抗精神病药物的不良反应是影响患者坚持治疗的主要因素之一，识别和处理药物的不良反应与治疗原发病同等重要，几种最常见的药物不良反应和处理方法如下：
（1）锥体外系反应（EPS）主要表现为急性肌张力障碍、震颤、静坐不能和迟发性运动障碍，以传统抗精神病药物为多见。可使用抗胆碱能药物如安坦对症处理。对静坐不能用心得安或苯二氮卓类药劳拉西泮等处理，但对迟发性运动障碍不能使用抗胆碱能药物，应停原药物，换用新型抗精神病药物，特别是氯氮平可获得改善。
（2）过度镇静 常表现为困倦、乏力、头晕、嗜睡，通常发生于用药初期。起始应缓慢增量，尽量睡前服药，反应严重者尽量选用镇静作用较轻药物如：舒必利、利培酮等，避免高空及驾驶作业。
（3）抗胆碱能的不良反应 表现为口干、心慌、视物模糊、排尿困难、便秘等。通常反应不严重，若心跳过快可用心得安，口干便秘者多饮水，多吃蔬菜、水果，必要时服复方芦荟胶囊、麻仁丸等；有前列腺肥大的老年男性尽量避免使用三环类抗抑郁药，选用抗胆碱能作用轻的药物如利培酮、喹硫平等。
（4）内分泌改变 表现为肥胖、血糖异常、月经失调、乳汁分泌等。主要见于氯氮平、奥氮平等药物，一般停药后即会消失。对肥胖者应低热量饮食，适量运动，有血糖异常者建议调整剂型并服用二甲双胍等治疗。闭经者可行“人工周期”。
（5）皮肤反应 表现为皮疹，如过敏性皮炎或日光性皮炎等，轻微者口服抗过敏药物或外用药物，严重者换药并行专科治疗。
（6）粒细胞缺乏症 较少见，主要见于氯氮平，为严重不良反应，发生率为1%~2%，应定期监测，一旦发现应减量或停用，并去医院进行治疗。