李元度等军围攻抚州数月，大小五十馀战，虽屡攻未克，而江西东路十馀州县赖以屏蔽无患。广信、饶州，通苏、杭之道，许湾、河囗，商贩所集，饷需器械，赖以接济。公饬诫平江各营一意坚守，且令其退扎十里之外，勿事进攻。李元度志在克城，未能从也。是月初二日，分军攻剿近县。初四日，收复宜黄县。初九日，收复崇仁县。抚州之贼，乃自城出扑营，复有援贼扰犯东乡至抚州。十七日，大营为贼扑陷，林公源恩等阵亡，李元度力战突围以走。崇仁贼势愈张，南昌戒严，广信、建昌皆震。二十日，公由瑞州营还至南昌。咨留浙军饶廷选驻防广信，调李元度收集溃勇，扼守贵溪以保河囗，调吴坤修率勇赴广信。吴坤修为奉新绅民所留，未果往。二十七日，瑞州军分剿南路贼。二十八日，贼出扑营，击破之。
连日与贼战，皆破之。上高县再陷，知县傅自铭阵亡。
十月初四日，瑞州分军收复上高县。初十日，军回瑞州，遇贼，击破之。十一日，驰奏瑞州胜仗收复上高一摺。阵亡知县傅自铭、守备詹荣清请恤。又奏抚州一军被贼扑陷一摺。李元度调度失宜，请以知县降补；殉难同知林源恩，请赏加道衔，照道员例议恤；营官唐得升、耿光宣、委员周尚桂，均请从优议恤。附片奏请旨饬浙江抚臣咨行总兵饶廷选率得胜之师，仍驻广信府城。臣等札饬李元度驻扎贵溪，则河囗商民可以复业。饶廷选一军仍可策应四路，于浙江兵力无损，于江西筹饷有益。又片奏：新授吉安府知府黄冕与前任湖北藩司夏廷樾，在湖南劝捐募勇，规复吉安。已革副将周凤山，怀樟树挫败之耻，亦欲另募劲勇，力扫寇氛。两军合并，兵力较厚。臣等即饬径捣吉安，取上游建瓴之势。请饬颁部照二千张，发交黄冕、夏廷樾劝办捐输，专济此军之用，归臣处粮台报销。又片奏：江西捐输，请照湖南章程，以制钱千六百文抵银一两，俾捐生踊跃乐输，实于军饷有济。瑞州军攻城未克，贼之出入接济者，屡被各营截击，仍不能绝。刘公腾鸿等督率弁勇夫役，毁瑞州之南城，筑新垒二座，以劲兵五千人坚守；分调各军，分途雕剿，以扼截贼援。吴坤修击贼于奉新，屡破之。抚州既败，建昌之贼屡出扑营，江西兵勇、福建援军皆溃。二十五日，大营失陷，闽军副将陈上国等死之，张从龙领闽兵退回杉关。新淦县复陷于贼。刘于浔以水师再克之。是月奉上谕：“曾国藩、文俊自八月奏报瑞州、建昌胜仗之后，已及月馀未见续报。前闻贼匪多回至金陵，而江西失陷，各郡尚无一处克复。据江、浙各省奏报，皆言金陵内乱，恐石逆不得志于皖、楚，势必窜入江西。该逆于诸贼之中最为凶悍，若令回窜江西，占踞数郡，煽惑莠民，其势愈难收拾。著曾国藩等乘此贼心涣散之时，赶紧克复数城，使该逆退无所归，自不难穷蹙就擒。若徒事迁延，劳师糜饷，日久无功，朕即不遽加该侍郎等以贻误之罪，该侍郎等何颜对江西士民耶！又闻石达开与韦逆不睦，颇有投诚之意。倘向曾国藩处乞降，应如何处置之法，亦当预为筹画，经权互用，以收实效。现在仍将失陷各城先图攻克，使该逆无所凭借，不敢退至江西，是为至要。”钦此。
十一月初一日，刘公长佑、萧公启江等力攻袁州，克之。十三日，公弟国荃、周凤山会克安福县城，进攻吉安。十七日，驰奏：瑞州一军屡次胜仗，现在新修南北两城，并力坚守，以为西路官军根本，以通江、楚要路。并奏报吴坤修一军在奉新胜仗，阵亡将弁王吉昌请恤。又具摺奏：赣州南安一路，匪势蔓延，兵勇战守，渐形疲乏。赣南距省城千里而遥，路途多梗，实有鞭长莫及之势，仍请添调粤兵来江会剿。又奏建昌官军挫败、营垒被陷、闽兵退回本境一摺。阵亡副将陈上国与其殉难员弁苏廷美、伍连青、吕文介、丁弄第请恤。又奏报湖南援军克复袁州一摺。又具摺复陈江西近日军情。奏称：石逆若归命投诚，当令其献城为质，乃为可信，不敢贪招抚之虚名，驰防剿之实务。刻下瑞州、奉新剿办尚为得手。周凤山吉安之师，差称劲旅。袁州新复，西路大有振兴之机。水师则彭玉麟、刘于浔均甚得力。