1968年10月召开的扩大的八届十二中全会上，毛泽东不顾反对，保留了邓小平的党籍，这就更让林彪、江青等人心存揣测和不安。
林彪虽已被毛泽东指定为接班人，但他深知，只要邓小平一天不倒，就威胁尚存。唯有置邓小平于死地，方可解除后顾之忧。林彪、江青等指使“邓专案组”加紧进行工作。
江青、康生多次指示“邓专案组”，首要任务是尽快突击攻下邓小平历史上叛变自首的问题。中央专案组第二办公室为加强“邓专案组”的外调力量，从驻京西宾馆的“叶向真（叶剑英的女儿）专案组”抽调人员进行补充。兵强马壮的“邓专案组”加快了活动步伐，四方八面搜罗取证。
赴陕西小组调查邓小平1927年初由党派驻冯玉祥部队时的情况；
赴上海小组调查1928年邓在党中央机关工作，和1930年、1931年两次从广西红七军回上海汇报工作的“临阵脱逃”的情况；并提审有关人员讯问邓留法勤工俭学时期的情况；
赴安徽小组查找邓1931年代表中央巡视安徽省委工作时有无“叛变”的线索；
赴江西小组全面调查邓1931年到中央苏区后的活动；
赴广西小组查证邓1929年在左右江革命根据地的活动；
赴湖北小组负责提审邓的弟弟、原武汉市副市长邓垦；
赴四川小组负责审查邓的家世及在家乡的“反革命”活动；
赴天津小组找人调查邓当年在冯玉祥部队的情况；
还派员前往广东、宁夏、湖南、辽宁、江苏等地找邓当年的老部下调查取证。
“专案组”人员“重任在身”，丝毫不敢懈怠。他们快马加鞭，不辞辛苦地到处调查取证，仅赴广西小组的三人，在不到两个月里，就跑了四个地区，二十二个县，提审调查了二百多人。
这是在外地。在北京，“专案组”也没闲着。1969年夏季，冒着炎炎烈日，专案人员整日奔忙，找在京的人证进行调查，滕代远、袁任远、莫文骅等老同志均受到讯问。在调查中，“专案组”人员面对的，时常是一些老同志、老将军。这些身经百战的老共产党员，对于“专案组”用心险恶的查讯，有的本着实事求是的精神予以回答，有的则干脆回避或不予理睬。当“专案组”人员找大将张云逸调查时，就被以“首长身体不好”为名吃了闭门羹。“专案组”人员也是急疯了，竟然在黄永胜和吴法宪的亲自安排下，不知天高地厚地找中华人民共和国元帅、中央军事委员会副主席聂荣臻进行调查。1969年7月20日，在京西宾馆的一个小会议室里，德高望重的聂帅坐在一张藤椅上，对着“邓专案组”人员的提问，款款而谈。聂帅从青年时代起，从20年代初期留法勤工俭学时起，就与邓小平成为战友，相知甚深。让他谈邓小平，他可是知道得太多了。聂帅谈得极富耐心，一谈就谈了差不多四十分钟。他谈的内容，等于把他的老战友的履历，从头至尾地述说了一遍，至于“专案组”人员所要的“罪行”和“问题”，连只言片语也未涉及。最后，聂帅说了一句：“我身体不好，今天就谈到这里吧。”之后，在秘书的陪同下，头也不回地走了。“专案组”人员听了半天，居然一无所获，不禁大为懊丧，悻悻然返回了他们在翠微路的办公室。
从1968年6月起，在一年半的时间里，“邓小平专案组”为搜寻所谓邓“叛变自首”等罪证，先后派出外调小组九十三批，外调人员二百二十三人次，地域涉及十五个省、市、自治区，一百四十多个市、县，行程三十多万公里。仅在北京，就多次往返出入于中组部、中宣部、交通部、公安部、统战部、化工部、一机部、七机部、水产部、解放军总政治部、中央办公厅、中央调查部、中办机要局、对外文委、新华社、人民日报社、北京市革委会、北京卫戍区、全国总工会、全国妇联、民航总局、中科院及其学部、宗教局、中央高级党校、中国历史博物馆、空军司令部、海军司令部、北京农业大学、解放军政治学院、最高人民法院、中国人民银行、马列主义编译局、中国医学科学院、北京二七机车车辆厂、民革中央、秦城监狱等近百家单位。
邓小平革命历程这么长，工作过的地点这么多，涉及的面又这么广，全面调查起来，也真够不容易的。
