚综合评判数学模型可作参考。如：单纯肾虚证(包括以下八大主症，并列出其隶属度)：腰脊酸痛0.28，腰以下肿0.15，耳鸣0.12，足跟痛0.12，发脱枯悴0.09，不耐久立0.07，齿摇稀疏0.09，动则喘甚0.06，若其隶属之和大于0.37，则可确认为单纯肾虚。
阴虚证(八大主症及其隶属度)：五心烦热0.42，咽干盗汗0.35，两颧潮红0.20，午后潮热0.20，尿赤0.20，夜尿频多0.18，舌质红或紫暗0.15，脉细数0.15，若其隶属度之和大于0.37，可确认为是阴虚证。如同时兼备单纯肾虚诊断标准，则定为肾阴虚。
阳虚证(七大主症及其隶属度)：畏寒肢冷0.38，面色白0.32，阳痿早泄0.30，尿频0.10，尿清长0.10，舌体胖嫩0.20，脉沉细0.10，若其隶属度之和大于0.40，即确认为阳虚证。如同时具备单纯肾虚诊断标准，则定为肾阳虚。
中医证候规范化是中医对证候的诊断标准，卫生部曾经组织有关单位制订，这对我们进行临床诊断有很大意义。
统计学处理的方法在判定疗效时具有一定的意义，特别是观察两组不同治疗方法之间的差别是否显著，两个平均数或两个百分比之间的差别是否显著等更有意义，这是以往中医传统方法所欠缺的，正确地加以运用，则有助于保证临床科研工作的精确性与可靠性。
五、临床总结
根据以上科研设计，通过治疗观察，对比分析，一般不难做出总结，根据总结资料，可能有成功的经验，也可能有失败的教训，故可通过总结来衡量所确定的科研设计、治疗方案、观察指标等是否合理，便于修订下一步深入研究的计划，特别是通过总结，提出问题，不仅可以引出思路，而且还可以为其后有独创性的成果打下基础。
目前中医科研工作在临床总结方面，大部分还停留在回顾性总结上，回顾性总结可以采用大宗病例的统计，也可采用个案分析。大宗病例的统计可以看出某种疾病的总体情况，如发病季节、年龄性别、病程长短、辨证分型、治疗规律、病情转化等。通过总体的观察看出了这个病的分型不同及发展途径总的预后，看出这个病的自然转归与用药后的变化，看出误治后的发展趋势和不是误治的正常病程等等。大宗病例的统计分析，因为是总体的，所以多注意其共性规律，有关个性的问题了解较少。个案分析可以结合每个病人的具体情况，能做到具体问题具体分析，反映出因时、因地、因人的不同情况。了解病人的体质、情志、饮食、起居、发病、传变、转化等特殊情况，以及病危、疑难病人抢救的经验与失败的教训，比较细致地反映了辨证论治的特色。典型的个案还可发现科研的苗头，以往的传统方法多是注意个案总结，要想从许多个案病例中，上升为理论，寻找出规律性的东西，有时是比较困难的。因为病例偏少，不可避免地会出现偶然性，是单纯的偶然现象，还是偶然中寓有必然因素，就要通过大宗病例观察总结，才能摸索出其中的规律(包括发病、病机、转化、治疗、预后等规律)，才能比较迅速地上升为理论，或者产生新的认识。因此回顾性总结应当将两者结合起来，这样既能看出这个病的总体情况，也可了解某些特殊现象；既了解共性，又了解个性，两者结合起来，一方面可深入了解该病的全貌，另一方面还可寻找规律，发现苗头，从而提出自己新的看法。
回顾性的总结尽管是需要的，但是作为科学研究它是不够的，也是不完善的，它只能告诉你过去，不能预测未来。科研工作则是带有探索未知和创造知识的性质，与医疗活动的应用知识、教学活动的传授知识是有区别的，如果不去探索未知，不去创新，严格说来不能算作科研。探索与创新是发扬，那怕是点滴的创新，也是发扬，而发扬又必须在继承的基础上进行，因此中医的科研工作要处理好继承与发扬的关系，没有继承，不遵循中医理论体系的研究工作，则不是中医的研究；但是如果没有发扬，则不能使中医固有理论提高一步，也够不上中医的研究。继承与发扬是辩证的统一，继承是为了发扬，发扬又要在继承的基础上进行。全体中医科研工作者应从点滴做起，不断地在中医内科临床研究工作中取得创造性的成就，进一步丰富祖国医学这一伟大的宝库。