脐腐病为生理性病害。一般认为是水分供应不足或供应失调，先是干旱果实水分被夺走，生长发育受阻，而后又遇水分过多，导致脐部组织功能紊乱，引发脐腐；或者是植株不能从土壤中吸收足够的钙与硼，影响正常的生理活动，引起脐腐的发生；或者土壤中氮素营养过多，生长过旺，果实得不到钙的补充，当果实含钙量低于0.2%时，即易发病。
3.预防方法
（1）选用抗耐病品种。
（2）注意均衡供水。
（3）采用高垄覆膜滴灌栽培技术，可改善土壤水分状况，减少此病发生。
（4）采用测土施肥技术及根外补钙措施。番茄坐果后1个月内是需钙关键时期，可喷洒1%过磷酸钙，或0.5%氯化钙加15毫克/千克萘乙酸混合液，每15天1次，连续喷2次。
番茄筋腐病
1.症状特征
筋腐病发生在果实着色前，表现为果实着色不均匀，表面凹凸不平，透过果皮可见果肉发乌，横切见果肉维管束呈黑褐色。发病轻的果实维管束变色不明显，果实外形无变化，但果面有一块块的不转色，至成熟时，此处果肉仍较硬。发病较重的果实，胎座发育不良，部分果实伴有空腔发生，使果实不能食用。病株的茎、叶无明显症状，这与病毒引起的病果有区别。
2.发病原因
筋腐病是生理性病害。果实膨大期日照及积温不足易引起筋腐。这种条件往往因营养生长过旺，而无足够的糖分供应果实，时间长了引起果肉的坏死。连作、土壤黏重、土壤过湿或过干板结、根系发育不良、有机肥少、氮肥过多、缺钾、缺铁等因素都会诱发和加重病情。
3.预防方法
（1）实行轮作。增施充分腐熟的有机肥，果实膨大期增施钾、铁肥，控制氮肥。
（2）加强田间管理。改善光热条件；及时整枝打杈和清除老叶，促进果实着色；忌大水漫灌和田间积水。
（3）发病初期，及时进行叶面补肥。可喷洒0.3%磷酸二氢钾、0.5%—1%的白糖混合液，提高叶片糖的含量。
番茄裂果
1.症状特征
裂果有三种类型。放射状裂果：果实绿熟开始，以果蒂为中心，产生细微的条纹，沿果肩部延伸，呈放射状，转色前2—3天裂痕明显；环状裂果：以果蒂为圆心，呈环状浅裂，多在果实成熟前出现；条纹状裂果：在果顶脐部，呈不规则的条纹开裂。
2.发病原因
番茄裂果是果实表皮出现的生理性病害，夏季露地、秋季保护地栽培发生裂果较多。果实在转色期遇到烈日、高温、干旱、雨淋和灌水不当等因素，导致果皮组织与果肉组织生长速度不同步，造成果皮出现裂纹，这是发生裂果的主要原因。品种间对裂果的抗性有差别，一般皮薄的多发生裂果，而长果形、果蒂小、棱沟浅的小果形品种或叶片大、木栓层薄的品种抗裂性较强。
3.预防方法
（1）选用枝叶茂密的抗裂品种。
（2）避免果实暴露在阳光下暴晒，小水勤灌，防止土壤水分急剧变化。
（3）增施有机肥，补充钙素与硼素，增强植株抗裂性。
（4）喷洒0.1%硫酸铜或硫酸锌液可以减轻裂果的发生。
番茄畸形果
1.症状特征
果实有时会出现椭圆形果、多心形果、顶裂形果、横裂形果、菊花形果、指形果和尖形果等形状不整齐的果实。
2.发病原因
主要原因是花芽分化时环境因素不良引起的。在番茄花芽分化及发育期，如果温度低，光照不足，水分充足，氮肥多，致花芽分化过度，易形成多心室的子房，果实则呈桃形、瘤形或指形等。如苗龄过长，低温或干旱时间过长，植株衰弱，花器易木栓化，形成少心室的尖顶果。如后期转入适宜条件，木栓化组织不能适应内部组织的膨大需要，则形成裂果、疤果或籽外露果。使用坐果激素浓度过大或处理时温度过高也易产生畸形果。
