「癸亥」同治二年，公五十三岁。
正月，公在安庆。初二日，接奉年终赏福字、荷包、钱锞、食物等项，再加赏寿字一张。贼大股围攻泾县，易开俊等守御却之。初五日，鲍公超驰援泾县。
初六日，击贼大破之。初七日，贼解围去，鲍公追击破之。十二日，驰摺奏克复运漕镇，进剿巢县铜城闸接仗情形，阵亡总兵彭星占请优恤，将弁胡得胜、刘义胜、陈东祥、谢齐备、吕鸿榜、李春生请恤。附片奏报青阳收复，泾县大捷，并搜获伪文。苏省大股有再犯江北上窥皖楚之说。又具摺奏谢弟贞干赠恤恩。附片奏保叶兆兰委署皖南道缺。二十七日，驰摺详报鲍超一军破贼于马头镇、杨柳铺，进援泾县，大捷解围，阵亡参将罗国才等六十七员弁开单请恤。附片奏易开俊等保守泾县情形，阵亡参将倪昌明等五十一员弁，开单请恤。又片奏：宁国金宝圩被贼攻破，芜湖金柱关防守难以松劲，九洲江面有贼船赶渡，臣当驶赴金陵，察看前敌。是日，又代奏江南提督李世忠自请褫职立功以赎胜保之罪一摺。二十八日，公由安庆登舟启行。二十九日，泊池州登岸，揽视池州形势。是月，左公宗棠克复金华、绍兴两府城，汤溪、龙游、兰溪、永康、武义、浦江、桐庐各县，浙东肃清。
二月初一日，贼犯金柱关，水陆官军击破之。贼逼近宁国府城，刘松山守御却之。鲍公超克西河贼垒，击贼大破之。初二日，击贼连破之。梅岭、马家园、小淮窑、麒麟山等处贼垒尽平，宁国近城百里之地肃清。初三日，贼扑九洲，李世忠营盘失陷。贼渡江攻陷浦囗城。公舟泊芜湖，彭公玉麟来见公。初四日，公登岸按视芜湖城守，行泊金柱关，杨公岳斌见公。初五日，公舟泊大胜关，杨公岳斌从。水师攻克湾贼垒。初六日，公登陆驻雨花台大营。与公弟国荃按行各垒，传见各将弁慰劳之。十一日，公还舟次。十二日，驰奏查阅沿江各军现抵金陵恭报近日军情一摺。十五日，奏谢年终恩赏一摺，年终密考一摺，学政加考一片。公坐舢板船探视九洲贼垒，回舟溯江按视三汊河营垒。石埭之贼大股窜青阳，鲍公超引军援剿。贼由建德窜扰江西彭泽、鄱阳之境。太平县贼窜入徽州境，扰及黟县、祁门。十五日，攻扑休宁县城。又有浙江于潜、昌化一股，亦窜入徽境，郡城戒严。左公宗棠派刘典一军援徽州。十六日，公舟泊乌江，按视杨公岳斌水师老营扼守之处。贼大股扑犯金柱关，官军水陆合击，大破之于查家湾。
贼乃却退。渡江之贼陷江浦县城。十八日，公舟泊金柱关，入小河，巡视水陆各营。十九日，行视东、西梁山防军营盘，舟泊裕溪囗。二十一日，换小舟入自裕溪囗，按视运漕镇无为州军营。二十三日，由神塘河出大江，回舟次。二十七日，舟次大通镇。驰奏由金陵回皖沿途查阅恭报近日军情一摺。附片奏陈：臣巡阅诸军，详观贼势，揽南北之形势，察天人之征应，窃以为可惧者数端，可喜者亦数端：江岸驻民，避居江心洲渚之上，死亡枕藉；苏浙之田，多未耕种，贼无所掠食，一意图窜江西，窥皖浙已复之土，恐其变为流贼，更难收拾；李世忠心迹难信。皆可惧之端也。金陵之贼，粮源已竭，贼居不耕之地，其势必穷，无能久之理；东南要隘多为我有，水陆军将颇能和衷，百姓仰戴皇仁，沦肌浃髓，久困水火之中，不闻怨咨之语。此皆可喜之端也。附片奏新授安徽皋司万启琛请暂缓入都陛见。又具摺汇报水陆各军阵亡、伤亡、病故员弁一百八十九名，开单请恤。
