“三藩”是指平西王吴三桂、平南王尚可喜、靖南王耿精忠三个藩王。他们本来都是明朝辽东边将，后来降清，或开关迎接清军进入山海关，或为清廷南征北战，镇压各族人民的反抗。清朝在北京建立中央政权之后，便封他们为王，给予高官厚禄。派吴三桂驻防云南，兼辖贵州，尚可喜驻防广东，耿精忠驻防福建，作为清朝控制南方边远地区的藩篱。
“三藩”握有重兵，其中吴三桂势力最大。吴三桂所部藩兵，五丁为一甲，二百甲置一佐领，共53佐领，还有忠勇五营、义勇五营，1.2万人，援剿四镇1.2万人。此外，云贵地方官所辖绿旗兵也受他的指挥。尚可喜、耿精忠的情况也大致如此。“三藩”每年还向朝廷索取巨额军饷，据说当时“天下财富，半耗于三藩”。
“三藩”凭借手中的武装力量割据一方，专横跋扈。吴三桂“勋庄棋布，管庄员役，尽属豺狼，杀人夺货，毫无畏忌。”他们权势日重，尾大不掉，极大地影响了中央政权的利益。康熙帝玄烨亲政以后，以三藩及河务、漕运为三大事，日夜焦虑。“三藩”成为朝廷的心腹之患。
1673年（康熙十二年），平南王尚可喜因年老多病，上疏奏请归老辽东。平西王吴三桂、靖南王耿精忠闻讯，不能自安，假意上书请求撤藩，试探朝廷的态度。康熙帝得“三藩”上疏，正求之不得，马上应允了他们的请求，下令撤藩。吴三桂接到撤藩命令，大失所望，便在云南组织党羽，自称天下都招讨兵马大元帅，于是年11月21日，发动叛乱。靖南王耿精忠、平南王尚可喜之子尚之信（后袭王爵）先后响应。各地与清廷有利害冲突的汉族军阀，为了保持他们的实力地位，也纷纷起来响应吴三桂叛乱。数月之间，吴三桂并没有经过激烈的战斗，便占领了云南、贵州、广东、广西、湖南、四川六省之地。
清廷获悉吴三桂叛乱，立刻派兵阻击，下令处死住在北京的吴三桂之子吴应熊（娶清朝公主，为额附）、孙吴世霖，表示对吴三桂叛乱，决无妥协的余地。同时发布诏书，分化、瓦解参加吴三桂叛乱的汉族军阀。
吴三桂无耻投敌，受到广大汉族人民的唾弃，因此他们起兵反清，并不能得到人民的有力支持。在战略上，他保守持重，不敢迅速渡过长江与清廷争夺中原，使康熙帝赢得了组织反攻的时间。而且清朝占据中原财赋重地，有雄厚的基础，康熙帝采用了安抚收买和军事压力相结合的手段，使参加叛乱的耿精忠、尚之信、王辅臣等汉族军阀先后倒戈，不久又控制了广西、广东、福建、江西、陕西等省。
吴三桂情竭势绌，于1679年（康熙十八年）在湖南衡阳即皇帝位，国号周，建元昭武，企图以此稳定人心，鼓舞士气。不久，吴三桂病死。他的孙子吴世王璠（吴应熊庶子）在衡阳继位。吴世璠是个十多岁的小孩子，不能定攻守之策，于是吴军内部人心益散，与清军交锋，屡战屡败。清军招降了吴军水师将军林兴珠，并采纳他的建议，水陆两军猛攻岳州，岳州守军溃败。长沙等地吴军闻讯，也放弃守地，狂奔不止，逃回贵州、云南。西南地区多山地，八旗骑兵特长很难发挥。绿旗官兵容易适应地形，屡立战功。因此，康熙帝确定了用绿旗兵剿灭“三藩”的方针。他鼓励绿旗将领、陕西提督赵良栋等说：“自古汉人叛变，亦唯以汉兵剿平”于是，任命赵良栋为勇略将军兼云贵总督，与湖广总督蔡毓荣、平南将军资塔分别从四川、湖南、广西围歼吴世璠。每路兵马都以绿旗兵居前，清兵继后。
1680年（康熙十九年）赵良栋等人长驱直入，攻下贵州，直逼昆明，吴世璠被困在城内，束手无策。赵良栋带领标兵，亲自攻城，连连获胜。城内文武官员，见大势已去，纷纷出降。守城将领综域策划逮捕吴世璠降清，吴世璠闻讯自杀。绿域开门献城。清朝斩吴三桂骨骸，传示天下，悬吴世璠首于市。这场长达8年之久的战乱被平息了。
“三藩”之乱平定以后，清朝把“三藩”藩兵改编，归入上三旗，对各地汉族军阀，严加控制，加强了中央集权的统治。