3.预防方法
加强育苗期的管理技术，特别是增温管理，延长光照时间，创造适宜花芽分化的环境条件。加强肥水管理，防止土壤过干、过湿，防止幼苗徒长或老化。施用坐果激素要注意适宜浓度和使用方法。
番茄空洞果
1.症状特征
空洞果又称空心果，在日光温室冬茬、冬春茬栽培中发生较多，严重影响产量和品质。空洞果外型带棱，果肉少，味淡，品质差。横断面大多呈多角形，果皮与胎座分离，种子腔成为空腔，果肉不饱满。
2.发病原因
主要是开花授粉期温度过高或过低，光照不足，授粉不良，种子退化，发育不充分而形成空洞果；坐果激素使用浓度过高，及坐果激素处理后，水肥管理跟不上；或生长后期植株衰老；或氮肥施用过多，营养生长过旺，造成供给果实膨大的养分不足，都会产生空洞果。
3.预防方法
做好育苗时期的温光调控，在花芽分化前后，避免10℃以下的低温出现，开花期避免35℃以上高温对受精的危害。合理使用坐果激素，花期采用人工辅助授粉后，再采用坐果激素处理。加强肥水管理，特别是结果期的肥水管理，采用测土配方施肥技术，合理分配氮、磷、钾，调节好营养生长与生殖生长的平衡。
番茄日灼果
1.症状特征
主要在果实的果肩部易发生，果实呈光泽似透明革质状，后变黄褐色，有的出现皱纹，干缩变硬后稍凹陷，果肉变成褐色块状。当日灼部位受病菌侵染或寄生时，长出黑霉或腐烂。
2.发生原因
一般在果实膨大期土壤缺水干旱，果实受强烈日光直接照射，致果皮温度上升，蒸发消耗大量水分，果面温度过高而引起灼伤。
3.预防方法
加强肥水管理，防止土壤干旱缺水，尤其是在果实膨大期定植时，第一穗果向阴面，摘心时在最后一穗果上要留2—3叶，尽量避免果实暴露在阳光下。
番茄生理性卷叶
1.症状特征
番茄在果实开始采收时，部分或叶片普遍卷曲，严重呈筒状，变脆。
2.发病原因
与品种特性有关，垂叶型品种、抗病性弱的品种，早熟比晚熟品种易卷叶。生理性卷叶的主要原因是果实大量坐住后，养分消耗大，造成植株本身营养失调和环境条件不适形成卷叶。此外，番茄整枝、摘心过重，植株上留的叶片太少；土壤严重缺水干旱或土壤水分过多引起生理干旱；温度过高，土壤和空气湿度过低；土壤中缺少铁、锰等微量元素会使叶脉变紫上卷；番茄生育后期植株生长发育衰弱等都能引起生理性卷叶。
3.预防方法
培育壮苗，合理追肥灌水，使植株生长健壮，加强温室的温湿度管理和果实膨大期的水肥管理，并在结果期叶面追肥，喷施磷酸二氢钾或多元液体复合肥，有较好的防治效果。做到适时整枝打杈，选择抗性品种等，也能有效地防止或减轻生理性卷叶。
番茄落花落果
1.症状特征
日光温室番茄栽培中，尤其是冬茬番茄栽培，落花、落果现象常常普遍发生，有时第一穗花、果可能完全脱落，第二穗果大部分脱落。
2.发病原因
苗期花芽分化时夜温过高或过低，影响花芽的正常发育；夜温低于15℃，日温高于34℃，不能正常受精，引起落花落果；土壤养分不足，地温低，光照不足，根系发育差，整枝打杈晚，或夜温高营养消耗多，植株徒长，而使开花坐果得不到足够的营养，导致落花落果；蹲苗过重或下部果穗留果太多，疏花疏果不及时，营养生长不良，养分供应不平衡，也能引起落花落果。另外，土壤干燥，空气湿度过高或过低，坐果激素处理不及时都会引起落花落果。
