授图仪式之后，太后在宫里接受各大臣亲王的朝拜敬贺，然后举办大型宴会。太后下令要所有李氏皇族的人出席，她要利用这个机会，将李氏皇族一网打尽。虽然此时李氏皇族这棵参天大树已经剩下为数不多的枝丫和树叶，但是，太后还是要砍断根蔓，不留一枝一叶。如果谁不出席，就构成违抗圣旨之罪，她就可以有理由从容惩治了。在李治死后，太后均授予他们人臣中地位最高的三师三公，地位虽高，但无实质权力，这是为安抚诸王不满的策略。李氏皇族的所有成员越王贞、纪王慎、韩王元嘉、霍王元轨、舒王元名、鲁王灵夔、滕王元婴无奈地都来了。
太后开始实施第二种方案，她让武承嗣当场羞辱众亲王，想激怒他们。但在酒席上，李氏皇族没有还嘴，忍气吞声敢怒不敢言。等离开之后，八个王公亲王聚在一起发起牢骚，议事起义发兵夺回李家江山。其中，韩王的长子五十岁的李撰最为冲动，他认为现在已经没有时间促使父王及其他皇族长辈们共同行事了，他自己先行动起来。于是，李撰找人假造了睿宗皇上的玉玺，写好伪造的诏敕：“朕已被幽禁，诸王应立刻发兵救朕。”派人把伪敕送给越王贞的长子博州刺史琅琊王冲。琅琊王冲知道李撰起事的意图，也急忙伪造睿宗的玉玺及敕书：“神皇欲将李氏社稷，授予武氏。”然后给各王送去，要求他们分别举兵攻打神都。然后亲自率五千余兵马兵渡过黄河，企图攻占自己曾任刺史而熟悉环境的济州，他首先攻击的是博州的武水。
太后任命心腹左金吾将军丘神勣为清平道行军大总管，征讨叛军。琅琊王冲首先举兵，可是诸王中竟没有一个人响应援助发兵。结果琅琊王冲被打败，被一个看门的农夫打死。父亲越王贞看见儿子死了，最后也举兵起义，但最终还是没有人响应，李氏皇族“打倒武后、匡复唐室”的行动彻底失败。
越王贞一家全部自杀。平定琅琊王冲和越王贞的叛乱后，武太后铁腕实施歼灭李氏皇族的计划。她命监察御史苏珦审问这次叛乱事件，苏珦的审问节奏十分缓慢，始终得不到诸王共谋的证据。太后非常急躁，就派出她的爪牙周兴接手。果然，周兴在极短的时间里将韩王、鲁王、韩王子黄国公撰以及长乐公主召回神都，用各种刑具逼迫他们坦白。四位皇族都无法忍受这种痛苦和屈辱，最后在狱中自杀而死。在剩余的李氏皇族中，太后的第一目标指向申州刺史李融。当李撰与越王贞共谋反叛的时候，李融也和他们订下起事时支援的盟约，可到了关键时刻，李融伪称病重憔悴不能帮忙，拒绝了越王贞。所以在审讯时，李融坚持说没有答应越王贞的要求。由于他坚定的态度表现出对朝廷的忠诚，太后没有杀他而且任命他为右赞善大夫，在东宫掌管传令、谏言、礼仪做法等事项。李融自以为保身成功，可太后却始终没有放过他，不断搜集他的罪状。有人告密，揭穿他以前和越王贞订盟约之事，他立刻被关入大牢。知道造反而不报者，被视为与造反同罪，加上他又和造反者订有盟约死罪难逃，李融被拉到菜市场处以斩刑。
太后下一个目标是济州刺史河东县侯薛家三兄弟，他们的母亲是太宗第十六女城阳公主，而三子薛绍正是太后小女儿太平公主的丈夫。这三兄弟与琅琊王冲共谋，当他们知悉冲举兵消息，就命济州府录事参军高篡招募兵马。侯薛家三兄弟所有人被判诛杀，因为薛绍是太平公主的丈夫特别免除斩刑，被打得半死关人大牢，最后活活饿死，三个儿子因为母亲是太平公主而幸免。青州刺史元轨，和越王贞共谋，最后被判流放到黔州的路上而死。元轨的长子金州刺史绪，在市场被处斩刑，尸体曝晒示众，汝南王李炜等十二人以反逆罪被斩。武太后利用酷吏进一步肃清宗室贵族，诸王中只有贝州刺史纪王慎拒绝谋反，但他仍以知情不报罪下狱，免于死刑，死于流配巴州的路上。李慎的六个儿子全被处死，亲属全部流配岭南。至此，李氏皇族反武太后的人基本被肃清。
对没有与越王贞叛乱有牵连的人，太后暂时没有动手，她准备耐心地等待下次机会消灭他们。不久，她对李氏皇族开始进行第二次肃杀。这次的对象是杞王上金和雍王素节。废太子忠与二皇子原王孝，一个被赐死一个病死后，特别是萧淑妃所生的儿子雍王素节，武太后以“恶性痼疾”为由，让李素节终生不得进朝。
在泰山封禅时，各州的刺史都集合在山麓，杞王上金和雍王素节同样是当地刺史，武太后却没有批准他们参加封禅大典。李素节知道绝非父皇之意，心中不服气又不敢提出异议。他就想一个办法，写了一篇《忠孝论》悄悄献给父皇，用文字来表达自己的心意和思念之情。但武太后还是看见了这篇《忠孝论》，她不温不火地给雍王素节安了一个试图贿赂以左右皇敕令的罪名，贬为鄱阳郡王，软禁在袁州。杞王上金以和李素节勾结之罪被免官，幽禁在灃州。
远离朝廷的两个皇子，当然是太后的心腹之患。她授意武承嗣秘命周兴诬告杞王上金和雍王素节，说他们有造反的企图，逮捕后押送回洛阳，到达洛阳以南的龙门时，李素节被勒死，他的十三个儿子，年纪大的九个惨遭酷吏诛杀，其余被流放到岭南雷州长期幽禁。而杞王上金到达洛阳后，被关在御史台的大牢里。太后故意让他知道李素节在龙门被杀的事，李上金再也无法忍耐这种种厄运，最终在牢里自缢。他的六个孩子全被流放到显州，相继病死。李上金、李素节的妃妾及未婚的女儿们，被送到掖庭为宫婢，最后不是病死就是自杀死亡，服侍李上金与李素节的左右侍从全处死刑。还有太子贤的孩子被幽禁在宫中，三子李守义病死，长子李光顺和次子李守礼幽禁宫中，受尽折磨。
至此，李氏皇族的人几乎全部被消灭了，唯有太宗第三子吴王恪之长子李仁不但活下来，还能保持高官的地位。在太后长期严密的监视下，李仁的日子也不好过，他整天费尽心思收集岭南各种特产献给太后，以求能保身。还有一位千金公主，因变成太后的养女，改为武姓，过着荣华富贵的生活。
剩下的就是太后亲生儿子李显和李旦了，虽然暂时哥俩儿还没有遭殃，但整天也如履薄冰地生活着。