二十七日，奉到上谕：“长江上游，武昌最为扼要，若稍有疏虞，则全楚震动。
著骆秉章、曾国藩选派兵勇，并酌拨炮船，派委得力镇将驰赴下游，与吴文等会合剿办，力遏贼冲，毋稍延误。“钦此。
十月初三日，奉上谕：“曾国藩团练乡勇，甚为得力，剿平土匪，业经著有成效。著酌带练勇，驰赴湖北。所需军饷等项，著骆秉章筹拨供支。两湖唇齿相依，自应不分畛域，一体统筹也。”钦此。王公鑫募湘勇，初议欲为援江诸军复仇，既而闻贼窜湖北之警，骆公因札令募勇三千，赴防省城。公见王鑫气太锐而难专用也，既为书以戒之。又函致骆公，言兵贵精不贵多，新集之勇，未经训练，见贼易溃，且饷糈难继，宜加裁汰。骆公未能用。维时罗公泽南由吉安率勇回湘。
李公续宾分领一营，战功卓著。又有杨虎臣、康景徽所带湘勇二营，先后自江西回抵长沙，会以王鑫新募之勇所调兵勇，赴防省城者，不下万人。总督吴公到鄂，屡请援师。时又奉上谕：“武昌情形万分危急，着曾国藩遵照前旨，赶紧督带兵勇船炮，驶赴下游会剿，以为武昌策应”等因。钦此。公商之骆公，请饬王鑫带所招湘勇赴鄂。旋以贼船东窜，湖北解严，湘勇亦未北行也。公言今之办贼，不难于添兵，而难于筹饷；不难于募勇，而难于带勇之人；不难于陆战，而难于水战。江公忠源之守南昌也，派夏廷樾、郭嵩焘在樟树镇制造木数十具，载炮于其上，拟冲贼船。甫成，将发，而贼退出鄱湖。至是公亦于衡州仿造冲，既试之水面，钝滞难用。乃买民船改造炮船。二十四日，公具摺奏言：武昌既已解严，臣暂缓赴鄂，并请筹备战船，合力堵剿。该匪以舟楫为巢穴，长江千里，任其横行。欲加攻剿，惟以战船为第一先务。臣即在衡州试行赶办，果有头绪，即亲自统带，驶赴下游。是疏奉朱批：“所虑甚是，汝能斟酌缓急，甚属可嘉。”
钦此。时广东解江南大营饷银过长沙。公附片奏，请截留四万两，以为筹办炮船、召募水勇之资。湘勇营制，以三百六十人为一营，每营用长夫百四十人，合为五百。公之选将领，以四科为格：一曰才堪治民，二曰不畏死，三曰不急名利，四曰耐辛苦。公欲募成六千之数，合江公忠源旧部，足成万人。甫立此议，江公遂奏请以公所练六千人出省剿贼。奉上谕：“湖北情形紧要，已有旨令江忠源暂留剿贼。着曾国藩即将选募之楚勇六千名，酌配炮械，筹雇船只，由该侍郎督带驶出洞庭湖，由大江迎头截剿，肃清江面贼船。想曾国藩与江忠源必能统筹全局也。”钦此。鄂中兵勇前防田家镇者，溃后或逃窜湘中，劫掠行旅。公捕得，即斩以徇，民赖以安。是月，公致书湘乡人士，议建忠义祠于县城，祀援江阵亡营官四人，而以湘勇附祀焉。江公忠源回军汉阳，奉旨授安徽巡抚，并谕令楚、皖一体斟酌缓急，相机进剿。时贼已距安庆，议建卢州为省会。工部侍郎吕文节公贤基在籍办治团练。贼自舒桐北窜，吕公迎剿阵亡。周文忠公天爵亦卒于家。江公见鄂贼甫退，皖事尤棘，力疾提师北趋卢州。行至六安，病甚。