3.预防方法
加强栽培管理，培育适龄壮苗。在花芽分化期尽量保持白天23℃—25℃，夜温不要低于15℃，也不可过高，防止徒长或影响花芽分化。定植时要避免伤根，合理追肥灌水，及时整枝打杈和疏花疏果，增加光照，加强通风降湿；人工辅助授粉后，必须采用坐果激素处理花，可有效防止落花落果。
番茄的有害气体中毒和烟害
1.症状特征
棚室或反季节栽培番茄经常出现有害气体中毒或烟害。有害气体常见的有氨害和亚硝酸害。
氨害：番茄叶片受害，初呈水烫状，后变褐干枯。花受害，花萼、花瓣呈水渍状，后变成黑褐色干枯，花不再开放。严重时叶片全部枯死。
亚硝酸害：分急性和慢性两种，主要为害叶片。急性型：叶片上形成很多白色坏死斑点，严重的斑点连片或枯焦。慢性型：仅叶尖或叶缘先黄化，后向中间扩展，病部发白后干枯。
烟害：往往是全株受害，发病迅速，有的施放烟熏剂后几个小时就显症。病株叶片变褐、焦枯，严重的全株死亡或成片死亡。
2.发生原因
属生理性病害。常见的有化肥分解时产生氨气和亚硝酸气，释放到棚室上空，上部氨气浓度达到0.0005%时、亚硝酸气浓度达到0.0002%时，番茄就会受到不同程度的毒害而发生氨气害或亚硝酸气害。氨害多发生在过量施用尿素或鸡粪的情况下，一般在施用后十几天发生。亚硝酸气害是大量施用牲畜肥或化肥，在土壤由碱性变为酸性的情况下，硝酸化细菌活动受到抑制，致亚硝酸不能正常及时地转换成硝酸态氮而发生的。至于烟害是在防止低温冷害或霜冻时，用火炉或煤火加热时，由于烟道不畅或燃烧不完全，产生一定量二氧化硫和一氧化碳，对番茄造成的危害。此外，使用各种防治病虫害的烟雾剂时，如用量过大或防治对象不符、靠近植株过近，或烟剂点燃后，发出的烟扩散不均匀，也可造成局部烟害。
3.预防方法
施用充分腐熟的有机肥或酵素菌沤制的堆肥，采用测土配方施肥技术，避免偏施、过施氮肥。发现有害气体后应马上放风，发生亚硝酸气害的，马上施用石灰或硝化抑制剂，并大量浇水，使其尽快渗入土中。有炉火或用煤加温的，应选择含硫少的优质煤，使其燃烧充分并及时清理烟道。使用烟雾剂时，一定要对症下药，按说明书用量，不得任意加大用药量，燃放点应分布均匀，熏后要及时放风换气，以利番茄正常生长。
药害
1.症状特征
种子发芽率下降，根系发育不正常，叶、茎、果出现大小、形状不等的斑点，叶缘、叶尖焦枯，严重时叶片焦枯、坏死、早落，生长点变白死亡，以致全株枯死等。
2.发病原因
浸种所用药剂浓度过大或药剂泡种时间过长；生产床土消毒不均匀；喷药时浓度过大或用药量过大，或喷药时温度过高；使用2，4-D不当，浓度过大或处理过早或重复蘸花，或喷到叶片和生长点，都会引起药害。
3.防治方法
选择适宜农药。在使用时严格按规定浓度配制，稀释用水要用清水，避免在高温中午施药。使用坐果激素蘸花要做标记，且不可蘸花过早；蘸花时，药液浓度不能太高，用药量不宜过大，以蘸到且不下滴液为准。生产上喷错药剂或产生药害，可及时喷洒清水淋洗，温室要加大放风，排除药害。同时，加强田间管理，增强植株的抗性。