附片奏前祁门县知县唐治，咸丰四年在任死节，请建祠祁门。又奏采访忠义第十二案。附片奏舒城练总韦斌殉难请恤，并该团男妇等百四十七人。二十八日，公回至安庆。公舟往来江中，见洲渚之上皆难民所聚，编葺苇茅以为庐。一不戒于火，延烧数里，相率露处，呼号求救之声，至不忍闻。公以贼踪蹂躏各处，无可安置之地，因札善后局委员议赈恤之。是月，僧王擒捻酋张洛行，斩之。刘公长佑由两广总督调任直隶总督，航海以北，达于畿疆。
三月初二日，贼自江浦上犯，围毛有铭、刘连捷两军于石涧埠。公弟国荃派道员彭毓橘等领军三千馀人，上援无为州。沈公葆桢调派江西各军扼守景德镇、东平县等处，防剿徽、池窜贼，派委同知王沐领军进援徽州。初八日，公急调鲍超一军渡江而北，援石涧埠。初十日，芜湖水陆各军克黄池贼垒。十一日，悉以内河要隘，毁贼舟净尽，贼遁走金宝圩、溧水、丹阳一带，金柱关防务解严。刘典、王文瑞、王沐会击贼于徽州休宁境，大破之。十二日，驰摺奏鲍超一军大获胜仗，攻克宁国近城诸要隘，阵亡参将李芳非等二十六员弁开单请恤。又摺奏：贼渡九洲，李世忠营盘及浦囗、江浦两城失陷，请将李世忠革职，不准留营，并自请交部严议。附片抄呈李世忠咨文二道。并称李世忠前此曾立功绩，此次力竭战败，亦足以雪物议。谓其道贼之诬，恐其怀疑生怨，激成他变。仍求明降谕旨，示以宽大，毋庸革职，仍准留营，奖其前功，责其后效，则恩出于朝廷，而怨归于臣等。彼必感激图报，不生疑贰。又片报皖南皖北近日军情。奏称江之南岸，徽州与江西同警；江之北岸，下游与上游同警。调度无方，实深忧灼。又奏保王吉、彭楚汉、周惠堂、谭胜达四员堪胜水师总兵之任一摺。疏入。奉上谕：“李世忠著加恩撤去帮办军务，免其革职，以示薄惩。”钦此。十七日，萧庆衍、彭毓橘、毛有铭、刘连捷合击贼于石涧埠，大破之。刘典、王文瑞、王沐克黟县城。十八日，苗沛霖复叛，引其党围攻寿州。知州毛维翼坚守。十九日，贼大股围攻庐江县，二十一日，贼围攻舒城县，蒋凝学御却之。二十二日，朱品隆攻石埭之贼，破之。发、捻大股由湖北下窜，围攻桐城县，提督周宽世御却之。贼窜孔城镇，合并大股窜六安州。二十四日，贼围六安州。二十五日，刘公典击贼于徽州，破之。徽境肃清。贼悉窜归浙江。江西之贼扰及浮梁，沈公葆桢调回王沐一军剿之。二十七日，驰摺详报芜湖金柱关水陆各军累月苦战情形，阵亡游击姜固国等三十六员弁开单请恤。附片奏报皖南、江西、皖北、湖北贼势军情：该逆蓄谋甚狡，无非欲掣动官军之势，以解金陵之围。苗练叛迹大露，事变迭生，忧愤何极！又摺奏拣调良员留皖补用，并请本科新进士即用知县一班，多发数员来皖，以资差委。附片奏保代理无为州知州穆其琛坚忍镇定，保守危城，厥功甚伟，请即补该州实缺。又奏采访忠义第十三案。是月，李公鸿章克太仓州城，公弟国荃奉旨补授浙江巡抚，左公宗棠奉旨升授闽浙总督，兼署浙江巡抚，万启琛授江苏藩司，马新贻授安徽臬司，郭嵩焘授两淮运司。李公鸿章奏陈公弟贞干战绩。