十一月，奉上谕：“宋晋奏曾国藩乡望素孚，人乐为用，请饬挑选练勇，雇觅船只，顺流东下，与江忠源水路夹击，速殄贼氛等语。现在安徽逆匪，势甚披猖，连陷桐城、舒城，逼近卢郡，吕贤基业经殉难，江忠源患病，皖省情形危急，总由江面无水师战船拦截追剿，任令贼宗往来自如，以致逆匪日肆鸱张，该侍郎前奏亦曾筹虑及此。着即赶办船只炮位，并前募勇六千，由该侍郎统带，自洞庭湖驶入大江，顺流东下，与江忠源水陆夹击。该侍郎忠诚素著，兼有胆识，朕所素知，必能统筹全局，不负委任也。”钦此。前此寄谕，有肃清江面之语。各省亦苦贼宗飙忽，公壹以水师为急。所造木，既不可用，水师舟舰，无人经见，并为此举，相顾色戒。公日夜苦思，博采众议。岳州营守备成名标、广西候补同知褚汝航、知县夏銮等，先后奉委托公行辕。公留置戎幕，遂询知拖罟、长龙、快蟹、舢舨各船式，鸠集衡、永工匠，依式制造。公研精覃思，不遗馀力。
彭公玉麟、杨公载福来营，公弟国葆亟称两人之才，公拔而用之。广西巡抚劳公崇光解炮二百尊赴鄂，道出衡州。时田镇防兵已溃，公因截留其炮位并护解之水手，以备教练水师之用。公以湖南库款不敷提用，其募练之饷，恃劝捐接济。公选派员绅，设局于各州县，不用官牍，以防抑勒。自刊军功执照，用抚藩钤印，自六品至九品，按赀填给。常宁县土匪起，县城失守。公调千总周凤山、公弟国葆，带勇往剿。十一日，贼窜踞羊泉洞，又调张荣组、储玫躬带勇会剿。十四日，陷嘉禾，犯蓝山，又窜踞道州之四庵桥。公又添调邹寿璋、魏崇德带勇往剿。各营与贼战，均有斩获，而储玫躬之功为多。公与巡抚骆公会奏常宁土匪滋事戕官现已派勇往剿拿获首要各犯一摺。二十六日，公具摺奏言：筹备水陆各勇，驰赴安徽会剿，而船炮水军一时未能就绪。前经奉旨，特派广西右江道张敬修购办夷炮、广炮千尊，并带工匠，自粤来楚。臣专候该道来楚，乃可成行。附片奏请设立水路粮台，提用湖南漕米二、三万石，以资军食。又附片奏请经手劝捐之款，准归入筹饷新例，随时发给部照，以免捐生观望不前之弊。公前拟募陆勇六千，本以付江公忠源统带。寻奉旨筹备水师，始建水、陆万人，大举东征之计，先派江公之弟忠带勇一千名赴皖，公则经营战舰，规造炮船二百号，雇民船二百以从其后，船行中流，陆兵则夹江而下。其规画大局如是。庶事草创，经费繁钜，有求弗应，则与巡抚骆公书函往复。骆公委曲应付，渐以就绪。公尝以蚊虻负山、商距驰河自况；又尝有精卫填海、杜鹃泣山之语。盖公之水师为肃清东南之基本，而是年冬间，最为盘错艰难之会矣。
十二月初一日，委褚汝航至湘潭分设一厂，监造战船。其衡州船厂，委成名标监督之。造船大者快蟹，次曰长龙。又购民间钓钩船，改修以为炮船。褚公又依式添造舢舨、小艇数十号。两厂之船，往来比较，互相质证，各用其长。潭厂所造，尤坚利矣。贼船回窜湖北，仍陷黄州。公致书于总督吴公，言今日南北两省，且以坚守省会为主，必俟水师办成，乃可以言剿。湖北巡抚崇纶公奏参督臣闭城株守，奉旨切责。吴公乃出，督师于黄州。吴公遗书于公。其略云：“吾意坚守，待君东下，自是正办。今为人所逼，以一死报国，无复他望。君所练水、陆各军，必俟稍有把握，而后可以出而应敌。不可以吾故，率尔东下。东南大局，恃君一人，务以持重为意，恐此后无有继者。吾与君所处，固不同也。”公得书，深忧之。骆公秉章调罗泽南等湘勇二营，溯湘而上，会剿土匪。初十日，抵衡州。
