面对那些反对她的老臣，武皇后还是应付自如。在她当皇后不久，为了让李治和大家更加深信她的宽宏大量，她写下了这样一份奏章给李治：韩瑗、来济曾反对立臣妾为后，但身为丞相，若非忠诚为国，绝不可能这么做，他们的诚心实在难得，恳求皇上奖赏二人。李治被深深地感动了，他马上把奏文给他们看，非常高兴地说：“圣人也难有如此大的胸怀与雅量，新皇后有如此大的高尚气度，二位总该放心了吧？”只等着罢官回老家的他们，没想到武皇后会有此招，二人在佩服的同时也感到此女人绝非一般，内心更加恐惧。
武皇后的得力干将许敬宗和李义府对新皇后的心思和想法揣摩得一清二楚。她的第一个目标就是韩瑗。这个韩瑗，武皇后曾经为他说过不少好话，但他不领情，还惦记着为褚遂良翻案。于是很快，许敬宗、李义府二人按照武皇后的旨意，弹劾韩瑗、来济，罪名是和桂州的褚遂良勾结，有造反企图，结果两人分别被贬为振、台州刺史，终生不得朝觐天子，实际就是终生流放，许敬宗接替韩瑗做了宰相。
朝中武皇后的反对派只有长孙无忌一人了，长孙无忌受到的打击最大，李治把褚遂良、韩瑗贬到地方上去，这是对他的一种轻视和不尊重，更是一种示威和夺权。他更知道，这是武皇后怂恿的结果。长孙无忌也许后悔了，当初他违背太宗的意愿，拥立懦弱的李治为太子，就是因为他听话，不会反对自己的意愿，将来做一个听话的傀儡皇帝，没想到自从这个武媚娘出现，事情就开始慢慢变化了，长孙无忌感到从来没有过的危机。
对付长孙无忌，武皇后采取的策略是孤立他，等待时机。因长孙无忌不贪赃、不卖官，所以平常很难抓住他的什么把柄。机会终于等来了，显庆四年（659年）的夏天，发生了一起朋党案件，私自结党，是朝廷最忌讳的事情。告者是洛阳县令，被告发的是太子洗马韦季方，另一个人是监察御史李巢。洛阳县令上书状告韦季方等人密谋造反，武皇后就让李治派许敬宗去查此案。许敬宗去办理之前，武皇后私下命令，让他想法把长孙无忌扯进来。结果，韦季方胆子极小，受惊吓而自杀了。许敬宗看见韦季方死了，立刻有了坏主意，他找人模仿韦的笔迹写了一页招供状，又按了一个韦季方的死手印。于是，便向李治来汇报。
招供状上大意是韦季方和长孙无忌同党，长孙无忌怕事情败露，便派人杀他灭口，他看清长孙无忌的嘴脸，这才写了这份交代。李治看着根本不相信，认为这是有人离间他和舅舅的关系，但禁不住武皇后的帮腔，李治半信半疑，他难过地流下眼泪，说：“我该怎么办呢？”武皇后说：“你是对这个舅舅太信任了。他做了三十年的宰相，天下人谁不怕他，一旦他秘密举兵，你又能派谁去抵挡呢？我担心他一旦知道韦季方自杀后，会立即发动政变，到那时情况就更糟了，所以，你还是痛下决心，早早处理。”
李治翻来覆去睡不着，毕竟是他的亲舅舅，他有些下不了手。不久，他痛下诏书，剥夺长孙无忌在宫中一切重职，贬为扬州都督，但是必须住在黔州。李治无论如何也不愿处死长孙无忌，他命许敬宗、李勣和辛茂详审此案。武皇后知道李勣对这件事不肯积极参与，辛茂则是听许敬宗的，于是，她给许敬宗出招，密告中书舍人袁公瑜，并派他前往黔州。袁公瑜到达长孙无忌幽禁的地方，遵照武皇后的意思，骗长孙无忌说皇上已经“赐他死”，逼迫长孙无忌自杀。长孙无忌知道，如果坚持不肯自杀，袁公瑜就会勒死他，再伪装成自杀的样子。死于这般人的手中，不如自杀算了。可自杀就等于承认“造反”，长孙无忌实在不甘心。不过无论如何挣扎，最后的结果都是“畏罪自杀”，长孙无忌终于被武皇后逼得上吊自杀。李治不知这背后的黑幕，他还真以为舅公自杀，呜呜地哭起来。
武皇后以迅雷不及掩耳之势，在短短的六年里，铲除了反对她的势力，搬倒了长孙无忌这棵大树，扫平了她前进道路上的障碍。武皇后对付长孙无忌这一招，还是跟他学的。她从感业寺回宫的第二年，就发生众人皆知的“房遗爱案”，她冷静地观察着长孙无忌定罪的手法和经过。李世民有心想立吴王恪为太子，而长孙无忌竭力反对，他推李治为太子。那时，长孙无忌就下了杀恪的决心。他耐心等待着，终于等到了一个好机会。高阳公主因和别人秘密计划造反，恪无辜被牵扯进来，长孙无忌主审此案，他顺利执行了筹措已久的谋划，诛杀吴王李恪。他软硬兼施，让房遗爱承认自己参与了谋反，然后供出同谋中还有吴王李恪。长孙无忌看出这次造反与恪无关，但还是定了他的罪杀死，长孙无忌终于达到了目的。
现在，武皇后如法炮制，置长孙无忌于死地。