惟抚、建屡挫，东路空虚，惟当严饬诸将，克复数城，以副圣主拯民水火之意。奉朱批：“尔等主见，甚属允妥。剿抚固应并用，尤重先剿后抚。可随时审其机宜，好为之。”钦此。先是，湖南巡抚骆公秉章奏称侍郎曾国藩招募乡勇，屡著战功，请加湘乡县文武学额。江西巡抚文俊公奏保曾国华以同知选用。均奉旨允准。公于是日具二摺恭谢天恩。又奏保饶州、丰城等前后六案出力员弁汇单请奖一摺。阵亡员弁汪涣文、赵德溶、黄邦治请恤。附片奏彭泽、都昌、湖囗、鄱阳四县久陷贼中，其间颇有忠义之士，抗节不屈，办团杀贼，忠愤激发，不避艰险，请将该四县出力绅董开单保奖。袁州克后，贼窜樟树镇，聚党日盛。刘于浔以水师攻战连日，击破之。毕金科驻防饶州数月，破贼于泥湾，又破贼于陶溪渡，又破贼于线州。鄱阳境内肃清。贼之初起，以飙忽见长。及去年再陷武汉，窜扰江西各府州县，则坚垒浚濠，以困官军。兵勇仰攻，累月不下。
官文公、胡公林翼之师攻武汉两城，迭奉严旨督促。李公续宾、杨公载福击各路援贼，戡除几尽，惟两城未下。江西八府，惟南康贼众不多，馀城则皆以悍贼数千守之。公在军终日凝然，奏牍书札，躬亲经理，不假手于人。益治书史，不废吟诵。尝谓军事变幻无常，每当危疑震撼之际，愈当澄心定虑，不可发之太骤。
盖其数年所得力者在此，所以能从容补救，转危为安也。二十二日，湖北官军水陆大举，克复武昌、汉阳两城，乘胜东下江宁。将军都兴阿公总统马队，李公续宾总统步军，杨公载福总统水军，水陆并进。沿江贼党，望风瓦解。二十四日，克武昌县。二十五日，克黄州府。遂连克兴国、大冶、蕲州、蕲水四城。李****、王国才、石清吉等以兵勇从将军都公。
十二月，克广济、黄梅。水军直抵九江，焚夺贼舟净尽，江面肃清，合力以攻九江。李公续宾一军八千人屯九江城外，杨公载福率战舰四百号泊江两岸，都公马队益以副将鲍超之步军三千六百人扼小池囗，兵威鼎盛。公由南昌至吴城镇，巡视水师。十八日，驰至九江，迎劳诸军。二十三日，驰奏湖南援师周凤山等克安福县一摺，饶州防军毕金科等屡次胜仗、鄱阳县境肃清一摺，江西水师刘于浔再克新淦、在樟树镇迭次胜仗一摺，随摺奏保刘于浔、蔡康业二员。又奏保瑞州援军出力员弁开单请奖一摺，阵亡将弁潘河清、李经元、呙长源、唐梅洪、李上安、彭益胜、姚长青、刘家全、吴秀山、向秀武请恤。附片奏：臣驰赴九江，迎劳水陆各军，见其军威严肃，士气朴诚，实为不可多得之劲旅。请旨饬催山西、陕西将每月协江之饷，解交湖北抚臣胡林翼经收，专济九江大军之用。其江西分驻各府兵勇，再请敕广东督抚，每月筹拨银四万两，解交湖南抚臣骆秉章，转解江西各营。夏间，奉旨饬查邓仁被参各款。是日具摺复奏，请将臬司邓仁交部严加议处，并陈明邓辅纶带勇原委。自公入南昌以来，军务章奏，与文俊公会衔，均推公主稿。二十八日，公旋至南昌。是时楚军在江西东路者，李元度贵溪一军，毕金科饶州一军，势稍单弱，裁足自守。西路军势大振，瑞昌、德安、武宁、建昌、新喻、永宁六县城先后收复，刘公长佑、萧公启江等进军临江府。南昌、袁州两郡全境肃清。九江、南康、瑞、临、吉安各属邑，收复过半。贼势益衰。湖北崇、通一带，迭经官军剿克，仍为贼踪扰踞。王公鑫募勇一军曰老湘营，既剿平湖南南路各匪，巡抚骆公调令赴鄂，进剿通城、崇阳、通山、咸宁等县，皆破平之。
是年三月，扬州复陷，托明阿、陈金绶、雷以П均革职。钦差大臣都统德兴阿接统江北大营，翁同书帮办军务，收复扬州。贼陷宁国府城，皖南大扰，浙江戒严。邓绍良率兵援之。四月，江苏巡抚勇烈公吉尔杭阿阵亡，道员刘刚愍公存厚、副都统勇节公绷阔亦战死。五月，江南大营失陷，向荣、张国梁退走丹阳。
六月，贼攻丹阳，张公国梁击破之。七月，向忠武公荣卒于丹阳。八月，金陵贼内乱。贼酋杨秀清、韦昌辉皆毙，石达开窜安庆。和春奉旨授饮差大臣，由皖北渡江，接统江南大营。