可以说，“专案组”的工作是相当卖力的。但是，在辛辛苦苦反反复复大量进行调查后，他们在给康生、黄永胜、吴法宪、叶群、李作鹏写的一份报告中，不无遗憾地说：“关于邓小平的历史问题，经反复查档、调查，到目前为止，除了入团、转党问题尚未找到直接人证，以及一些执行机会主义路线的问题外，还没有查到有被捕、叛变、通敌等重大问题的线索。”
在被认为最为要害的“历史问题”上，“邓专案组”希望落空。“专案组”没有找到历史问题，只好在“现行问题”上做文章。在以上报告中，他们写道：“邓小平伙同杨尚昆在毛主席身边搞反革命窃听，招降纳叛，包庇坏人、叛徒、特务等两部分罪行，已获得不少证据，准备送呈首长审阅。下一步工作，我们拟重点查其意图搞反革命政变、篡党篡政的阴谋活动，和里通外国的问题。相应地核实其三反罪行。”三天后，康生批示同意，并将此件送周恩来、陈伯达、江青、谢富治等阅。
“专案组”在调查中仅剩的一个历史疑点，也就是邓小平的入党问题，不久也有了了结。在上述报告转到周恩来处时，周恩来在报告的下脚处批示：“邓小平是在留法勤工俭学时入团、转党的，我和李富春、蔡畅同志均知道此事。”完全可以想象得到，在看到周恩来的这一证明时，那些“专案组”人员和他们的上司们，是何等的失望。
不过，“邓专案组”大张旗鼓的调查工作并没有从此偃旗息鼓。从1969年下半年起，在林彪、江青等人的旨意下，“专案组”对邓的“现行问题”抓得更紧了。在秦城监狱，他们提审了彭真、刘澜涛、李楚离等，在小汤山监狱提审了安子文等，在京郊一个部队营区提审了杨尚昆，在总政西单一个小看守所提审了萧华，在北京卫戍区监护办公室提审了王从吾，在交通干校提审了钱瑛，还分别提审了潘汉年、刘晓、廖志高。他们到外交部找过陈毅，向对外文委屈武、萧三，一机部江泽民，总政军管小组傅钟，中办五七干校曾三、李质忠、邓典桃，中央高级党校范若愚，以及袁任远、张震球、邓存伦等人进行过调查。从现在看来，花了这么多的人力，走了这么多的地方，进行了这么多的调查，费尽心机地网罗罪名，最后落得一个没有结果的结果。这个“邓小平专案组”，真正的可以说是白白地忙活了一场，或者说是忙乎乎地白干了一场，够冤的。
这个命运可悲的“专案组”干得冤，撤得更冤。
到了1970年，先是8月的九届二中全会批判了陈伯达，接着搞专案的大头目康生称病不起，而林彪集团又忙于和毛泽东进行较量。上面的大人物都在忙于他们自己的“大事”，“专案组”的工作顿显松懈，特别是“邓专案组”，到了下半年，简直就被冷落一旁。
总这样不死不活也不是个办法呀。“邓专案组”决定写个报告上去试探一下。1970年11月28日，他们以“贺龙专案组”名义，给康生、黄永胜、吴法宪、叶群写了一份报告，要求到有关部门继续查找邓的“三反罪行”和“招降纳叛”等问题。吴法宪刚刚在九届二中全会上挨了毛泽东的批评，不敢轻举妄动，他将此件批送周恩来和汪东兴。过了几天，“邓专案组”看到了这份转回来的报告。上面白纸黑字，写着周恩来的一段批示：“东兴同志，这全部是公开文件，请你考虑是否需全部调阅。我记得在下放邓小平、谭震林时，已将两人从专案组撤销。”看了周恩来的这个批示，“邓专案组”可谓吃惊不小。“邓专案组”在一年多前就撤销了，可“专案组”人员竟然毫不知晓。这都是什么事儿呀！在这种情况下，“邓专案组”向黄永胜和吴法宪等写了最后一份报告，说：“如已决定邓小平专案组撤销，我们对邓的审查工作立即结束，是否也就不再送呈邓小平的三反罪行和招降纳叛的线索报告了？”这份最后的报告，竟然半月无人回复。1970年12月24日，吴法宪的秘书来到“邓专案组”，将全体人员召集开会，说：“你们送上来的关于邓小平问题的报告，和总理对前一个报告的批文，首长们都看了。首长叫给你们说一下，报告不要再送了，邓小平的案子也不要再搞了。材料暂由你们保存，先等着吧。”
等是不用等了，“专案组”的每一个人都知道，他们的使命结束了。“邓小平专案组”从成立到如今，不过两年半的时间，就这样不明不白地被撤销，不明不白地草草结束了，实在是时运不济，可怜可悲啊。