奉到上谕：“曾贞干著加恩照二品例议恤，并准其予谥，于本籍及死事地方建立专祠，仍宣付史馆，特予立传，以彰忠尽。”钦此。
四月，公调鲍超、刘连捷等军援六安。初二日，贼解围东窜，鲍公引军追击之。初七日，鲍公超等陆军、彭公玉麟等水师会克东关贼垒。初十日，克铜城闸。
十二日，驰摺奏石涧埠、庐江、桐城、舒城六安州先后解围情形，随摺奏保刘连捷、毛有铭等六员，阵亡参将黄仁亲等十一员弁请恤。附片报近日军情。奏称：徽郡防兵单薄，是臣布置最疏之处。贼之窜鄱阳者逼近浮梁，江西之门户可虑。
皖北之贼悉数东趋，并未西犯鄂疆，即属大局之幸。现檄鲍超等进兵追击，檄调蒋凝学、毛有铭、成大吉等会师寿州，共讨苗党。是日，又具摺奏江、楚各省本淮盐引地，被邻私侵占日久，非一蹴所能规复，察核现在情形，暂难改办官运。
又片奏在籍侍讲吕锦文在宁国办理团防，捐输被参各款，查明复奏。又奏采访忠义第十四案。时都统富明阿驻军江北，派委知府杜文澜试办官运淮盐，行销于楚岸。十八日，易开俊击贼于泾县，破之。朱品隆击贼于青阳，破之。二十二日，具摺奏谢天恩：臣弟国荃补授浙江巡抚，兄弟均当大任，受恩愈重，报称愈难，请开浙抚一缺，以藩司效力行间。附奏新授江苏藩司万启琛呈请开缺一片。又以弟贞干奉旨加衔议恤予谥建专祠奏谢天恩一摺。鲍公超等军克复巢县城。公派李榕一军渡江而南援池州。二十三日，克建德县城。二十四日，鲍公超等军克含山县城，进克和州城。皖北之贼全退。二十七日，驰摺奏水陆军官会克东关、铜城闸两隘，阵亡勇弁彭胜华、曾彩云、胡德云、石太和请恤。附片奏报军情称：兵事迟钝，半由饷需奇绌。鲍超、毛有铭两军均有饷匮逃散之事。臣治军九年，不敢轻上请饷之奏，不欲以危词上烦圣听，又不欲以苦语涣散军心。兹只因有勇丁逃溃之案，不得不据实密陈。请于九江洋税项下，月拨银三万两，以济皖饷，并请特派大员来南，稍分臣之责任。是日，又具摺奏保雨花台解围案内出力员弁，开单请奖。附片奏新授云南迤东道黄冕，现办东征筹饷局务，请缓赴任，并拟调该道来营，面商淮盐事例，与运使郭嵩焘会筹鹾政。又片奏凤台县知县蔡锷被苗练戕害，请恤。公之初任两江也，奏拨江西漕折银两，以供徽、宁防军之饷。至是沈公葆桢奏留供江西本省防军，经户部议准。公既失此巨款，于是筹饷之请，词气迫切，而请简大臣以分责任之疏，已三上矣。公弟国荃攻破雨花台贼垒及金陵南门外石垒共十座，皆坚垒也。调彭毓橘一军回金陵大营。寿州知州毛维翼固守州城，兵少粮尽，坚守不懈。毛有铭、蒋凝学两军赴援，营于九里沟，阻于捻匪，未能进。皖南之地，经乱最久，人相食者数月。公闻之，愀然自咎，常曰：“乱世而当大任，人生之至不幸也。”是月，李公鸿章克昆山县城。骆公秉章擒贼酋石达开，斩之。粤逆自永安州起事，始封之五伪王者，至是尽毙矣。