公与罗公商榷兵事，更定陆军营制，以五百人为一营，每营四哨，每哨八队，亲兵一哨六队，火器刀矛，各居其半。每营用长夫百八十人，营官、哨官、队长以至勇夫薪粮，分毫悉经手定。刊立营制数十条，营规亦数十条。自此以后，湘勇转战遍于各省，一依公所定规制行之。广东协拨鄂饷七万两，委员解楚，道出郴、桂。适永兴土匪起，公乃令罗泽南带勇迎护粤饷，剿捕土匪，平之。公前奏一疏，于十六日奉到朱批：“现在安省待援甚急，若必偏执己见，则太觉迟缓。朕知汝尚能激发天良，故特命汝赴援以济燃眉。今观汝奏，直以数省军务一身克当。试问汝之才力能乎？否乎？平时漫自矜诩，以为无出己之右者。及至临事，果能尽符其言甚好；若稍涉张皇，岂不贻笑于天下？著设法赶紧赴援，能早一步，即得一步之益。汝能自担重任，迥非畏葸者比。言既出诸汝囗，必须尽如所言，办与朕看。”钦此。公于二十一日具疏，逐条陈明：其一，起行之期，必俟粤东解炮到楚，稍敷配用，即行起程；其一、黄州巴河，被贼宗占踞，必先扫荡鄂境江面，乃能赴皖；其一，武昌为金陵上游，贼所必争，目今宜力保武昌，然后可以进剿；其一臣所练之勇，现在郴、桂一带剿办土匪，不能遽行撤回，俟来年正月船炮将齐之时，一并带赴下游。其后一条奏称：饷乏兵单，成效不敢必，唯有愚诚，不敢避死而已。与其将来毫无功绩，受大言欺君之罪，不如此时据实陈明，受畏葸不前之罪。疏入，奉朱批：“成败利钝，固不可逆睹。然汝之心可质天日，非独朕知。若甘受畏葸之罪，殊属非是。”钦此。公又具摺奏称：“衡、永、郴、桂一带，尚有一股会匪，剿捕未毕，馀党尚多。此股会匪，实为湖南巨患，亦是臣经手未完之件。”奉朱批：“汝以在籍人员，能如是出力，已属可嘉。著知会抚臣剿办，或有汝素来深信之绅士，酌量办理亦可。”钦此。公又因衡阳、清泉两县，每用保甲催征银粮，民户抗欠，则追此保甲，而保甲亦包揽为奸，反置团防事于不理。公批饬两县，令但责成保甲稽查土匪，而催征仍责之吏役。亦于是摺附片陈奏。奉朱批：“此亟应改易者，着知照骆秉章将改办章程，速行复奏。”
钦此。衡州府县差役，人数甚多，诈索乡闾，倚势作威。公访得恶差数人诛戮之，不少宽贷。公于地方之事，知无不为，意在锄奸宄以安良善，不以侵官越俎为嫌也。江忠烈公忠源自六安力疾入守庐州府，贼纠党合围数重。刘长佑、江忠等以楚勇往援，及各路援军皆阻隔不得进。十二月十七日，府城陷，江公赴水死之，城中殉难者不能悉记。候补知府陈公源衮、知县邹公汉勋死尤烈。陈公者，公同年友；邹公者，亦公所推许也。船厂趱工，岁暮不息，成者过半。二十七日，公自衡州回籍省亲。
是年夏四月，贼党林凤祥自扬州掠众北窜，陷滁州，踞临淮关，复陷凤阳府。
遂北窜河南，陷归德，扑开封省城，渡黄河。六月，围攻怀庆府。八月，窜入山西，陷平阳府，复出至临氵名关，陷深州。九月，犯天津府，跨静海、独流二城。
江南大营向公荣、江北大营琦善公驻两城外围，攻经年，未得一战。内阁学士胜保公率兵追林逆一股，转战数千里。贼势飙忽不可遏。钦差大臣直隶总督讷尔经额督兵败贼于怀庆。贼之窜山西扰畿辅也。山西巡抚以下失守各员，与督兵之都统、提镇大员多获罪。诏授胜保为钦差大臣，逮讷尔经额治罪，特命惠亲王为奉命大将军，称科尔沁郡王僧格林沁为参赞大臣，会兵进剿，贼势少蹙。左都御史雷以诚募勇于扬州，并收捐，以济军饷。各省捐始于此。