五月初三日，易开俊击贼于泾县，破之。初五日，江北之贼由九洲渡江而南。公调成大吉、周宽世两军进援寿州，调李朝斌领水师赴上海，腾出黄翼升水军溯江入淮，以为临淮官军之助。初七日，李榕军援剿湖囗县。初十日，李朝斌水师东下浦囗，扼截渡江之贼。贼大半不能渡。杨公岳斌以水师入浦囗，收复江浦县城。鲍公超、刘连捷等陆军沿江追剿，与水师夹击，贼之未渡者歼焉，伏尸数万。江北肃清。十二日，驰摺奏报金陵官军攻克雨花台伪城及聚宝门外诸石垒，随摺奏保总兵李臣典、晏澧周等八员。又奏报水陆会克巢县、含山、和州三城，随摺奏保成发翔、彭毓橘、萧庆衍等十员，阵亡参将陈邦荣等十二员弁请恤。附片奏报皖南、江西军情，寿州危急，调派水陆官军援剿，势恐不及。十三日，公弟国荃、杨公岳斌、彭公玉麟水陆会克下关、草鞋夹、燕子矶贼垒。李朝斌、成发翔、刘连捷等军攻九洲贼垒，力战大破之，杀贼二万人，弁勇伤亡者亦二千人。十五日，攻克九洲，江面贼宗净尽。鲍公超等陆军渡江，会攻金陵。公自奉肃清江面之旨，营造舟师，至是十载。全功乃竟。长江上下，一律肃清。公由安庆发银一万两，犒赏是役将卒。芜湖陆军吴坤修等击贼，破之。进收金宝圩。
易开俊、刘松山击贼于泾县，连破之。十八日，公弟国荃攻长干桥贼垒，破之。
二十三日，朱品隆击贼于青阳，连破之。二十六日，刘典、王文瑞会江西官军击贼于陶溪渡，破之。景德镇、鄱阳县肃清，贼并归湖囗。二十七日，驰摺奏水陆各军会克江浦、浦囗、草鞋夹、燕子矶诸城垒，力破九洲一关，江面一律肃清。
随摺奏保总兵喻俊明、丁泗滨等二十六员，阵亡副将邬桂芳、胡俊友请恤。附片奏报皖南、江西及寿州军情，金陵城大贼众，合围不易，必须严断接济贼粮之船。
请敕下总理衙门，照会西洋各国，不得于金陵城外停泊轮船。又摺奏鲍超一军克宁国府与泾县、西河胜仗出力员弁三案，并保开单请奖。又摺奏保毛有铭一军迭破颍西捻圩，会克运漕镇出力员弁，开单请奖。附片举劾江西局委员。江公忠义领楚勇至江西，由九江渡军进剿湖囗。是月，公与李公鸿章会奏请旨核减苏州松江两府、太仓州浮粮。
六月初二日，奉到上谕：“曾国藩奏为伊弟国荃恳辞巡抚恩命，并曾国荃奏恳收回成命以开缺藩司专办军务各一摺。该大臣等受宠若惊，固辞恩命，洵属至诚，而朝廷懋赏懋官，权衡悉当。现在军事方亟，时局孔艰，凡在臣工，正宜黾勉效忠，共期宏济。该大臣惟当督率曾国荃忠诚报国，以副委任，正不必渎辞朝命也。”钦此。公子纪泽来安庆省公。江西官军韩进春挫于洋塘，湖囗贼势复张。
江公忠义与李榕军力击之，贼稍戢。鲍公超攻钟山贼垒，破之，回驻江干。军人多病，未能进剿。初四日，苗练陷寿州，知州毛公维翼死之。成大吉驻守三河尖，周宽世、毛有铭等退守六安州境。十二日，驰摺奏金陵围师布置情形：寿州失陷，现图补救之法。知州毛维翼亮节孤忠，请旨追赠道员，从优议恤。臣调度各军，顾此失彼，请交部严加议处。道员蒋凝学、提督成大吉赴救不力，请撤去升衔勇号，以示惩儆。又具摺奏请裁南洋通商大臣一缺，高各省督抚兼理华洋交涉事件。